G1705216


Basic Information

Item Value
gene id G1705216
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 8803063 ~ 8807946 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1952572
CGTGTTTGTATTTTTCTTTAATGCATTTCTAAACAGTTTTACATATTAGAGGTTGTTTTGGGCTATTTAAAGAGTGTGGTGGGTGGAGGAGTTGACCGACTGATCTGTGGATATAGCAGCCTATAGCCTAATGTCGTCTGTCTGACAGGTAGAACTACCACCTCCTTCTTCAATAGGAAGgaataggctccaacacaaagccctcttgttgttagtgAGGTCTAATTAAAATGAAGACTGTTTACATGAATCTCTGATTTGCCTCCattcagcaccatgagctgtccatttctGATTGATTGCGTTGCTGTTTCAGATTTCAACACCACAATGTAAGTGACTAGAATTCGGTTTATTGTcaggtcaataactctgataaatacaTACATGGGCAAGAAACATATTGTGTTTTAATAATAATCTATTATAGTAGTAGCCagctatcaaagttgacctccggtcctccttctcttcttctaacGTTGCTCTGTGCTTCTCCCAGCATGCACTTCGTAGCCTAtaggatcatttgattgagaccacactgaATAGCctATAGGCGCAATTGATATTGTGCTCCCAGCAAAGAATGAGAGATGAGGGGCGACATCAGCACACAcatctatacagtatatatatatacatacatatacaacCTAATAAGCaactaaaaacaacaacaaaaacagacaTATTGACATTTCAATCACATGACCCTCCTCTGGACTaggtttgaaaatatatatataatcctcCCATTGGCTGAAATTGAAAAAGACCCGGCCCCATTGTCCTCCAGGTAACATTCTGAACATGTTGATCCTTTCCTTAGTTGTACCTTTTCTCTGTTTTACCATGGAGGACAGCAGGAGGCGGCCTATACAGTaacattcaggaagtattcagacccctggactttttacacattttgttacgtttcagccttattctaaaatggattacattgtttttttcccctcatcccccttcatcaatttacacacactagcccaaaattacaaagcaaaaacaggtcctTAAGATATTTTTtgcaaaatgtattaaaaataaaaactgaaataatcacctttacatcagtattcagaccctttactcaggactttgttgaagcacctttggcagcgattacagcctctagtcttcttggttatgacgctacaagcttggcacacctgtatttggggagtttctcccattcttctctgcagatcctctcaagctctgtcaggttggatggggagcgtcgctacacagatattttcaggtctctccagagatgtttgatcgggttcaagtccgggctctggatgggccactcatTCAGAaaattgtcccgaagccactcctgcgttgtcttggctgtgtgcttagggtcgttgtcctgttggaaggtgaaccttcgcccctgtctgaggtcctAAACGCTCTggcgcaggttttcatcaagggtctctctgtactttgctccaatcATCTTTCTCTCCTGACTATTCTCTCAGaatgtcgctgaaaaacatccccacagcatgatgctgccgccaccatgcttcaccgtagggatggtgccaccaccaccatgcttcaccgtagggatggtgtcaggtttcctccagacgtaacacttggcattcaggtcaaagagttcaatcttggtttcatcagaccaaagaatcttgtttctcgtggtcagagtccttttggtgcattttggcaaactccaagcaggctgccgtgccttttactgaggagtggcttccgtctggccactcataccataaaggcctgattggtggagtgctgcagagatggttgtccttctggaaggttctcctatctccacagaggaactctggagcgatcatcgggttcttggtcaactccctaaccacggcccttctcccccaattgctcagtttggccgggcggccagctctaggaagagtcttggtggctccaaacttcttccatttaagaatgatggaggccactgtgttcttggggaccttcaatgttgcagacatgttttggtacccttccccagatctgtgcctccacacaatcctgtcttggagctctatggacagttcctttgacctcatggcttggtttttgctctgacatccactgtcaactgtgggaccgtatatagacaggtgtgtgcctttccaaagacATGTCCAAAACatgtaatttaccacaggtggactccaagttggagaaacatctcaaagatgatcaattgaaacaggatgcacctgagctacatTTCAAGTCTCACACCAAAGCGTCTGAAATTTGAAAAATTAACAAACAAAAACCTTTTGtcacgttgtcattatggggtattgtgtgtagattgtagagaaaaatatataatttaatcaattttagaataaggctgtaatgtaacaaaatgtcagAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATTAATGTCTATTAATGAGTGTCAGACAGAATGAATGTCTATTAATGAGTCCTTATTTAATTTCCTTAGGACAATATAATCATAATTTGTAAACCAAAACAGGTACAGGCTACTATATTTTGGTTGCATTATGGTGAAAGAACATGAGTCGTCTAGGCCTCGATTAGATACCACATGATACAATGTAACATTACTGAAAGACAACATAGGTGGAGCAATGCCTCAGCAGCTCCTGTTCTGGTAAGGACGTGTCCCCATTCTAGCCTTTCACACAAACAAGAGACTTGAACATCTCTACAAAATGGGAAAGATCTTTCTGTTGTCTGTCAGACCTTCTATACGTTCTACAACATCACACTACAAAACCGGGGAAAAAAGGGCTTTCTG
>TU1952577
gcgatcatcgggttcttggtcaactccctaaccacggcccttctcccccaattgctcagtttggccgggcggccagctctaggaagagtcttggtggctccaaacttcttccatttaagaatgatggaggccactgtgttcttggggaccttcaatgttgcagacatgttttggtacccttccccagatctgtgcctccacacaatcctgtcttggagctctatggacagttcctttgacctcatggcttggtttttgctctgacatccactgtcaactgtgggaccgtatatagacaggtgtgtgcctttccaaagacATGTCCAAAACatgtaatttaccacaggtggactccaagttggagaaacatctcaaagatgatcaattgaaacaggatgcacctgagctacatTTCAAGTCTCACACCAAAGCGTCTGAAATTTGAAAAATTAACAAACAAAAACCTTTTGtcacgttgtcattatggggtattgtgtgtagattgtagagaaaaatatataatttaatcaattttagaataaggctgtaatgtaacaaaatgtcagAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTAGCAGAATGAATGTCTATTAATGAGTGTCTATTAATGAGTGTCAAGCAGAATTAATGTCTATTAATGAGTGTCAGACAGAATGAATGTCTATTAATGAGTCCTTATTTAATTTCCTTAGGACAATATAATCATAATTTGTAAACCAAAACAGGTACAGGCTACTATATTTTGGTTGCATTATGGTGAGACCTTCTATACGTTCTACAACATCACACTACAAAACCGGGGAAAAAAGGGCTTTCTGTGATCcaattaaaatatataaataaattcaACATACAGTGCTGTATATCATTATATCATCTCTGCAGATACATGATATCTTTCCTTTTCTGCTATGACAAGATATATATGTCCccaatggtgccctattccctatatagtgcactactttagaccagggctctatttAGGGAacggagtgccatttgggatgttacCATAGTTCTGCTCCTTTCCCAACACAAACTAACCAATGAAAGGTCAAAGAGTAATTCCTTATTTGAAGGTGAATATGTGCTTTGTTTTGTCTGAATGTCTAGGCCAGGTAGGACATGCACAGCCTACACCCTTTCACTTCTTCTGTCCTGGTTTCATCCATGTACCATTAAAACGCTTCCTCAATTCTCACACGTAGAAGCTAAAACACTGAGATTAACTGTTCAATACTACAGGCTGTCTAAAGGTGTCTATAGCTGCAACTAATAACATATTTCACATTACTAACATTAACGAATCCAAGAGTTGCAATAGTGAACCACGCATGATAAATCAGGCCAGTAATGTGGATTACAACTGTCAAATAATACGAGCTATTACTCTGAAGGTCCTCCAGCGTTAGTAATGATATGTGTCTCTGACAGTTCTGTTGCTGTGCGTCTCCTCTAGAGGGGGGAGGGGCTGAAACAGACAGACCGGTGAGACACCTCTTCACTCTCCGTCACAGAGGCCTTATACAGTGGAGCGGTCTGGCATGACAGACCCGAGTACTTACTGCCTAGCTCTGGTCTGGAATCTTTCATTAGACAGACTGAGTACCTACTGCCTAGCTCTGGTCTGGAACCTTTCATCAGACAGACTCGCTCTGGGTCGTATTCACCACGGAAGCAAACGGGATGGAAAAAAGGGGGTAGGTATTATATGAACACCCTGTTTTCTGTTGCACAACATTTGATATAATttccctaatgaatacaacccagggCTGCCACCTCTAACAAACTGACAGTCAGACTAGTTCTGGTCTGGCACTCCCAACACATTAGCTCTGGTTGCTGTTCTTGGAGCTCTTGGTGGAGGAGCTCTGAGGAGGCTTCTGTTCATCTCCTGTCAGTAGGGCCTTTATCTCAGACGGGATCTTCCCCTGGTCCATGGCTGTACACCACTGCT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1952572 False 3127 lncRNA 0.42 3 8803063 8806801
TU1952577 True 2205 lncRNA 0.41 3 8804962 8807946

