G1835042


Basic Information

Item Value
gene id G1835042
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 15693307 ~ 15696580 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2101463
ctgggatattttatttcagttcgtgaaacatgggaccaacacttatatttttgttcagaataagTTGGGAGTCATTTTACAGCTTGCATTGATGGTAGTTCCTATAACTAAACAGATtacaaaatttaaaaaatgactacCTGATAGAAGTTTGTCGGACGGCGAACTCTCTCGAGCTGTCACCAGCTGTGTTGAGGACCTTAGATGCGGAAGTGGGATGGGCAGGGGCAACGTCATGAATATTCATGAGTCTTGATATAGAACCCGCCGTGTGATTGGTTGAGCCTTCTTGAGGGTGACGTCACACCGATGCCCTACAGAGACGTCTGTTTAGCTAGATCGTGCCGCTAGCATGAGCAGTTAGCACCGAACAAACGACTTGGAAAACTCAGCTTCAGCTTGATCACTAAATAAATTAAAGCATCACCATCTAGCAACAATCTATTTCTGTTTATATGTCTgatcattttaaaaaaaatgcccACAAATGGTTATTTGTTTACTTTTCCACAAACGGTCTGGTATGCGTTGCTTGATATGAGCAAGTTAATGCGTCCACGATTAACGTTAGTTGGTGGCTACTTCCTGGCCAGTGATCTAGCTAGCTATTTTTCAGTAATTAGCTATCATCCTAAACGTGGTGGTCAGCGGATAAACTATTATTTGTCTGAAAACGAACTAGTCACCAGATATTCTTGCCCGTGGTGTAATCATTTCTAACAAGTTGGTTAATGTAGCTTGTGTGCCCATGAGCTCCCAAGTCTTGATAGCTGTGTCTTTTGGTATCCACAaatacttagctagctaactagttggCTACTACATGGCCAGTGTGAGCCAgaatgctagctagccagctacatttcAGGCAATAGCTATCGTTCTAAATGCAGTGGTTATTGGATAAACTAGTTGATGAGTTGAACATACAGTACCtatcaaatgtttggacacacctactcattcaagggtttttcttttttttttttttttttactattttatacattgtagaataaatcaatgaaATAATCATCACtaatatggaatcatgcagtaaccaaaacagtattaaacaaatctaaacatattttatactttagattcttcaaagttgccacccttcgCCTTTGACAGCTAAGCACACtccttgcattctctcaaccagcttcatgaggaatgcttttccaacagtcttgaaggagttcccaaatatgctgagcacttgttggttgctttttcttcactcttcggtccaactcatcccaaaccattacAGTTGGGtcgaggtcaggtgattgtggaggccaggtcatctgatgcagcattccatcactctccttggtcaaatagcttacacagcctggaggtgtgttgggtcattgtcctgttgaaaaacaaaatgatagtccaactaagcgcaaaccagatgggatggcgtatcgctgcagaataccatggtagccatactggttaagtgtgccttgaattctaaataaatcacagtgtgaccagcaaagcacccccacaccatcataccacctcctccatgcttcacggtgggaaccactcaTGTAGAGATGATCCATTTACCTACtgatgatagtcccactaaacccaaaccagatgggatggtgtattgctgctgTAGCCaggctggttaaatgtgccttgtattctaaataaatcactaacaGTGTCACCGGCAAAGAACctccacacctcttcctccatgcttcacggtgggaacacatgcggagataatccgttcacctgctctgagtctcacaaagacatggaggttggaaccaaaagtctcagatttggactcagaccaaaggacagatttccaccggtctaatgtccattgctcgtgtttcttggcccaagcaagtctcttcatcttattgatgtcctttagtggtttctttgcagcaatttgaccacgaaggcctgagtcacgcagtctcctctgaacagttgatgttgaaatgtgtccgttacatgaactctgaagcatttatttgggctgcaatctgaggtgcagtttactcttaatgaacttatcctctgcagcagtgggtcttcctttcctcatgagagtcagtttcatcataatgATTAATGGTATTTGCAACAGCATTTGAAGAAAGTTTCAAGGTtgttgaaattttccggattgattgaccttcatgtcttcaaatagggccatcttcggTATACCActcctaacttgtcacaacacaactgattggctcaaacgcattaaggaaagaaatcccacaaattaactcaaggcacacctgttaattgaaatgcattccaggtggctacctcataatgctggttgagagaatgccaagtgtgcaaagctgttatcaaggccaAAGGTTGCTACTATTTAgatttggttaacacttttttggttactacattattgcttgtgttatttcagagttttgatatcttcactattattctttaatgtataaaatagtttaaaaaagcACGCTGAAGTTGCGAAGTCGATAGGACACCAAGACACCTTGATCTTTTAAACTGTGCTTTAATGTACAGGGATAGGTATGTGGACTGTGCTCTAATGTACAGGGATAGGTATGTGGACTGTGCATTAATGTACAGGGATAGGTATGTGGACTGTGCTTTAATGTTGGTGCTGGAGATATGTTTGTGCCACTCTCCCCACATCCCTGTATCCCATACAGGTGTGTCCATTCAATTATTTCAGCACCATTGGGCTACTAACAAATAAATCCAACATTTTAAATATTAGCACTGCAAGCTGAGCAAGAGAAGCAGATCGTGTCCTAAAATATGGGATCATAAAAAAACTCCCCATACTAGATGGGATCAAAGtattattgttgtttttttttaaacagtgtgCATTTCATTGGTGGTGGCTAAGGTGAGTTACCCAAAACATAATGTAAAGCACTTGGAGGCCTGATGGAAAGCGCTTTAAATAAATGCAATGCACCCATTCATTCATTTCTACAGCAGACAGAACAAAAAAATAAGGAGTTAAATGGACACAATGATACCTCTGTTTTCTGACAGCTTGATACATATTTTTGTACAGGaaaaccataaaaaaaaaacttaaaataaCATACTTTTGAAGGCAAATAATTTCTTACTGAAGGGTGTTGTT
>TU2101466
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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2101463 False 3175 lncRNA 0.40 2 15693307 15696580
TU2101466 True 2088 lncRNA 0.41 2 15693307 15695427

