G1698909


Basic Information

Item Value
gene id G1698909
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 46283033 ~ 46292668 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1943887
TGTatttgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaaAGGTTATGTGTAGAGGgttgtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgtagtggagggtagtatcctgtatatgtcctgatgacatagtgttgtagagtgtagtatcctgtatatgtcctggtga
>TU1943882
agggtagttcctgtatatgtcctggtgagaTAGTGTTATGGAGGGTATTATCCTGTatttgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatttcctggtgacatagtgttgtggagggttgtatcctgtatatatcttggtggcatagtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttatagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatattgtagagggtagcatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtggagggtattatcctgtatatgtcctggtgacatagtgatggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcccgGTGACTTAGTGAAGGTTAtggtgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtaacatagtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtaatggtgacatagtgaaggttatgttgtagagggtcgtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtggggggtagcatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtggggggtagcatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtagagggtattatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtggagggtattatcctgtatatgtcctggtgacatagtgatggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcccgGTGACTTAGTGAAGGTTAtggtgtggagggtagtatcctgtatatgtaatggtgacatagtgaaggttatgttgtggggggtagcatcctgtatatgtcctggtaacATAGTGTTGTGGGGGGtattatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtggcatagtgaaggttgtgttgtagagggtagcatcctgtatttgtcctggtgacatagtgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgatggttatgttgtagagggtagcatcctgtatatatgtcctggagacatagtgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatcgtgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtagatggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggtgaagctgtggagggtagtatcctgtatttctcctggtgacatagtgaaggttatgttgtgcagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtagaagGTATCCTGTatttgtcctggtgacatagtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaaAGGTTATTTTGTTgggggtagcatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatggtGTGGAGGGTAGTATTCTGTTTATGTCCTTGTGACATAGTGAAGTTTGTGTTGTGGAGgctagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatggtgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgtcATAGTTTTGTggatggtagtatcctgtatatgtaatgttgacatagtgaaggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgtcATAGTGATGGTTATGTgatggagggtagtatcctgtttatgtcctggtgacatagtgaagtttgtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaatatagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgaaatagttttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatggtgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgtcATAGttttgtggagggtagtatcctgtttatgtcctggtgacatagtgaagtttgtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaatatagagggtagtatcctttatatgtcctggtgaaatagttttgtagagggtagtatcctgtat
>TU1943891
gtgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatggtGTAGAGGGTAggatcctgtatatgtcctggtgtcatagtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtaatgttgacatagtgaaggttatgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatgttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgtcATAGTGATGGTTATGTgatggagggtagtatcctgtttatgtcctggtgacatagtgaagtttgtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaatatagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgaaatagttttgtagagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtgaaggttatggtgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgtcATAGttttgtggagggtagtatcctgtttatgtcctggtgacatagtgaagtttgtgttgtggagggtagtatcctgtatatgtcctggtgacatagtaatatagagggtagtatcctttatatgtcctggtgaaatagttttgtagagggtagtatcctgtat

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106590586, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1943887 False 202 lncRNA 0.41 2 46283033 46287219
TU1943882 False 2265 lncRNA 0.43 5 46285068 46292668
TU1943891 True 635 lncRNA 0.41 3 46286356 46292668

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tsnax tsnax coding upstream 108785 46157634 ~ 46174248 (+)
LOC118942078 NA coding upstream 257233 46022894 ~ 46025800 (+)
LOC118942022 NA coding upstream 603131 45678925 ~ 45679902 (+)
LOC110515455 jag1 coding upstream 839020 45324901 ~ 45444013 (+)
LOC110499568 LOC106589976 coding upstream 1360336 44885773 ~ 44922697 (+)
LOC110499530 LOC106590013 coding downstream 119844 46412512 ~ 46501346 (+)
LOC110499521 msmb coding downstream 253969 46546637 ~ 46552961 (+)
mrpl2 rl2 coding downstream 270376 46563044 ~ 46577877 (+)
LOC118942483 NA coding downstream 288259 46580927 ~ 46588053 (+)
G1698905 NA non-coding upstream 34043 46246178 ~ 46248990 (+)
G1698893 NA non-coding upstream 56309 46221187 ~ 46226724 (+)
G1698892 NA non-coding upstream 64315 46218050 ~ 46218718 (+)
G1698845 NA non-coding upstream 188586 46094241 ~ 46094447 (+)
G1698841 NA non-coding upstream 195203 46082577 ~ 46087830 (+)
G1698919 NA non-coding downstream 28590 46321258 ~ 46335778 (+)
G1698921 NA non-coding downstream 33394 46326062 ~ 46366398 (+)
G1698925 NA non-coding downstream 44675 46337343 ~ 46342460 (+)
G1698931 NA non-coding downstream 75151 46367819 ~ 46450991 (+)
G1698935 NA non-coding downstream 87128 46379796 ~ 46380972 (+)
G1698884 NA other upstream 92612 46188945 ~ 46190421 (+)
G1698414 NA other upstream 581932 45700090 ~ 45701101 (+)
G1698413 i2b2b other upstream 585703 45696196 ~ 45697330 (+)
G1698119 yo84 other upstream 1170672 45111566 ~ 45112361 (+)

Expression


Co-expression Network