LOC110512520 (LOC106609724)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110512520
gene name LOC106609724
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 2113042 ~ 2128710 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036956597.1
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>XM_036956592.1
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>XM_036956595.1
CTGCCAAGCTAGCTGCGGAGAACCATTCAGTGCAGTACAGCACTTCCTTTGACATAAAGTTATTTATCACAAATATGGAtatgtgtcagtttgtcactttcatggTCATGTAGTGAAGATCTATTCAGCTACTGAATAAACTGTCTTGAAGATAGCTAAATGTTTTTACGATTTAGATTTAGAGAAAACGTACCAACAAGGGACGACGAGTTTGTCACTTTCCCCATCGACAACCATCTTGACCAAATCCGGTCCTGCTCTGCTAAACATCATGTAAACGACGGTGACAGGACGTTCCTGTCAGAAACCCTGCCTGTTTTAACGTAATTTACCGTAGATACGCAGATGAAAGACCGCCCTCCCCACAAGCAGTGGTATAATTAAAGCAGTGCGTGCCGTTGAAACAGTCTGACTTGAGAATAAGGGTCTAGATAAGCAAGCAAGTAGATACTCTGTGTGCCCAACATCATTTTTAACAGCTTGTTTTGCTCTTTGATTCTGTTCACAATGGCACAGGTCAACAGATGTCTGAAACAGCTGTTCTTTGGATTCAACATGTTGTTAGGGCATGACCAAGGAGAGTCGATTGGCTTGACATGGATTATATCGACTGCAGTTGTTTCTGTGCTGCTCTCTTTACTTGGAGCATATGGTGCATACCAAGAGAACATTGTGATACTGAGATTGTTCCTTGGAATAATAGGCTTTGGATCAATCCTTTTTCTTATTTTGGGATTTAAAGTGGCTCGTTCAATGCCTGAGGCCATGCAAGTGATTCAAGAAAACCTCCCTGCAATTACATCAGAAATGATGGCTGATGCAGAGCAGCGACAAACTATCATGGCTCTACAAGTACAAGGTAAGTGTTGTGGAATAATGAGTTACAGAGACTGGGATAGCAATATTCCAGAGACCTGTCAATGTTCTAGTTTCAAGTCAGACCCGTCCCAATGTATGGAGGTTCAAATGACTAAAGATGGCGGCAACTGGGGAAGATCTGACAAATCTGAAATGATGTGGATCTACAGAGAGccctgTGGTCCTCTCATCTTGGACAACTTCGACTCAGCTTTTAAGACCGTACTTGGATTCTTCCTTGGATTCGGTTTGTATGCTTGTATTGGGCAAGTGTTATCCGGCGTGATGATTCGTCAGGTCAAGAAGGTGCAGTCTACTGACGTCCCTGAGACTATAGACGATGGATATCGTTTCACACCGCAATTCCAGGCAATTCGCCATGCGGAGGGAGTTGAACCGACGACCTTCTACCCATAACCAGGGATGAGGTCAGGGTTTCAGGTTTTTTGGGCATCCTGGCAAGCGGCGAGGAGTAGAAGGTGCTTGAACAACGTGAGACGAGGTGCAACCAGATAAAGAAGATGAGCGTTCGGGAACGACAAGGCACAACTCACTGCTCACAGTTACAAATGATGTCATTTTGGGAGTCACTGTTATTGTAAATCAAATATGTTTTAAtgaataatcctgaatgaatcgtgagtAAGGATGAGTGAGAAACTTAGAGGCGCTAATATCACAACTCACTGGTCACCGTTATAAACATGACGCTTCGTTTATCTCATTTGTGtataacattattttttaaatcataataaAGTTTAGTCTGTCCATAGCTTTTTCTGGTCATTCTGATGCAGTCCATTATAACGGAGCAAAACATCATGATTTTAACTCAACTTAGATTAGTAACGTATCAAAACATCATGATTTTAACTCAACTTAGATTAGTAACGTATCAAAACATCATGATTTTAACTCAACTTTGATTAGTAACGTATCAAGCTTTTAACTAAGAACGAAAGTCATGcctttttttaaaaccttttaaaTTCAGGCTAGAAGAGTAAGAAGTGACCTTAGTGTGACCTTAGTGTGACCTTAGTGTGTCCTTAGTGTGTCCTTAGTGTGACCTTAGTGTGTCCTTAGTGTGTCCTTAGTGTGTCCTTAGTGTGTTCTTAGTGTGTTCTTAGTGTGTCC
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>TU1946685
TCTGACTTGAGAATAAGGGTCTAGATAAGCAAGCAAGTAGATACTCTGTGTGCCCAACATCATTTTTAACAGCTTGTTTTGCTCTTTGATTCTGTTCACAATGGCACAGGTCAACAGATGTCTGAAACAGCTGTTCTTTGGATTCAACATGTTGTTAGGGATTGCAGGGTGTGTCCTATTGGTTTTGGGAATGATCGCAGCACCACATAATACAGAGCATGACCAAGGAGAGTCGATTGGCTTGACATGGATTATATCGACTGCAGTTGTTTCTGTGCTGCTCTCTTTACTTGGAGCATATGGTGCATACCAAGAGAACATTGTGATACTGAGATTGTTCCTTGGAATAATAGGCTTTGGATCAATCCTTTTTCTTATTTTGGGATTTAAAGTGGCTCGTTCAATGCCTGAGGTAAACTTTTCTTTAGATATTTAAAAGTCtattgcattattattatt

