LOC110502139 (LOC106599004)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110502139
gene name LOC106599004
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 45262215 ~ 45267589 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036959413.1
tttcaccTGATAGGACTGTTTTGATTTTTGTTGTTTcacttttattattttattcagtgttcagttgtaATAACTTTAACATGGACATGGACCACCCTGCAGTTTGGTCTGAACTTTCCTACTCCTCATCAGATGAAGAAGATCGTAACAACGGCTGCTCAAATGATTTGTTACTCTTATTTTTTACTTATATATTTTcacttaaaatgtattttttcttaaaactgcattgttggttaaaggcttgtaagtaagcattgcaCTGTAAGGTCCTCACCTGATCGGTGCTTgtgagaaatacatttgatttgatttggagaaAATGTACCTTTTCTCTCATCTCCAACTATCAGTAAGGCTGAAGGACAGGTTAGGTGGGCACAGCAACATCCAATCCTGTCATACATTACATCATGCTTTCATTAATTATTTGTTTATCCAACCGTTTGTTcatttgtgtggtgtgtgtgtgtgcagagataTCCTGGGGAGGGGAGTGGCTGTCAGTAACTCAGGGATAAATAGAGAAGCAGAGCTCAGTTTCTCAGAAGGCGGACCTGACAGGGTCACACACAGGACCAAGCAGGAGCAGGACCTCAGCATTTTCACCTTTTATTACAAATGGAGAAACATGAAGATGTTCAGTACTGTTTTCAAGACAGAAACTCTTCTTGCAGAAAGGCTTTGCTATCGACATCTATCTACATAACACTGTACATCTTCTTCTCATTGATTTCAGCAGTTACAGTATTTTTGAACGTACTGGTGatcatctccatctctcacttcAAGCAGCTCCACACTACAACCAACCTGctcatcctctctctggctgtgtcagATCTCCTGGTGGGACTGATTGTGATTCCGGTACTGACTGTAGCAATAATGGAATCATGCTGGGGATTTGGGAAATATTTCTGTGCGTTTCAATTCTACATTACTTTTTTATGTACTTCTTTATCGCTTGGCAATTTGGTCTTGATATCTATTGACCGCTATGTTGCTGTGTGTGATCCCTTATTGTACCACtctaaaataacaacaacaagaaTGATGTGTTGTATATCCATTACCTGGTGTTGTTGTATCATATACGATGCTGTTATTATAAAAAAAGTTGTAAATGTGCAGGTACTGAGTAGGTGTTTGACAGAATGTTTTATTTTTGAAGGAATAACCTGGGTTAATATCACTGACCTTGTTATTACAATGGTTGTCCCGTGTTCTATTATTATAACACTTTATATGAAAATCTTTGTGGTGGCCAGATCACAGGCCAGAAAGGTATTTTCAAAAGAGGCTGCCAGTGTGTCTGGTGTTAAAACTGTACAGGCAAATAAGTCTGAGAGAAAAGCAGCAAATACTCTTTCTATTGTTGTTGTCAACTATTTAATTTGTTGGATTCCATctctatttattttctctttttctGTTTTATTTGACAATTTTTCATCATTTTTCATCATTTTTCTGCCACTTGTTAATTCCTTAATTAATCCAATAATTTATGCTTTCTTTTATCCATGGTTCAAAGTGACAGTTAAACGTATTTTAAATCTGTAATGAAGGTGTTCATAGTTCCTATAATTTTATTCCCTCGGTTGGCCAACATAGGTTTGATATAGTTTTGTAATACAATTtttgtaattatttatttcatgaaACAATACACTGACATTACTTATCTCAGTGTTGTCATCATAGATACATGTGGTGTTGATACAGAATGATTTGTCTGAATTGGAATGGAATCACTTGGAGGAGGCATAAGCTTGTTTTACAAAATACATTGTAGGCATTGTGGATTGTGTACTCCAAATACCTAAGGCTGTGGTTGTTCCGTGTTACTTAATGATAGTATGCAAGTATTCTACAAGTACATTCCGAGGACGTCATGAGTCTTTCTATATGTTGTTTAGCATCTCCCTCTAGTGGCTCAATTGTTACACAACGTCTTCATCCTGTGTTAAATTGAAATGTACTATACTGCTTATCAGATAACGTCCAAGTCTATCTCAGTGGTGTATTGTTTAAGTAGTTGATGGTAAATGGTAAGAATATGCAATtttgggtaacactttataataacATTCAGTAATAAACCATTTGTAAGGCATTTACAGTTTGTAAGACATTTAGAATTTACAGTCTGCTCACCATTTAATATTAAGGCCACATTTGTGAAATGTTACTTAGCTTGGTATTCTGACATTTATAAATAACTTCTACAGTATATGCATTAATTATTCAACACAACAGCGCAGGAGACAGTTGCAGACATTTCAACCTCAACATACTGGGTATTAACACTTCCAAAACTCTCACTACTTCACTGCTGaaaggtcaggggtcacaccAGAGCAGCTCTCTCGGAAGCTGTTTAGTGTGAATGAATATGGAGATTGGGTAACACACAAATCATTTcataatgtataataatgtattttCATAAGATGTTTAATAAATGTCTATGAACCATTAAATAATCATTAGTAAGTCGTGAGAGTTTTGGACTCTCTGCAAGTCGTTTTGCAGTCCCTAATCTAAAGTGAGGACTATTCGTACTTTCTAAtcatttataaatgttttgaaCAGGGACCAGTGTAGTTCATCACAAACAGATGGACATGCTATTGGTAGACATTTCAGCAGTACCTGATGCTCCTTAAGTTCTCAAAATGACCTAGAACGAATCAATGGGTATTAAACAATAAGCACACAACACAGAGGATGTTAAAGGAAATGTattgaattttttttttcaaaacagTCACACTGTTGTAGTAGTGTGCTGAAGAATGCTAACATTATTGTTTGTTGGCAGTGACTACCAAAACCAAAGTGTGGACTGCAGTCACTCATTAGAGCAgttcatagactgcttacagggtaatgGAACCAATATCTAAATACATAATTCAACTGAACATTATGTTTAAAGGGTTACTACctttaatacatttacaagtgaaggtgtccaaatacttatgacttctTTAAATTGGGGGAATAGATACAGAAGATGTTTTCATTTCTAAATGGGAAAACAGATATATATGAAAATTCTCTCAAATAAAAAAGTTGCATTCAGAGTTTTACACCCACTGGGCATACactagttgaatcaacgttgtttatTTTTCAACCAACATGGtgtagacattgaattgacgtctgtgcccagttggCAGGGACTGCTTTCAGTATATGTTGGCCATAGGATGGTACTGTAGTATACAATCTGTGTCTGAGAAGGATGACTTGACTCATTCTATATGAAAGATAATTATTTATGTTCTATTAAGACAACATATATCTGAACTTTATGTGTAAGGTGAAAAGTGTGCTTCTTCCAAACTGAGAAGAGACCATCTGTCTGAATAATACCAAAGCCTTTTCATTACAGAAAACTCCCTGAATACAGattattcagaaaatattcataccacTATATTTAATCCTAATTTTatcttgttacagcctgaatttaaaatgtatgaaTACACTGTTTTTCTCATCATCTACATGCaacacctcataatgacaaagtgaaaacaatgtGAATGCacattaaatacagaaatatctcatttacataagggTCCTATTTTATATCACAAGcagcttataaaggcttcataaagacTTCATAAAGCGTTTATAAACACTACATTAATGTGTCACAAATCATTATAACCACATGTCATCCTCTATGAAGGGTTCACTGTATGTATGAAAATACATTCAAATAAAAGCTGACATTCTATAACATCAACTCAAATGAAAAAAGTGAAAATTATGTAAAttacatatttctgtatttattttgcaatacatttgcaaaaatgtcaaaaaaaatgTTATCACGTACATGTGGCTTTTAACTATGTGACATGAGCAttaatgtcaaatgtgacataacccactaAGTCAAATGGGAAATAAAcctgtgctttataaagggtggcaTAAGCTATGCTTAATAAAGGATTTATGAATCATATGACATTGAGGCATCACAAAGCATGTATTACCTTGTCATGCATTTCAGTAGAGCATTGCAATACCAGGATAGATGGTTTGATTGCCGGGACCACCCATAGGTAAAATTGTATGCACAagtgactgtaagtcgctttggataaaagcatctgctaaattgtatGTATTATATTACTCTAAAACATTTCTAGGATGACCCAACCTCTTTCCCTCTTGGGTGCATACACAATATTGGGACCTGACCGCAACTTTCTCCAAAATGCTGTGCAGCAGGAAGACACACAACTTTCTGTTTTTTTCATCTAATTCCGTTTTCTTGgtttattttattcagctttcaGATATTTCACTTTTTTCTGATTTTAAaaacctttttatttatttatagaaaAACAACTACATTGGAATATCTGTgttcacaacaatgcttaaaccacatcaggggaTTACTTTTCAGTTCTGGTATAAATctgagaaatgtttgttttttagtgTAGTTAACCTTTAATTCAGTGTGCATTGGCTAGAGATGTCAGGGTGTTACGTCTCTTCCTGCTCCATCTGTGCCCAGTGTAAGACGCCCAGAAACCTCCCTTATGGAAAGTGCCTTTCCCTGCCGGTTCCACATTGAAACTGGTCTCACCTCTTGGTGGACTTTGTCACTGACCTGGTTCCTATTCCCCCTGATAAGTATGTGTAAATATGTGTCCTTTGTTCCACATTGCCCTTGTCGATTATTGTTCCATTTCTCTTGGTCTTGTGAGGATCTGTGCTCTGTTGTATAGGCTTACATGTTAccgtgtgtcacgttctgacctttatttcctttgttttgtattgatttagtatggtcagggcgtgagttgggtgggcagtctatgtttgattttctatgatttggggatttctatgtttcggcctagtatggttctcaatcagaggcaggtgtcattagttgtctctgattgagaatcatacttaggtagcttgggTTTCACTGTATGTTTGTGGGTGatttgtctatgttgattgcttgtttcagcacagttctcattagctTCACGTCGTTATTTTGTTCATTGTTTTTgtgtagtgtttcagtgttcagtgttttctttattcaATTTCATGATGagcacataccacgccgcattttggtcctccgatccatctcgcctctcctcttcagatgaagaggacgaccgtgacacctTGTCAgtgtgcacttgttattacgggtcttgaCCCATGTATTCTTTAGATGTTTacacctttttttttattttttatttttttacaacactgtgtttaatatacagttgaagttggaagcttacatacatttaggttggagtcattaaaactcggtt

