LOC110490612 (ube2h)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110490612
gene name ube2h
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 14600080 ~ 14631285 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
ube2h Predicted to enable ubiquitin conjugating enzyme activity. Predicted to be involved in protein polyubiquitination and ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human UBE2H (ubiquitin conjugating enzyme E2 H).

GO:

id name namespace
GO:0008152 metabolic process biological_process
GO:0016881 acid-amino acid ligase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036957053.1 False 5159 mRNA 0.44 7 14600080 14631285
XM_036957054.1 False 5156 mRNA 0.44 7 14600080 14631285
TU1958595 False 975 lncRNA 0.41 2 14629345 14630407
TU1958596 False 705 lncRNA 0.39 2 14629345 14630407
TU1958597 False 1019 lncRNA 0.42 2 14629345 14630407
TU1958598 False 795 lncRNA 0.40 2 14629345 14630407
TU1958601 False 794 lncRNA 0.40 2 14629345 14630407
TU1958604 False 884 lncRNA 0.40 2 14629345 14630407
TU1958605 False 704 lncRNA 0.39 2 14629345 14630407
TU1958606 False 1851 lncRNA 0.44 2 14629345 14631285
TU1958607 True 884 lncRNA 0.40 2 14629345 14630407

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110519829 zc3hc1 coding upstream 3092 14587560 ~ 14596988 (+)
LOC110490791 LOC106609779 coding upstream 34876 14549517 ~ 14565204 (+)
LOC118942889 LOC106609776 coding upstream 51225 14533785 ~ 14548855 (+)
LOC110499790 tspan33 coding upstream 66558 14514419 ~ 14533522 (+)
LOC110499788 psmc2 coding upstream 107077 14488418 ~ 14493003 (+)
LOC118942891 NA coding downstream 716155 15347098 ~ 15356958 (+)
LOC110499821 LOC106609608 coding downstream 831259 15462544 ~ 15700037 (+)
LOC110500994 LOC106609603 coding downstream 1069334 15700619 ~ 15737550 (+)
col7a1l LOC106576558 coding downstream 1148290 15779575 ~ 15866718 (+)
LOC110490786 LOC106576567 coding downstream 1238905 15870190 ~ 15889111 (+)
G1709804 LOC106609781 non-coding upstream 26082 14572542 ~ 14573998 (+)
G1709806 NA non-coding upstream 29005 14570446 ~ 14571075 (+)
G1709800 NA non-coding upstream 32235 14565702 ~ 14567845 (+)
G1709797 NA non-coding upstream 76136 14523386 ~ 14523944 (+)
G1709842 NA non-coding downstream 51531 14682816 ~ 14683538 (+)
G1710104 NA non-coding downstream 65043 14696328 ~ 14696991 (+)
G1710105 NA non-coding downstream 67712 14698997 ~ 14699235 (+)
G1710120 NA non-coding downstream 89837 14721122 ~ 14730114 (+)
G1710133 NA non-coding downstream 107765 14739050 ~ 14739343 (+)
G1709592 NA other upstream 533397 14065849 ~ 14066683 (+)
LOC110499758 osbpl8 other upstream 649164 13794979 ~ 13950916 (+)
G1709276 zdhhc17 other upstream 834624 13756186 ~ 13765456 (+)
G1708702 NA other upstream 1498247 13099841 ~ 13101833 (+)
G1709824 NA other downstream 24402 14655687 ~ 14657284 (+)
G1709840 NA other downstream 48197 14679482 ~ 14682208 (+)
G1710321 NA other downstream 501847 15133132 ~ 15133588 (+)
G1709789 NA non-coding upstream 3318 14618613 ~ 14626027 (+)

Expression

LOC110490612(ube2h) Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 200.
End of interactive chart.

LOC110490612(ube2h) Expression in each Bioproject

Bar chart with 21 bars.
LOC110490612(ube2h) Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 6000.
End of interactive chart.

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