XLOC_037116


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037116
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 22988941 ~ 22998060 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075104
AACTGAAGCACAGTTTCCCAAAGCAAAACCGATGTGCAACGTTCACTTGTGAAAGTTCACGCGACATCATCATTTTGTAAGTCATGAGTTAATTACCAAGAAAATTAGGTTTAATACATGTTGTGCTGGGGTGAGGGAAACAACTGTTTATGCAAACATGATTTGACCTTTAACAGTGCAGTCTGCCTGAATGAATGAGTGTCATCATATTGAAGGAATGTTCCGACTACAGACTATTGATTTACCAAGGTCAACAAGTCAATctcgatttttaaaaatgtatgtatttttaacaaataaatatgttataatagttgatttaaaaagtttacaagcacttttagcaaattttttttaattaataaactaaaaactATTAACCTGCTGTGCTTTTACTGAATAGGCACTGTGCTGCATCTGACAGATTATTATAAcacataatttaaaacatttttatctgttttttttttcatttttattatttgtttttatttttcttatactttatctatttttcttatctattttattcttgtttatgtaaagcactttgaattgccactgtgtatgaaatgcgctatataaataaacttcccttgccttgcctaaatacCAAGAAAAAAGGTATAaaacttcaaataaataaatgacagaattccaAAGCACGGGCACTACTCTGTCCTGGAACGCCATGCTGGATTGCGTGGCATTCCTCAGTATCCCCGTGAGAGAGCTTTCAGAGCATATTGGCTGTGCTGTGTAATTACAGTATGCTGCATGGGCTGCAGTGACCAGGCCATATGGACAGAGCTAATCCTCCACATCAGCACACACTCCTCCATACAGTCATCAGCATGCTAAACAGACATCAGCCGTCAGTCTGCTGTAATCCACACACTGGATCTCTACAGCTCAAAGCAAGGGATTTCCTTTTTGTGTGATCAATTGGGATCAAGTTCTGCAGCCAATGCATTATCAGCATTTGATACTGAGCTCCCAGATTTACTATCAGCttcttacattacatttttactgtACATTAGCCAAAGTGGCACTTTTATCAGAGACTAACgacttatttagcattttattgtgTCATTTATCTTTATAAGTTATTCATCTTAATATGTAGCTGTATTCGGGACTTTAATAGCTAACCGCATGCGGTTGTGGTGGAAGGGGGGCTTGACATAAAAATCCAGGTCCCTGCAGTTCAGTTGGGTTGGTTTAATGCACTACACTACAGCCAGTAAATGCTTCATCCATTAGCTTGAATGTCTCTCCAGAGGGCCGGTATTTTTTATATAGTCTATTTATGAGCAGTGGCACACGGTGCAAATACAATATGGCAAATATTATCCGATTAATAGTAAAACCCACATGGCTTCAATTAGAAACATATACACCAaaagtaatacaataaaaaaaaacatccactttTGTAGTATGATGGTATTCTTGAATGTACCAtgaactacactcaccggccactttattaggtacaccttacttgagtggttatttaagttaccgttgcctttctttcagctggaaccagtctggccattctcctctgacctctggcatcagcaaggcatttgcacccacagaactgccgctcactggatttgtttttatgaacattctctgtaaaccctagaaatggttgtgcatgaaaatctcagtagatcagcactttctgaaatactcagaccaaaccatctggcaccaacaactatgccacatttACCAGGGACAACAACCAGTCCCTTAAATCATCTTTTCCCCATTCCGacgctcagtttgaactgcagccaTCTTGACCATGGGCtacgtccgaaactgcatacttccatactatatcgtatgctaaaatcagtatgcgagctgcgtagtatgtccgaattcatagaattggaaaaaatcagtatgcaagaagttcCCGGAtgacttccggcgagattctgaagtgcacatcccatgcatgctgcgctttCCCATGATGGcttgcgagagaattcatgaatgggtgtgaagcgacgcaactgacacaggtaggtcacgtgaccataacaaaatggcggatgtagtatgtccgaattccattcatacttttcacattcatactgtatagaatataGTTTTCCAACGGCCGAGTAGAACGTTTCAATtcaaaatgcagtacctactgagtagtaggtggtttcggatgcagcccatgtttacatggctaaatgcattgagttgctgccatgtgattggctgattagagatcTGCGTTAAAAAACAGTtgaacaagtgtacctaataaagttgaaCAGCAATTacataggtgtacctaataaagaggctaGGGAGTGTTtagttcatatttttatttataggcagtttcttaatattttgtattttaccaAAGTTCCATTGTATTATTTAGTGGTTAATATTCTGCAATGAAACAGTAAACAGCAATATTCTGTGAATATTCAGtttgaattattaaaatttaCTTAAACACTACAATTTTTGGAATTAATCGTGTGACCCATTTGTTTTGTTAAGCTACACTGGCAACAATTTCTtttagaatctacagtaacttactagtagcagttcaccagtaacttactgtaaattaattacagcaaaaacactgtatttacatttacagtccCATTTATCTTGCTCTATTTACAGTCCTTTTCACAATGCAACTCTAAAATATAgaaacatactgcataactgtcctacagtataattcagttcatattatagttaaatactgtgtaaattataaaaattgtttaacctaatatttaaactaaacctaaataatatttacatagCTTCAAAACTAAAGATTTATTGGTGATTTTgcaaaataacaaaatgtaattaaCATTCAATATTTCTTATAACAGATGTCTAGGTATGGAACAAAAGAAACAGCAGGATCAGactacataatatttttatttgtaacaaaAATCACTGTGTCAATTTATGTGATTATAACTTGTATATAGAAGACAATAAGGGCCAAAGTCTTTGAATGAAATGTAAGACATTTCGTTGTGTCGGCAAGCACAGTTTGTCAATGCATCAGCAAACAGAACCAGCCAATGAAATTGCTCCATTTGAAACTATATTTGTCTCTGTGACACAATGGTTCATTACGATATAACTATATTACAAATGTCAGACTTCATGTTTATTCATACTGGCATGGATTTATACGCAAACACCAGATATTATATTACCATGCATAAAAATTGCTGTAAAGCATTACAAGATGTGCGCTGTCCAGTATGATGCATCGTATAAGATGAACTGACTGAATATCAAGCTAATATGCCGGTATGAAACAATAAATATTCTCATAACATGCTACAATTCAAGTTTTAGATGAGCCTCTTTACCAATGCTACAACAATGCGTTAATATATCAATTCCATGACCTTCCAAACTTCACAGTGCCCTTCATTTAGCTAATAGTTTTACTACAAGTCAAGTTAACCCACTGGACATTAAATTGCCTTCATTAGAAAAAAGCATAAATTTAGAGCCAAtgaattacacatttttaaactgaCAATGGTACAGAATGGATCCAGGTTTTTAATACAGAGCGTTTGTTGCAGTGTCTGGGCCAGTGGAAGCATTAAAGAGATTGATGGACCTCTGGGCTTGGAGCTGGTGGCCATGACACTCAAGATGCAGAGCGTCCACTGAGCAGCGGCCGTCACCCTGCCCAAAGACTCGCCATTCCTAATTTATGAGGGCTCTGCCAGACCTCAATAATTCATTCAGCCAGCTCCACACAGTGATCACTGGAGCACGCACCGCCTTTCAcacaagaccaaaaaaaaaatgtaataaataaattctcTTTCAGACTAGGTTTGCCTCTCCATTGTGAGATTCTTTTTTTGGCAACAGATGGACTATATTTGGTCCTGCACATGAATCAGCATATGACGCACAAATAGAAAAAGATGAGAAAGCTGATGCGGCATTCATTAAACTATCAAACCCACTgaacattatatataaaaataagcaaTATGCAATGTTGTTTGTATCTGCGATAGCAATAATTCTTAAGATATTACATAAGCATGTTATTTATACCTATTACATAAAATGCTATTATTGTTAgatatgtttttaaatcatttatttactgaatgatgttaaaataaaaaggtaaaagacattcattcattcattttctttttcggcttagtccctttattaagcgtcgccacagcggaatgaaccaccaacttatccaccatatgttttacacaggggatgcccttccagttgcaacccatcactgggaaacacccatacactttcattatCCAATTCAATTATACCTCCTCAAAGCCTGACTGCATTAAAATCATATTAactgacttttgcagcatgggatgtgattgttatttgtattatcaagtgtttattttatattattaagtactttattcatgttttaaaagcgtgaaacagaatttgtgctgttcaatGCATGAGCTAGGGATGTCTTCACCAACGTCAAGAGCCAATCTATATGCCCTTGTAATTAATTCTAATTtagaccaaaaaataaataaaaaaaaactgttggatGAGTGAAAATGGATATATGGATGAGTGAAAACttcagcagatattctgactctgattgtcTGTTTATTTTGAACTCGGCTTTGGGCCACTCCAGCCAATATCAGAACAGCAATTACTGTGGAGGTGGGGGAGAAACATAGtaaggccccatctgattggtcaaatttatatgaacaattaattcatttaataaatctAATTTATCACACATCCGCAAtaagtttattatatataatattatcaaCAATAATCTATTATCGATGATAATCTTGCAATATATTGGATAAtatatacactatacatatatttGCAATgacatattgtatatttttagttAAAAGCTCtacaaaatttgtttaaattatttt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075104 True 9120 lncRNA 0.35 1 22988941 22998060

