XLOC_003637


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003637
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 38149888 ~ 38164754 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008656
CCAGAATCAAACCGAAACACGGGCGCTAACTAGCTGCGCGGCGTGTGTGCGTAAAGGTTGCATTAGGAACGATAACGAGGTGTTGTGTGAAAGTTTAGTCAGAGGTGTTAGCGCGAGGACATTAACAACCCGTAGAGAGAGAGATTCACACCAAAAATCAGTAGCGTTTGCTGTAATACTCCACAGAAGAACCACAAAAGAGTTGCTTTAGGTTGCAAAAGAGGTTTTATTCAAAAGTATCAGGGTGTAAGACTTTTATTAGGCATACAAATCTGAGAGAGCCACGTTGAAAGCGGCCACCGAAAGCAAGTATTCATACGAGAATTGATTGCGTGAGACTCCAGTGAATTATCTTTTGTAGGCATTGAAGTGATGCGTACGCAAGAAGCACTCtcagtaatatattttattaatgaaaaacaTTTGCATCTCATTTCACCAGATCATGGCTTATTAGCTGTATGGCTCTCCCCCGAATGAAAATGCATATTCATTATTACCTCCTCATTAATATTGATAAAGGCACACAGTAcatttcactttcatgttcagCAATGATAGTAAGTGCACAATAGAAGGAAAATGACTTAGATATGGCAATACACTTTGAATATTACATCTGCAATACACCGGcagaaatatatttacattacagtATCTGTGTTGGGATTGGACACAGTGTCAGATATTGATTTGTATTTCCCCCCCCCTGCGCGCTGAATTTTATTAATGGCAAATCAATGGAAAGAGGTTACAGCATCGCACACAGTACAACTCAATTTAAAGAGCAAACACAATCCGGATCACATAGCAAACACCAAAATATTGGATCTCAAAGTGTTTCTTTGAGCATTTTCAGTCTTTGGatgaaagaaaaattaaataaaacaattgattTCCTCCGCAAAATTGTTAACATCATTAAATATGAGTGTGCACTTGGCTCCGAGTAGAACTAAGCACAGTTTAAGCAAATTATTTCCAAAGACTTAATCTATGCCTTTAAGCCCAGCTGCCATTTTTTCCTCCCCATTTCAAATTAAAACATATTGCATTGAAACAAATCTAGTTAAAAGCGTATTAcgatcacaaaaaaaataaagcccTGGCTAAATCCGTTCCGTTTTCTGACAAACTTATTATTGTTGCCTCTCAATGCAGAAGGATAGACCGAGAACAATTTGCACAGATTCAGCACTGTTGTCCTCGGCAGCACGCCGTAGGAGTTTAGGCTTGCATGGCACCTGGATAAGGGGGCTTTTTGTCATGCTTGTGTAAGAACGTGATACATAACTCTTTTATCGGCAGCGCCTGCCTGCTAAGCTTATCCCGGCTTTAAGGCTGCTGCACAAGTTGTTCTAATGAGGCTCCCCGGGCCGGAAGGATCCGTCGGACGAAGACGTGCCCAGCatcccaaatacacacacacacatgcgatCACATTCAGACAAGGGTAGGGGTCCTGTCTTAACCCTGGCCTCCTACTTATACGTCACACTGAGTAGATGTGGGCCGATGCTTCAGCTCTGCAATGGTATTCTCCTTTCCTTAATGGGGGGGCTGTATGTTATTTTGCTCGCTCTTTCTCTGTGTGCGTCTTACTCCTCTGAAGTGTCATTAACCTTGAGGCGCGATGCACAGTATGCATACCGAATTCATCCTTCCCTGAGACAGAGAGGCTCGTAAACCTGATTACGATAAACAAACAAGCTTCTCGATACACACATCTGCGCTGGTTATGTTCCCCTCGTGCAAAGACACGCTCTATTGCAAAGAACTCACCTATAGTGAGCTGCCTACGAAGGAAGCACTTTAAAGGATCAAAAGGCGTGAAGGCTGTTCCAGAAGGTAGGCAATTTAATTATGCTGCCTTCTAAGATGGCTCATTTTTGGCCAAAATGTAAAGTAGCACCAAGTGCATTTTTTATGCCAGTCCTAGAGAAGAGATCGGAGGTGGCAAATCCCTGAAAACACTGCAAAGACATTTAGAATTACATCTGTGTGTGCATATGAGCAGGGATAGGTATCTAAATAGTAAGTGTATTAAAGCTTTACAAATCCTTATACGTTGCAACTCAAACTGCAAAGTTTTTCACATATGTTAGcacctttttttaattaaaaaacataataCAATGTAGAAGATCACAGACTTTTTTGTTCATTATAAACAATTCATTTACAAATAAGTTGACCTGTTATGCCAAATGATAGaagtttattgtttatgttttaattttactaaagttttaataaaatattgataaaatatgataaaaaaatgcACCAACACAGTTTTTTATGCttacagtacagttgaagtcagaattattaaaccccctgaatttttagctcTCCTGTTATTTTTTcccgaatttctgtttaacagagagcagattttttcaacacatttctaaacattatagctttaataactcatctctaataactgtgtAATGGCAATCTATTTCTTCCAGTTCTCCACCATTTCCATAGGGACTCGGCACAAAGGATTTGACGCGTGAAACCACAAACTTGCAATGCACCAGTTTACTTTTTGTTTGTCAGGaacaacaaaaatcaaaaaacaaacgGAAGAACTTTTTACACTTTACTAAGCTTCTATATAAATATGGTTTCGAAGAACGGTCAAAAGACTGTCTACCATCAAGCCCCTTCCTTCTTTCTAAACTTTTTTCCCTGTTGCTTACGCATACGTATGATGTATGGCATTATTAAACTTTTGAAACGtcatttacataatataatatcacaaaatatacatattaaatgCTGTATTAAATAGCAATAACTATATATctcaatacaaataatattatattatataaaacattaCAAATCACTCAGTGCTCTTTACGGCTCTAacaaactgatttatttgatctttgccatgatgacagtaaataatatttgactagatatttttcaagacacttctatacagtttaaagtgatatttaaaggcttaactaggttaattaggttaactaggcagattagggtaattaggaaagttattgtatttcaatggtttgttctgtagattggcttaaatatatagcttaaacgggctaataatattgacattagaacgctttaaaaaaatgctttttttctagctgaaataaaacaaacaagactttctcctgaagaaaaaaaatattatcagacatactgtgaaaatttccttgctctggtaaacataatttgagaaatatttaaacaggaaaaaaaaataaaaaatccgaaggggggctaataattttgattttgaCTGTATGGGATCATTAATTTAGCACCATGTAAATATTTGAAATCAGTTGcaagtttaatttaaattgttaGTTTCACATCAGTCAACTATGACAGTCAGAGTGTTTGGCTACTCTAGAGCTTATGCAAGCCTTGTATTATGTTCTTGTATTACGCTTTTGTTCGAATTCCAGCAAACAATGCATGCATTGAGAAACATATACATTATTGatgtgagaaaataaatgaaattacttACAATTAGACTTaacacggaatctgcgcatgcagaaatctgcagatttttagcccttcattgagtctatgtatttacttgtgtaaatgtgtgtaaatttatatttattcagttattatcagtaaattaatttcactaatattattgtgatatgataatagtaatattaaaatgtttatatgatttatttacaatacagattgtagtcttttttctgtcttttaatagatgtattatatgacagacttgctttgtttcccaaataagtgaatctaattggatttgcatcgtaaacactgaataaaagttaaaaatgtattatcttttatttaataaactaagtttttagttatgatactcttaaAATCATTTCGCATaaatgcacaattttttttttttcaaaatttttagcAGAAATAGCTAAAATTTTTCACAGATTCAGTCTGGCCCTATTTACAATGCATACATGCAAATGAAAACATTATTAGTgaccaattaaaattaaatactttattattgTGCCGCTGCCCTAAACCAAAAAAATAGTTTGTGGGTCAAATTGACCAGTGAACTTTAACAACCTCGTAACAATTGGTACAATGATTTCCCAACAAATCAGAATGCCAATGATGAAGCCTGGTAGCTTATTTCCACCAACTCAAAAATCTAAACCAGTCTGGAAAATAATAGAAGGGTTAACAGATTGTATTGCTCTCAGTCACCAACACCTACATATTATTGGTTGTTAGCGTCAGTTTCTACTCGACTGCTAGGATAAACATCTCAGGCGGTAGCTGCCAATCAGGGCTGTACACAGCGAGGCATCTTGATTCAGGAACAGACATAAGCACATCCAGTTCAAATCAACAAAAGTGCCATTAGCTCAGCTGAAGAGAGGGAAGCCGCCTGATGAAGAGCGCAGAAAGGGCCACGCATCTCGCATAGTAAACGTGGACCGATGAGAACGGCGTCCTCTTCGTATTCAGTCATAGCTGTTAGGTTATATCTGTATTATTTAGAACGCAGGAACAGCGAGTACCACCTAGTTTTGCGTTCTCTTCACACCCCTCCTGACAGCACGCCAGTGCGATTCACTCAAATGAATAATGTAACTTTGTGCCTGGAACAAAGTGAGGAGCTTACAGCGGCGTAGCGCCTGCCACGGCTGCTGATTCGGGCAGAGGAAGATAATGCAAAAGACAGCGAGCGCGGGAGCAAGGAAGAACGCTAAGCTGCTTCATCAAATCTCCCAAATGAGACGAAACACACAAAAGCTGCTGAAAGGGTGTGCGAGTCAATCTACACAAAAGAAAAACATCAGGCTCGCGGCTCCGTCTGTATGCACAAGCCAGTGGAGGAGACAAAAAGTCCCCCCCATTTCCAGCCCAACTAGACAAAATGGCTCTTTATCGAAACCAAACGATATAAATGGAATCATTATGCGCAGTGGTTGCACACACACGCTAATGAAAAAGACAACAAACAGATCAATAGGGCGTACCTCATTGCGCAAAGAGCAAGAGGCATTGTGGGAACGAGAAGACGGATTATAACACAGATATTTTCCCATTGTCTGTGCTTCGAGCCGTCGAGAGAAAGGCACATTAATGAAGACAAATGAACGATTGTTTGTCTCCCGCAACCTCGAATTAAACGGGTCTGGGGAAGCTCGGCAGCCGTCTCACATTCCGCGGATGAAGTGAAAGGGCTATTCTCGCCGCAATCAGTGTTCATCTGAGCTCCCTCCACCCGCCTGATGGGCCGGCCAAAGATAGACAGGATTTCAGGGGGAGGAGGTGTAATTGATTAACTCATGGAAAGCTGATTAAGATTAACTATCAGTGTGAAACCCAGAAAGCTTTTCTAGCTGGGCGAAAACTTCATGCTGAACTTCATTCCTGCCCAATGACATTCTGCCAATCCTGCAGCGGCTTGGAGAAATAGGGgcggatttttctttttttattaggcgcatttatttgatcaaaaaaccACAGTAAAAACAGTACTATCGTTAATTTACACTTTAATAGTTAAGGTTGATGGTTCTTTAAACCTTTTTTTGTCAGGAATAAGAACTTTTTTTTAGGTATCTAGAGATTTTTTTTGTAACATAAAGAAACTTTTGTGCAatggaaatgttttattaatgttaaagGTCCTTCATGAAAACATAAATGGCAAAAATAATCTGTTTTTAAGTGTACAATAACTTGCagtctatttaatatacaatatttGATTCTGGACCACAAAACTATCCATAAGTGTCAATTTTTGGAAATCAAGATTTATACATCatgaataaatctgaaaaaaaaaaaaagctttccatTGGTGTAGGGTTTTTAGGATAGTATTTGGCTGAGATGCTTCTTTCTCTTGATgtgaaaaatacatatttttttaaaatatgacagaaaaagtatttttaattttagtacaAATTGTTATTCAGtgcataatataattatatttgtttatattttgattCATATGAAAATAAATCTATTCTGTTTTACTGCACACAGTGACACACACTGTTGgttaaagttacttttgaaagtaatacaTTACAATGAGTTGCTCCCTAAAAATGTAACTagttagttactttttatagtaagtaatgcattatgttacttttgagttacttttgcgatCTCTTTTTATTATGTGTCTAaagcttgatctctttcagaactttaaaaagtatatatatattttaatagagaagctctgcaattaacaacccACTGTATAAACTACACCttaattatcttttaaaaaacacataaaaaaataataggatattgttatctgagaacttcctgaccccagaactctacatgccatatatacagattattAAAAGTTGAAAGCATCGTGTTTGCTACTTTAATAtttgtaaaatcactgtccaaTGAGTCAATCcctttttccttttcttcgatGCGAACACATTCTCTCAATGACTAtgtgattcattgtgactaatattaattcagcaatttatttctaaaagctaattaaactaaaaagtaacccacattacatttttaaaaaagttaaactttttaaCAAACTTAAACTTACACATTATtacttattagttattattactaATGCGTTACTGTACTCgttactaaaaaaataatattattattgcgttacttgtaatgcatgaCCCCTAACACTGGTGACACATACATTTGCAAGTGAATAAAATACactgataactttttttttaatctcacaaGTAGTGTCGCTTCTCAACATTCATTATATTTAAATGATCTTTAGATATTTTAAAAGGTAGAGACTAAGATAAGTAGGTTTGCAGTTAAAAATCATAATGTAAGCCATATATACATTTCAGAATACAATTCTTAAGTCATAATTGAGGTTTGAGTAAGGAACATTGACTTCAAATCTCAGTTGCActtgtttaattaaaaagtgGTGCCTTTGGATACAGCCTTTCTAAGATGTTAATTAAAAACATGCCAATTTAATTTGGAGGggaacatctttaaataaatcattatctgtataatgataatattataatttttggaTGTTTGCTAGTAAAAAATCATTAACCATCACCCAATTTGATTGCATGGGAAACAAGAAGTTTGAAAAAAATCTCCATTTGTGCTCTACAGAgtaatttttattcaattttcatGACAAAATTCTCACTTTGCATGTCTATTCCTTTAATCTCTACCAACATCGTGCttgttctttcttctttttttctacaAAAACGTCGAGGTCGTAATTAAATTTCGCCCGCTGACAGGAGTTAATAAAAAGCCAGTTCAAAACCGGACGAAATCTGCAGGAGCAAACCTTTCTCACGACATGCGATTTAAGAGAGATGCTATCAGAGGCGGTGAGAGACACGCGGCCAATTAGCATGACTGCAGATAATAATTTGAGGTCATTTGGATCTCTTGCTCATTAAACCAGGTCCACCCACAGACAGAGCAGATCCGTGGCAGCGATAAACAGACACTCACCTCCGCGAAATCGATTCGGCCTGCACTCGTTCGAGATGTTCGCCTAATAGATGTGAAATTCGACTCACCGGCTTTTTAAGCATGACTCCGGGGGTCAAAAGAAATTTCTAAAAGAAAGTAAAACGCAATCAGAATTAAAGCCATTTCTGACATAAATACAGCCTCCGAGTTCTTAACTAGTGAATACAGGAAAAAAGCTGATTAAAGATTCCCCCCCGTAATAAAAacaaagctaagctaaaattgttttCATAAGCCTTTGCTTTAAGGCGATTAGCCAAAGTTTTAGTctccgactttttttttttttccgcctTTTGTTTCGGTGACATCAGATTTAGGGCATCCGTCATCCTGGACTGCTTCCTGTTGAGAAAGATTAATTGCGTCGCCCCATCCGCGCGTGCATGAACTGCATAATCACCTCCGCTAATGAGGCCTGCCATTTACCACCACAATTACTGCTATTTTCAAACCCATTCAAACCTCACACCCAAAGGCCAAAGTTTTGGTCAGACCAGTTGCCATGGtgagttttttttaattccacTTTAATTGAATATATTAATGCAGATCTGATGGTTATTCACACAGGCTTGGGGGTACACGCGCATAAATGTACTAAAAATAGTGACAATTATGGATCTGCGCTCGGCAGAGGGGGACGGCCAGAGAAAATGGCTCCTGCTGAAGTTATGGGCCGACATTTGTGTTGCACGGCCAAGTAAATCATAGTAAATTACTCCTATTCGAAGGCATTAATCTTTGAGAGGAAAAAGAGCGCCGGAAATGTATCTGGAAATAAACTTCCTATTTATCACCCTACAGCAAAGCTTGTGCCTTGAGGGAGGACAGTCCATGTGAACAACCTGAAACAACCTGAGACGGCCAaatcgttttttgttttttttcttattggaaAACGTTTCACGGCCACAACTATCACGGCTGTGCCAGCCAGTTCTGGTGTGGTATGATTGGTGAGGTCCAATTCACAGCGTGAATAAGCCTCTCTCTGGCTGATTACATGCTTTGATGTAGTGTCGTGAACACTTTCCAGGCTCACTTCTCCCTAGGACACACAAACGACACCCAGACGTTTCATTCAAATTCATGACGCGTCTCCTCCAAGTTCCGCACAATAATTGAGGGGAAGTCAGGTGAAACTTGCCCGGGGCCAGATTTGAAATGTTATTGAGAAATGACAGATGGTAGCCATCCTTTACCGAGGCGGCATTTGCGAATGGACCGCTTGGATCTCTCCGGGGGTCCTTAATTACCTTGAAGGCAGTAAATAGGCAAACTGGTAAAGATAAAGGCACCATATCTAGGTGCTCTAGACCCCTGTTTGCCCAAATAATCAATTTTCCACAGTAAACTATAATTAGAGTTAGTCATTGCTTCTAAAGCCGCtataataaacacaaaattgcGTTCAACAAAAATATATCCATTACATTACTGCACATCTAAAGACTTTTTCCTGAATATTGGAATGAGCAGACTAAAAGTGTCTCGCTGCTTCCAGACGTATTTGCATTGAATAAGTAAATATTGTTAAATGGTAATCAAGAGTCAACATTGAGCACATGTTGAGGAGGATGCTTGCAATAGAATATGCATTCATTTGAGTCTTAATCATGAAGCTTTGATATCTAAAATTATTTAGCAGCACCAAAATGAACTCATCCACTTATTCGGATGCATTTGttttcacttgaaaaaaaaatgcataagatAACAATATTTGATTATGTTCAATTCAAGAATTAAATTGTATAAACAATCAGCTGACTTTGACTGAACAAACACTGCTTTTTTGAGTGATCTTTAGTTGATGTATGATCTCATATTAACTATATTGAtcatttttatatacttttatctATATTTTTGAGCAcagctttatattaagtggccttaactactttgtacttgcattaaaatataaatacgaTGTACTTAcggtgttcataatgtattgcagaacacttccgGTGCTCTTGAGGAGGGTACATGTTGGATTAGGGACAGGTTTTgcggtatgggtaggtttaaggttgGGTTAAGGTTTAAGGGATGCTCAACAGAtatttaattaagcataagtacaatgtaaaaacatgtatttacacaataactacattgtaacaaattagtaatttcagtgtaagtacatattagctaaggccacttaatatatagttttttttttttaataaatgccacTTGATATATGTTTTCTAATGGCATTCAGACACTTTAAAAGGGTTGAAATATGTTTTGGGACTGCTAAATGtgaaagtacatttttaaagtgcacCAGTACTTCCCTGCACCTCGGATTGAAAGTGTAACAAAAACAAACCGATCGTCTTATAGGTAAGTACATTAAAATCATGAACAGGGTCCTGATATGGCCTCTATTGCTCAGCCCTGAGATCTGAGCCAATACTGAGGTCACGTCTTGCATCTTTTCCCCTTTGTAAGCTACTAAAACCGTGCGATTCTTCCCAGTCCAGGCATCGTCTCAAACCTCAGTCTCATAGTCCTGCTGTGGTCGTTCCTCTTcctcctttttcttctttttccttccACAGAGGCCATGAAGGCCACAGAAGCAGGCAAAGGTGAACTGAGGCATAGTCTAGCTATCTCTGGATCTCCACCGATTTATGAAACCTGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008656 True 10243 lncRNA 0.37 2 38149888 38164754

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003636 NA coding upstream 149276 37995066 ~ 38000612 (+)
XLOC_003635 si:ch211-112f3.4 coding upstream 226001 37905630 ~ 37923887 (+)
XLOC_003634 NA coding upstream 301177 37841257 ~ 37848711 (+)
XLOC_003633 sox13 coding upstream 318112 37768298 ~ 37831776 (+)
XLOC_003632 snrpe coding upstream 423687 37720552 ~ 37726201 (+)
XLOC_003638 CDK18 coding downstream 115700 38280454 ~ 38420819 (+)
XLOC_003639 mfsd4aa coding downstream 264565 38429319 ~ 38458406 (+)
XLOC_003640 AL929286.1 coding downstream 423697 38588451 ~ 38588566 (+)
XLOC_003641 NA coding downstream 438980 38603734 ~ 38876352 (+)
XLOC_003642 FO744851.1 coding downstream 638857 38803611 ~ 38803738 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 22026806 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 25437892 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 25455625 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 25464289 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 25469860 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003628 CR936337.1 non-coding upstream 785328 37364446 ~ 37364560 (+)
XLOC_003626 CABZ01065569.1 non-coding upstream 935665 37214108 ~ 37214223 (+)
XLOC_003623 NA non-coding upstream 979450 37136800 ~ 37170438 (+)
XLOC_003643 NA non-coding downstream 723128 38887882 ~ 38907795 (+)
XLOC_003644 NA non-coding downstream 734947 38899701 ~ 39014692 (+)

Expression


Co-expression Network