LOC118942934


Basic Information

Item Value
gene id LOC118942934
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 44789670 ~ 44796290 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005038614.1
gaacctaagtacacagccatgacaatgcaggagtggcttcgagacaagtctctgaatgtccttgagtggcccagccagagcccggacttgaacccggtcgaacatctctggagacacctgaaaatagccACACAGCAACCCTCCCCCAtgtaacctgacagagcttgagaagatctaaATGTAATTTATGGTTCGGGAAGACCATATTCATAGTTTCCTCGTGcataaaggtggtggaattattagggaattaagtcaaggtcagacaCACCTCCGCCACATCTTCATTTATTCGATCTCCCCCAAAAcgaatagcaggtgaatagcacgctattctcatgcttaagttTGATGTCAGAATATGcacagagagaaaagtgcataaaaagggaattaCGTTCCATTTATGCACGCTTAAAACTCGGGTCGGAATCAGCATCCCTGAACAATAGAAGGAATTGCAAAGCCGTTAAAAAGCAAGTTGCAGCCAAGTAAAACGTATTTCATTTTTGACACAAGTTGGCATTGAGTTGCAGATAGAGCCAAAAGTTAGGAAAAAGTAACAGTCCATTGTTGTTGCTTGTTGTTCATGTTCTTCCTCCTCAGTCGAGCGGCTGGCCAGTCACCATGGCAACACACGTGATAATCAACAACAACCAACAGTCTCAGCCTCCTCAGCCCTAGACACCAGCTCTAATAGCCACCCACTCTAACCAGTGGAGCACTGGCATCTGTGGCTGCTTCGACGACTTACAAGTCTGTGAGTCTGTCGGTCAGAGTTCAGTTTACATCTGTATTTCAGAATGTCTTATTAAAACATGGCATATTTTGAGACATCAACCTCTTGATACAACCACTCTTTATATTCCATGCATACAAAATAACTTCATAAAAACACAGCGCTACACGCTACTAATCACGGTGAGTTAGATACGTCTCCTATCAGTGCTAGCAGATCTTTTCTCTGCCCTGCACTCTCTCACCCCATCCTCAGGCTGTTTTGCCTACTGGTGCTTCCCCTGTTTTGCATACACCACCTCAAAGTTCGGAGAGTGtttctgtctccccctgctggacATCTTAATGGGATTTACCCAGCTGGTATGGGTGTCTTCCCGGACCCCTCGTGTCCATGTCCATGAAGGTGGCAGTGTGCAACCGCTATGCCATTCATGTAGGTTAACAAATTGAGAGCTGTACTATTAGTCTGAACGCCTGAATGAAGATACTAAAGGGAGACTATCAGACTAAGCTTATGGACTTTGTGTAAGTGTGAGGCAGTGCATTCTCCACAGCACATGAGGGCTTATGTGGGCTTGTGcctaataatacaaataataatcatTTATTCAACTTATTTAGCACTTTTCAAAGAATCTTAAAGCGCTCCAAAGCACAAAAAAGAcaagtaatttaaaaaaacaacatctgAGATGGACAGTCATTAAGTTCATGGCTTGAGTGGTCATCTGAGGTAGGTGGTCAAGAGAAAGTCCAGAGGTAGGCAGAAAGCACTCGCTGTCTCTGGCTGTTCCATAATAGAACTCAGTCACATGAAGTTTGAGCTTAGTTTTAGCAGTCAATGTAATCATACAGTATTCCAGGTTTGGTACCCTTTGCCTATACCTTATTGCAACTGTTTGTGACTAGATACACTATAGAGTACTAAACATGACGCCTACAAGATCAAACGATAATGACTGTTTGAGATTATAGTATTTAAGTCATATGTCACGTCTCTCTAAAGGGTGACATGATGGCGGACTGTGTGTACTCCACCTTTTGCAACATCTGCTCCTGGTGCCAGCTGGCCCGGGAGATCAAGAGACGCAGACAGACCATCACAGTCATCAACGCCCAGTCCGCGATGCTGCCCGGTCAGAACATGGTGATGGCCTCCCAGCCTGGGGTCAATACATCTCAGACCACGGGTCATATCCTCTCAGCCTATAATCAACTCCACCCCTCAGGCAGTCTTGGCCACTAGGTTCAGGTAAcctttgacctttgaccctgCAAACACACCTCACGGGGTTAGCCACGCCCTCTGGTGGTAAAGCCAAGGTATCTACTCTTTCAACTCCTTTAAAAATTATGCTCCCAATATATGTCAATCCCCCAATGCAGATGGAAATTAGTTAAATGTAGATTATGTAAGTGTTAATTATGAAAACATATAAATAGCTTTAACCATAGAATACATTTAAATACCATAGCCTGTAGCACTCACACTATGTCATTTAATGAAcctttattaacctttatttaactgggcaagtcagttaagaacaaattcttatttacaatgatggcctagcaCCATTCTAAGCAAGCCTGTGATAACTTATTCTTACTACAGTTTAGCATCTCTGTTAACTTAAGAGCCGGGCAGTTGTTAATGTCGTTGGATAAGGCCAGCAGAGCAAGTTAGAGAGGGAGGCTGTAGCCCTCTGATACGACTGTGGTAACAGTCACAGTGACTCATGTGCTGTGATTTTAATCATCGTTAAAGCTCACGTTTATTTTCCTTCTGctgtgtcctccctccctccctctccgtcccttcctccctcattttacattttagtccgATTTACAATTAGCGCATTCATCTTAAcataggtgagacaaccacatatcacagtcgtagcAAGTACATTTTCAGTCAATAAAGTACTATAGTTATCCTCAAAGTCAGTGTTGGTAGGAAAAGAAGGGTGGGAGGCCCTGTGGGATTTATTCCAGATACTCATTGAATAGATTGGGTTTTATACATTTTCGGAAGATGGTTGGGGACTCCGCTGTCCAGACGATAGGGGGAAGCTTGTTCCACCATTGGTGTGTCAGGACTGAGAAGTTTTAACTGGGCTGAGCAGAAGCTGACCCCCTGTAGGGGTAGAACGGCCAAGAGACCAGAAATGGCAGAATGGAGTGCACAGGTTGGGGTATAGGGTTTGAGCATAGTgtgctctgtctcgctcgctcgctctcaattccattctctctctctctctgtctttctctctcaccttccctctctcccttctccctctgacTTTCCAAAACATAGAAGGACATTGCTGTACATTAGTGAAGGGAAGAGTCCATCTAAAGTCAAATGGATTTAttgtcaaatacatttttatcaaAACATTATCTATACCAAAGACTACCATGTGTTAATGTGAAAAAGAAAATTTTACTTTGCCTGCAACTTTTATATTTGTTGTTCAACAAAATAAACAATTGTTCGCTAAACAACTCTAAACTATTATTCTCCTGTTTCTGAAAATTTGacaatacaaaaaaatgtaagAGAGACTGCCCTTAAAACGGCCTACGAAGCATCAttatgagtcagaaacatgtaTTCTAGTGTTAAAAtttactacaaagtgtaaataggatcattttggtcatcAAGTCAGTTTAGTCTAAAACTGAGTTTGGAACCTGTGTGTCACAACAAGTAAATTAAGGTTGGGTTTGGATTACAATATCAACAAATCGTGCTTCCTTTTGCCATTCTCCACGTGCAAATCGTCCTTCCGCTTCCCTTCACTGAATATGACCCGGGGCTCTGTTGTTTCATCGCCTCCCGCCGGTTTGAGACTGAAAATACCTATACACATTTGATCATGCCTCCACAAACAaagttttgactttgtggctgcggtaactagtggaaaccaaaGTTCTATAGTTTGCATGCCCTGCCAAAGGAACAAAGATTTGTATAGCTAGTCTCATTTTTCTAGCTGTGCTAGTACTCGTAGCCTAGTATGCTGAATAGGTGGTTGGAGTTTGTCGCTCCCCTAGTCTGCACCAGTAACGCTAGCTTGGTGTGCATCAAATGGTGGTGGTGCATATAACTATAGATACTGGAACATCATGTCCTAGCTAGCTGGTGTAATTTAGCCAAGGACTCTATATAACATTCTTGCTGGTTATgtaggtaacgttagctatctGTTGATAGAGTGAGGCAGGCTAGCTAATATCTTGGCTACCATTAACGTAGTTAGTTAGTTGGATAACTAACTAGCTACCTCATGACAATTTATCATTTGATAACGCTAGCAAGGCaggctagctaactaacgttacccTACTACAAGTCGGATTTGAAAGTCAGTTTGTAGCTCATACAAGTGTATTCTGTATTGTTTAGGGCAAAATTAAATAATGGATTCAGCTATGATGGTAACTAATTAAAGTCTGACTAATACAATGAACTAGGAACAACAAACCGTCACCGGCCTGAATCTAATCCAATCTGGAGCTAGTCAGTCAACATCTGTAAAGCATAAAATTAACTTGACCAGAGGTACTGCCCTGATGACACAGACAGCTTCATCAACAATGTAATGTGTGTTGTGTGAAAAGTTGTAATTACCCAGGTTTGATAAACTAGTAGGTCAAGGTTAATTACCCAGCTAAGCAGATACAAGTAGTAAGTCATTTTGGTTGTGAAGTGCATTATCGAAAAGCTTTGTCCTTTCCTGATAATAATTGACCACTTGGCTGGCCCTTGTATTACCGGCGCTCCCAGTCAGCACCACCTCATAAGATGAGGAAGTACATTTTGTTTATGAGAAATGTCCAATTTGCAGCTGAACATGCAACATAGAGAAGACCAGCAAACGGACCCTCAGCATCATGAAGACATGCCCTCGCTaaacatgtatgGAGTCAGCACATGGAGACTTTCAAGATGAAGTCCAGACTGatagacaggcttgatactgatgtctgaATTGGGGAGAGAGGCCTGGCACTTGGCATTACAATCGTACCAGACACacattttacatgtattttttttaattattgaaTGCAAtgttatcagtcaatatggggtgGGACAAACCCTGTGTGCTCTGCACCAGGATCTGGAAACTCCTATTGTATACGGGACACCACATGTTTGCCAAGGTCGCCCCAATTCCACTAGACCAAATGCAGATAAtcacagtatctgtatcggctgggaacGACAA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>TU1994929
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Function

