G1699731


Basic Information

Item Value
gene id G1699731
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 1355413 ~ 1357029 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1945006
CCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGCCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGCCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGTACCTTATCCCGGTCCAGTGAAGAGGTCTCTCTTGCACCGTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCCTGCCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCGTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCCTGCCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCGTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGCCCAGTGAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGATCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCACCTTATCCTGGTCCAGTCAAGAGGTCTCTCCTGCAGGGATTAGAGACGAGCGTAGACCACCTCTAAACAACGACCTCCTCGTGTACGGTAAGACCAGCCAGTCCAGTTCTCCCGAGAGCATTTTGTTTCACACAATTCTTCCTCGTTGCACTTTGTTACTCAGAATGAAGTCTGTCCATATCAATGATTGCCAC
>TU1945007
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>TU1945008
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>TU1945009
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Function

NR:

description
collagen alpha-1(I) chain-like

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1945006 False 742 lncRNA 0.54 2 1355413 1357029
TU1945007 False 532 lncRNA 0.53 2 1355413 1357029
TU1945008 False 462 lncRNA 0.53 2 1355413 1357029
TU1945009 True 602 lncRNA 0.53 2 1355413 1357029

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110518351 LOC103459268 coding upstream 49510 1156714 ~ 1305903 (+)
LOC118942824 LOC106609805 coding upstream 355849 853031 ~ 999564 (+)
LOC118936449 LOC106575063 coding upstream 645413 647909 ~ 710000 (+)
LOC101268929 LOC101268929 coding upstream 789091 479755 ~ 566322 (+)
LOC118942821 wnt5b coding upstream 890839 225129 ~ 464574 (+)
LOC110499702 tcpb coding downstream 119851 1476880 ~ 1487165 (+)
LOC118943024 NA coding downstream 126998 1484027 ~ 1484168 (+)
LOC110499710 LOC106596118 coding downstream 132664 1489693 ~ 1500056 (+)
LOC110517600 rab3ip coding downstream 160333 1517362 ~ 1600082 (+)
LOC110500915 LOC106576535 coding downstream 250385 1607414 ~ 1669220 (+)
G1699730 LOC106592131 non-coding upstream 616 1352939 ~ 1354797 (+)
G1699721 NA non-coding upstream 31595 1321969 ~ 1323818 (+)
G1699720 NA non-coding upstream 33511 1321354 ~ 1321902 (+)
G1699552 NA non-coding upstream 43673 1311040 ~ 1311740 (+)
G1699553 NA non-coding upstream 46263 1308829 ~ 1309150 (+)
G1699732 NA non-coding downstream 3391 1360420 ~ 1361038 (+)
G1699736 NA non-coding downstream 7949 1364978 ~ 1365621 (+)
G1699744 NA non-coding downstream 28157 1385186 ~ 1386191 (+)
G1699761 NA non-coding downstream 70139 1427168 ~ 1428192 (+)
G1699768 NA non-coding downstream 85165 1442194 ~ 1500372 (+)
G1699724 LOC106592130 other upstream 12275 1342499 ~ 1343138 (+)
G1699655 NA other upstream 255192 1094149 ~ 1100221 (+)
G1699629 NA other upstream 269387 1082691 ~ 1086026 (+)
LOC118942820 LOC108442871 other upstream 1214164 60262 ~ 194218 (+)
G1699804 NA other downstream 180927 1537956 ~ 1538880 (+)
LOC110499743 cnot2 other downstream 401440 1688942 ~ 1769720 (+)
G1699934 NA other downstream 510665 1867694 ~ 1869554 (+)
LOC110519348 tbc1d15 other downstream 1282311 2588642 ~ 2667278 (+)

Expression


Co-expression Network