G1671489


Basic Information

Item Value
gene id G1671489
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 18118813 ~ 18137519 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1912385
cttaggtacatgttatatttaaagggagaattagctctggaagccatctaaacgtgaatcgattctcagttgcagtaacgttacggttcttgaaataaatccctctaggttcatttcacatcaaaataatttcactaatgaaaaaaaatacacacctactgtacacggtcttaaccggttaacacagaacagtatttttcagtaacaacacgtttgtggcgtctgtcttcacacagcaggcgtattcggagaaacagattgctaattagctcaggtagtccactctgtcttccgtaaataagcgctgtgagatggaaatatggtcgtgtgggaaccccagccctataaagctgtgtatcaatttaaattttagttttttgaaaatgggttatcacggatatgaaagataaggtcattacgcctccaaaaacatatcgctagcgaagcttgtatgtctaatgtaacgttatctcatgatgacaaagtcaagcgttagctaacagctagcctagctcaaatttcggttattaaactaacgttacctagctaccgattagtggtgaactacacacaaaaacaaacatctttaacctcaccctttcaaatgaatttcatatacagacgattgatgtgccagtatatttcaatttcaagtcttaattgatttgcttttcccattgaactgttactatactataactatactataacagagagctaagagctagctagtttgttgtcatgctgacgtcggatatacgacggagcaccgcgaggtaagattcaataacaaaaaagttaccaataccccaaaaccaatccttaccattagtagttttgtggtagaaattgcctcaaggtcatattacatcatgttaacaagtgtttgaaatattttggaaatgatgttttgctgataaaatactgtaacgaccttgcgtttataagcgcggaaatcgactctgccgcacgatcacctccgcgcgctatgcaaacatgcaatttcactagaggcacgcatttcccaaagtgtttgaaatcttttggaaattatgctttgcctgttaaaatacgtaaaattgatttcctcaaatattataaaatatctccgaggttgaaattctccaaatggcacttcacttctgttgtgttgtaattttatgatagaaattgcctaatgttaatcaccaatgtcactgactaaaatgcatacaattatttctattattattgaaaaagatctcatggttgaaattctacaaattatacctccattctgtcctttagtagtgtttctgtagaaattgccacaaaagtcatattaaatcatgttaatcaccaatgttggaaatctgactaaaaggatattttctgagtaaagtacacaaaatcgtgtagtagttttatggtagaaatattctcatgttcacgaaaagtggttgaaaacctttggaagttatgttgtttttttccccccttttcccccatgaactgtaaatcagtcatttctcccaacagatgtcaaagaaaagctctctctcacacacacacacacacacacacacagcaaggatggagtgacaaagtgcggtgcttaaagacacacacagcctgcaatgtcatttccatattctctaggccgttccgagttcaaggagatgccccgcttgaccgta
>TU1912389
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>TU1912386
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>TU1912384
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1912385 False 1676 lncRNA 0.37 2 18118813 18126158
TU1912389 False 390 lncRNA 0.38 2 18120099 18126158
TU1912386 False 1749 lncRNA 0.38 2 18124398 18131789
TU1912384 True 1817 lncRNA 0.38 2 18130053 18137519

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110498760 stub1 coding downstream 666092 17442590 ~ 17452727 (-)
LOC110498759 NA coding downstream 687757 17428615 ~ 17434040 (-)
LOC110499078 LOC106578245 coding downstream 744498 17367169 ~ 17374315 (-)
LOC118942007 LOC106578245 coding downstream 756215 17359654 ~ 17362598 (-)
LOC118942041 LOC106611593 coding downstream 768353 17346166 ~ 17350460 (-)
LOC110512504 NA coding upstream 236256 18373775 ~ 18381647 (-)
LOC118942047 NA coding upstream 246346 18383865 ~ 18384458 (-)
LOC110498770 LOC106589258 coding upstream 616575 18754094 ~ 18887492 (-)
LOC110499157 LOC106589261 coding upstream 752551 18890070 ~ 19003867 (-)
LOC110499154 LOC106589262 coding upstream 916607 19054126 ~ 19095333 (-)
G1671499 NA non-coding downstream 14956 18095514 ~ 18103857 (-)
G1671498 NA non-coding downstream 15729 18094686 ~ 18103084 (-)
G1671493 NA non-coding downstream 27436 18085103 ~ 18091377 (-)
G1671480 NA non-coding downstream 77254 18033544 ~ 18041559 (-)
G1671479 NA non-coding downstream 87594 18025802 ~ 18031219 (-)
G1671511 NA non-coding upstream 667 18138186 ~ 18144231 (-)
G1671491 NA non-coding upstream 4708 18142227 ~ 18148406 (-)
G1671526 NA non-coding upstream 77717 18215236 ~ 18221419 (-)
G1671531 NA non-coding upstream 183588 18321107 ~ 18324604 (-)
G1671538 NA non-coding upstream 194469 18331988 ~ 18332237 (-)
G1671478 NA other downstream 85971 18022444 ~ 18032842 (-)
G1670142 NA other downstream 424229 17687735 ~ 17694584 (-)
G1670145 NA other downstream 426947 17685976 ~ 17691866 (-)
G1670109 LOC105007702 other downstream 493365 17596615 ~ 17625448 (-)
G1671549 NA other upstream 262833 18400352 ~ 18406596 (-)
G1671550 NA other upstream 271605 18409124 ~ 18415464 (-)
G1671578 NA other upstream 428351 18565870 ~ 18624587 (-)
G1671580 NA other upstream 456534 18594053 ~ 18642884 (-)
G1671584 NA other upstream 493988 18631507 ~ 18632087 (-)

Expression


Co-expression Network