LOC110501797 (LOC106582303)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110501797
gene name LOC106582303
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 35769181 ~ 35780544 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021579634.2
GTGGCTCCGTGTCGTGATTGCAAAGGAGAAAACTGTAAAGATAACAGCATCTCTTACTGGGAGCTGAGACGTCCTATAGCCAACTCACCAACAGACAGAGAAGACAGTGATCAAGGGATCAGTTGGTTATGAAATGGATTGCAATTTAGTTGGATTCCTAAAGTTGCGCTTATATGATTGAATTGAATGTAAAGAGCAGTGGTAACCTTATATTTGGAACTTCACATCAGACGTTTCGAATACAAAGCCAGCGTACCGGTGAGATACGTTTGATAACTATGAGTGGTTTGCAAAGGATATGGACTGTAATAATTCGTTTTGATACGTTTGAAAACGCGGTAGAGCCATTCATTTAGTGATCATTTCAAATTCGCTGGTCAAGACCAAAACCTCTGGAATTGTGTTTTAGATGAGAAATGGACTAATAGTGAGTTTTGACAAAAAGGACCCAAGCCTAACAGGGCTGGAGATTAAGCAAATAACATAATATCTACAATAATCATTAGCTCTTGACAGCAACATCTTTTGGAATGCAAAAACTACATGGACTGTTTTGGATTACCGTAATTTGTGCATCAATCATCGTTCTATGTGTATTCCCAGTGGCGCATAGTAGGATCATTACCGTGATACTTGTGAAGTAGCCTAACCCTCTAATTTTGCGCTCTGTATTCAGGAACCACAATTCTTTTCCAGCGTGCTTTGGAATTACAGTCTCAAAAATAGAAAATGAGAAGATATAATCTCACACTGGCTTGTTTAATGGCTTGCATACTTTCAATCCGCGGTACCTTGGGGACAACGCGGGCGCGCATAACGGGGGCAGAGACTCAAACCGTCACCCAGGAGTCGTGCGCATCGTGTGGGTTGCCGGAGGCGTCAGAACGGGTGGACATAGACCTTCTGGAGGCAGTTAAGAGGCACATCTTGAACAGGTTACAAATGAGAGAAAGACCCAACATCACTCATCCTATTCCCAAGGCTGCAATGGTAACAGCGCTAAGGAGGCTTCACGCCGGTAAGGTACGGGAAGACGGGAGGGTTGAGATCCCCAACCTTGATGGACAAGCTTCCTACAGTAACGAGGTGCAAGGGGAGACGTCGGAGATAATCAGTTTTGCAGAATCAGATGAGCTGGCTTCATCTCAAGCCTCTAAGTCCAGCCTCCACTTCCTCATCTCCAGTGAAGGGAACCAGAACCTGCATGTGTCTCAGGCCAACCTGTGGCTCTACTTCAGGCTGCTGCCCACCGGCTCCGAGAAAGGGCCTCGACGGAAAGTCACAGTTAAAATCCACTACCATGAGGCAGGAACTGGAGCTTCAGGTGGAGCCAGGGGAGGAACAGGGCCAGGGGCAGGGGGAGGAGGTCGGTGGACCCTACTGGAGAAGCGTGTGGACCTAAAGCGCAGCGGCTGGCACACCTTCCCTCTGTCAGAGGCAGTGAGGGCCCTGTTTGGTAAGGGCGGCCGGCGGCAGGACCTGGAGGTGCGTTGTGAGGGCTGTGAGGCATTCAACGTGGTTCCTATCTTAGTTGATCCAGCAGAACCCTCACACAGGCCCTTTCTGGTGGTCCGGGCACGACAGGTGGAAGGGAACCACCGCATCAGGAAGAGGGGGCTGGAGTGTGACGGGAGCAGTGGAGGCCTGTGCTGCAGACGACAGTTCTACATAGACTTTCGCCTCATTGGCTGGAACGACTGGATCATCGCACCCGCGGGTTACTACGGTAACTACTGCGAGGGAAGCTGCCCGGCGTACATGGCGGGGGTACCGGGGTCGGCGTCATCGTTCCACACGGCGGTGGTCAACCAGTACCGGATGAGGGGCATGAGCCCCGGCTCGGTCAACTCCTGTTGTATCCCCACCAAGCTCAGTACCATGTCTATGCTGTACTTCGACGATGAGTACAACATAGTAAAACGAGACGTGCCCAATATGATAGTGGAAGAGTGTGGCTGTGCCTGAGTGTCTGTGACTTCTTAAACTTTGAAGGTTAAATCAAACGACGATAGTCAAAATGTCTTGTACAAAAATACCTTTTTGTATGacacacatataaatatatagttatatgGAAGCACACCAACAGGTACACACAAACAAGATGTATTTATGGTTCTGTTGTATTTATCTGGCTGAGCGAGGCCAGGTTCTGTCCATTCCATATTAAGAACTTAAGAGTTTTGGGAAGAGAAGGAAATGGTTGATCACCAAATGATAACATTTTTCTAGTTTGCCATTTCTAGAGGAAAAATAATGGTCCTTCATCTATTCTCTGATGAAGATGGAAAGAAAAGCGCTTAAGGAAGCAGCACACCAGGACATTGACAAAACAAAAGCACTGACAATGACAATTCATCAGCTTATATAATTCAGAAAACACCAGCACTTCCATAAAGAATGTCATAAAGACACTGTGACTGTCTGATCCTGTGGAATTATAACATAAACTGTATCAGCACGCGCTTATTATTGAATAAAGCTTTTCCAGGACTACACTCCTGTCCAAGTGAGGTAATGACACAACATTGACATATTGTTGTTGACATTGGACCACGTTCCTTCCTCCTGCTTGtgtaagtgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtgaccatGCTGCAAGCAATCGCTCACTGAGTTCAAAGGTGAAGATGGACCTTTGTGCAAactgcacaacatacacttaATCCTGAGAACAGAGAGTCCCCACTGCCCCTACTTGTTCTGATAAAGTGGACCTCGAAGTGGTGATGAGTTTTTTGTTTGGGCCCAACAGGGCATGATGTTGCAGTACAGCACTTGCAGACTAAACTCTTTAAATGCACACTCCCACTCCTAATAGCACTTGCATATTTAAATGCCTTCAAAGTGGTACTGAGTGTCCTGTCATAAATAAGTGCCACATGATCTATGCAATGTATAGTAATCCACCCATGCCCACCCATACAACTGAACATACCAGACTGAACTGAACTTTCTCCTCCTATGCTAATGTAACTCCTATCAAATACTTGAAATGTGATCTTTCGCTTCCGTTTTTTCAAAGCGAATGATTTTTATGACATTTGCACTGAAAAGTCGCGGGATTAGTTAATAAACAAACTGCCATTGAAAGTTATTTTTATAGAAGTAAATTGACATTTTTTGTTTAATAAAGTAATTTACCtacacagcaaattctccagtgttaaatcCACACTGAGAGTGTAAATTAACACTGACTGTGTTGGTCCATATCGGCACTGGAACcgtgttaaattaacacactgATAGGTGTAAAGCCTAATTTCCCAGAATCCCTTGCCTTTTGAGTGAATTATAGAATTACCACTCCTGACTGTCTTTGTTAGTTGACAAAGACATGTTTGTTGCATTCATCCATTTTCAGTGAGTGAGATCCTGAGGGAATATTTTATTAAAATTGTATTATTTAACACAATACAAGAAGTATTTCATAAGGCCTTATTTTCAGGGACTACACTCTAAACATAACAATTAACTCTATACATGTTAAATTAACACTTATTGGTTTAAAATAAcacccagtgttggtgttaataaccagagtttTTCCAAAACTATGCTCATCATTATTATATTTCCCAGCATGGTCTATTGCAGGTTCATTTTaataattgtttgtttcaatatctatgtttttgcatgtacattaattgattgattaatcCTATGCTTCTCAAATATAAATGAGATACATTTTCTAATCTAATTCAATATTTTACTTGGATTTGTTGCacctgttactgaaatggttgttacAGTTTAGATGCTTTAGGTAGTGTCATATTTCAGTCTTCCCAACCCTGGTAGCATATGATAAAAAATTCAGAATGTTAGATATCCCCACTCTGGCTAGAGTTCAATCGGAATTACACAGCATTAtacaagccagcataatgtgacagGTTGCATGAATAAGGCAAAAATGTTGGGTTGTTTGGATTACCCAACATGGGTTAATTTAACCATGAATTTAGTTTTTATTCACCTTCACGCTGGGTTGACCAAACAGCTCTGTCTTTTTTAATGTAATCTATCGGTTATTTTCAGGAGGCGGGACTTATTAAGGGCATGGCTTTTAGAAAGTTATTTTTGGCCATGTGAGATCAAATGTAATTCCTTTTGATAATGTAAGTTTGCACACTGCAATGTAACATTTCTATAAATATTATTGTACATTACATATTATAATACAAAAATATTAACATTATGAATTACATATAGCAAGAAAGTGTTAACTATCCTATTGGGGAAATCACATTTCTTTACGCTTCATTAAAGCTACCAAAGTGTTGGTGTTCAACCATAACATGAAATAACAATTCAACAGAACAGATTAACTGGAATTACATTTACTCTcatgggtggccaaaaataaaTAGCTGAAAGTCACGCCCCTAAAAAGCCAAGCCTCTATGTCTTGTGATCTGACCTGCTGGGTCATATCTCAATAAACAAGTGTCAATAAACCAACCTTGGTCTTAATTTTTTTTAGAAAATAACTAAGTGACCCAATGCAACCCTGCCATTGGTTCATGCAAACAACCCAGTATTCTTTTGTTCATGTCCTCAAAATAAGGCCTCATGAAATACATATTGTATTTTTCAAATAATTATATTTTAATGGTGGTATTCACTTGGTTAAGACCACAGGACTGTAAGTGAATGTATGCAACAAGCTTGTCTGTCACTAACAAAttcagtcatgggtggtaactccaCAATTCACTCAAAATGCTAAgcactctgggaaatatgcaaatcaAGCTTTACACTAAGCGGTGTGTTAATTCAACACTGCTCAGTGTCTTTACGGGTCCACACTTTCAGTGTTAATTTAACTCTGGGGAATTTGCTGTGTAATAATGGAACCAAAGAGGCCAATATTATTTTAGCTTGATCATAAGAGGCCTAATCTACGTATCAGGGTACACTATGATGATTCCATTTCTTAGTTCTATTATTTCCTTTCTCTATCTATTTTGTACAATAAACATATGGAACACTTAATTTTTCATCTTTAATTCTATTTTTTCAGTTTTtctatttaataaaaatatatttttagttcCTGTTTCCGAAATAATTTAGTCATGTAAATGTCATCTGTACAGTTTatgtaaaataaaatgtgtttccTTAAAATATTTTGTAACTTTAAAATAAATTCTTACTCTGCA
>TU2064788
attgattgattaatcCTATGCTTCTCAAATATAAATGAGATACATTTTCTAATCTAATTCAATATTTTACTTGGATTTGTTGCacctgttactgaaatggttgttacAGTTTAGATGCTTTAGGTAGTGTCATATTTCAGTCTTCCCAACCCTGGTAGCATATGATAAAAAATTCAGAATGTTAGATATCCCCACTCTGGCTAGAGTTCAATTTTCAGGAGGCGGGACTTATTAAGGGCATGGCTTTTAGAAAGTTATTTTTGGCCATGTGAGATCAAATGTAATTCCTTTTGATAATGTAAGTTTGCACACTGCAATGTAACATTTCTATAAATATTATTGTACATTACATATTATAATACAAAAATATTAACATTATGAATTACATATAGCAAGAAAGTGTTAACTATCCTATTGGGGAAATCACATTTCTTTACGCTTCATTAAAGCTACCAAAGTGTTGGTGTTCAACCATAACATGAAATAACAATTCAACAGAACAGATTAACTGGAATTACATTTACTCTcatgggtggccaaaaataaaTAGCTGAAAGTCACGCCCCTAAAAAGCCAAGCCTCTATGTCTTGTGATCTGACCTGCTGGGTCATATCTCAATAAACAAGTGTCAATAAACCAACCTTGGTCTTAATTTTTTTTAGAAAATAACTAAGTGACCCAATGCAACCCTGCCATTGGTTCATGCAAACAACCCAGTATTCTTTTGTTCATGTCCTCAAAATAAGGCCTCATGAAATACATATTGTATTTTTCAAATAATTATATTTTAATGGTGGTATTCACTTGGTTAAGACCACAGGACTGTAAGTGAATGTATGCAACAAGCTTGTCTGTCACTAACAAAttcagtcatgggtggtaactccaCAATTCACTCAAAATGCTAAgcactctgggaaatatgcaaatcaAGCTTTACACTAAGCGGTGTGTTAATTCAACACTGCTCAGTGTCTTTACGGGTCCACACTTTCAGTGTTAATTTAACTCTGGGGAATTTGCTGTGTAATAATGGAACCAAAGAGGCCAATATTATTTTAGCTTGATCATAAGAGGCCTAATCTACGTATCAGGGTACACTATGATGATTCCATTTCTTAGTTCTATTATTTCCTTTCTCTATCTATTTTGTACAATAAACATATGGAAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021579634.2 False 5236 mRNA 0.41 2 35769181 35780544
