XLOC_000365 (BX548015.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000365
gene name BX548015.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 30853969 ~ 30859524 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00000626
CGATGGGTCCGACCAAGATGGCGCTCTAACAACAAGCAGATCGATGTGCTCTGTAAGCTCAAACATTGTAATTGGCTAGTAGTGTTATTAGTTGAAAGCTATTTTACTCTGTGCAAAGAgagaatataatataaatactacAGAATTAGTCCCTGTTTGTGATAAGATGGGTAAATCGGAGAAAAGGAAGAACAAAAACGTGTCTCTGGGGACAGCTAACGCTGCTAATGTTAGCAGTAACGTGAGTGAAACGTTGGGAGCCTCATGTAGTTATGAAACGGAAAAATTacacaattattcaaaaattaGTGTGGACTTTGACGAATTTATGATGTGTGAGGAAGAATTCCCTGCACTTCCAGAAACTCCATGCAAATCACCTGCTACAAAACAACGGAAAACTGAAAGTTCGGAGGTTGCCATTCTCTCCCAACTCGGAGCTCTTTCTCAATTAATAAACACCCGTTCTGATGCTTTAGAAAATGTGATCGGAGAAAACACAAGAGCGATTACCTCCATGAAGGAggtaattaatgaaaatacaaaacaaattacaaGTGTGAAAGAAGCTATCGAATTTGTGAGTGCTGAGGTTAACCATCTGAAAAAAAAGTATGGAGTGATGGAATCCACACTGAATAAGGTAGAGGAAACGTGCGTGGGACACGACCGAAGGCTGTCACAGTTAGAAAGTTACTCGCGGCGGTGGAATCTCAGGATGCACGGCATTCCGGAAAATGAAAGAGAGGATGTTCGTGGTAGGGTTATAGACGTTTGTCAGCATCTCTTACCAGAGTACAAGGACAGACTCTCCAGCGCCGTCGACACTGTACACCGGTTAGGTCGCAAGCAACCAAACAAGAACAGAGGAATTATTCTACAATTTGCTTCCCGTTTCTTTCGCGATGCTGTTTGGCGTGCAGCAAAGGACTCTGCCTTTTTGCgcgaaaataacattaaaatatcagAAGACTTATCCCTTGCAGATAAAGAAAGAAGAAACAAACTATGGCCAGCAGTGGAGAAAGCAAGAAAAGATAATAAACGAGCATACTTCATCGGAAGTAGGGCTTTTGTAGAGGGAAACGAAATATTCCCTCCTGCTTGAGACTTTACATGGGAAGGTGTGTGATGTTAATATTaagttggttaaaaaaaaaatgtttttttgttaaattgatGGCCTTTTTAAGAcaattaaaactgatttaataGTTTACTTCGCTAATTTCTTATTTTTACAAAGTTAAGCCAATAGTAAAGGGATATTTTACAAAAAGGGCCTCAATTTAGAATTTgactttacaattttatttatttattcttttttcttaCTTTTCTATTAACACACCTGAAAAAAAATATCACTGAATATAGTCTATAAAAACTTTATGGGCTAAAGTAAAATTGTTCAACTGAGTAGCTTCTATACTTTAGTAATTTAATCTGATTTACAAAAAATTTTTTGTTCTTTGATGTAAAATTTATGCACCTTAATTAACACTACATTATTTTTATAGTTCATATAGAGTTTGCAGTTCTCATCGTTCTGAATGTAGCTTTGCAAATCCTTTTTTGAGAATAATCTAGTTTAATATTCTAGGTTATATCTTCTTTGTTATGTCTCTTtctataatttcatttaatacaCGAGGGTTAAGAAATACTCTAAAAAGAAAAGCTATATTTTTGTATATGAAAAAgtttaaaactgatttttgttttttgcaagaaTGTCATTCTGTAAAAGAGGACTATAATTTTTGGAGATCTCAGTGGGGTTTAGATTTATGGATGGCTCATGGTACAAACAAATCAGCTGGTGTTTGCATCCTTAAAAATCAATTTAATGGGAAAATTATTTGCTCTGAATGTGACTCAAATGGCCATTATATTTGTCTTGTAACTGAAATATCCAAATCAATGTTTATCATTGTTAATATTTATGGGTTTaatcaacaaaaagaaaatgaaaaacttCTTGATCTAATAGAACAACACATTTTGAAATTACTTACTAAATACCCAAATGCTTTTTTAATCCTTGGCGGAGATTTTAATGTTGCATTGGATAATAGGTTAGACAGATGGCCTCCAAAATCACCTGATAActcaaatctttattttaaaactttcattGAACGATTCTGTTTAGTTGATAATTGGAGAGACACTCATCCTAATCAAAAATGTTTCACATGGGGAAATAACTCTCTTTCCAGACAATCCCGTATAGATTTGTGGCTTATCTCAAGAGATTTAAATAAGGCTAATTCAGACATTATTCCATCACCCTTTTCTGATCACAGATGCATTTCGATAACGATTCCTTTTTCAGAAACTGCCAACTCATGTAGAATCAATTCTTACTGGAAATTGAATTGTTCATTGCTTAACTATAAAGAAGTAAATGAAAAAATCGAATTTATAATTTGCAAGTACTGGAAAAAAGCAAACGAGGAAAATGTTTTTGGAAAGAATTGGGAGTTAGCAAAATATGAAATCGGAAAGTTTTTAAGAACATTTAGCAGTAAATTagcgaaagaaagaaaagaaaatgaaaatattataatatgcaAAATTTCTGATTTTCTATCTAAAACTATTTTGTCTGATAGTGAAAAGGTTGAATTTACccattatcaaaataaattagATCAAATCTATCAGGAAAAAGCAGAGGGAGCATTTATTAGATCACGGAAAAGATGGTTGGAAGAAGGTGAGCAgaattcttcttatttttttagattggaaaagcaacaacagcaaaaaaatctaattgaaaaacttataattaatcaatcaatatgtGAAGACCAGAAGACTATTGCTAATTTTTGTGctaagttttataatgatttgtacacctctaaatttaataaacaaaatgcttTAGATTTTTTCGAAACATTATCTTGTGTAAAAAAATTGGAGAATGCTGATCAGGCTTTTCTTGAAGCTCCAATCACATTAACAGAAGTTGAAGAagcaattaaatcattaaaacggAATAAATCTCCTGGCACTGATGGTTTCATTTCAGAATTTTACCATATGTTTAGTAAAAATATTGCTCCCTTCTTGTTAAGTGTTTATAAGGAAAGTACAGATAACTCTTTTCTCCCACCTACTTTATGCCAAGGTTTGATTACGCTAATCCCCAAACCAAATAAAGATCGAAATTTATTAGATAATTGGCGTCCAATAACTTTGTTGAACAACGACTACAAAATAATTGCTATAGTTTTAGCTAAAAGATTAAAAGTAATTTTACCTTCTATTATTGATGAAACTCAGTCAGGCTTTATGCCAAATAGACATATATCTAATAACATAAGATTAATTTTAGATATCCTAGACTATTCTGATATGATTGATGGAGacagtttcatattttttttggaTTATTATAAAGCCTTTGATACTTTAGAACATGGTTTTTTATTTCAAGCGCTTAAAGAAATTGGGTTTGGTGCAACTttttgtaaaatgattaaaatgttatataaaaacataaatagctCTATTAAGTTAAGCAGTGGTACTTccccaagattttttttacatcgtGGAGTAAGGCAGGGATGCCCAGTATCaccttatttgtttttaattgcagtACAGTTTCTTAATTTACATATCAAAAGGAGTAATTTAAAAGGAATTACTATTGGAAGTACAGAGTTAATTATAAGTCAACTAGCAGATGatacaacattgtttttaaaagattcatCTCAAGTGGCGGCTGCATTAAATACTCTACAAACATTTTCCAATGCATCTggtttaaatcttaatttaaataaatgtgaattacttCCCATTAAAAATTGTGGTGTTTCCTCAATTTGTGGAGTAGCTGTTAAAAACTCAGTATCTTACCTTGGCATAAATATAACTAACGATAAAAATAGATGTGATGCTAACTTTAATCCAATTGTtgcaaaaact
>TCONS_00002845
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Function

