XLOC_003722


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003722
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 43811629 ~ 43817356 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008693
gctctagtgacagtcgctagaggccatggtctttagcctccttgttagagcaaacgACTGTCATGcggagggtcgctggttcgattccagctcagagcgggttgagTGGTGTTGGACTGGCGGGTTACTCAAGCATTGggttgaaaaatataatttaaattcaatttaacaaattaacccaatgttgggtttgtccatatttgacccaacgttgaattaaaacaacccagcagttAATTAGAATGTATAAatggagtcaatggttacccatttctaacattcttcaaaatatcttcttttgtatttaacaggaAATAGAAAGTCATGAAGGATTGAGacgagtaaagggtgagtaaatattacACTGTTTTCACTTTTGGGTACTCAAAATGATGGGTTGTTTTATCCCAacgctgggtcaaatatgaacaagctgcacagttgggttaaaaaatattatttaaatttaattttcaaaaatgtacCAAGCGATGGGTTTGTGCACATTTGACCGATCattgagttaaaacaacccagaattGTTTAGTGTATGAAtgtcagtggttaccagtttctaacattcttcaaaatatcttctttcatatttaacaagaaatagaaactcataaaggattgAGAcgagtgaaggGAAATCCCCGTCCGCCGGTCCATCCGTCTTGGGGAGCCCGCAGGACGCGCAGCTCGTGCTGGTGCTCGGGGTCTCGGTGTCCGGTGCCGGTGTGCCGCGGATGGAGGACAGGACGCAAACTAAACAAAGCACTTCAAACATCAAGCTTTTCATCTTCCAGGATGCGagctggatggatggaaatgAAAGTTCGTATCCGCCTTGATTATTTGTCGCTCTTTTGTTTTccctctaattaaaaaaaaaagtgtaagatCCACTGCTAGAGGTCCGGGCTTGGGGAGTGATTAAAACACAAAGCAATTAATCCCGGCTTATGGATATCCCGGACACACAGTGATGCATTCAGTCAAATTCTGCTCGATTGATTCTCCATTTGAGTGAATAATAAAGTCTTGCTTTCAGCGGACGCACTTTTACGCACGAGCCTGGCGCGTCATGGCATGACTGGAAATCTCAGCATTACGCGTCAAATAAAAACCCCACAGACTAAACAAAGGATCTGTTATGATTCCTTCACTCTGCTAACTTAAAATCctccatgatgatgatgatgatgggagAGAGTGTGAAGCAGTCACCCGCGGAATTTCCAAATAACCATTCGCCTTTTATGTTTGTTAGTTCTTCAATAAAAAATCCCGTCCTCCTTTGTTGGACATTTTGACTTCCAGTGAAGGTTTCCCAGACACTTCTTCATCATCGCTCTCGGTGCTCGGGATGCTGTGCGggagcttctctctctctctccagcgaACAGACATTGTGCCGCTTCAGAGCCGCAGGAAAGTTTATATACTGGACTGAAGGACCACGTGGGACGAGCAGCAGCTCCAGAGGATTATAAAGGTATCTGATCTGACTGAGGAAATGTGCCAGGACTAATGCGACATTTCagagcattttctttttaatgcaaTTCTCATTCAAATGTTGCACAATAACAGAAGTCACGAGAGTCATGCGTTTAAATTAGCCAATAAAAGTGCGCAATAGTAAACAAGACAGCATCTATTGATGATAACAATACAAAAAGTGCATAATGCCGAACATATATAGGTATATTTTAAGTGATTGtgcattattttattgaatagaatttaaaaaacgcacgaaatgtgtgtgtgtggaaaggaTGGAGCATCCTCTTTgactaaaaacatttaaaggcaGCAGGTTTCAGTCATGGAAAGCAAATGAGCAACACTTTTTAACAGGTTTGAGTGATTGAACGTGTGAACTCGTAAACTTGTCCAGCAGGCGCCAGAGGAGCTCATCTAAAAATCACTGACCTGCCAAACTCACAGATACTGCTTCAAAAGCACCACTTTTACATAGTCTGAGCATTAAAATAGGCTCTATAACATAGAGTGtagctgtttttaaataaaacaacgtgcaaatatttttaaaaacgcaATAAAAAGGCATTTGAACTCAAATGAAATGTGATTTtagatttatgtaaaaaaaatgaatagcgCATCACTGATGGAGTTTAAAGTTGTAAAACAGCGCCACCACTCGCTAAAACAAGACATCACATGTCATGCATACACACTGTCACCTTGGAATTGGTTCTGTCTGCGTTCTAAATGGTTTTGAGATGTTGAGTGTCAAAGTTATTACAataaatatagcaaacagtatgtgtctAACAGTTCTCTTTcctacattaacatgacagagaccctaaatatactctaaatgtaaattatcaaaattctcttacatttgcaaattggagtttatgttgttttgactcaacattgg
>TCONS_00008694
