LOC110500071 (LOC106609473)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110500071
gene name LOC106609473
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 23614138 ~ 23622406 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021577217.2
AGCGGCTGCACATACATACTCTCATCAGACTTGCAGCTCAGCGCTTGCTGCATACACTTGCTGGTTTGCAactttttcttcctctctctctctcccctccctcactttGACGGGCAGCAATGAAGTCAGAGTGATGTCATATAAGGATACGAGTGCCTGGCAAGGTGACATAGGTTTTTGGTGAGTGGTATTCTCCACAGCCAGCGTTGCCTATCGAGAGAGGCGCCAGCGTTGCCTATCGAGAGAGGCGCGGAGCTGCAAAAGATGATCATCACCACCACCTCAAGCTCTGTCACGCTCTCTCCCTTTTCTACTCCTCTTTCGGGCTGTCATTTCATGCCAGAAGACCTTATCTGCCTTCCAAAAATAAGCCTTTACCACCATGCCGAAGGAAGAAAAACAAGAAGACAGGTATTTTTAGGGCCATTAACTTTGACCACGTGCCCCGAAGGTAAACTGGATGGCCATTGTGCAAAGGTTCTTCATCGGTATGTGCAACGAGGCCAGCACGCACTGGACGTTGACTGCAATTGTTCTCTTGGGGTCTCTATTGGGGATTGTGTCATCATATCCGATTCCAAGCAGGACTAATGCAACTTTATTGGAGCAAAGGTGGGAGACCCTCTTTTCCCGCTCTGTTCTGGGAATCTCTGGGGCGAAATCGGACATGAACTGGGAGAGTGACTATTTGATGGGCATCAAGAGAGTGCGGCGACTTTACTGCAACGTGGGCATTGGATTTCACCTGCAGATCCTCCCTGACGGCAGGATAAACGGTGTACATAATGAGAACCAGTACAGTCTAATAGAGATCTCTACGGTGGAGAGAGGAGTGATAAGTATGTATGGGGTGAGAAGTGAGCTGTTTGTCGCAATGAACAGCAGAGGAAGGTTGTATGGAACGAAATTCTTCCGGGATGAGTGCAAGTTCAAGGAGACCTTGCTGCCAAACAACTACAATGCCTATGAGTCTTCGGTTTACAAGGGCTCCTACATCGCCCTCAGCAAACATGGCCGCGCAAAGAGAGGCAACAAGGCCACCACCGCCATGACTGTCACACACTTCCTCCCCCGATTATCATGATCAAAGCTGGCAATAACTCACTAATTTGCACATGTGGAGGTTCTCCAAGGTAATATAGAattatacaatataaatatataccaTTACAAAAGGACTGCAAAAAACTACACAAGTATTTATTAtctttatatatgtatatttggATAGCTACCTTTGTATTAGAACTTATGTATATGCCATTATTTGCTGCTTATCATTATCGATTGAGGAGTGTATTTACACCTTTTCTGGAAGTACATACCGGTCGTAACGGGAGTAAATCAAGATAATTGCTTAGCCAAACTCCATAACAAACGGATTTTGACATTATAACGCTTGCATAGCTGTCGAATGGGAGCTTGAATCAGAGCTTCCTGGGCGTTCTCTAACTCACAGATACTGGGGCAGCTTCACCCTGTCTTTGGGGTGGATGACTAATATCCTTAGCTTTTAGGAGTGAAATGGATACTTTTTATTACCTCAAAGAACCACTTGACTGGATAAAGAGATGCATGGAGTTACTGTATGCTCAAAGTAATACCTGTTTAGTCTATCCTTTCTCTGAGACCTTTGAGCACTTGCTGGTTCACTCCCCTGTGTTCAAGATTGCTGTTTTTTAGCAAAAAGGGGGATTGAGAACGAGACTACTTAAATGCACTTCCCTTGCTGAACGATGTGAAGGTGCCTTGGTGTTCCCACTTGTGGCCCTCTTAAACTTGCATGTAAGAGACACCCGCTGTAGTCAGAAATAGGGCTGACACTCCGAGGAGGGCCTCAGGGGGGCAGGTCTATCTCTGGTTTATTTTCTTTTTCTGTAATTAGATTGATTAAGTAATATACACTCTGGTACACAGAGAGAAGACTAGAGGAGAACTTCCATGAGTGTGGGGAGGTAGAGAAACTCAGTTGGCCCCCCACAGTAGAAGTTTAACCGCCATGTGAGACTCTAGTCTCTCCACAAGGTCATTTAAACATGGTGGGGCAGTTATGTGTTACAGACTGGATTCAAACCTCCTTTGTATCAGAGCTCCTTTGCATCATGGCTTGAAATGAACTGAAAAAGGGGCTGGCATAAGAACGCACAATAAAACATGTATCTGCTCACAAACTGGGACACTGCTGACATACCCAAAAGCTTTAGCGTTTGGCTTTGGGTGAGTGTGTGAAATGTAAAATTGCAAGCTTTTGTGCATCGCCATACATAAAGATGTCTATTAAACCAATGAAAAATGATGTAAATATTGACAAATGTGAATCAGAAAAAAGAACCAGGAACAAGTTGCGTAGTTCAGGTTGCACAGTGACCATCCATGATGGTGCCtgatgtattttttgttgttgagaatcGTTCCCATACATGATTATTTATTTAGTTGTTTAAGTGTGTTTGGTGAAATCCCATAGACCCCTCCCAGATCAGTGTGCTCTGCAGCAGCACTGCAGTGGCAGAAAGTTGTTGGAAGCGGTAGTTTGATGGTTTTAAATGTAATTACGGGAGGCTCAGTTCCTGGAGTCATTGTGCAGCACTGGACTGAAGGACAGTGCAGTGCCTCATAGTTAATAGTGTTCTTTCCTCTGCTGCTGGTTACTTGAAAACTGAGGCTTCTCACTCTGCCCACCCCAAGTCACCCTCTGGGAATGTTCTCTTTGGTGGAGCCGAGGAGGAGCAGGACTATTTTAGCCTAGAAAAGACTTATGGGATGCGGCCTGCTGTCGCTGTTTGTTGAATCCCCTGCAAGAATGTGTCTCATCCAGGAGGACTGGCTGCTCCCCACATACTCCCCTTTAACCAGTACCACCCCGGTCGTCAGATACCCCTGTGAAAACCCATGGGGCTGGAGGGACCTTGGGATTCCAGCAGTAACCCAGGAGCTTCTTCTCCTGCTTTAGTCCTTTTTTTAGTTCACAGTCCGAGTCATGGACCAGTGTTGACCCTGACTCTGTGTCCAGGGGGGTCTGCTATTTGAGTCAcccccccctttccccccacTCCCATCAAATCAATGTTTGTCTCTATTTGATAGTGTTATCTCTCTATTTGATTAATTTGCAATGAATTTGATGTAAAGCTAGTTGATTGGTTTTAAAGGGACAAACAGGGCTGTGCTgggttgattatttatttatggaATTCTTCATGCACTATTTGAATGGTCTCCATAGAAAGACCATCAGTGGCCTCCAAGACTTCCATCTTGTCCTTAATTGCTCTTATATGCGTGgctttaaagctacagtctgtgaTTGgtgcatccatttttggactttaaGTGTAATGTAATGAGCCTTTATAGCCATTTattcttaaagaatataacttagaaatgcctcatgaccTTAGTTAAACAgtcttaccccatcagaacccaaaatataagcttggtTTATTCCACTGTTTGtgaacaatgtaattgtaaacaaacactgtgggTTAAAAATAGGTTAAAACTATAAAAACTAATTGCTAGACagcattttgtttttcaaatcatagactgtagctttaaaaaaaaataactgtCATTGTCACTTTTCATATCTGATTGCCTGGCTGAGAATGCATGTGTCTGAGATCTACAGTTATTTGAGTTACGTCTTTAATTTCTCTTGCCGAAGTTCAAACACTTGGTTTGATGCGTCTACCCTGCATTAATGTGAATGCAGATTTCATTTTTTGTTCCTCTCACACCCCTTCCCTCACACACTTGTGCGTAGCCTACATCCAAAAACTTCCAGGGAGGGGACCTCTGCAGACTTGATGCAGTACTTGAGACAAAGAGCAAAGTCACTGCAAGTCTCTATCCTCCCAGTTCTCTGTCTCTACAGCAGGCCTTGTGGGCCACTGTGACGTCAACCAACCAACTGCTCTTCAGGAATCACCTGGCTCTGCCTGAGAACCAAGGCTCTGATGTCAAAAGACTGTGGACAAGAGCTTCCAATCCTATCTAAAACAACCCTTCCCTTACACTTTCGCAATATTAACCGAGAGGTCTTGGAACGGTTATTTAAAGATTTTAGTGGCACATTGGAGTATTGCAAGGGAGTTCCATATTGCAGCATAAATGTTAAACAATTTCCACAGTTTACAAGAGTCCGTTGATGTTATTTTCAGGAGTGATGGAAGCTTTCTCTAAAGGGCAGCACCTACCTGTACACTTACTAGTGGTGTGCAACAGGAATTTACTTTTTTTAGGCTGGATTGTTATGGGCATACAATGAATCTGTCACATGGTATAGTGGCCTGGATCAAATCTCCTTTTCCTTACTTGTTGTAATGAGAATATATGTACTGGAAGTAAATCCTATTGTTTGTCTATTGGTTAAAGAGTGGTCTCAGAGATCAGACTTAAGACGTATTGCCGTTGTGACTGCATGTGGTATTACATGAAAACATTCTGGGATAGTTATTGACATTGGTAAATGGAAAAATTAATCAGATACATTGTTCTGATAAAAGTGAGTCAAATATCTTTTTAATAAGTTCAATGTGAGTTCATTTGAACAGCTTAATCCTCATGTCAACATACCAgggtgtgaagtgtgtgtgaagtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtcttgcACACCCTCCCTCAAAGTCAACAAGATGTCAAAGGTGCACCTTATCAGAGATCTTGAAAATATTGAAAGTAGTGCTGCTTGTGGAAAGTGAAGGTTTGCCATCTTCAAAGTAGCTTATAAAATGGTGTCTTTCCTATGTCTGAGCATGGTAACGGGATAGTGAGGCAACTAAAAGCTGGAAGCCTAAAGATTACAGGTTCAtattctgttccctatcagacttGACCAAAACATACGACCACAATAAATTCTAGTTCTGTTTGAAAATGATTTGTGAAATGTGTCAATGAACTTCAGCAGAGAAGGCATCCTGTTATC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>TU1969123
TTAAACATGGTGGGGCAGTTATGTGTTACAGACTGGATTCAAACCTCCTTTGTATCAGAGCTCCTTTGCATCATGGCTTGAAATGAACTGAAAAAGGGGCTGGCATAAGAACGCACAATAAAACATGTATCTGCTCACAAACTGGGACACTGCTGACATACCCAAAAGCTTTAGCGTTTGGCTTTGGGTGAGTGTGTGAAATGTAAAATTGCAAGCTTTTGTGCATCGCCATACATAAAGATGTCTATTAAACCAATGAAAAATGATGTAAATATTGACAAATGTGAATCAGAAAAAAGAACCAGGAACAAGTTGCGTAGTTCAGGTTGCACAGTGACCATCCATGATGGTGCCtgatgtattttttgttgttgagaatcGTTCCCATACATGATTATTTATTTAGTTGTTTAAGTGTGTTTGGTGAAATCCCATAGACCCCTCCCAGATCAGTGTGCTCTGCAGCAGCACTGCAGTGGCAGAAAGTTGTTGGAAGCGGTAGTTTGATGGTTTTAAATGTAATTACGGGAGGCTCAGTTCCTGGAGTCATTGTGCAGCACTGGACTGAAGGACAGTGCAGTGCCTCATAGTTAATAGTGTTCTTTCCTCTGCTGCTGGTTACTTGAAAACTGAGGCTTCTCACTCTGCCCACCCCAAGTCACCCTCTGGGAATGTTCTCTTTGGTGGAGCCGAGGAGGAGCAGGACTATTTTAGCCTAGAAAAGACTTATGGGATGCGGCCTGCTGTCGCTGTTTGTTGAATCCCCTGCAAGAATGTGTCTCATCCAGGAGGACTGGCTGCTCCCCACATACTCCCCTTTAACCAGTACCACCCCGGTCGTCAGATACCCCTGTGAAAACCCATGGGGCTGGAGGGACCTTGGGATTCCAGCAGTAACCCAGGAGCTTCTTCTCCTGCTTTAGTCCTTTTTTTAGTTCACAGTCCGAGTCATGGACCAGTGTTGACCCTGACTCTGTGTCCAGGGGGGTCTGCTATTTGAGTCAcccccccctttccccccacTCCCATCAAATCAATGTTTGTCTCTATTTGATAGTGTTATCTCTCTATTTGATTAATTTGCAATGAATTTGATGTAAAGCTAGTTGATTGGTTTTAAAGGGACAAACAGGGCTGTGCTgggttgattatttatttatggaATTCTTCATGCACTATTTGAATGGTCTCCATAGAAAGACCATCAGTGGCCTCCAAGACTTCCATCTTGTCCTTAATTGCTCTTATATGCGTGgctttaaagctacagtctgtgaTTGgtgcatccatttttggactttaaGTGTAATGTAATGAGCCTTTATAGCCATTTattcttaaagaatataacttagaaatgcctcatgaccTTAGTTAAACAgtcttaccccatcagaacccaaaatataagcttggtTTATTCCACTGTTTGtgaacaatgtaattgtaaacaagcattttgtttttcaaatcatagactgtagctttaaaaaaaaataactgtCATTGTCACTTTTCATATCTGATTGCCTGGCTGAGAATGCATGTGTCTGAGATCTACAGTTATTTGAGTTACGTCTTTAATTTCTCTTGCCGAAGTTCAAACACTTGGTTTGATGCGTCTACCCTGCATTAATGTGAATGCAGATTTCATTTTTTGTTCCTCTCACACCCCTTCCCTCACACACTTGTGCGTAGCCTACATCCAAAAACTTCCAGGGAGGGGACCTCTGCAGACTTGATGCAGTACTTGAGACAAAGAGCAAAGTCACTGCAAGTCTCTATCCTCCCAGTTCTCTGTCTCTACAGCAGGCCTTGTGGGCCACTGTGACGTCAACCAACCAACTGCTCTTCAGGAATCACCTGGCTCTGCCTGAGAACCAAGGCTCTGATGTCAAAAGACTGTGGACAAGAGCTTCCAATCCTATCTAAAACAACCCTTCCCTTACACTTTCGCAATATTAACCGAGAGGTCTTGGAACGGTTATTTAAAGATTTTAGTGGCACATTGGAGTATTGCAAGGGAGTTCCATATTGCAGCATAAATGTTAAACAATTTCCACAGTTTACAAGAGTCCGTTGATGTTATTTTCAGGAGTGATGGAAGCTTTCTCTAAAGGGCAGCACCTACCTGTACACTTACTAGTGGTGTGCAACAGGAATTTACTTTTTTTAGGCTGGATTGTTATGGGCATACAATGAATCTGTCACATGGTATAGTGGCCTGGATCAAATCTCCTTTTCCTTACTTGTTGTAATGAGAATATATGTACTGGAAGTAAATCCTATTGTTTGTCTATTGGTTAAAGAGTGGTCTCAGAGATCAGACTTAAGACGTATTGCCGTTGTGACTGCATGTGGTATTACATGAAAACATTCTGGGATAGTTATTGACATTGGTAAATGGAAAAATTAATCAGATACATTGTTCTGATAAAAGTGAGTCAAATATCTTTTTAATAAGTTCAATGTGAGTTCATTTGAACAGCTTAATCCTCATGTCAACATACCAgggtgtgaagtgtgtgtgaagtgtgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagtcttgcACACCCTCCCTCAAAGTCAACAAGATGTCAAAGGTGCACCTTATCAGAGATCTTGAAAATATTGAAAGTAGTGCTGCTTGTGGAAAGTGAAGGTTTGCCATCTTCAAAGTAGCTTATAAAATGGTGTCTTTCCTATGTCTGAGCATGGTAACGGGATAGTGAGGCAACTAAAAGCTGGAAGCCTAAAGATTACAGGTTCAtattctgttccctatcagacttGACCAAAACATACGACCACAATAAATTCTAGTTCTGTTTGAAAATGATTTGTGAAATGTGTCAATGAACTTCAGCAGAGAAGGCATCCTGTTATCATGCTTGATTGggagtgtgtctgcatgtgtttcCCTTGTGTGTTTCGGGAAAACTTTCTTTCTCCTGGTTTTGTACCCCTGCACTAAGGGGAGTGAGCTTCCACCTATGCCCCTTCTCTCTGTTAACATATACCTCACCTTCTGCCTTAGTTTTAATTTGTTATGACGATTGTAAAATAGTAGACTTCTGCAATCATTTATTTCTGAAAAACTGATGAGGCTACGTAAGAAAACTAATATATTGAAAATGTTTTTCCTTTTATTTTTGTACGTATGTGCTGTGCACAGCATTCTACTGTATTCCTGAGAT

Function

GO:

id name namespace
GO:0008543 fibroblast growth factor receptor signaling pathway biological_process