GO:

id name namespace
GO:0044424 obsolete intracellular part cellular_component
GO:0005622 intracellular anatomical structure cellular_component
GO:0008017 microtubule binding molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096527

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00000626 False 3957 lncRNA 0.32 1 30853969 30857925
TCONS_00002845 True 4135 lncRNA 0.28 1 30855390 30859524

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000364 bora coding upstream 118491 30723380 ~ 30735478 (+)
XLOC_000363 gpr183b coding upstream 298996 30551777 ~ 30554973 (+)
XLOC_000362 tmem41ab coding upstream 415933 30422143 ~ 30438036 (+)
XLOC_000359 vps8 coding upstream 543280 30083578 ~ 30310689 (+)
XLOC_000366 metap1d coding downstream 86707 30946231 ~ 30974165 (+)
XLOC_000367 itga6b coding downstream 159641 31019165 ~ 31064706 (+)
XLOC_000368 eef1a1l2 coding downstream 251293 31110817 ~ 31130222 (+)
XLOC_000369 NA coding downstream 281595 31141119 ~ 31144527 (+)
XLOC_000370 NA coding downstream 495061 31354585 ~ 31359319 (+)
XLOC_000361 BX255890.2 non-coding upstream 626464 30227391 ~ 30227505 (+)
XLOC_000360 dre-mir-740 non-coding upstream 687904 30165953 ~ 30166065 (+)
XLOC_000358 NA non-coding upstream 774440 30074635 ~ 30079529 (+)
XLOC_000350 CR774189.1 non-coding upstream 1345496 29507647 ~ 29508473 (+)
XLOC_000349 NA non-coding upstream 1352935 29500308 ~ 29501034 (+)
XLOC_000371 CT573247.1 non-coding downstream 659715 31519239 ~ 31520972 (+)
XLOC_000380 NA non-coding downstream 1150738 32010262 ~ 32011794 (+)
XLOC_000381 NA non-coding downstream 1152356 32011880 ~ 32012378 (+)

Expression


Co-expression Network