Function

NR:

description
trace amine-associated receptor 13c-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036959413.1 True 5375 mRNA 0.36 1 45262215 45267589

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118943613 LOC106582482 coding upstream 9289 45250782 ~ 45252926 (+)
LOC110501941 LOC106582491 coding upstream 10251 45175895 ~ 45251964 (+)
LOC110501942 atp5g2 coding upstream 86738 45172891 ~ 45175477 (+)
LOC110501931 lnpa coding upstream 240045 44944427 ~ 45022170 (+)
LOC110502137 LOC106582494 coding upstream 274371 44983911 ~ 44987844 (+)
LOC110502173 LOC106582449 coding downstream 59520 45327109 ~ 45329041 (+)
LOC118943643 LOC106582482 coding downstream 244262 45511851 ~ 45513763 (+)
LOC110502177 LOC106582482 coding downstream 258699 45521920 ~ 45527893 (+)
LOC110501945 NA coding downstream 320133 45587722 ~ 45606501 (+)
LOC110502172 fam160a2 coding downstream 339132 45606721 ~ 45656093 (+)
G1814869 NA non-coding upstream 15318 45246432 ~ 45246897 (+)
G1814868 NA non-coding upstream 17732 45244239 ~ 45244483 (+)
G1814863 NA non-coding upstream 25373 45236516 ~ 45236842 (+)
G1814862 NA non-coding upstream 25801 45236160 ~ 45236414 (+)
G1814861 NA non-coding upstream 26272 45235601 ~ 45235943 (+)
G1814898 NA non-coding downstream 39849 45307438 ~ 45364827 (+)
G1814899 LOC106572616 non-coding downstream 40766 45308355 ~ 45478991 (+)
G1814936 NA non-coding downstream 107904 45375493 ~ 45414937 (+)
G1814941 NA non-coding downstream 201959 45469548 ~ 45471116 (+)
G1815016 NA non-coding downstream 280787 45548376 ~ 45548598 (+)
G1814811 NA other upstream 150986 45110547 ~ 45111229 (+)
LOC110501918 LOC106582467 other upstream 688294 44566863 ~ 44573921 (+)
G1813665 LOC106582464 other upstream 754164 44498457 ~ 44508051 (+)
G1813588 ino80d other upstream 890292 44362661 ~ 44371923 (+)
G1815113 LOC106582487 other downstream 457558 45725039 ~ 45726328 (+)
G1815137 NA other downstream 513910 45781499 ~ 45782536 (+)
LOC110501947 LOC106582498 other downstream 891070 46157212 ~ 46170323 (+)
G1815855 NA other downstream 909018 46176607 ~ 46177757 (+)

Expression


Co-expression Network