LOC110502522


Basic Information

Item Value
gene id LOC110502522
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 27508395 ~ 27516541 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_002470338.2
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>XR_002470339.2
tgctgcagacattttttagtacccttccccagatctgtaccctTCCCCCCAAATGGTGGACTGTAGCCTGCCAAGCGCACGCTGGGTCAGAATGATAAGGAGCCACCCAATGAGAGTCGGTCCATCTCACTGATTATTTTTCAACTATGCTTTCTACAGACAGTGAACTGTTTTACATTTTCAGACATGGCTGAATCGGGAGAAAGCGAAGATAAAATCAAATTTCTAAGTACGGTAAGTAGGTTAATGCTAATGAGAATTTAACACAAGTGGTTGCATTGGCGGGAGAGTAAGGTTGTGTGCCGCATACACTATGTTGGGTATCGATACGGTAGCCAGAAAAATAACCATTTACAGTAGACTACCGTAAAATAATCACTGGTACTTTCGGCCACAATGGTCAGGGGTATGATAACACTTTTACTTCTTCACCCTTTCCCACTGTCACACACTCTTTTGAAAGTTACTTATAAAGAATTACAAAAGCCAAACCTTCGTTTTCATGATAGAGAGTTGAGTACACTATGAAACTGTTTAATTGTTTGTCTATTTGAAAGTTATTAGACTGTGTTGAATGGCTATTACTTgtttttaaaggtccaatgcagagaTTTTTTCTCTCAAAATCACAACAtttttgggtaacaattaagtaccttactgtgattgttttaaattaaaatggtcacAAATCTACTAAAAAAGTTTCTTAACATTCCTCAataaataattttgctaggactgtctgggagtggtttgagtgtgaagggggaaacaaaaaactagctgttattagcagagaggtttgaaactctatttgttattgttttattaACTAATTTAATGCCCGTTTATGTCATCCCATCAATACAGGCTGACATTTTAGGCGttttttcaaacagctctccCTTCAAACAGTTCTCCTAACCtcctagtgtggaaatatatattaaacacagggaatcatgtttttgactgcactgagcCTTTAAAACTTACTATTTTTACGATACCAtgacatgtttttattttgcTAAGAAAAGACAGTAAATTACAGAATGTcactctctctattgctctcctcTCATTTGAGTGAATAACAACCATTTATCCCTTTTCTTTAGTCACTCTTGCAAATTACTTGCTGACTTTTCTTACAAACTCTAAATAAACATTAGCCTACTACTGTAGAAATGTTAGTTTTTTTTTCTGTGTTTAAATATATTATCTCTACTGAGATAACGGAGgcctatcattctctatggttgTGAGTCATCCTCTCACTGTAACGGGTGTCGTCGTCGGATGAAGAGGAATCGGACCGAAGCGCATTACTCATTactttttatttaaactgaacactaaacaaaaataacaacgtgaataaCCGAAACACTCCAGTCAgatgcaaaacactaaacagaaaacaactacccacaaacaccatgTAGGAAAAAGCTACTTAAGtagggttcccaatcagagacaacgatagaccgctgtccctgattgagaaccatacccggccaaaacaaagaaatacaaaaccatagaaaaaagaacatagaatgcccacccaaaacacaccctgaccaaaccaaaatagagacataaaaagctctaaggtcagggcgtgacactcatGGCTTGGTATCTCAGCCATTTGATAAAGACATGTCACTGGTGGAGTGTTGGCTGATGCTGTGTGAGACAGTCACGTGCTTAGATGGACTATTTAGGGCCGTGGTGACAGGTACTGCTTCAGGCATTTTGGTCTCTCAGCCCAAGCTGGAAATCTCTGAAACTAAGTTTGCAGTTAATTTTGCTGTGGCCCTTATCTCTGCTTGCAAAGAACTTGAGATGGGCCAAGTCAATccccctgccctgccctgacctGACTCTACAATGCAAGATTAAGCTCAGTAACAATTCAAAACCTTTCAAATCTCATGGGATATTGACAATTTTAAATGTATGGCCTGAGTGGAAATGACATTCTTCACCCCAGCCAGCTCTTCACCCCAGCCAGCCCTATTCCTTACTCAGTTTGGTCCCTAAGTGGTTCTACTGTGCAGTGTGACTCATAAAGTCCAGAGGCTGCTCATAGTAGGGTGGAATGGAGGTTGAGGCAGGGATCAGACACCACAGTGGCATCATGCCCTGGGCACTGAGAGGAGTTCCAGCCTGGCTGCtttccttatatggctgtgaccTGACTCCCTTGGTGTGCACTTTTTAAAGGAATCTTTGCTACAATGTTGAAGTAGTATCTAAGCAGTGTTCATTTTGGCATTCTTTTTTAAATTGAGTCTAGACTTAGTCATTTTGATTAAAATTTAATAGAGTCACATTTTTGCCATTTGAATAATGATTTTGTGTAGTTATTGTCAAAATTATGAAAACAGTTGGTCTTTTAGTCAACCAAATGCCCTTTCATTTTAGTCACATCAAATTTGTATTGCCTCATTaacttatactgaacaaaaatataaacgcaatgtaacaatttcaaacttacagttcacataaggaaattaGTAAATTGGAAAATAAAAAGaatggccctaatctatggatttcaaatgactgggaatacagatatgcatctgttggtgacAGATATTATACATCATTTTTtgggggcgtggatcagaaaaccagtcagtatctggtgtgaccaccatttgcctcatgcaacgtgacatatctccttcgcatagttgatcaggctgttgattgtggcttgtgcaatgtggacattttcagcttccaggaattgtgaaacataaGGTGATAGtgacggatgaatggcacaaaaaTGGGCCTGTAAGGGTCCTATGTGTAGTTGGTGtagggagtcaggcgcaggacagaaGATATGAGTAATCAAAGTACTTtactcaaaaaatataaatatacaagGCAACAATGATAGCCCACAAACACGGACCGAATTACAAATAAACAATCACAAACAcaacatggggaacagagggttaaataataaacaagtaattGCTTGAGTGAAGCCAGGGGAGaaaagacaaagacagaacaaatggaaaatgaaaagtggatcggcggtggctagaaacccggtgacgtcgaccaccgaacacTGCCCAaacggcggaagttgtgacagggcctcaggatctcgtcacgatatctatgtcatgactgtcctgtgaggatccaaagATTAGGACAGTGGATCAGCGGGAGAGGGGGGACACAAACAATATATTTCAACATCCAAATGTTAGAAATGATGAGAGATGGAGTATGGAAAATGTatgtctattttgtgatgtcattaatatTAATATAAAGATGATATAATGAAAATATTGTAACTTGAAGAGCTTTTACACTGCGTATATCAGGTTTACATCCTTTATGTTGTGTAGAAAATATCAAGGCTAAACAGAATGTTTGTGACAATAGGATTGTGATTTTAGTTACTTAACGAGATCATAGTAATTATGATACCTCGCCTCATAACTAGCCACACCCCATGGAGCCCAGAGAGCATGACAGCATGACATTTTTACCAGAGGGTATAAAAGATTGAGTTAAATGTGAACGTATCAGACTAAAAGGACCACAAGCTGCAGCTAGGTCTACATTAGTCACGATCCTGAAACGCCACACGAGGTCGGTGAAGACAAACACGAGGTCGGTGAAGCCCAGCCATGCCCGCTCTCTCTAGAGGCTGGAGATACTGCGTGTTGCGTAAGTCTGTCACATCTCTTTCTCATACCCCTCATACACACCCCATAAGATGCAGCCATGTGCAGTCATGTGTATCTGTGTTTGTAAAATATGCGCTCACTTGTATTTGGTCCAGTGGAGTGGTAGCGGTAAGAGGAGAGGTAAAACTGTTTGCAAACTGCAAAAATATTCAAAGAATCTAAGTGCAGACAGCATTCCTCCCTCCTCTTACTGCTATTACCATAGCTCCATGCACTTATTGCATGCCGACTGAACTCTAGCTGATTGAGCAGTAGCCATACACGCTGAGGTCAGCCATTCCGGCTCCACCATGTCACCACAGGGAGGTACCTGAGTCTGACTGTGGAGAGAGGCCTTCACCTGATGGACAGGGGGAGGGCCGACGTCAGGTCCATATCCTGCTGCCGACCCTccaaggtcagaggtcaaatgACAAATTATCTGTTCTTTGTCTACCCCGAACACATAGGCAAAATCTGATACCCAGTGGTATTGATTGGTAAAATGTTGTTGTTGATTAGAATCACATTTCCGCATTAGTCTTTAGGAGAAGCTGAAGTATGGACCAAAGAAGCACATAGATGGTATGGCTGCCACAGTGATCAAGTATGAAGACTCCATGTGCTACGTCCAGCATGTGGACTTTGGTCTGTAGCTCACCTACAAAGCCATCAATGCCAAGTTTGTCTGCCTGGGAGGGGTGCAGCACAAGTGAGTGTCACATGGATGACGGTCTGAGCCTGTCCCTTTATCATAGAGAAGAGTCCCACCCAACCAGACTCATCCTCAGCACAGTCCTCTTCTTCACACACTTCATCAAACAGGCCACCACACAGCCCTCTAGGGAACCTGGCTAACTGGGTTCCCCCAGAGGGATTTAGCTGAGGAGACTTGATGGTCTTAGTCAGCAGGGGAACGTTCCCTCTTTCAACCTGCCACTAGAGACAGTGGGCATGAGTCTGCAGGATTTGATTGGCTACCTCCAGACACAAGGGGAGGGGCTAAGACCTGAGGCTAGGTAGAAAAGTGTGCGAGCACTGAAGAACAGTGTAGgggGTCATCAGGTTTGGTCCTTGACTGCATTGACCATTTACACCTGTACAGCAACGCAACTCATTTTGCTAAGCTGCTGGGAAAAGGGAGCAGATGAGTGGGAGAACATCCTCAACTACTTATATGAGCTACCAGgaaatcacgcacagaacgagcagtatggctggagggtcatgtcagg

