XLOC_037077


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037077
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 21202272 ~ 21205472 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075091
CGAACACCATACAAAGGTTAAAAAAGCATTTAAGTCTTTGTAATGGCAAAGCTAGGAAAACAGTTACTCCACAATGAAGACGAGAGACTGgttagttttaatatattcaataCCAATACACAGCAAGACTGCTTGTGTTTGATCAGAActacaccaaataaatattgtgaaatttaggtttttttaaaatgactaattttcaatttttttttaaaattcttttaaaaGGTCCAACTTGGTTTAAAAACCTTTTGAAGTCATTAAGTCACTGTGATAGCAAAACCTAATTACGCCACTAGATGGAAACAAGCTACTATTACTGTAAGTTAATAAACCCCTCACAGAAAGGTACAGtaagggtgtatttatttaaTCCAAACACAGTAAATGCATAATACCGTGAAATGTTATTACAATGTTATTAAATCTAATTATGTTATCATATATTTAAAACCTACTTTATATCTTGATCCTAGGCTCATATTTAACATgattccagtcttcagtgtcacatgatccatcagaaatcattcaaatatgctgatttggtagtaaacaaaacatttattattaatttaaatcttGAAATCATTTGTGCTGGCTATTTTTGTAGAAACGGTGATGCATTTTTTCCAGAATTGCTCAATATCAATTCTACAATTGCTACATGATGTTACTAACccttaggcatgggatgataaccagtttcaaggtttacctcTGTTTGAAAAAGTCACAGTTTCGAAACCGCtacatttttctgttttacaGTTTCTGCAGTATATCTCCAGCAGCAAATAACCATACACATCAACCATACACAACAACATGTGAGAAACAAGTAGCTTATGCACCTACATACAAGCATACTATGGACCTGAACAGTGCCAAAGATGCATTTTCAAGTtgtaaaaaaatctttgaaaCTAATTACAGAACTtggtgatttattttaattatttatcctgcttatttacagctccaaaatattttaaatgttccttAAAGTATAATATATATTGATTTCAATAGGAGAAAaagtttcagacatttaaaaatatatatatattttaaatcaaaaacCACAATACTgtcaaactgtgatatttttatccaaggttatcatacagtcaaAACCTTATACCGGCCTATGCCTACTCACCCTCCACTTGCTCCAGCATCTATTAGTTTCCTTCTTTTGTTAAAGcatttcttttttaagaaaatgcTGGGGAAAAAAGTAGCcaatgacttccattgtattttttcctACTAATGTACTGGTTTTAAACCAGAGAAAGGAAACTCATAGTGTTGGAGccacttaaagagacagttcactaaCAAAATGGAAATTCTATCAAACtcaacattccacttctttcaaatttttttttaggtaTAAAATAAAGGTGTTTTAAAGAAGACATAGTAAATAAAGCTGGAagtcattgacttgcatttttttCCTACAATGAATATCAATGGCTGCTATTTCCCAACATTCCTCAaagcatgtttttgtgtgttcaacGGGGAAAAAACTCAAAAAGAGGCCACTTTTCTGAGCCACTTTTATTTTCCtgtaaactatccatttaagctTTGTGGATAAATGCTGTAAGCAAAAACTTAAAGTCAGattattagcaagattctatgAAGCTATAGTTAAGACATAACAAACTAATCTCTGTGCAACTAATGACTTTTATAGtcctttttaaaacataaaaacaaatttcACAACTACGATATCCAGGAGAATGCTACATAGCACATGTAGCTGCATGACAGGCAGGCTTTGTTCTCGACGTCAGTTTGAATGTTTGATCTTTGTTCTGCTGAGAGCTTTGAGTTCAACGCCGGCTGTGAACTCAGTTTTTCATGTCTCCAAGATTTAGAGTATTCTTACCCTCCACGTGTCTGTCTGGGTTTTCATGGGCTCTGCTCTAGTGAGAGCAGCTTCCTTTTGTCGGAGTGTTTTGTGCTCTTATCCAAGGCAGGGGGGATCTGCGCTTACCGTCACTTGTGTTACTTGTGCATGGCTGGACTGAAACACTTGCGTCGATTGTTGTTCTTTTGCAAGTCTAAGTTACCTGAAAACGCAGATCGAAGTCAAGTTAAAGGAACAAAAAAACATAACGTAAAAACTTACTCACAGTGACTGTCTACATTCAGCATCATGATGATTCTTCAAACTGTTATAAATGCATCATCATCGTTAATAACTGCAAATCTCAAACCTGCTCAAACCATCGACACGAACTCAACCTAACCTTGTTTATGCACTTACTTGGACTGACAAAAGTAGCGCCGTGATTCCTTGTATTCTATCTTTTGTAAGCCTAAAACGCAGATCGAAAACGACAATCAAGtaaaagttacatttaaa
>TCONS_00075092
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>TCONS_00072978
GTGCTTGCTTCGGcagcacatatactaaaattggaacgatacagagaagattagcatggcccctgcgcaaggatgacacgcaaattcGTGAAGCGTTCcatctttta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000083520

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075091 False 2395 lncRNA 0.34 2 21202272 21205472
TCONS_00075092 False 2249 lncRNA 0.36 2 21202948 21205472
TCONS_00072978 True 107 snRNA 0.46 1 21204616 21204722

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037076 hsd3b1 coding upstream 1808 21194445 ~ 21200464 (+)
XLOC_037075 si:rp71-68n21.9 coding upstream 25411 21165017 ~ 21176861 (+)
XLOC_037074 hao2 coding upstream 37655 21146862 ~ 21164617 (+)
XLOC_037073 wdr3 coding upstream 329707 20853894 ~ 20872565 (+)
XLOC_037072 tent5c coding upstream 418225 20780813 ~ 20784047 (+)
XLOC_037078 pla1a coding downstream 9468 21214940 ~ 21226132 (+)
XLOC_037079 hcn5 coding downstream 37863 21243335 ~ 21257516 (+)
XLOC_037080 ska3 coding downstream 54185 21259657 ~ 21274664 (+)
XLOC_037081 lats2 coding downstream 72374 21277846 ~ 21299336 (+)
XLOC_037082 xpo4 coding downstream 101430 21306902 ~ 21357841 (+)
XLOC_037067 CR456628.1 non-coding upstream 765757 20433812 ~ 20436515 (+)
XLOC_037066 CR456628.2 non-coding upstream 810238 20386745 ~ 20392034 (+)
XLOC_037065 CR933734.2 non-coding upstream 1361217 19837383 ~ 19841055 (+)
XLOC_037064 CR933734.1 non-coding upstream 1378658 19821457 ~ 19823614 (+)
XLOC_037063 NA non-coding upstream 1392094 19798251 ~ 19810178 (+)
XLOC_037086 BX649266.2 non-coding downstream 290401 21495873 ~ 21496699 (+)
XLOC_037089 NA non-coding downstream 556224 21761696 ~ 21765735 (+)
XLOC_037095 CR536604.1 non-coding downstream 778637 21984109 ~ 21985996 (+)
XLOC_037104 NA non-coding downstream 1107261 22312733 ~ 22313617 (+)
XLOC_037062 NA non-coding upstream 1148823 19795154 ~ 20053449 (+)

Expression


Co-expression Network