LOC110501883 (LOC106582410)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110501883
gene name LOC106582410
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 40992915 ~ 41051487 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021579736.2
tCCATGCAAGCAGCCATCTTGAGTACAGTTGTGCACTTGGAGAGGAGATGATAATTATATGACCGAGAAAAACGTCAATATTAGACAAACTACATCTAAAGGATTCATTTTAATTCTCTAGTTCGTTGTTTTCTTGTATGCCACACTTCCCGTTCGCACGAGTGAACATTGATTGAATCGATATCGACCAAGCCAGCAGTTAACGTATCGGGCTAGCTTCACGGGTTTCGTATTTGCCTTCAGCAGTGTAGCTCGACTGCAATCCTTTCTCGATTGACATATCTAAAATACGAAATATGGTTTCTGTGATTCAAGATTCGGATTTTGAAGACAGCTAGAGACAATATTGCGTTATTTGCATGTGGTGGACAAACAACGTTTTGAATACACACAGCCTTCGGTAGAATGCCTGGTCAATGTTTTCTCCGGCGTCAACTTTCCTTTGGATGTGATTTTGGGAAAGGTGTAATGTTTGCAAGAGTGAAACTTGGTCAGTAAAATGTAATTACGCAAACTCGACTCATTGCTTTGGTGATTTAACTGGTGAGGTAACCAGTAAGCAATATTGGCAATCTTAAACCTATGCAAATCCGGTTTATGTTAACGGTGATGCCATATAGCTTTCTAGATGAAAGATTATCGTTAGATAGTCGGAAAAATTGCAATAAAGTAACAGTTTGTGATTATTTTTGCTGGGACATAGTCAGTCTAGCGCTAGACATTGTTTCTAAAATGCGACAATGTTGCAATATTGTGTGCAGAATGGATACACCATGCTGCAAGTACATTAACCAGTAGTCAAACAAGCTATTCGTCGGTTTAatcaagtatatattttttgcacTAGTTTACTTTCTTTATAGattttttaataattttttttacatgtgTTTCAAACCATGTCCCATGCCACAAGAATACAATAAACACTAAGGATTGTGAAGTGGACATTTTTATGCTGTATGTTAACAGGCATTGCAGCTCTTTCAATCAGTCAGTCACCTGATGCTTTTGCTATAAAAAGGTACTCTGATACTTTGGACGCTAATCCCATAGGATTCGTGGCACCAGGATTTACTCGAAATAAAGGATTTGACATTTGACCGAAAATGGGACCAGCGACGAAACTGGCATTCGGCGTCTTTCTGATCTCATGTTCTTCAGGGGCGATCCTGGGTCGGACCGAAACACAGGAGTGTGTCCACTATAACTACAACCCCAACCCTGCTGCCATCCAGGAGAACCGAGGGAACCGCAGTGGCATCGAGACGTGTGCCGGGGAGAAGGACAAGCGCAGACACTGTTTCGCCACCTGGAGGAATGTGTCGGGAATCGTAGATATCGTAAAGCAGGGCTGCTGGCTGGATGATCACAACTGCTATGACAGTACTGAATGTGTGGAGAAGAAAGAAAGCCCAGACGTGTTTTTCTGCTGCTGTGAAGGAAACATGTGTAATGACAAGTTTGTCTACACCCCCGACAACACACAAGCTGTTCAGACAACATCGAACCCGGTTACCCAGAAGCCTCCTGTCTTCACCACTCTGATGTACTCACTGGTGCCCATCATAGGCATCACTGCCATCATCCTCTTCTCGTTCTGGATGTACCGCCATCACAAGCTGGCATACCCGCTAGTCCTGGTGCCCACACAGgACCCGGGGCCCAtgcctccctcccccatcctggGACAGAAGCCTCTGCAGTTAATTGAGATCAAAGCCAGGGGGCGCTTCGGCTGCGTGTGGAAGGCTCAGTTGCTCAACGATTACGTGGCTGTCAAAATATTCCCCATTCAGGACAAGCAGTCATGGCAGAACGAGTATGAGATCTACAACCTGAGCGGGATGAGGCATGAGAACCTGCTCCACTTCCTGGGAGCAGAGAAGAGGGGTAACAACATGgacatagagctgtggctgatCACAGACTACCACGAGAAGGGCTCGTTGACAGACTATCTGAAGGCCAACGTGTTGTCGTGGAGCGAGCTGTGCCACATAGCCCAGACCACGGCTCGAGGCCTGGCCTACCTCCATGAAGACATCCCTGGTCTGAAGGACGGACACAAGCCAGCCATCGCCCACAGGGACATCAAGAGTAAGAATATCCTTCTGAAGTCCAACCTGACGGCCTGCATCGCTGACTTTGGCCTGGCCCAGAGGTTTGAGGCTGGGAAATCCGCTGGGGACACGCATGGACAGGTGGGCACCCGGAGGTACATGGCCCCTGAGGTGCTGGAGGGGGCCATCAACTTCCAGCGGGACTCGTTCTTGAGGATAGACATGTATGCCCTGGGACTGGTGCTGTGGGAACTGGCCGCACGCTGCAAGGCTGCTGATGGACCAGTGGATGAGTACATGCTGCCGTTTGAGGAGGAGATTGGCCAGCACCCGTCTCTGGAAGACATGCAGGATGTTGTAGTTCACAAAAAGCTGAGGCCCATGCTCAGGGAGTGCTGGCAGAAACACACTGGCCTGACCATGCTGTGTGAGACCATCGAGGAGTGCTGGGACCACGAGGCGGAAGCGCGCTTGTCGGCAGGGTGCGTGGAGGAGCGCATGGTGCAGATGCAGCGTCTCAACAACGTCACCGCACCCGAGGAGATCGTCACAGTCGTCACCATGGTGACCAACGTGGACTACCCCCCCAAAGAATCCAGCCTATGACTAGGCGTATGAACAGGAGAACAGATCCCAAAGAGACTCGCCTCCCTAAGCAGAAGGTCAGGACTCTTTCCAACGTTCGTCGCTAACTCTGGGACTATACCCAAAGAGGCGCCAAAATAATTTAGTGGACCTGGGTTCATGGAGAATGATCCAGTTTTAAACTGGTTCCTATTGCATTTAGCTACCTGTGTACCTAAAGACTTGCTCATGCCCAGGTCTTTTAAAAGGGGAGGGCACGATGGGGGGTAGGGAGGGGGGACAATCAATCATCTAGACCCCTCactgaacaaatatttttttgtccAGCACCTTGACAATGGACAAAGTCATTTTAAAGTTGACCTTTTGGTTGATATTACCATTTTTTTGTAAAATGAAAGGAAAATGTACTTCCTGGACTGACTTCAGTTTTTTTTTCTAAGAAAAGGTggaacaggagagaagaagaatcGAGACACACAGTTAACTTCATtcagtatataaaaaaaaaagggcAACTTGGTTTTTAAACACATTTGCTGTTTGTGTTTCTCCGAATGACTACTGTAATGCCAATAAGAAACAGCTTCTGAATGTCTGTGTTTCGCtgctgtacagagagagagagagagagagagagagaacggcgTAATCAAGGTTATTTATCCGGACCTGCCTCACAGCATTTCTATACAAATAACCATCAACCTCTTGAGTCTCTCAACAAGGTATACCTCAGTTGTACATCCTACAAATAAGTATGTTTTCCTTTTGTAACACTAAAACCACTACAGGACATTGACATTCAGATGACATGTTTGGTATTGAACCTTTTTCAAATAATGGAGTATGCCAACAAAATGGCCATTCACAAACAAGTGTTTCTGCCTTCTTCATTTCTGTTTGTGTATTTTCTATTTTATGTTGCCCCTGCTATTCAAATGTGACTGTGAGCATTGTTGTTTTTACCAAAATGTTTAGAACTTTTTAAACATCCctgaaaatatgaaaatatttgaggaaaaatattttaaagCACTTCCCTTTTTAGGTTTGCGGTGTCCACATAATATTAAAAACGCATGCCTTTTTTTGGTTCGTTTTCGAGACTCTGTGTAAAAGTGTGACGCTAATGTCGGTTGTTTGAAACCCCGGTTTGATTTTAAACTAAAATGTCTACAATCCACTGTAACTGTATTGCTCATTCTCCCTGCCATGTTTGTGGTGTTTTCTGTTCGTAGTTTACTATTGTCAGCGTATTTCAATACGTCTCAGGAAGCAATACGTTACTCtacgaacccccccccccccccccccccccccccccccccctctctctctgcgttTAGGCTCTGACTCATTCTCGTGCCATTATTTTGGATAACCTAGTCGAGGGGTGCGTACACGAGGTCGTTACGGCTTCTGTGGTTTTCAGGTAGATGTCCATTTAGACAGGTTATCCAGAACATGTCAGGTGTTCTACATTGCTAATGTAGCCATCATGATAAAAAATCGATATGTGTTCACCCTCAGTCTTGTATTCTCCATCACTAACAGCATGTCCACCACTTTGGCTATGTGCTACTGTAGACAACCCATAACAGATTCAAATGGCCAATTGTAGCTTTCAGATTCTAACCAGAAATATTGATCTATTAGTAGTCCTATTGTAGTTAAACACTGGTGACTCAATTGTGTGCTTCTCTCCACCAGACAGATGTCGTTATATCCTACCACATGAAGAGAGACGTTCAGGGACATAATAACACCATGCTGTTACTGTTTTCACTGGATACAATCAAAGTTGGAATTGACCGTTGCTTTTTGCCATGGCACCAAGTTTCTTTCCCTCTGTGTAGCTTTTGTTTTTAAAATCAATGTAATCGTCTGTTTGTGTTTATTCTCTTGACTTAAAACCAGTACATCCTCTCTGGCAAGAACTGTATGCCAACTCAATAGTGCAACAACATGTAAGTTATCATGTAAGTTCTGGATTTAAAGGGGTCACGGCCTCTGTAGGACTAACACCGTGTAGCTCAGGGTTTCTTAttctctgactgactgacatctATGCTACTCTTGCTATTCCTCTCTAACCAGAGCCACTCTGATTCAGGAGTGTAGACACGGGGAGCCAACAGAAGAGCAATCTTCAAAAACAGGGGGAGGCAGATTTGCAACCGCTGCCATTTTGACATGTACAAGAGGAAAGTCAAATCCAATCTGTTTGCATCCATATTTTGTTCCACAATATCTTTTTAGGAACACTACTGCTGTGCAGATACTCTATCTCCCTAAACAGATACTTCCCTCTGGCCTCAGAAGGTTTCTAGGATTCTTTCATGTCAAACA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>TU2071235
CTAGACCCCTCactgaacaaatatttttttgtccAGCACCTTGACAATGGACAAAGTCATTTTAAAGTTGACCTTTTGGTTGATATTACCATTTTTTTGTAAAATGAAAGGAAAATGTACTTCCTGGACTGACTTCAGTTTTTTTTTCTAAGAAAAGGTggaacaggagagaagaagaatcGAGACACACAGTTAACTTCATtcagtatataaaaaaaaaagggcAACTTGGTTTTTAAACACATTTGCTGTTTGTGTTTCTCCGAATGACTACTGTAATGCCAATAAGAAACAGCTTCTGAATGTCTGTGTTTCGCtgctgtacagagagagagagagagagagagagagaacggcgTAATCAAGGTTATTTATCCGGACCTGCCTCACAGCATTTCTATACAAATAACCATCAACCTCTTGAGTCTCTCAACAAGGTATACCTCAGTTGTACATCCTACAAATAAGTATGTTTTCCTTTTGTAACACTAAAACCACTACAGGACATTGACATTCAGATGACATGTTTGGTATTGAACCTTTTTCAAATAATGGAGTATGCCAACAAAATGGCCATTCACAAACAAGTGTTTCTGCCTTCTTCATTTCTGTTTGTGTATTTTCTATTTTATGTTGCCCCTGCTATTCAAATGTGACTGTGAGCATTGTTGTTTTTACCAAAATGTTTAGAACTTTTTAAACATCCctgaaaatatgaaaatatttgaggaaaaatattttaaagCACTTCCCTTTTTAGGTTTGCGGTGTCCACATAATATTAAAAACGCATGCCTTTTTTTGGTTCGTTTTCGAGACTCTGTGTAAAAGTGTGACGCTAATGTCGGTTGTTTGAAACCCCGGTTTGATTTTAAACTAAAATGTCTACAATCCACTGTAACTGTATTGCTCATTCTCCCTGCCATGTTTGTGGTGTTTTCTGTTCGTAGTTTACTATTGTCAGCGTATTTCAATACGTCTCAGGAAGCAATACGTTACTCtacgaaccccccccccccctctctctctgcgttTAGGCTCTGACTCATTCTCGTGCCATTATTTTGGATAACCTAGTCGAGGGGTGCGTACACGAGGTCGTTACGGCTTCTGTGGTTTTCAGGTAGATGTCCATTTAGACAGGTTATCCAGAACATGTCAGGTGTTCTACATTGCTAATGTAGCCATCATGATAAAAAATCGATATGTGTTCACCCTCAGTCTTGTATTCTCCATCACTAACAGCATGTCCACCACTTTGGCTATGTGCTACTGTAGACAACCCATAACAGATTCAAATGGCCAATTGTAGCTTTCAGATTCTAACCAGAAATATTGATCTATTAGTAGTCCTATTGTAGTTAAACACTGGTGACTCAATTGTGTGCTTCTCTCCACCAGACAGATGTCGTTATATCCTACCACATGAAGAGAGACGTTCAGGGACATAATAACACCATGCTGTTACTGTTTTCACTGGATACAATCAAAGTTGGAATTGACCGTTGCTTTTTGCCATGGCACCAAGTTTCTTTCCCTCTGTGTAGCTTTTGTTTTTAAAATCAATGTAATCGTCTGTTTGTGTTTATTCTCTTGACTTAAAACCAGTACATCCTCTCTGGCAAGAACTGTATGCCAACTCAATAGTGCAACAACATGTAAGTTATCATGTAAGTTCTGGATTTAAAGGGGTCACGGCCTCTGTAGGACTAACACCGTGTAGCTCAGGGTTTCTTAttctctgactgactgacatctATGCTACTCTTGCTATTCCTCTCTAACCAGAGCCACTCTGATTCAGGAGTGTAGACACGGGGAGCCAACAGAAGAGCAATCTTCAAAAACAGGGGGAGGCAGATTTGCAACCGCTGCCATTTTGACATGTACAAGAGGAAAGTCAAATCCAATCTGTTTGCATCCATATTTTGTTCCACAATATCTTTTTAGGAACACTACTGCTGTGCAGATACTCTATCTCCCTAAACAGATACTTCCCTCTGGCCTCAGAAGGTTTCTAGGATTCTTTCATGTCAAACAAGCTACTTCTATGACACAGTCATGTTCTTAAGGAGGCACACAGTGCATGTCGCCTACATTGTAGTATATCCCTTAACATAAGCCAAACCCCTCTATGACAGCAGATGACTGGGATGGAAAATgcacagtatgtacatatgaatgTTGTTTTAGATAGTGATTTTAGCATGAGGTTGTTTTTATGGTCTCAAAGTGAAAAACGAAAACAATCCTTTATCATGTTAATAATATTCCAAaaaataatttaatgttcattttatatgtaattgtattgtaaaaaaaaaaaaaaaatggttttattaatttatgtcAAGGCCCAGACAATGCTCACTTCTCTTTCAAAGGAAAATGTCCTATAATGGAGTATGCCAACAAAATGGCCATTCACAAACAAGTGTTTCTGCCTTCTTCATTTCTGAAAACGTATTGTTAATATATAGGCTAGCAAAGACTCCCTGGATTGGCTCATTCATTACCTCAGACCAATCAGACAGACGTCCTAGCTGTCAACTCAACCTTCCCACAACATTGATCAGTGTTGGCAGATTGTATGGTGTGACCATAGACCTGTGTAGTTAACAGTGCTGTGGGGATATGAGATTTGACAAGCTACAGAGTTTTTCTTTTAACATTTTCTATGTTATGGTGACGCATTATTTTTCGTCATCACAACAGAATTGGTGTCACTGTAACTGAGGTTTGTGTTACCTGCCGATATTCTCACCGTGGTCATAAATGGTCATCCTGCTATCGAAATAAACATGACataatttcctttgttttgtatttaacaAAACCGTTTCAGGGCTTGGTTGGAAGTGATAGTTAAATATTGTACAGAAGACATTTTATGCCATTTCTCCCCCTAAAATAAAGTACAGTGACTGCTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021579736.2 False 5894 mRNA 0.44 11 40992915 41051487
