G1686847


Basic Information

Item Value
gene id G1686847
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 32952012 ~ 33047627 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1929440
ctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctactacagcagaataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctatctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctcttctacagcaggttaat
>TU1929441
ctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactatagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctcttctacagcaggttaat
>TU1929443
ctctactacagcaggttaatgtctctctctctccacaacagcagattaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggttgatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctctacaacagaaggttaatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctacaacagtgggttaatatctctctctctctctctctacaacagaaggttaatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctatctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctccaccacataggtgaatgtctctctctctcaccacaaaACAGCagttaatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctcttctacagcaggttaat
>TU1929438
caggttaatgtctctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctcttttacagcaggttaatgcctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctacaacagcaggataatgtctctctctttctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctttctctactacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggttaatgtctctc
>TU1929442
caggttaatgtctctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctcttttacagcaggttaatgcctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctatgcacaacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctc
>TU1929439
ggttaatgtctctctctctccacaacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctcttttacagcaggttaatgcctctctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctacaacagcaggttaatgtctctctctctactacagcaggataatgtctctctctctctacaacagcaggataatgtctctctctctctactacagcaggttaatgtctctctctct

Function

NR:

description
E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6-like isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1929440 False 366 lncRNA 0.43 2 32952012 33018827
TU1929441 False 380 lncRNA 0.43 4 32952012 33047627
TU1929443 False 910 lncRNA 0.43 3 32952012 33029405
TU1929438 False 518 lncRNA 0.43 2 33002484 33030332
TU1929442 False 402 lncRNA 0.43 2 33002958 33030332
TU1929439 True 397 lncRNA 0.43 3 33011383 33039430

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118942059 NA coding downstream 11240 32929005 ~ 32940772 (-)
LOC110499345 LOC106589764 coding downstream 49338 32870515 ~ 32902674 (-)
LOC110499343 LOC106589761 coding downstream 130998 32816387 ~ 32821014 (-)
LOC110499342 LOC106589762 coding downstream 139013 32810995 ~ 32812999 (-)
LOC110499340 NA coding downstream 247559 32702718 ~ 32704453 (-)
st3gal7 LOC106589773 coding upstream 116068 33163695 ~ 33175005 (-)
morn4 LOC106589769 coding upstream 156568 33204195 ~ 33210568 (-)
LOC110499533 slit1 coding upstream 244648 33292275 ~ 33472601 (-)
LOC110499355 LOC106589782 coding upstream 428067 33475694 ~ 33486258 (-)
LOC110499353 LOC106589782 coding upstream 441724 33489351 ~ 33499919 (-)
G1686846 NA non-coding downstream 246 32951544 ~ 32951766 (-)
G1686812 NA non-coding downstream 68580 32882347 ~ 32883432 (-)
G1686804 NA non-coding downstream 83707 32861215 ~ 32868305 (-)
G1686519 NA non-coding downstream 104681 32845855 ~ 32847331 (-)
G1686515 NA non-coding downstream 108905 32842227 ~ 32843107 (-)
G1686871 NA non-coding upstream 44 33047671 ~ 33048068 (-)
G1686879 NA non-coding upstream 15352 33062979 ~ 33063229 (-)
G1686880 NA non-coding upstream 18606 33066233 ~ 33066471 (-)
G1686884 NA non-coding upstream 26026 33073653 ~ 33073976 (-)
G1686889 NA non-coding upstream 31977 33079604 ~ 33079806 (-)
G1684920 NA other downstream 1539168 31407594 ~ 31412844 (-)
G1684661 NA other downstream 1838326 31111555 ~ 31113686 (-)
LOC110499315 LOC106589727 other downstream 3405695 29541315 ~ 29571033 (-)
G1681658 NA other downstream 4416203 28535295 ~ 28535809 (-)
G1686887 NA other upstream 30183 33077810 ~ 33078027 (-)
LOC110499358 LOC106589782 other upstream 486046 33530945 ~ 33535225 (-)
G1687007 LOC106589782 other upstream 496059 33531084 ~ 33544238 (-)
G1689130 NA other upstream 2211362 35258989 ~ 35259818 (-)
G1689131 NA other upstream 2212259 35259886 ~ 35260208 (-)

Expression


Co-expression Network