G1689809


Basic Information

Item Value
gene id G1689809
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 36100542 ~ 36102150 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1932757
gttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggcgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtacggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtaggtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagt
>TU1932758
gttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggcgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggcgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtacggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagcta
>TU1932756
agcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacggtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtaggatgagctatgtccagaatacagtatgtacatcaGTAGTTATGTACggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagtagttatgtagggtgagctatgtccagaatacagtatgtacagcagt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1932757 False 413 lncRNA 0.42 2 36100542 36102150
TU1932758 False 432 lncRNA 0.42 2 36100542 36101019
TU1932756 True 374 lncRNA 0.41 2 36101225 36102150

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499422 arl3 coding upstream 54465 36037722 ~ 36046077 (+)
LOC110499421 LOC106612362 coding upstream 72296 36021099 ~ 36028246 (+)
LOC118942065 NA coding upstream 125122 35971224 ~ 35975420 (+)
LOC118942471 NA coding upstream 216309 35884180 ~ 35884233 (+)
LOC110499417 LOC106589835 coding upstream 233693 35837323 ~ 35866849 (+)
LOC110499426 LOC106589844 coding downstream 23353 36125503 ~ 36157782 (+)
LOC110499428 LOC106589848 coding downstream 59053 36161203 ~ 36170899 (+)
mrpl27 LOC106589850 coding downstream 71038 36173188 ~ 36179601 (+)
LOC110499432 LOC106589856 coding downstream 105228 36207378 ~ 36247512 (+)
LOC118942466 NA coding downstream 321596 36423746 ~ 36423861 (+)
G1689779 NA non-coding upstream 9555 36039961 ~ 36090987 (+)
G1689771 NA non-coding upstream 15041 36024248 ~ 36085501 (+)
G1689681 LOC106589838 non-coding upstream 34193 35896215 ~ 36066349 (+)
G1689737 NA non-coding upstream 38666 36055215 ~ 36061876 (+)
G1689783 NA non-coding upstream 47535 36052148 ~ 36053007 (+)
G1689817 NA non-coding downstream 13028 36115178 ~ 36115479 (+)
G1689818 NA non-coding downstream 13439 36115589 ~ 36115868 (+)
G1689835 NA non-coding downstream 57789 36159939 ~ 36160239 (+)
G1689843 NA non-coding downstream 83030 36185180 ~ 36185495 (+)
G1689845 NA non-coding downstream 86141 36188291 ~ 36188507 (+)
G1689671 NA other upstream 218668 35881578 ~ 35881874 (+)
LOC118942012 LOC106589797 other upstream 398403 35701200 ~ 35702156 (+)
G1689347 NA other upstream 418105 35681367 ~ 35682437 (+)
LOC110499396 LOC106589821 other upstream 715976 35381609 ~ 35384567 (+)
G1687675 NA other upstream 1774288 34325837 ~ 34326254 (+)
G1689732 LOC106612293 other downstream 18466 36120616 ~ 36125390 (+)
G1690092 NA other downstream 162510 36264660 ~ 36264981 (+)
G1690099 NA other downstream 173332 36275482 ~ 36275943 (+)
G1690116 NA other downstream 202789 36304939 ~ 36312698 (+)
G1690753 NA other downstream 775901 36878051 ~ 36880738 (+)

Expression


Co-expression Network