TU2064788 True 1172 lncRNA 0.34 2 35779017 35780368

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110501795 LOC106596205 coding upstream 8662 35740427 ~ 35760519 (+)
LOC118943586 NA coding upstream 719723 35047732 ~ 35049458 (+)
LOC110501793 LOC106582300 coding upstream 978679 34781505 ~ 34790502 (+)
LOC110501792 LOC106582299 coding upstream 997139 34602879 ~ 34772042 (+)
LOC110501788 vwc2l coding upstream 1269691 34463733 ~ 34499490 (+)
LOC110501798 NA coding downstream 2639 35783183 ~ 35814912 (+)
LOC110502095 LOC106582360 coding downstream 162966 35943510 ~ 36060137 (+)
LOC110501801 tsn coding downstream 462611 36243155 ~ 36247834 (+)
LOC118943606 NA coding downstream 559210 36339754 ~ 36345450 (+)
LOC110501802 LOC106582356 coding downstream 573126 36353670 ~ 36359762 (+)
G1804655 LOC106582302 non-coding upstream 68930 35699520 ~ 35700251 (+)
G1804653 NA non-coding upstream 69744 35697608 ~ 35699437 (+)
G1804125 NA non-coding upstream 389638 35374594 ~ 35379543 (+)
G1803971 NA non-coding upstream 592476 35130623 ~ 35176705 (+)
G1804830 NA non-coding downstream 43544 35824088 ~ 35827883 (+)
G1804962 NA non-coding downstream 187998 35968542 ~ 35968910 (+)
G1804971 NA non-coding downstream 202898 35983442 ~ 35983644 (+)
G1804973 NA non-coding downstream 204275 35984819 ~ 35985033 (+)
G1804974 NA non-coding downstream 204916 35985460 ~ 35985688 (+)
G1800754 NA other upstream 2854999 32910793 ~ 32914182 (+)
LOC110501767 LOC106582273 other upstream 3395000 32317123 ~ 32374208 (+)
G1798597 NA other upstream 4471762 31293552 ~ 31297419 (+)
G1798579 NA other upstream 4476976 31246481 ~ 31292205 (+)
G1804873 NA other downstream 94018 35874562 ~ 35875452 (+)
G1805191 NA other downstream 583052 36363596 ~ 36363930 (+)
LOC110501805 dirc2 other downstream 654456 36435000 ~ 36520762 (+)
LOC110501842 LOC106586352 other downstream 2299322 38079807 ~ 38213191 (+)
G1807306 NA other downstream 2518583 38282124 ~ 38316253 (+)

Expression


Co-expression Network