XLOC_037580


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037580
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 2777346 ~ 2780823 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075282
ACCCTTGCAAAATATTGCTAAACTCCTATGAAGATTGATGCCTCCAGAGATTCGCGACGATAAGAAATAAAGGAGAGGAACTGAAAAACTGCTTCATCCCACAGTTCAGGCAGTGATGAGACAAAACAGTAAAGGGCTCAGATatttcccacaatgcactgcttCACACCCCTCTGTAGGCTGTTATTAAACGTACATAATGAGACACTCGGAGCTGCTCGTTTGGTCCTGAAACACAGTTCTACATATTAACGCAAAGCATCGGACGAAAAAAACGattcattttttgtatttttttttttaatatatgtatttatatcaaATTCAATTTGGCAAACTACAAACCGCTTCATCTCATATAAACGATTCTTGATGATTCTACAGTCCAGTTCTGTAAAAAAGTAAAAGCCGAAGGGAGCTGATCCTTAGAAAAGCTATTGTGGACGCCACAAAATCCAGATTACAACGTATATAAATatcatctcgctcaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaagacttcatTCGCCACAAATTCCTATTGAAAGATTTGATCAAGTTGACGAAGTTATGTTACATAAAATGCTTTTAATTACATGATTGTTTCATAGTTCCCCACCACTGTTACGCCCCTCCATTTTCAGGGTCTTCACCTACACCAAATAAAACTACACAACATAAACGCAACGCAGACATTTAAAGACACCTTCATGACTGCCAACAGCACGACGGCAGCTTCTCTGaacatattttttacttttacatcCTCCTTCTCATGTGGAGAACACACAATATCACGCCAAATGAGAAACTGCCTATCCATAAGTGGAAATTCTGTCGTTACTCTGTCCCTGAACAAAGTAGTTCCAATTTACAAaccggtttgagtttctttcctctgttaaacacaacaaatgccattgacttccacaggaTTTATTTCttcaacattcttcacaatatgtcgttttgtgttcaacagaaaaaactcATGAGCGCAAGTAAATAttaagtttacttttattttggtgaactgtctctttaaattgtTACATTTCCATTGATAGTGTGAGAAACATATATCAGTTATTATTCCGTCCAAACAAAGCTCATGAGGAACAGATATTAAAAATTCCTTCCAAGCAAAGCTCACAAGgagcagatatttatttattttctgtccaTTAAAAGCTCGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATCGAAGCTAGTGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATCGAAGCTCTTGagaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGTGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGCGaggaacagagatatatttaatatttcGTCCAATAAAAGCTTGTGaggaacagatatatttaatattgcTTGCAATCGAAGCTCGTAAGGAACAGATCTATTTAATATTCCGTCCTATCAGAGCTCGCGAGGACCAGATATATTTAATATTCTGTCCAATCAAAGCTCACGACTACATTCAAAAATGCAAAGTCAACATTCTTGGCATTAGACTCACATgaagttaaacaaaaaataggTTATATGGCAAATAGAAAACAAGTTGTGAAGAGTTGTAAGACATAAGGATTTTTACTGAATAACTACTTAAGTTTGTTTCTCACACAATTAAGTCATACTGACTTTTTTCTGGAGTTTGACAGATgtaaaaaagtcattaaaaatgGAATAATTGCCAGTATAAATTAAAGAACTACAATTATATCATCATGATAGCTTATTTTCACCgaagaatgtaaaataatgcaattCTTTAGCTCACAATTCAAACTTTTTCTCATAGTTATGCACATATGTCGCACAACAGATTTAAAACACTCACAATTGgacgttttaaaataatttgagagCTAAACCGAAGTTCAACATCTTAACGAAAGATACATTCGATTAAACAGAATAGGAAGCTTTTAAATCGCACAgtatagattattattttttgcaaattaaaattataacaatattaacATTAGTAAACAATAATAAAGCAATTACCTCACAATTGATGGCTGAGGGTCAAACTCGCAAGATACTAAAGGGataattccccccaaaaatgaaaatagacTCACTCAAGATGatataaagtttaaattaaaggTATTCTGAAAAATGCTGAGGGGGAAAAAGCAGCCAATGACGTCGATAGCaaacaaaaatactatagaagtcaaggTTTCCCCCCAACATTCATCAAAATAGAGAGAATTTGACTGtagcaaaaacaataataatactaacaataataaaGCAACTACCTTACAATTAAGGACTGAGGGACATACttgaatatatttatagatagatcacccaaaaatgctaatttactcACTCAAGTGGATCTAAATCtttatgcatttctttcttctgctgaataaAAACAAGATACTGATGAAtgttgaaaaaagcagccattgacgtCTATAGAGGAAcaaaaacactatggaagtcaatgttttccATTAGCATTAGTCAGAATAgactaaattagatttttgttttgcaaataataataataactataataataaagcaGTTACCTCACAATTCATGGCTGAGAGTCAAACATGCAAGATACTAAAGGCATAGGTTGcccaaaatgttttaattactcACTAAAGTTGATCTAAATCTTTacgaatttctttcttctgttaaataagaacaagatattgtgaagaacGTTGAAAAAAAGCAGCAATAGAGAAACAAAAACACCATAGAATTCAATAGCTGTTGTTTTATATCTTCCTTTTTCAGCAGAAGGGAAAAGcaactcataaagatttaaaaccacatgagggagagtaaataatgaggtaaatgccatttttgagtgaactaaccctttaacacaGAACTAAATATAATATGGTGGCAGAACTCCAACCTTTTACTCAATTAtgagttaaattttttttgtattgactGAAT
>TCONS_00075281
ACCCTTGCAAAATATTGCTAAACTCCTATGAAGATTGATGCCTCCAGAGATTCGCGACGATAAGAAATAAAGGAGAGGAACTGAAAAACTGCTTCATCCCACAGTTCAGGCAGTGATGAGACAAAACAGTAAAGGGCTCAGATatttcccacaatgcactgcttCACACCCCTCTGTAGGCTGTTATTAAACGTACATAATGAGACACTCGGAGCTGCTCGTTTGGTCCTGAAACACAGTTCTACATATTAACGCAAAGCATCGGACGAAAAAAACGattcattttttgtatttttttttttaatatatgtatttatatcaaATTCAATTTGGCAAACTACAAACCGCTTCATCTCATATAAACGATTCTTGATGATTCTACAGTCCAGTTCTGTAAAAAAGTAAAAGCCGAAGGGAGCTGATCCTTAGAAAAGCTATTGTGGACGCCACAAAATCCAGATTACAACGTATATAAATatcatctcgctcaaaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaagacttcatTCGCCACAAATTCCTATTGAAAGATTTGATCAAGTTGACGAAGTTATGTTACATAAAATGCTTTTAATTACATGATTGTTTCATAGTTCCCCACCACTGTTACGCCCCTCCATTTTCAGGGTCTTCACCTACACCAAATAAAACTACACAACATAAACGCAACGCAGACATTTAAAGACACCTTCATGACTGCCAACAGCACGACGGCAGCTTCTCTGaacatattttttacttttacatcCTCCTTCTCATGTGGAGAACACACAATATCACGCCAAATGAGAAACTGCCTATCCATAAGTGGAAATTCTGTCGTTACTCTGTCCCTGAACAAAGTAGTTCCAATTTACAAaccggtttgagtttctttcctctgttaaacacaacaaatgccattgacttccacaggaTTTATTTCttcaacattcttcacaatatgtcgttttgtgttcaacagaaaaaactcATGAGCGCAAGTAAATAttaagtttacttttattttggtgaactgtctctttaaattgtTACATTTCCATTGATAGTGTGAGAAACATATATCAGTTATTATTCCGTCCAAACAAAGCTCATGAGGAACAGATATTAAAAATTCCTTCCAAGCAAAGCTCACAAGgagcagatatttatttattttctgtccaTTAAAAGCTCGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATCGAAGCTAGTGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATCGAAGCTCTTGagaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGTGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGCGaggaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAACCTTGCGaggaacagatatatttaatatttcGTCCAATAAAAGCTTGCGaggaacagatatatttaatattgcTTGCAATCAAAGCTCGTAAGGAACAGATCTATTTAATATTCCGTCCAATCGAAGCCCTTGagaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGTGaggaacagatatatttaatattgcTTGCAATCAAAGCTCGTAAGGAACAGATCTATTTAATATTCCGTCCAATCGAAGCCCTTGagaacagatatatttaatattcCGTCCAATAAAAGCTTGCGaggaacagagatatatttaatatttcGTCCAATAAAAGCTTGTGaggaacagatatatttaatattgcTTGCAATCGAAGCTCGTAAGGAACAGATCTATTTAATATTCCGTCCTATCAGAGCTCGCGAGGACCAGATATATTTAATATTCTGTCCAATCAAAGCTCACGACTACATTCAAAAATGCAAAGTCAACATTCTTGGCATTAGACTCACATgaagttaaacaaaaaataggTTATATGGCAAATAGAAAACAAGTTGTGAAGAGTTGTAAGACATAAGGATTTTTACTGAATAACTACTTAAGTTTGTTTCTCACACAATTAAGTCATACTGACTTTTTTCTGGAGTTTGACAGATgtaaaaaagtcattaaaaatgGAATAATTGCCAGTATAAATTAAAGAACTACAATTATATCATCATGATAGCTTATTTTCACCgaagaatgtaaaataatgcaattCTTTAGCTCACAATTCAAACTTTTTCTCATAGTTATGCACATATGTCGCACAACAGATTTAAAACACTCACAATTGgacgttttaaaataatttgagagCTAAACCGAAGTTCAACATCTTAACGAAAGATACATTCGATTAAACAGAATAGGAAGCTTTTAAATCGCACAgtatagattattattttttgcaaattaaaattataacaatattaacATTAGTAAACAATAATAAAGCAATTACCTCACAATTGATGGCTGAGGGTCAAACTCGCAAGATACTAAAGGGataattccccccaaaaatgaaaatagacTCACTCAAGATGatataaagtttaaattaaaggTATTCTGAAAAATGCTGAGGGGGAAAAAGCAGCCAATGACGTCGATAGCaaacaaaaatactatagaagtcaaggTTTCCCCCCAACATTCATCAAAATAGAGAGAATTTGACTGtagcaaaaacaataataatactaacaataataaaGCAACTACCTTACAATTAAGGACTGAGGGACATACttgaatatatttatagatagatcacccaaaaatgctaatttactcACTCAAGTGGATCTAAATCtttatgcatttctttcttctgctgaataaAAACAAGATACTGATGAAtgttgaaaaaagcagccattgacgtCTATAGAGGAAcaaaaacactatggaagtcaatgttttccATTAGCATTAGTCAGAATAgactaaattagatttttgttttgcaaataataataataactataataataaagcaGTTACCTCACAATTCATGGCTGAGAGTCAAACATGCAAGATACTAAAGGCATAGGTTGcccaaaatgttttaattactcACTAAAGTTGATCTAAATCTTTacgaatttctttcttctgttaaataagaacaagatattgtgaagaacGTTGAAAAAAAGCAGCAATAGAGAAACAAAAACACCATAGAATTCAATAGCTGTTGTTTTATATCTTCCTTTTTCAGCAGAAGGGAAAAGcaactcataaagatttaaaaccacatgagggagagtaaataatgaggtaaatgccatttttgagtgaactaaccctttaacacaGAACTAAATATAATATGGTGGCAGAACTCCAACCTTTTACTCAATTAtgagttaaattttttttgtattgactGAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075282 False 3020 lncRNA 0.33 2 2777346 2780823
TCONS_00075281 True 3354 lncRNA 0.33 2 2777346 2780823

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037579 sp9 coding downstream 182882 2591968 ~ 2594464 (-)
XLOC_037578 scrn3 coding downstream 204225 2560219 ~ 2573121 (-)
XLOC_037577 NA coding downstream 220039 2553874 ~ 2557307 (-)
XLOC_037576 NA coding downstream 387538 2382341 ~ 2389808 (-)
XLOC_037575 CU639436.1 coding downstream 440043 2330861 ~ 2337303 (-)
XLOC_037581 NA coding upstream 80398 2861221 ~ 2866454 (-)
XLOC_037582 cdca7a coding upstream 98940 2879763 ~ 2892250 (-)
XLOC_037583 zak coding upstream 115186 2896009 ~ 2945008 (-)
XLOC_037584 rapgef4 coding upstream 168449 2949272 ~ 3034125 (-)
XLOC_037585 NA coding upstream 349865 3130688 ~ 3132168 (-)
XLOC_037574 BX255915.1 non-coding downstream 499710 2226463 ~ 2277636 (-)
XLOC_037573 NA non-coding downstream 570088 2180519 ~ 2207258 (-)
XLOC_037587 FP236594.1 non-coding upstream 372903 3153726 ~ 3154286 (-)
XLOC_037588 NA non-coding upstream 484745 3265568 ~ 3280451 (-)
XLOC_037589 NA non-coding upstream 577574 3358397 ~ 3395521 (-)

Expression


Co-expression Network