TU2071235 True 2930 lncRNA 0.38 2 40992919 40995869

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110501882 LOC106582411 coding downstream 4704 40942404 ~ 40988211 (-)
LOC110501881 LOC106582412 coding downstream 50935 40930259 ~ 40941980 (-)
LOC110502149 LOC106586321 coding downstream 63678 40883596 ~ 40929237 (-)
LOC110501879 LOC106586322 coding downstream 110673 40835176 ~ 40882242 (-)
LOC110501878 LOC106582406 coding downstream 179478 40736648 ~ 40813437 (-)
LOC118943638 NA coding upstream 388461 41439948 ~ 41447272 (-)
LOC110501886 rhg15 coding upstream 396412 41447899 ~ 41523764 (-)
LOC110502151 arl4c coding upstream 561075 41612562 ~ 41613136 (-)
LOC110501887 LOC106582419 coding upstream 571334 41622821 ~ 41624796 (-)
LOC110501888 LOC106582420 coding upstream 617409 41668896 ~ 41743824 (-)
G1810361 NA non-coding downstream 104256 40888345 ~ 40888659 (-)
G1810351 NA non-coding downstream 125368 40867332 ~ 40867547 (-)
G1810350 NA non-coding downstream 125690 40867020 ~ 40867225 (-)
G1810480 NA non-coding upstream 72075 41123562 ~ 41123869 (-)
G1810491 NA non-coding upstream 81615 41133102 ~ 41133392 (-)
G1810503 NA non-coding upstream 89201 41140688 ~ 41141172 (-)
G1810533 NA non-coding upstream 116785 41168272 ~ 41168475 (-)
G1810552 NA non-coding upstream 136489 41187976 ~ 41188573 (-)
G1808299 NA other downstream 2048385 38944136 ~ 38944530 (-)
LOC110502145 LOC106586333 other downstream 2380628 38520872 ~ 38726596 (-)
G1807731 NA other downstream 2779728 38208790 ~ 38241273 (-)
G1807750 LOC106582372 other downstream 2797819 38193422 ~ 38195096 (-)
G1811042 NA other upstream 553487 41604974 ~ 41605231 (-)
G1812079 LOC106582433 other upstream 1335335 42386822 ~ 42389273 (-)
LOC110502155 psd12 other upstream 1553216 42603998 ~ 42605768 (-)
G1812404 NA other upstream 1625770 42677257 ~ 42677760 (-)
G1810401 NA non-coding upstream 5441 41001310 ~ 41014470 (-)
G1810408 NA non-coding upstream 12891 41008760 ~ 41009125 (-)

Expression


Co-expression Network