NR:

description
TC1-like transposase

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005038614.1 False 5371 mRNA 0.42 2 44790599 44796290
TU1994929 True 3203 lncRNA 0.44 2 44789670 44793859

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110500535 LOC106608728 coding upstream 1669 44782219 ~ 44788930 (+)
LOC110500532 LOC106608724 coding upstream 43969 44727200 ~ 44746630 (+)
chrnb1 LOC106608722 coding upstream 86878 44679665 ~ 44703721 (+)
LOC110500854 LOC106608721 coding upstream 123038 44600863 ~ 44667561 (+)
LOC110500530 NA coding upstream 233888 44537944 ~ 44556711 (+)
LOC110500538 LOC106608727 coding downstream 8508 44804798 ~ 44807754 (+)
ponzr6 LOC106608790 coding downstream 64921 44861211 ~ 44862751 (+)
LOC110500539 LOC106608730 coding downstream 66905 44863195 ~ 44868678 (+)
LOC110500859 LOC106608737 coding downstream 218826 45015116 ~ 45018769 (+)
LOC110500862 LOC106608740 coding downstream 257032 45053322 ~ 45066445 (+)
G1741994 NA non-coding upstream 24694 44765688 ~ 44765905 (+)
G1741992 NA non-coding upstream 26968 44763337 ~ 44763631 (+)
G1741989 NA non-coding upstream 30901 44759479 ~ 44759698 (+)
G1741965 NA non-coding upstream 70843 44719539 ~ 44719756 (+)
G1741712 NA non-coding upstream 115302 44674007 ~ 44675297 (+)
G1742012 NA non-coding downstream 4261 44800551 ~ 44800959 (+)
G1741973 NA non-coding downstream 22072 44818362 ~ 44824568 (+)
G1742029 NA non-coding downstream 41632 44837922 ~ 44839547 (+)
G1742156 NA non-coding downstream 230456 45026746 ~ 45028648 (+)
G1742167 NA non-coding downstream 246576 45042866 ~ 45045645 (+)
LOC110500529 LOC106608720 other upstream 318035 44461338 ~ 44480565 (+)
LOC110500528 tmem256 other upstream 339067 44446186 ~ 44451532 (+)
G1740752 NA other upstream 577369 44212786 ~ 44213230 (+)
G1740453 NA other upstream 1263873 43524736 ~ 43526726 (+)
G1740412 LOC106608825 other upstream 1320274 43469818 ~ 43470325 (+)
fcer1g LOC106608748 other downstream 648237 45444361 ~ 45449712 (+)
LOC110500870 LOC106608752 other downstream 688982 45485247 ~ 45517233 (+)
si:dkey-38p12.3 LOC106608755 other downstream 752827 45544516 ~ 45565742 (+)
G1743043 NA other downstream 843006 45639296 ~ 45639742 (+)
G1743077 NA other downstream 910852 45707142 ~ 45709950 (+)

Expression


Co-expression Network