XLOC_037639 (si:ch211-145c1.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037639
gene name si:ch211-145c1.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 8288268 ~ 8314028 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00073905
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>TCONS_00073906
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>TCONS_00073907
ACTACTGGCTTTCTTCGGTGTGAGCAGCAAGCTTTCTGAAGAAGTGTGCTGAGAGAATTGTGATCTGAAACAGtaATGCTTGTAACCAGCAGTATGCTGATATCTGCAGATGTTGTAAATTCCACCAGTGAGTTTGAATACGTCGTAATAACGTGTACGGATTCTGACCTTCATCTAAAATGTGATACTGGTGTGATCTTAGCTACGTCAGCAACATATGGTCGCCAAAATGACAGTTGCAGACATACACAGCCACAAAATGAAATTTATCCTGAGTGTAAAGACAGTCCtaaatttttttacttGTGTAACGGACTGGCAGAATGTGTCTTAACCAGAGATCAACTTGAAAGCTTTGATCCATGTCTTCTGTCATTCAACTATTACAACATCACCCATGTTTGCATCCCAACACAAAGAAGTGTAACTTGTGAAGGTGACGAAAAAGACTTTGGATGTGAACAAGGTGTTATTGCAATAATTGATGCAAACTATGGACGTACCGATCAAACAACCTGctctaaaccaaaaagaaaaccAAATCGACATCAAAACACAAACTGCCTTGCACCGGAATCACTGAGTACCGTGTCAGACAGTTGTGAGGGGGCTAAAAGCTGCACTGTAACAGCCTCCAATGAAATGTTTGATGATCCATGTGTCGGCACACGCAAGTACCTGAACATCTCATACTACTGCACGCCAGAAGAGAGCTGATCTTGTGGATTTGACACCTTATTTGTCGGTATCTGCATATTGGCTGCAATTAACCCTTTAATGTTTAACCATGGGTTTATTACAAATAATGCATGCTCAATTGGATAACTGTGCAGTGTAGTTCAATCATATCTCTATCtgtggatgtaaaaaaaaaaaaggtaatttattGATCAAATTAGTTTTTCTATCTTTCTACAATAAA

Function

symbol description
si:ch211-145c1.1 Predicted to enable carbohydrate binding activity.

GO:

id name namespace
GO:0030246 carbohydrate binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-070912-81 Predicted to enable carbohydrate binding activity.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000042063

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00073905 False 4008 mRNA 0.37 8 8288268 8297344
TCONS_00073906 False 1696 mRNA 0.41 9 8289863 8296723
TCONS_00073907 True 922 mRNA 0.39 9 8290649 8314028

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037638 NA coding downstream 2060 8284155 ~ 8286208 (-)
XLOC_037637 NA coding downstream 124273 8160341 ~ 8163995 (-)
XLOC_037636 NA coding downstream 345671 7941769 ~ 7942597 (-)
XLOC_037635 si:ch73-199e17.1 coding downstream 604266 7678136 ~ 7684002 (-)
XLOC_037634 tuba8l3 coding downstream 614412 7662638 ~ 7673856 (-)
XLOC_037640 irs2b coding upstream 115211 8429239 ~ 8454060 (-)
XLOC_037641 col4a1 coding upstream 320201 8634229 ~ 8670158 (-)
XLOC_037642 rab20 coding upstream 573500 8887528 ~ 8895243 (-)
XLOC_037643 ing1 coding upstream 659052 8973080 ~ 8979468 (-)
XLOC_037644 BX537313.1 coding upstream 695095 9009123 ~ 9024269 (-)
XLOC_037631 NA non-coding downstream 782737 7499260 ~ 7505531 (-)
XLOC_037626 BX942813.1 non-coding downstream 928784 7357819 ~ 7359484 (-)
XLOC_037645 NA non-coding upstream 712355 9026383 ~ 9050515 (-)
XLOC_037649 NA non-coding upstream 972391 9286419 ~ 9289070 (-)
XLOC_037651 AL954142.4 non-coding upstream 1041344 9355372 ~ 9370866 (-)
XLOC_037663 NA non-coding upstream 2054352 10368380 ~ 10370625 (-)

Expression


Co-expression Network