G1707509


Basic Information

Item Value
gene id G1707509
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048585.1
NCBI id CM023239.2
chromosome length 64935962
location 11618959 ~ 11622767 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1955791
GTCATGACAAGATAAAAGATAACACTTCACTTAAATCAGGtgctctgtcatggaaagagaaggtatcgttaatgttttgtacactcagtgttgtTATTTCTATACGGTATAAATGTCTGACATATTCTGGCATAGATAGAATACGAGAGGTGAGGAAACACTAAGGACAGCATTACTAAGTCCATTATACCTGTGTATTGTCACCGtggtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaatgttgaacaggatatagtgtcacCGTAGTGTTAATGtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgagcaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcactgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcactgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatata
>TU1955790
aacaggatatagtgtcactgtagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaaTAGGATATAGTGTCACCgtagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgagCAGGATATAGTGTCACTGtggtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcacCGTAGTGTTAATGtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgagcaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgagCAGGATATAGTGTCACTGTGCTGTTAATGTTGAGCAGGATATAGTGTCACTGtggtgttaatgttgaacaggatttagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcacCGCAGTGTTAATGtggaacaggatatagtgttaatgttgagCAGGATATAGTGTCACTGtggtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgtggaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcactgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcactgtggtgttaatgttgaacaggatatagtgtcaccgtggtgttaatgttgaacaggatata

Function

NR:

description
PREDICTED: SH3 domain-containing protein C23A1.17-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1955791 False 813 lncRNA 0.37 2 11618959 11622767
TU1955790 True 1314 lncRNA 0.35 3 11620629 11622767

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110503752 LOC106576575 coding upstream 150313 11432284 ~ 11468646 (+)
LOC110490628 LOC106609728 coding upstream 204319 11410451 ~ 11414640 (+)
LOC110518478 lsm8 coding upstream 259936 11355998 ~ 11359023 (+)
LOC110499792 LOC106595912 coding upstream 263964 11341636 ~ 11354995 (+)
LOC110499797 LOC106596128 coding upstream 302237 11311190 ~ 11316722 (+)
cntn1b LOC106593403 coding downstream 7665 11630432 ~ 11660551 (+)
LOC110515322 LOC106576579 coding downstream 101659 11724426 ~ 11797595 (+)
pphln1 LOC106593546 coding downstream 267963 11890730 ~ 11931253 (+)
LOC118943005 LOC106592567 coding downstream 746102 12368869 ~ 12384112 (+)
LOC118942882 LOC106609674 coding downstream 768862 12391629 ~ 12421266 (+)
G1707504 NA non-coding upstream 11034 11607646 ~ 11607925 (+)
G1707497 NA non-coding upstream 39524 11578662 ~ 11579435 (+)
G1707495 NA non-coding upstream 44920 11573282 ~ 11574039 (+)
G1707494 NA non-coding upstream 44978 11569729 ~ 11573981 (+)
G1707481 NA non-coding upstream 79272 11537901 ~ 11539687 (+)
G1707461 NA non-coding downstream 32157 11654924 ~ 11656704 (+)
G1707515 NA non-coding downstream 39938 11662705 ~ 11663646 (+)
G1707522 NA non-coding downstream 46180 11668947 ~ 11669233 (+)
G1707527 NA non-coding downstream 59041 11681808 ~ 11683020 (+)
G1707533 NA non-coding downstream 74012 11696779 ~ 11697038 (+)
G1707493 LOC106609754 other upstream 50003 11568429 ~ 11568956 (+)
G1706711 NA other upstream 219671 11398040 ~ 11399288 (+)
G1706652 NA other upstream 346486 11270729 ~ 11272473 (+)
LOC110531908 LOC106594049 other upstream 502534 11103180 ~ 11138813 (+)
G1706152 NA other upstream 1483575 10134388 ~ 10135384 (+)
G1707462 NA other downstream 31134 11653901 ~ 11654623 (+)
G1707772 LOC106576513 other downstream 240895 11863662 ~ 11864573 (+)
G1708014 NA other downstream 625261 12248028 ~ 12250124 (+)
G1708323 NA other downstream 955841 12578608 ~ 12584156 (+)
G1708367 NA other downstream 1026919 12649686 ~ 12651577 (+)

Expression


Co-expression Network