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037115 tsn coding upstream 49431 22929675 ~ 22939510 (+)
XLOC_037114 rif1 coding upstream 186769 22780901 ~ 22802172 (+)
XLOC_037113 tnfaip6 coding upstream 209128 22764235 ~ 22779813 (+)
XLOC_037112 itgb5 coding upstream 240926 22677503 ~ 22748015 (+)
XLOC_037111 si:dkey-189g17.2 coding upstream 316115 22656976 ~ 22672826 (+)
XLOC_037117 eaf2 coding downstream 5148 23003208 ~ 23007941 (+)
XLOC_037118 si:dkey-91i10.3 coding downstream 11548 23009608 ~ 23023288 (+)
XLOC_037119 CR394542.1 coding downstream 48207 23046267 ~ 23046385 (+)
XLOC_037120 mmadhc coding downstream 51440 23049500 ~ 23056240 (+)
XLOC_037121 BX936418.1 coding downstream 126192 23124252 ~ 23162384 (+)
XLOC_037110 NA non-coding upstream 346256 22642386 ~ 22642685 (+)
XLOC_037108 BX548053.3 non-coding upstream 411882 22576945 ~ 22577059 (+)
XLOC_037104 NA non-coding upstream 675324 22312733 ~ 22313617 (+)
XLOC_037095 CR536604.1 non-coding upstream 1002945 21984109 ~ 21985996 (+)
XLOC_037089 NA non-coding upstream 1223206 21761696 ~ 21765735 (+)
XLOC_037122 NA non-coding downstream 128096 23126156 ~ 23128231 (+)
XLOC_037126 NA non-coding downstream 323774 23321834 ~ 23333979 (+)
XLOC_037127 NA non-coding downstream 365788 23363848 ~ 23456345 (+)
XLOC_037128 CR392363.1 non-coding downstream 366182 23364242 ~ 23367209 (+)

Expression


Co-expression Network