G1818252


Basic Information

Item Value
gene id G1818252
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 48926194 ~ 48931697 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2080452
gtgttgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagt
>TU2080460
gtagtagagtagtggtctgagagaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagt
>TU2080462
atgtattgtagagtagtggtctgagggaacacactgtggtagtagagtagtggtctgaggaaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagagaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagt
>TU2080450
gtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaat
>TU2080455
cacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaat
>TU2080461
cacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagagaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaat
>TU2080446
acacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacactta
>TU2080451
cacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtat
>TU2080453
gtgttgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgaggtaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagatatgtggtagtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtgttgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtagagtagtggtctgagggaacacacttaatgtattgtaga

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2080452 False 330 lncRNA 0.39 3 48926194 48931444
TU2080460 False 328 lncRNA 0.41 2 48926194 48927986
TU2080462 False 454 lncRNA 0.40 3 48926194 48931697
TU2080450 False 379 lncRNA 0.41 2 48927568 48928878
TU2080455 False 267 lncRNA 0.40 2 48927568 48930040
TU2080461 False 341 lncRNA 0.41 3 48927568 48930040
TU2080446 False 294 lncRNA 0.39 2 48928636 48931020
TU2080451 False 271 lncRNA 0.40 2 48929361 48930040
TU2080453 True 283 lncRNA 0.40 2 48930282 48931444

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110502188 LOC106582504 coding downstream 280273 48505445 ~ 48645921 (-)
LOC110501956 itgav coding downstream 706152 48139761 ~ 48220042 (-)
LOC110501953 ihh coding downstream 861741 48057851 ~ 48064453 (-)
tmem198a LOC106582514 coding downstream 954063 47897057 ~ 47972131 (-)
ptprna LOC106582506 coding downstream 1091940 47733219 ~ 47834254 (-)
LOC118943644 NA coding upstream 30515 48962212 ~ 48964633 (-)
LOC118943599 NA coding upstream 538405 49470102 ~ 49480960 (-)
prkag3b LOC106592041 coding upstream 1191191 50122888 ~ 50243945 (-)
si:ch211-67e16.4 LOC106582542 coding upstream 1528397 50460094 ~ 50465680 (-)
si:ch211-67e16.3 LOC106582540 coding upstream 1540050 50471747 ~ 50484670 (-)
G1818232 NA non-coding downstream 31278 48894477 ~ 48894916 (-)
G1818227 NA non-coding downstream 36943 48889003 ~ 48889251 (-)
G1818218 NA non-coding downstream 43008 48882960 ~ 48883186 (-)
G1818197 NA non-coding downstream 73384 48852570 ~ 48852810 (-)
G1818144 NA non-coding downstream 144688 48781229 ~ 48781506 (-)
G1818255 NA non-coding upstream 2444 48934141 ~ 48935017 (-)
G1818259 NA non-coding upstream 20107 48951804 ~ 48952171 (-)
G1818270 NA non-coding upstream 28216 48959913 ~ 48960113 (-)
G1818292 NA non-coding upstream 54574 48986271 ~ 48987447 (-)
G1818322 NA non-coding upstream 85372 49017069 ~ 49018937 (-)
G1818059 NA other downstream 298348 48627364 ~ 48627846 (-)
G1817968 NA other downstream 456159 48469598 ~ 48470035 (-)
G1817836 NA other downstream 466154 48459026 ~ 48460040 (-)
G1817668 NA other downstream 634698 48268787 ~ 48291496 (-)
G1818393 NA other upstream 193817 49125514 ~ 49126117 (-)
G1818417 NA other upstream 234054 49165751 ~ 49166367 (-)
G1818802 NA other upstream 785935 49717632 ~ 49719378 (-)
G1819189 NA other upstream 1277777 50137937 ~ 50219233 (-)
G1819250 NA other upstream 1370104 50301801 ~ 50305038 (-)

Expression


Co-expression Network