Function

NR:

description
PREDICTED: ryanodine receptor 2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002470338.2 False 5166 mRNA 0.42 4 27508395 27516541
XR_002470339.2 True 4969 mRNA 0.42 5 27508395 27516541

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110502521 LOC106607666 coding upstream 3002 27489213 ~ 27505393 (+)
LOC110503096 LOC106577060 coding upstream 22435 27473651 ~ 27485960 (+)
ecd ecd coding upstream 59754 27434812 ~ 27448641 (+)
LOC110502516 LOC106607607 coding upstream 93905 27400913 ~ 27414490 (+)
LOC110502514 LOC106608765 coding upstream 110057 27380259 ~ 27398338 (+)
LOC110502523 LOC106607673 coding downstream 249277 27765818 ~ 27769060 (+)
LOC110503097 LOC106577081 coding downstream 274218 27790759 ~ 27848517 (+)
LOC110502527 LOC106607701 coding downstream 473704 27990245 ~ 27993189 (+)
LOC110502528 bic1a coding downstream 484750 28001291 ~ 28078254 (+)
LOC110502531 LOC106607719 coding downstream 581906 28098447 ~ 28140673 (+)
G1849304 NA non-coding upstream 51548 27449059 ~ 27456847 (+)
G1849299 NA non-coding upstream 83406 27422204 ~ 27424989 (+)
G1849129 NA non-coding upstream 308395 27199787 ~ 27200000 (+)
G1849558 NA non-coding downstream 42298 27558839 ~ 27559542 (+)
G1849565 NA non-coding downstream 47320 27563861 ~ 27564082 (+)
G1849592 NA non-coding downstream 67947 27584488 ~ 27584826 (+)
G1849647 NA non-coding downstream 103777 27620318 ~ 27620535 (+)
G1849652 NA non-coding downstream 107563 27624104 ~ 27624403 (+)
G1849208 LOC106607606 other upstream 232136 27274338 ~ 27276259 (+)
G1845108 NA other upstream 3154149 24326264 ~ 24354246 (+)
G1844044 LOC106607169 other upstream 4161906 23345044 ~ 23346489 (+)
G1840558 fbxo28 other upstream 6723192 20781865 ~ 20785203 (+)
LOC110502429 ttc27 other upstream 6991509 20358591 ~ 20516930 (+)
LOC110502541 LOC106607837 other downstream 981482 28497576 ~ 28571528 (+)
G1851386 NA other downstream 1526820 29043361 ~ 29075998 (+)
G1852590 NA other downstream 2501949 30018490 ~ 30025046 (+)

Expression


Co-expression Network