atagaaactcataaaggattgagacgagtaaaggGAAATCCCCGTCCGCCGGTCCATCCGTCTTGGGGAGCCCGCAGGACGCGCAGCTCGTGCTGGTGCTCGGGGTCTCGGTGTCCGGTGCCGGTGTGCCGCGGATGGAGGACAGGACGCAAACTAAACAAAGCACTTCAAACATCAAGCTTTTCATCTTCCAGGATGCGagctggatggatggaaatgAAAGTTCGTATCCGCCTTGATTATTTGTCGCTCTTTTGTTTTccctctaattaaaaaaaaaagtgtaagatCCACTGCTAGAGGTCCGGGCTTGGGGAGTGATTAAAACACAAAGCAATTAATCCCGGCTTATGGATATCCCGGACACACAGTGATGCATTCAGTCAAATTCTGCTCGATTGATTCTCCATTTGAGTGAATAATAAAGTCTTGCTTTCAGCGGACGCACTTTTACGCACGAGCCTGGCGCGTCATGGCATGACTGGAAATCTCAGCATTACGCGTCAAATAAAAACCCCACAGACTAAACAAAGGATCTGTTATGATTCCTTCACTCTGCTAACTTAAAATCctccatgatgatgatgatgatgggagAGAGTGTGAAGCAGTCACCCGCGGAATTTCCAAATAACCATTCGCCTTTTATGTTTGTTAGTTCTTCAATAAAAAATCCCGTCCTCCTTTGTTGGACATTTTGACTTCCAGTGAAGGTTTCCCAGACACTTCTTCATCATCGCTCTCGGTGCTCGGGATGCTGTGCGggagcttctctctctctctccagcgaACAGACATTGTGCCGCTTCAGAGCCGCAGGAAAGTTTATATACTGGACTGAAGGACCACGTGGGACGAGCAGCAGCTCCAGAGGATTATAAAGGTATCTGATCTGACTGAGGAAATGTGCCAGGACTAATGCGACATTTCagagcattttctttttaatgcaaTTCTCATTCAAATGTTGCACAATAACAGAAGTCACGAGAGTCATGCGTTTAAATTAGCCAATAAAAGTGCGCAATAGTAAACAAGACAGCATCTATTGATGATAACAATACAAAAAGTGCATAATGCCGAACATATATAGGTATATTTTAAGTGATTGtgcattattttattgaatagaatttaaaaaacgcacgaaatgtgtgtgtgtggaaaggaTGGAGCATCCTCTTTgactaaaaacatttaaaggcaGCAGGTTTCAGTCATGGAAAGCAAATGAGCAACACTTTTTAACAGGTTTGAGTGATTGAACGTGTGAACTCGTAAACTTGTCCAGCAGGCGCCAGAGGAGCTCATCTAAAAATCACTGACCTGCCAAACTCACAGATACTGCTTCAAAAGCACCACTTTTACATAGTCTGAGCATTAAAATAGGCTCTATAACATAGAGTGtagctgtttttaaataaaacaacgtgcaaatatttttaaaaacgcaATAAAAAGGCATTTGAACTCAAATGAAATGTGATTTtagatttatgtaaaaaaaatgaatagcgCATCACTGATGGAGTTTAAAGTTGTAAAACAGCGCCACCACTCGCTAAAACAAGACATCACATGTCATGCATACACACTGTCACCTTGGAATTGGTTCTGTCTGCGTTCTAAATGGTTTTGAGATGTTGAGTGTCAAAGTTATTACAataaatatagcaaacagtatgtgtctAACAGTTCTCTTTcctacattaacatgacagagaccctaaatatactctaaatgtaaattatcaaaattctcttacatttgcaaattggagtttatgttgttttgactcaacattgg
>TCONS_00008695
AGAAACTCATAAAGCATTGAGACGAGTGCGGCTCGTGCATGTACGCCGCGTGCCCGTCCAGATTCGGGATCTCCACCCGCCCGTCCTCGCGCAGCTTCCCGGCGTGCAGCTTCTTGAGCGCGGTCACCATCGCCGCCTTCGGGATGGGGTGTGTGATGTTGGGTCTGTCCCGCATCTGCAAGCGGCTCAAAATGTGTCTCTTCACCGCCTCCAGGAAATCCCCGTCCGCCGGTCCATCCGTCTTGGGGAGCCCGCAGGACGCGCAGCTCGTGCTGGTGCTCGGGGTCTCGGTGTCCGGTGCCGGTGTGCCGCGGATGGAGGACAGGACGCAAACTAAACAAAGCACTTCAAACATCAAGCTTTTCATCTTCCAGGATGCGagctggatggatggaaatgAAAGTTCGTATCCGCCTTGATTATTTGTCGCTCTTTTGTTTTccctctaattaaaaaaaaaagtgtaagatCCACTGCTAGAGGTCCGGGCTTGGGGAGTGATTAAAACACAAAGCAATTAATCCCGGCTTATGGATATCCCGGACACACAGTGATGCATTCAGTCAAATTCTGCTCGATTGATTCTCCATTTGAGTGAATAATAAAGTCTTGCTTTCAGCGGACGCACTTTTACGCACGAGCCTGGCGCGTCATGGCATGACTGGAAATCTCAGCATTACGCGTCAAATAAAAACCCCACAGACTAAACAAAGGATCTGTTATGATTCCTTCACTCTGCTAACTTAAAATCctccatgatgatgatgatgatgggagAGAGTGTGAAGCAGTCACCCGCGGAATTTCCAAATAACCATTCGCCTTTTATGTTTGTTAGTTCTTCAATAAAAAATCCCGTCCTCCTTTGTTGGACATTTTGACTTCCAGTGAAGGTTTCCCAGACACTTCTTCATCATCGCTCTCGGTGCTCGGGATGCTGTGCGggagcttctctctctctctccagcgaACAGACATTGTGCCGCTTCAGAGCCGCAGGAAAGTTTATATACTGGACTGAAGGACCACGTGGGACGAGCAGCAGCTCCAGAGGATTATAAAGGTATCTGATCTGACTGAGGAAATGTGCCAGGACTAATGCGACATTTCagagcattttctttttaatgcaaTTCTCATTCAAATGTTGCACAATAACAGAAGTCACGAGAGTCATGCGTTTAAATTAGCCAATAAAAGTGCGCAATAGTAAACAAGACAGCATCTATTGATGATAACAATACAAAAAGTGCATAATGCCGAACATATATAGGTATATTTTAAGTGATTGtgcattattttattgaatagaatttaaaaaacgcacgaaatgtgtgtgtgtggaaaggaTGGAGCATCCTCTTTgactaaaaacatttaaaggcaGCAGGTTTCAGTCATGGAAAGCAAATGAGCAACACTTTTTAACAGGTTTGAGTGATTGAACGTGTGAACTCGTAAACTTGTCCAGCAGGCGCCAGAGGAGCTCATCTAAAAATCACTGACCTGCCAAACTCACAGATACTGCTTCAAAAGCACCACTTTTACATAGTCTGAGCATTAAAATAGGCTCTATAACATAGAGTGtagctgtttttaaataaaacaacgtgcaaatatttttaaaaacgcaATAAAAAGGCATTTGAACTCAAATGAAATGTGATTTtagatttatgtaaaaaaaatgaatagcgCATCACTGATGGAGTTTAAAGTTGTAAAACAGCGCCACCACTCGCTAAAACAAGACATCACATGTCATGCATACACACTGTCACCTTGGAATTGGTTCTGTCTGCGTTCTAAATGGTTTTGAGATGTTGAGTGTCAAAGTTATTACAataaatatagcaaacagtatgtgtctAACAGTTCTCTTTcctacattaacatgacagagaccctaaatatactctaaatgtaaattatcaaaattctcttacatttgcaaattggagtttatgttgttttgactcaacattgg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008693 False 2422 lncRNA 0.40 3 43811629 43817356
TCONS_00008694 False 1807 lncRNA 0.41 2 43813393 43817356
TCONS_00008695 True 1987 lncRNA 0.43 2 43813706 43817356

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003721 zgc:153431 coding upstream 24476 43751263 ~ 43787153 (+)
XLOC_003720 ralbb coding upstream 67927 43740949 ~ 43743702 (+)
XLOC_003719 gli2b coding upstream 97879 43661735 ~ 43713750 (+)
XLOC_003718 CABZ01073015.1 coding upstream 164955 43643158 ~ 43646674 (+)
XLOC_003717 NA coding upstream 275739 43532582 ~ 43535890 (+)
XLOC_003723 NA coding downstream 4199 43821555 ~ 43822853 (+)
XLOC_003724 NA coding downstream 126526 43943882 ~ 43950660 (+)
XLOC_003725 FP016005.2 coding downstream 207406 44024762 ~ 44024878 (+)
XLOC_003726 FO704721.1 coding downstream 317995 44135351 ~ 44138271 (+)
XLOC_003727 NA coding downstream 345974 44163330 ~ 44196871 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 27688547 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 31099633 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 31117366 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 31126030 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 31131601 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003712 CABZ01058277.1 non-coding upstream 513996 43295275 ~ 43297633 (+)
XLOC_003710 CABZ01080006.1 non-coding upstream 734288 43070883 ~ 43077341 (+)
XLOC_003709 CABZ01092982.1 non-coding upstream 766680 43044826 ~ 43044949 (+)
XLOC_003728 NA non-coding downstream 408844 44226200 ~ 44447359 (+)
XLOC_003708 NA non-coding upstream 763608 43035558 ~ 43048021 (+)

Expression


Co-expression Network