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:0005104 fibroblast growth factor receptor binding molecular_function
GO:0008083 growth factor activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021577217.2 False 5332 mRNA 0.43 3 23614138 23622406
TU1969123 True 3230 lncRNA 0.41 2 23619105 23622384

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ada2b LOC106609445 coding upstream 103580 23505048 ~ 23510558 (+)
LOC110500067 LOC106609471 coding upstream 109327 23501124 ~ 23504811 (+)
LOC110500058 LOC106576272 coding upstream 190400 23405462 ~ 23423738 (+)
LOC110500056 ccd53 coding upstream 216402 23393527 ~ 23397736 (+)
LOC110500052 NA coding upstream 260369 23341188 ~ 23353769 (+)
LOC110500073 LOC106609463 coding downstream 18984 23641390 ~ 23644750 (+)
LOC118942913 NA coding downstream 86056 23708462 ~ 23709161 (+)
LOC110500077 etv6 coding downstream 87863 23710269 ~ 23732052 (+)
LOC110500079 LOC106576259 coding downstream 110604 23733010 ~ 23791315 (+)
LOC118943007 NA coding downstream 274562 23896968 ~ 23903687 (+)
G1718734 NA non-coding upstream 1300 23612564 ~ 23612838 (+)
G1718704 NA non-coding upstream 15895 23597984 ~ 23598243 (+)
G1718701 NA non-coding upstream 20628 23593055 ~ 23593510 (+)
G1718696 NA non-coding upstream 28810 23584982 ~ 23585328 (+)
G1718691 NA non-coding upstream 32991 23580889 ~ 23581147 (+)
G1718739 NA non-coding downstream 5435 23627841 ~ 23628071 (+)
G1718742 NA non-coding downstream 10493 23632899 ~ 23633098 (+)
G1718914 NA non-coding downstream 186805 23809211 ~ 23809507 (+)
G1717785 NA other upstream 357326 23256126 ~ 23256812 (+)
ruxf LOC105021811 other upstream 513329 23098972 ~ 23100823 (+)
LOC110500038 LOC106609436 other upstream 591374 23014617 ~ 23032420 (+)
G1717520 NA other upstream 734215 22820752 ~ 22879923 (+)
G1719225 NA other downstream 450999 24073405 ~ 24074448 (+)
G1719268 NA other downstream 513358 24135764 ~ 24136323 (+)
adm2a LOC106609361 other downstream 655425 24277797 ~ 24294858 (+)
LOC110500097 LOC106576231 other downstream 694232 24315919 ~ 24321712 (+)
G1720836 NA other downstream 1989410 25611816 ~ 25612268 (+)

Expression


Co-expression Network