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_036956596.1 False 1617 mRNA 0.42 9 2113043 2128710
TU1946685 True 459 TUCP 0.39 4 2122529 2123887

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499711 ptprr coding downstream 27238 1991477 ~ 2085804 (-)
LOC118942826 NA coding downstream 123010 1985910 ~ 1990032 (-)
ptprbl LOC106609809 coding downstream 127738 1863974 ~ 1985304 (-)
LOC110511332 LOC106576651 coding downstream 596858 1500431 ~ 1516184 (-)
LOC110499704 cpsf6 coding downstream 636525 1454566 ~ 1513068 (-)
LOC110499714 LOC106609803 coding upstream 323 2129033 ~ 2138088 (-)
LOC118942827 NA coding upstream 15285 2143995 ~ 2149711 (-)
LOC118942828 LOC106594636 coding upstream 22273 2150983 ~ 2158956 (-)
LOC110499718 LOC106594636 coding upstream 61429 2190139 ~ 2223200 (-)
LOC118942830 NA coding upstream 900639 3029349 ~ 3030468 (-)
G1700978 NA non-coding downstream 10369 2101580 ~ 2102673 (-)
G1700990 NA non-coding downstream 45730 2066920 ~ 2067312 (-)
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G1700977 NA non-coding downstream 59892 2052324 ~ 2053150 (-)
G1700971 NA non-coding downstream 68351 2043567 ~ 2044691 (-)
G1701020 NA non-coding upstream 6137 2134847 ~ 2135242 (-)
G1701038 NA non-coding upstream 45613 2174323 ~ 2186258 (-)
G1701040 NA non-coding upstream 48147 2176857 ~ 2178915 (-)
G1701045 NA non-coding upstream 82294 2211004 ~ 2212043 (-)
G1701046 NA non-coding upstream 86988 2215698 ~ 2216205 (-)
LOC118942825 frs2 other downstream 667166 1363229 ~ 1446417 (-)
LOC110511372 LOC106592130 other downstream 789679 1319221 ~ 1348497 (-)
G1700312 NA other downstream 1758533 352487 ~ 354509 (-)
G1701041 NA other upstream 59723 2188433 ~ 2189666 (-)
G1701824 NA other upstream 443964 2572603 ~ 2577051 (-)
G1701930 NA other upstream 655232 2783942 ~ 2829582 (-)
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G1702141 NA other upstream 1152392 3281102 ~ 3518377 (-)
G1701014 NA non-coding downstream 5005 2117178 ~ 2117524 (-)

Expression


Co-expression Network