G1699992


Basic Information

Item Value
gene id G1699992
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 1985910 ~ 1989639 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1945366
TGATCGTTCGAAACAGTTTCTCTTTATTGGCAGTAGGGACTATAAAGTCAACGTCTTACAGTAGGTACAGTATCAGCAGTTTCATTAGGTACAGTATCAGCAGTTTCATTAGGTACAGTATCATTTTCTGTTTAGGTACAGGGCAGTTTAGTGGCATCTTCAAGCCGCTAACTGTCTAGTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCCCAACGTAGTACAACTCTGCACAACACAGGGTAGTAGAGTAACATCCAGGAATATtccatgtacagtacagtaatatagtctAAAGTTCATAGCATGGCTTCAGTACTAAACCCTCAGTAAACCACCAAAACAATTACTCAACACACTGTTTTAGTTTTAGCTAAGTTTTAGATTTTAGTTTTGGTCTGTTGTTTTTTTGAATAAGCACTACAACAGTTGGAATACAGATTAATGGCAACATATTTCCTCCGCACCAGCAAGTATTCAGTGAACAGATGTCCAGTCGTACAGTAGAAGATAAAACCCCCTTTTCCCCTCAGTAGTAGGAACAACACAAACAGCTGTTTAAGGCCTGCACCTCTCCTTGTGCTGCCCTCCAAACATGTACATTTCATTATTAAAACATACATACAATATGTACAGCTTATATCAGATTTTTAAATAGTTACTACTGTGGTTATTATGGCGGACAAGGAGAGAACTAATCACAACATTCAAGTCCATTAGTAGTACATCCTCCCCACCCTCTTCTCTAGATAGTTCACTACTTGtgatcagagctctatgggcctggtcaaatgtagtgcactttaaaggctctagggtcccatttggaacacaacctttgtcctcctggCTAATATGGCCATTAAGCCCACATAGTGGATAGATACAACTCTACTAACAGTAAACAATGTGCACGGACGGTTAACGTTTTATGTATTCAAAAACCTTTCTTCTTTTTTAAtcacaaataataatacaaaaatcatCCATAAGTACGTACaaaaagtgaaatgtttctcaaTTCATTGTCACACAACAAACAACCATCTGTATCCTCCTTGGTCGAACACTTGCACATTTTCAGCAGCAAGATAGATTCCTACGTGGTCCTTATAGATATGCCTGAACACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTGTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTATTGGTCCTTATAGATATGCCTGTTCACATGATATTTAATGGCCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGCCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATATATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGACCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGAACACAATATGTTTAATGGTCCTTATAGATGTAGTGTATATAAATTCCTCCATCATGCATATTCATGACTTGCACCTCTATCACTCGGTCGTGTCATGCCATTGTTATGAACGTCGTCAAGCCGCCCTCTACCGGAGGCATTCTGGACGGAGGCTAACTACTGTTTCGTCAAAATTACACTACAGTGCCTGGAAATACGATGACATTGTAAAAGTAGTCGAATATTTAGTAGGAAACAACTTAATGTCAGCATTATCATGCCTTCAAATTTACTTTAGACATGTCTAATGTTGTCATTAGCTTGTAAAGTTCGtcaaaaatagctagcaatgctaacgttagctagctaaaatccgtTGGCCTCCCctcaattttagctagctagtaaaaGTCAATCTGGAGACATTCAAAGTTTTTCTACAAATGATTTGCCTCATTTTGAATTTCATTGTATTTCCAATCCACTGTAACGCGCTTTTTGATGAAATCTTCATCAGCGCTCATTGACGACGCATTTAGCAAAATGCTCAGTCCAACATGAACGTTTAAAACAATATTGTGACCAAACTTGCAACCTATGAATATAATGTACACGAAGAGAAGCATAATGTAGATTATAGACCGTCCGGCTATTGATCACTAAAACCCGAGCCCGGAGCACAGATATTACTCTGTTTCCCTGCTGTTTCAGTGAAATAGTGATATATTCAGTTTGAGGTTCCAGGCTACTAAACTATTATAAATCATGATCTGTTTGGGCAAGCAGCT
>TU1945368
TGATCGTTCGAAACAGTTTCTCTTTATTGGCAGTAGGGACTATAAAGTCAACGTCTTACAGTAGGTACAGTATCAGCAGTTTCATTAGGTACAGTATCAGCAGTTTCATTAGGTACAGTATCATTTTCTGTTTAGGTACAGGGCAGTTTAGTGGCATCTTCAAGCCGCTAACTGTCTAGTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTATTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTATTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAAGGTAGTATTCTCAAGGTAGTACAATGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCTCAAGGTAGTACAACTCTCAACGTAGTACTCCCAACGTAGTACAACTCTGCACAACACAGGGTAGTAGAGTAACATCCAGGAATATtccatgtacagtacagtaatatagtctAAAGTTCATAGCATGGCTTCAGTACTAAACCCTCAGTAAACCACCAAAACAATTACTCAACACACTGTTTTAGTTTTAGCTAAGTTTTAGATTTTAGTTTTGGTCTGTTGTTTTTTTGAATAAGCACTACAACAGTTGGAATACAGATTAATGGCAACATATTTCCTCCGCACCAGCAAGTATTCAGTGAACAGATGTCCAGTCGTACAGTAGAAGATAAAACCCCCTTTTCCCCTCAGTAGTAGGAACAACACAAACAGCTGTTTAAGGCCTGCACCTCTCCTTGTGCTGCCCTCCAAACATGTACATTTCATTATTAAAACATACATACAATATGTACAGCTTATATCAGATTTTTAAATAGTTACTACTGTGGTTATTATGGCGGACAAGGAGAGAACTAATCACAACATTCAAGTCCATTAGTAGTACATCCTCCCCACCCTCTTCTCTAGATAGTTCACTACTTGtgatcagagctctatgggcctggtcaaatgtagtgcactttaaaggctctagggtcccatttggaacacaacctttgtcctcctggCTAATATGGCCATTAAGCCCACATAGTGGATAGATACAACTCTACTAACAGTAAACAATGTGCACGGACGGTTAACGTTTTATGTATTCAAAAACCTTTCTTCTTTTTTAAtcacaaataataatacaaaaatcatCCATAAGTACGTACaaaaagtgaaatgtttctcaaTTCATTGTCACACAACAAACAACCATCTGTATCCTCCTTGGTCGAACACTTGCACATTTTCAGCAGCAAGATAGATTCCTACGTGGTCCTTATAGATATGCCTGAACACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTGTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTATTGGTCCTTATAGATATGCCTGTTCACATGATATTTAATGGCCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGCCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATATATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGACCACATTATGGTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATATTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGTCCACATTATGTTTAATGGTCCTTATAGATATGCCTGAACACAATATGTTTAATGGTCCTTATAGATGTAGTGTATATAAATTCCTCCATCATGCATATTCATGACTTGCACCTCTATCACTCGGTCGTGTCATGCCATTGTTATGAACGTCGTCAAGCCGCCCTCTACCGGAGGCATTCTGGACGGAGGCTAACTACTGTTTCGTCAAAATTACACTACAGTGCCTGGAAATACGATGACATTGTAAAAGTAGTCGAATATTTAGTAGGAAACAACTTAATGTCAGCATTATCATGCCTTCAAATTTACTTTAGACATGTCTAATGTTGTCATTAGCTTGTAAAGTTCGtcaaaaatagctagcaatgctaacgttagctagctaaaatccgtTGGCCTCCCctcaattttagctagctagtaaaaGTCAATCTGGAGACATTCAAAGTTTTTCTACAAATGATTTGCCTCATTTTGAATTTCATTGTATTTCCAATCCACTGTAACGCGCTTTTTGATGAAATCTTCATCAGCGCTCATTGACGACGCATTTAGCAAAATGCTCAGTCCAACATGAACGTTTAAAACAATATTGTGACCAAACTTGCAACCTATGAATATAATGTACACGAAGAGAAGCATAATGTAGATTATAGACCGTCCGGCTATTGATCACTAAAACCCGAGCCCGGAGCACAGATATTACTCTGTTTCCCTGCTGTTTCAGTGAAATAGTGATATATTCAGTTTGAGGTTCCAGGCTACTAAACTATTATAAATCATGATCTGTTTGGGCAAGCAGCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1945366 False 3441 lncRNA 0.37 3 1985910 1989639
TU1945368 True 3589 lncRNA 0.37 3 1985910 1989639

