XLOC_037128 (CR392363.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037128
gene name CR392363.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 23364242 ~ 23367209 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00073080
tacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagttgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaatggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatatgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacatttttttatcatgatctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaacattcaacatgtttggttaccatggtatTGGAGGACTCCGCGCACGCGGCCACGCagcgcttcacttcacttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattccgagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggcatcaagaacacgcagatggcctaaacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgtcttgactgctactgtgttctctaaaggttttctggaagTTCCATTTGAGAGCATCAAGGACATACTGATGGCCTAAACCagtgtcagcctagacagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtatggtgttctctaaaggtgtaactggagcaaaacaacagcacccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagTGATATATCAGGTATAgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCAAACTACTCGTAGTAAACACACACGCTGATCTGATGGGGGAGAGATATAcgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaagtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgctttta
>TCONS_00073081
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>TCONS_00073082
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>TCONS_00073083
acttaattacgaacacctgacctgcagtgcagcagaattccgagtcttgtttgcgctccggtgacgcgcagctaacctcgagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggcatcaagaacacgcagatggcctaaacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgtcttgactgctactgtgttctctaaaggttttctggaagTTCCATTTGAGAGCATCAAGGACATACTGATGGCCTAAACCagtgtcagcctagacagacagacagacatctattgcagttctgctacacaagaccaaactctctgcttttgtatggatgtctgactagtatggtgttctctaaaggtgtaactggagcaaaacaacagcacccgttacagtgaaatttgtgttcataaaagatagTGATATATCAGGTATAgtaacaggtccagtacatttgtcataaaggttaaatcacagtaagtactgtaaaaataacttgtttgcctttgccacaacaggtcatggtGTGTGCAAACTACTCGTAGTAAACACACACGCTGATCTGATGGGGGAGAGATATAcgcaaacacatttgtatttactgttttgttttgcctcactaaagtgttgttggagcttggtatgttcacagttgaaatcactgaagtcacatggaacgttttgacaatgtgttttgtgccttatcttgacaatgaccatcttgggaccattgctgtctgtagaggatgaggagcatttaatctaaaatattttagtttgtgttctgaagattaacaagtctctgggatgacacaagtaattaataacagaacctatatgaacacttaatgtgacatgtaatagtgaaatagtggtcctacattcacaaatgtgagccattattataagacccatgtgaacatgcaatttttatgatactaataataataatggaataacaaattgctttta
>TCONS_00073084
attattagtgttattattacaaagttaactgctgtcgtttcactgttgttgttgtttttgcttttagacatgtaacttactccagagacgcactaacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggcatcaagaacacgcagatggcctaaacctgtgtcagcctggacagactgcagttctgctactccacgccaaggcttttgtatggatgtcttgactgctactgtgttctctaaaggtattactggagcaaaacaacagcacccgttacagtgaaatttgtattcaaaaaaaatagtgatacatgtgtagcaggtccagtacatgtgatgtcattgagaagttgttttattaaatgtcattaaaacaaataaataaacatgctatttaaataaatctaaatattaaaaacttgaggattaagatgacaaatgaaatgcatcatctgtcttgcgaaaagggtctacttaagaattctggtgttttccaactgaaagggatagttcacccaagaatgaaaatttactcacatttta

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000094734

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00073080 False 1374 processed_transcript 0.39 4 23364242 23367209
TCONS_00073081 False 970 lncRNA 0.40 3 23364582 23367209
TCONS_00073082 False 1158 lncRNA 0.40 3 23364611 23367004
TCONS_00073083 False 1043 lncRNA 0.40 5 23364611 23367209
TCONS_00073084 True 556 lncRNA 0.36 2 23364946 23365778

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037126 NA coding upstream 30263 23321834 ~ 23333979 (+)
XLOC_037125 tmem163a coding upstream 50900 23255410 ~ 23313342 (+)
XLOC_037124 map3k19 coding upstream 130178 23232901 ~ 23234064 (+)
XLOC_037123 map3k19 coding upstream 133039 23224761 ~ 23231203 (+)
XLOC_037122 NA coding upstream 236011 23126156 ~ 23128231 (+)
XLOC_037129 cntnap5a coding downstream 144704 23511913 ~ 23625232 (+)
XLOC_037130 gypc coding downstream 298568 23665777 ~ 23718614 (+)
XLOC_037131 BX957274.1 coding downstream 329715 23696924 ~ 23700456 (+)
XLOC_037132 faima coding downstream 380924 23748133 ~ 23755337 (+)
XLOC_037133 si:ch211-219a4.3 coding downstream 398378 23765587 ~ 23779525 (+)
XLOC_037119 CR394542.1 non-coding upstream 317857 23046267 ~ 23046385 (+)
XLOC_037116 NA non-coding upstream 366182 22988941 ~ 22998060 (+)
XLOC_037110 NA non-coding upstream 721557 22642386 ~ 22642685 (+)
XLOC_037136 NA non-coding downstream 517147 23884356 ~ 23887281 (+)
XLOC_037147 BX571803.2 non-coding downstream 1016925 24384134 ~ 24387531 (+)
XLOC_037148 BX571803.4 non-coding downstream 1056583 24423792 ~ 24427240 (+)
XLOC_037151 BX323457.3 non-coding downstream 1699452 25066661 ~ 25067730 (+)

Expression


Co-expression Network