XLOC_037290 (med14)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037290
gene name med14
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 34397516 ~ 34429575 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00073380
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Function

symbol description
med14 Predicted to enable transcription coregulator activity. Acts upstream of or within animal organ development; blood vessel morphogenesis; and stem cell population maintenance. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of core mediator complex and mediator complex. Is expressed in head and trunk. Orthologous to human MED14 (mediator complex subunit 14).

GO:

id name namespace
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II biological_process
GO:0048514 blood vessel morphogenesis biological_process
GO:0019827 stem cell population maintenance biological_process
GO:0021591 ventricular system development biological_process
GO:0014033 neural crest cell differentiation biological_process
GO:0007420 brain development biological_process
GO:0048703 embryonic viscerocranium morphogenesis biological_process
GO:0070847 core mediator complex cellular_component
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0016592 mediator complex cellular_component
GO:0003712 transcription coregulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko04919 Thyroid hormone signaling pathway
ko03021 Transcription machinery

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-8867 Predicted to enable transcription coregulator activity. Acts upstream of or within animal organ development; blood vessel morphogenesis; and stem cell population maintenance. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of core mediator complex and mediator complex. Is expressed in head and trunk. Orthologous to human MED14 (mediator complex subunit 14).
ZDB-GENE-070912-193 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000009953 ENSDARG00000094660

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00073380 False 9639 mRNA 0.42 29 34397516 34428152
TCONS_00073379 False 9549 mRNA 0.42 30 34397516 34428152
TCONS_00073381 False 4943 mRNA 0.49 29 34397843 34423999
TCONS_00073382 False 641 lncRNA 0.52 4 34416401 34419553
TCONS_00073383 False 1051 nonsense_mediated_decay 0.44 7 34425728 34429112
TCONS_00073384 False 1438 mRNA 0.41 8 34425736 34429575
TCONS_00073385 False 893 nonsense_mediated_decay 0.45 6 34425775 34429120
TCONS_00073386 True 645 processed_transcript 0.41 6 34426291 34429220

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037289 NA coding upstream 6363 34390451 ~ 34391153 (+)
XLOC_037288 lamp1b coding upstream 7641 34380299 ~ 34389875 (+)
XLOC_037286 pou2f1b coding upstream 18842 34319333 ~ 34378674 (+)
XLOC_037287 NA coding upstream 19184 34370860 ~ 34378332 (+)
XLOC_037285 NA coding upstream 101392 34286754 ~ 34296124 (+)
XLOC_037291 si:ch211-269e2.1 coding downstream 3478 34433053 ~ 34482698 (+)
XLOC_037292 shox coding downstream 211662 34641237 ~ 34647695 (+)
XLOC_037293 BX601644.1 coding downstream 361175 34790750 ~ 34790887 (+)
XLOC_037294 BX601644.6 coding downstream 393274 34822849 ~ 34828098 (+)
XLOC_037295 tfdp1a coding downstream 521367 34950942 ~ 34968429 (+)
XLOC_037279 NA non-coding upstream 388950 33997142 ~ 34008566 (+)
XLOC_037276 NA non-coding upstream 633339 33726683 ~ 33764177 (+)
XLOC_037296 CR936415.1 non-coding downstream 539875 34969450 ~ 34969567 (+)
XLOC_037297 NA non-coding downstream 541268 34970843 ~ 34973324 (+)
XLOC_037301 NA non-coding downstream 731069 35160644 ~ 35167934 (+)

Expression


Co-expression Network