XLOC_003737


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003737
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 44394335 ~ 44399370 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008705
acgggcctgggcacggtacggatagtATAGTGCGAGTAGGCCCTTAGAGAGAAACACGCCTGAGCAAGACACAGACACCCGAGGTAGAGAAGCACCCCGGGGTTCCACACGCTCACCTGAGACCCCCTCCTGAACTCTGCACACTCACCTGAGACTAAAGAAAGACCGAGTGCAGCTCATGGGTATTTATATCATTGGGCTCAACCACTGCAGCACATGGACACAGACACAATCACTAATCACAGCTAAATCTgcagtctgacacacacacactcactcacacacatgcacactgatTCCACACTCATGtttacacacactttaattttatACTTCTCCAGCACATTATTTTCTCATTGTAAAGCCGTTAAATATTACACAAAacagaaccccccccccccctctcctcCAGCAATTGTTTTCTCCCATTTCCCATGATGCACCACATCACAGGTATAAAAGCTGATTGCTGGAGCTGCTCTGGTTTCCATAATGAAGCAAGCACCTGAAGTCTGATGTCAGcatgaaattataatttttggcCTAATCGATGAAGGGTTATGAAGTAGAACTGGCCTCATGAACAGCAAGGGGAAGATGAACATGTGTTGTGTTGTTTGGGATGTAATGGACTAGTTAAAAAATTAGGAGTTTAGCAAAAAAGTGTGAGAGTCATGTTTTtagagtttatttttaaactttaacacaGTTTTGTGTTATGAGATACTCCCTGCTGTGTTGTGTTCTGGAGTTCATTCGCTGGTGTTCAGCATCGTGCTTTAACTCCTCACTGGAGCTGAATGTTTAGACAGTCCGCCATTACACAACTCTGCCGAGCAGCACAGAGATCTGGAGTTCTGTTCTTCGTTGTGAGGTAGGTGAAAGTGCTATATATAAAAGTGTTATACAATTCTCAAATCTTTTTCTAAATGTTGGATATttcgtgacagaaatgtgttttgCTGTAGAGGTTTCATTTTGTCCTGTGAGGCTAGTGACTGCATTTGGCTAACTTAGCATGTAGCATGAGTTAGCTTTTCCAATGTGGCTGTTTTGTGcggtacttttaaaaatgttgtggATGTGAACAAGCTAGCACTAGCTAATAATCTTTGCTTTTCCTGTGCTTCTGAAAATATGTGTTCTGCTGTGGAAAAGAAGCGGTACTTGATCAGATGGAGAAACCTGCTGTTCACTTTTCAAATAGGCACACTTGCACAACGAGGAAACATCGATATCTTTTGTCCAGCAAAACCGCTTTATGTCTGTAAGATTTAATATGTGTAATATTGCTCATCAAATGTTTTGAGTTGTAACATGATTTAGTCGTGACCATGAGAGTATGCTGTTTTCAGCTATACATTACACTTTCAATCTCACTAACACAAGGTGTTAAATAACATTGATCTCTTTCATTTTTAAGTCATGATGCTGGTAAAAGTGCAATTTGgtatcaagaaaaaaatattaaactggaAGAAGACTGTTTCTTGGATTTTGTCAGTGCGGGTAAGTTTTAGTATAACAAAGAGTAATTAtttcttataataataacagtaattttgAAGTTTATTTGATAAATTATACATTGTTGTTATGGTGTAGTCCAGCAGAAGTTTGTGATATCAGAGGATACAGCACTGAAAGTCACAGACTGTCCATGGCATAGAGGTGGATGAGGATGTATTTCCAGAACTTGCAACAACCAGAGAAGCATGTCATCCACACTGATGATGGTAGGgtatttaagaacatttttatagattttgAAAGACTCTGAAACTGTGTGCATTTCAGAACCATTTGCTGAGccgggttttttttttaaacagatttgaCTGTCCTGCAGCAAGGGGCTGTTGAAGTGCCCTGCTGCCCAAGTCTGACATGCATTATCTGTGTCAAGCAGTTTAAGCAGCAGTGATTCGAAATCCCAAATTATTCAACCTTTTATGGACCGTGTCCGTGCAAGAAATTAAagtttgtttgctgttttacttttatataaacAGATCTTATACtgtaaacattacaaaataacattagagaataaatgcattttaaagtattaaatagtATATACAGTTATTAGATTAAGTGTTTGGTTTAAAAATTAATCTAATTTTGGTTGTTTTCTTTctcatttctttttctttgtttcagAATATCGAGCAAATTCTAACTTCAAAGCCAGCAAAGTTGACTGTgattacttaatattttttgctgctttttaTTCCTGcaaagtaaattttatataatgtGATGTGTTTGTGGTCTTGTGCAGTCTCACTTAGCCATGGGTTTTAGTTGACACTGGCTGTCAACATGTActaattgtaaatgttttgctGTTATATTCAATGTAAAAATGTCAATTCCTGATATCAAGAACTTAATTTCACTGGTTGAAATGTTAATTCTTGATTGCTGCAGTTATATTTGTTAAATCTGTTATTTCTGATATCAGCAATGAGGAAAGTCATTTATAATCTCTAAATTGGCCAATTTCACTGGTAATAATTACATTCATGATATTAGAAATTAACACAGTCACTAGTGACAAAACCAATTATTGATATCAAAAATGAACATCTTTACTAGTTGTCAAGTATTTCTCGATATCAACAACTAAATTATTAATATCAAAAATTGCATTTTACCTAGTAAGAAAttaattcttgatatcaacaattaaagTAAATGGGAGCCTACGGTGACATTTAACTCGGGAAAGTTCAATTACAGATATCAAAACGGTAGATGTAGATATCATAAATGTAACTGTTAATCAAAAATATCAATATATCAAGAATTAAGTTGTTGATATCAAGAATATACAtatcctgaaaataaataaaagtcaaaagtGCTTGCCATAGACTGATTGGCAGCCTCTGAATTTGACAAATGTGACACAGgctatattttaaatacacactAGATGGCGCTTCTTACATATAAGTGAACCGGTCTCTTCGTGTCCGTCCGCCGCTGTAGTTCTGCTTCTGTCCGTCTGGTGTCGTTCGTCTTTGATCCGCCTTCAACACTGACatttacactgaactgaactgatttcATTCTTGAATTACTTCAGCTGCACCGCTGCTCACCTGCATGCCGGGTGTGCTGAAAATGCTCCACAgactgaaatatttattttgaatccTTCATCTACTTTAAGCTGCTGTGATAACATTAATACAGTAAAAgttctatagaaataaacatgactagacataaataaacaaatacacaaatgaaaTAATTGTGGTCTTGTTGCACTACTTTATATCTACTTATAATATTTTCAATACTCTGGCACAAAGAAAGGTGTGTAGTCTGCTCAGGCATCAATCTCTTTTGCATAAATTAAAGACCTTGTTGAAGTAAATTTCTTCTCCACTGAAAAAataagggattacttttcatcTTCAAGTGATTTAATTcttatttaataatcatttcaaTATTTTCTGTGGTCAGCAACATATCAGTTCTGGATGTGAGGTGTTGGGTCTTTTGTTGAGGTGGACAGGTCTAGAGTGAGTGTTATCTGGATTTGTGCTGTAGCGGTGCTGATGTTTTAATGTTGTTTCCGTCATTCACTAATCCTCTGATGCGGAAACAGCAGGATCTCCAGCGTCTTACAAGCATTCAGAGAGAGTCGTGAAACATCACAGAATATTATTCCTCTTTAACACACTGAATAAACAGCAGAGCAACCTTAACAAATCCAGCTGTGTTTCTAACCCTCTTTCCTCATCTTCCACCACATTACACCAGTTATTCTAGTTCACCAAGAGactttaaataaacaacatgacaataagtactattaaatgtgtgttttattgttattaatgacATTTTGTCTTCAATTAACATCGCAGATACAgaattaaaaagagaaaaattcaAAAACAGGAGACAAACCGAAGCTTAATCTTTAGTGTACGACTGGTGAAAGTGCCGGAGACAAATTGTGTGCTATATAATATTAATTCTCTTGTTGTTATATTCTTATTTTGATCAGCAGTATCAGAAATGCTCATGAAAGAGTTTGCCACTCTCTTGGAAAAAGTCAACTCTGCTATTTCATAAATGTGGCTagattgtctttattttattaccATTTCTATTCATATTTACACAGTGTAATATAAAATACAAGAGAAGAAAACTTGCAAAAATATGAGAAATGAAATCATGTTGAAGCAGTCTGATTGGTTCAGCTTCAGATTAATCACACCGCAGAAGATTCCAAACCGATCAAACACTTGACCTTATCTGTGTTTGGGATGAAATGCTGGATGAGAAGGTCGTGTGACCCTGTTACTCTGGACACCTCTCTGAGTTAAAGATCTTTGCATATAATCTGTTTTTTGGCACTACTGACAAAGAATAATCAGATGAAGCTTTGCTGTTCCTCGTAAACGGGACAGCAATGATATTTTCCCACATCTGCGAGAGGCATTTGATCTTTTCATCCTATGTTAAATCCAtgattatttattcaaatttcttGTTGAGTTTTCCCTGATTTTCACCAGAGCATCTGAGAAGGCAATATGTTTGTACCCATCGCTAAATACCagctttggtttcttttcttttacattaATACAGTTGCAGATTACTGATGTAAAGCCTTCATTAGATTGATAGTAAGACTATTAAATAAGCACTAATGAACAGGCAGTGCCACGTGTGGAATGGAGCAGCTTTATTTATAAATGCCTGGCCTGTCCATATGACGGCTGACCTCATGTAAACACACTCTCGTTTAGTCCTCCACTCTTGAAGCAAAGATATAAGCTGTCTACGCTCTCACAGATACAGTAAGAGCTCTTAATGAGACTGTACCTCTCTGAAGGAACCCTATTATACTTTTAGAAATTAATTAGCACATTTAAGATACCAATATGGACCATTTTTGTTCAAATGGGTACCTAAAAAGATAcggccccagtgacagctcttacATGTTTTTCTGAGAATgaagaccacaggtgtcaaactaagttcctggaggg
>TCONS_00008434
TGTGAACAAGCTAGCACTAGCTAATAATCTTTGCTTTTCCTGTGCTTCTGAAAATATGTGTTCTGCTGTGGAAAAGAAGCGGTACTTGATCAGATGGAGAAACCTGCTGTTCACTTTTCAAATAGGCACACTTGCACAACGAGGAAACATCGATATCTTTTGTCCAGCAAAACCGCTTTATGTCTTCATGATGCTGGTAAAAGTGCAATTTGgtatcaagaaaaaaatattaaactggaAGAAGACTGTTTCTTGGATTTTGTCAGTGCGGTCCAGCAGAAGTTTGTGATATCAGAGGATACAGCACTGAAAGTCACAGACTGTCCATGGCATAGAGGTGGATGAGGATGTATTTCCAGAACTTGCAACAACCAGAGAAGCATGTCATCCACACTGATGATGGTAGGgtatttaagaacatttttatagattttgAAAGACTCTGAAACTGTGTGCATTTCAGAACCATTTGCTGAGccgggttttttttttaaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008705 False 5036 lncRNA 0.36 1 44394335 44399370
TCONS_00008434 True 495 lncRNA 0.39 3 44395417 44396163

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003736 NA coding upstream 2794 44384924 ~ 44391541 (+)
XLOC_003735 NA coding upstream 19153 44369127 ~ 44375182 (+)
XLOC_003734 srsf7b coding upstream 31303 44356504 ~ 44363032 (+)
XLOC_003733 CABZ01100187.1 coding upstream 58555 44335666 ~ 44335780 (+)
XLOC_003732 CABZ01100185.1 coding upstream 59013 44324761 ~ 44335322 (+)
XLOC_003738 NA coding downstream 48318 44447688 ~ 44450363 (+)
XLOC_003739 ero1b coding downstream 103040 44502410 ~ 44524932 (+)
XLOC_003740 NA coding downstream 140134 44539504 ~ 44542998 (+)
XLOC_003741 nid1b coding downstream 148839 44548209 ~ 44603789 (+)
XLOC_003742 rbm34 coding downstream 217651 44617021 ~ 44637842 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 28271253 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 31682339 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 31700072 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 31708736 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 31714307 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003731 NA non-coding upstream 76201 44317203 ~ 44318134 (+)
XLOC_003743 NA non-coding downstream 277136 44676506 ~ 44752657 (+)
XLOC_003745 NA non-coding downstream 393133 44792503 ~ 44803305 (+)
XLOC_003747 FO744859.1 non-coding downstream 452104 44851474 ~ 44851593 (+)

Expression


Co-expression Network