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tmem254 cj057 coding downstream 22084 15666203 ~ 15671223 (-)
LOC110502324 LOC106605068 coding downstream 47059 15633647 ~ 15646248 (-)
LOC118943902 NA coding downstream 157243 15534830 ~ 15536064 (-)
pwwp2b pwwp2b coding downstream 166785 15518820 ~ 15526522 (-)
LOC110502321 NA coding downstream 194989 15494874 ~ 15498318 (-)
LOC110502330 LOC106605086 coding upstream 5662 15702242 ~ 15705419 (-)
LOC110502332 mcfd2 coding upstream 102790 15799370 ~ 15804977 (-)
LOC110502333 LOC102778633 coding upstream 168491 15865071 ~ 15869051 (-)
trnai-uau-47 NA coding upstream 679300 16375880 ~ 16375973 (-)
LOC118943947 NA coding upstream 949800 16646380 ~ 16646432 (-)
G1834944 NA non-coding downstream 163797 15529285 ~ 15529510 (-)
LOC110502317 LOC106605012 non-coding downstream 449824 15237632 ~ 15429967 (-)
G1834799 NA non-coding downstream 529322 15161796 ~ 15163985 (-)
G1834248 NA non-coding downstream 532784 15160266 ~ 15160523 (-)
G1835093 LOC106605092 non-coding upstream 44403 15740983 ~ 15744099 (-)
G1835094 NA non-coding upstream 47647 15744227 ~ 15745282 (-)
G1835092 NA non-coding upstream 49058 15745638 ~ 15747735 (-)
G1835016 NA non-coding upstream 54495 15751075 ~ 15752563 (-)
G1835096 NA non-coding upstream 58982 15755562 ~ 15755761 (-)
G1834927 NA other downstream 193046 15498754 ~ 15500261 (-)
G1834810 NA other downstream 526388 15166209 ~ 15166919 (-)
G1833570 NA other downstream 1172378 14520349 ~ 14520929 (-)
LOC110502275 LOC106604599 other downstream 3103607 12580816 ~ 12651383 (-)
LOC110502353 LOC106605805 other upstream 1726895 17420323 ~ 17425430 (-)
G1837980 NA other upstream 2013192 17709772 ~ 17719204 (-)
LOC110502361 LOC106605890 other upstream 2028683 17725263 ~ 17781515 (-)
LOC110502394 LOC106606249 other upstream 3153117 18849389 ~ 18854222 (-)

Expression


Co-expression Network