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118942855 gpr19 coding upstream 11993 8770887 ~ 8791070 (+)
LOC118936349 tbk1 coding upstream 58598 8684919 ~ 8744666 (+)
LOC110512606 lrp6 coding upstream 133665 8569390 ~ 8669398 (+)
LOC118942994 LOC106591951 coding upstream 241582 8538928 ~ 8564807 (+)
LOC118942854 NA coding upstream 270253 8524956 ~ 8532810 (+)
LOC118942857 dusp16 coding downstream 11663 8819609 ~ 8898371 (+)
LOC118942858 LOC106612417 coding downstream 56385 8864331 ~ 8869236 (+)
eps8a LOC106594571 coding downstream 100340 8908286 ~ 9091490 (+)
LOC118942863 NA coding downstream 216428 9024374 ~ 9027016 (+)
LOC118942859 NA coding downstream 274850 9082796 ~ 9084558 (+)
G1705217 NA non-coding upstream 5787 8796928 ~ 8797276 (+)
G1705211 NA non-coding upstream 21618 8780217 ~ 8781445 (+)
G1705207 NA non-coding upstream 41224 8760475 ~ 8761839 (+)
G1705203 NA non-coding upstream 47435 8755150 ~ 8755628 (+)
G1705227 NA non-coding downstream 37569 8845515 ~ 8846064 (+)
G1705214 NA non-coding downstream 64819 8872765 ~ 8873260 (+)
G1705248 NA non-coding downstream 102046 8909992 ~ 8911381 (+)
G1705261 NA non-coding downstream 154978 8962924 ~ 8965174 (+)
G1705263 NA non-coding downstream 156066 8964012 ~ 8972856 (+)
G1704651 NA other upstream 952943 7849560 ~ 7850120 (+)
G1704562 NA other upstream 1145194 7657429 ~ 7657869 (+)
LOC118942849 arhgap8 other upstream 1257219 7527527 ~ 7561975 (+)
G1704409 NA other upstream 1653070 7149400 ~ 7149993 (+)
G1705229 NA other downstream 42452 8850398 ~ 8851107 (+)
G1705267 NA other downstream 167358 8975304 ~ 8976565 (+)
G1705279 NA other downstream 203980 9011926 ~ 9013163 (+)
G1705918 NA other downstream 847352 9655298 ~ 9655718 (+)

Expression


Co-expression Network