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110536528 kcnmb4 coding upstream 130439 1781883 ~ 1855471 (+)
LOC110499743 cnot2 coding upstream 216256 1688942 ~ 1769720 (+)
LOC118942986 NA coding upstream 312617 1671059 ~ 1673293 (+)
LOC110500915 LOC106576535 coding upstream 316690 1607414 ~ 1669220 (+)
LOC110517600 rab3ip coding upstream 385828 1517362 ~ 1600082 (+)
LOC110499712 LOC106576627 coding downstream 104127 2093766 ~ 2102425 (+)
LOC118942829 LOC105023115 coding downstream 269077 2258716 ~ 2443078 (+)
LOC110490688 NA coding downstream 455967 2445606 ~ 2447635 (+)
LOC110499733 LOC106609838 coding downstream 519388 2509027 ~ 2531457 (+)
trnak-cuu-138 NA coding downstream 531613 2521252 ~ 2521324 (+)
G1699963 NA non-coding upstream 67531 1917062 ~ 1918379 (+)
G1699948 NA non-coding upstream 89904 1895065 ~ 1896006 (+)
G1699944 NA non-coding upstream 101587 1883920 ~ 1884323 (+)
G1699937 NA non-coding upstream 111250 1874055 ~ 1874660 (+)
G1699933 NA non-coding upstream 118839 1864020 ~ 1867071 (+)
G1699993 ptprr non-coding downstream 2460 1992099 ~ 1997188 (+)
G1700008 NA non-coding downstream 34719 2024358 ~ 2035346 (+)
G1700019 NA non-coding downstream 53912 2043551 ~ 2044218 (+)
G1700072 NA non-coding downstream 154345 2143984 ~ 2148189 (+)
G1700083 NA non-coding downstream 200531 2190170 ~ 2190861 (+)
G1699934 NA other upstream 116356 1867694 ~ 1869554 (+)
G1699804 NA other upstream 447030 1537956 ~ 1538880 (+)
G1699724 LOC106592130 other upstream 642772 1342499 ~ 1343138 (+)
LOC110519348 tbc1d15 other downstream 649701 2588642 ~ 2667278 (+)
G1701265 NA other downstream 855065 2844704 ~ 2849603 (+)
G1701596 NA other downstream 1784400 3774039 ~ 3776261 (+)
G1701654 NA other downstream 1943148 3932787 ~ 3936037 (+)
LOC110516816 LOC107655592 other downstream 2394417 4384016 ~ 4441236 (+)

Expression


Co-expression Network