G1836272 (LOC100136775)


Basic Information

Item Value
gene id G1836272
gene name LOC100136775
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 16840570 ~ 16848207 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2102813
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>TU2102811
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>TU2102812
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Function

NR:

description
pentraxin precursor

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2102813 False 4689 lncRNA 0.37 3 16840570 16848207
TU2102811 False 4208 lncRNA 0.36 3 16841218 16848207
TU2102812 True 4290 lncRNA 0.36 3 16841218 16848207

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110502345 eml4 coding downstream 76528 16673409 ~ 16764042 (-)
LOC118943947 NA coding downstream 194138 16646380 ~ 16646432 (-)
trnai-uau-47 NA coding downstream 464597 16375880 ~ 16375973 (-)
LOC110502333 LOC102778633 coding downstream 971519 15865071 ~ 15869051 (-)
LOC110502332 mcfd2 coding downstream 1035593 15799370 ~ 15804977 (-)
LOC110502346 pkdcc coding upstream 43147 16891354 ~ 16923979 (-)
LOC110502348 LOC106605759 coding upstream 179542 17027749 ~ 17096659 (-)
LOC110503085 NA coding upstream 219071 17067278 ~ 17077857 (-)
LOC110502353 LOC106605805 coding upstream 572116 17420323 ~ 17425430 (-)
LOC110502354 ncoa4 coding upstream 596267 17444474 ~ 17453469 (-)
G1836269 NA non-coding downstream 31994 16808276 ~ 16808576 (-)
G1836265 NA non-coding downstream 36418 16803942 ~ 16804152 (-)
G1836219 NA non-coding downstream 43464 16796896 ~ 16797106 (-)
G1836147 NA non-coding downstream 167861 16669040 ~ 16672709 (-)
G1836312 NA non-coding upstream 31098 16879305 ~ 16879624 (-)
G1836397 NA non-coding upstream 40970 16889177 ~ 16889643 (-)
G1836402 NA non-coding upstream 45378 16893585 ~ 16893931 (-)
G1836404 NA non-coding upstream 46387 16894594 ~ 16894813 (-)
G1836405 NA non-coding upstream 46710 16894917 ~ 16895179 (-)
G1835092 NA other downstream 1092835 15745638 ~ 15747735 (-)
tmem254 cj057 other downstream 1169390 15666203 ~ 15671223 (-)
G1834927 NA other downstream 1340309 15498754 ~ 15500261 (-)
G1834810 NA other downstream 1673651 15166209 ~ 15166919 (-)
G1833570 NA other downstream 2319641 14520349 ~ 14520929 (-)
G1837980 NA other upstream 861565 17709772 ~ 17719204 (-)
LOC110502361 LOC106605890 other upstream 877056 17725263 ~ 17781515 (-)
LOC110502394 LOC106606249 other upstream 2001490 18849389 ~ 18854222 (-)
si:dkey-51a16.9 LOC106576688 other upstream 2263835 19111958 ~ 19145332 (-)

Expression


Co-expression Network