G1880233 (LOC106610780)


Basic Information

Item Value
gene id G1880233
gene name LOC106610780
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 54250494 ~ 54254996 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2150855
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>TU2150856
TTTGCTGCAGTATAGAGAGGGAAGGTGTGCAGATTTATTGAACATGACCATGTTGAACTAATACTTTCTACAGATTTGGATAGATAATGGTTTATTTGAGTGCTTATAAAAAACATTCATGATATGACAAAATTCAGAATTGAAGTATATTTAGAAAAACAACATTTTCTCATTAACATGCACATTTCTAAATTTGGCCTGAAACTATGAGTAATTTGATATACTGTCCATCTTAGATATTTTGAATCAAAATCACATACTCAGTTTCAAATTCACAACAATAATTTAGAAAGTACAGGCAAGTACATTCACCGTGGTAACATTACATTTTAAGACAATTTTGTCAAAGCACCTGTAATTGCAAAATTGTTAATACAGAAAAATGACACTTTTACAATAAAATGTTACATGATAGACTATTGTATGTCCCTGAAAAGCGACACAGGCATAATAAGACCATAATATACATCTGACAAAGCCTAATGGCATCCCTATCTacacatgctttttaaaatcaTTGAATGGATTGAcctaaaaaatgtatataatataGAAATATATCAAGCAAGTACATCGAGTTTGGAATGAACAGCCACACcctagacctgggttcaaataatatTTAAGGGATTTCAATTACTTTCACATTTATTTCAAAGTAAATATTTTGATACTTGTTCTTTGGAAATACAAGTATTTTCTACTACTTCAAATATAAGTAGTTGATTTGGGcacattatttgaaaatactcaaatacacagaaaataagtatttaaaatATAAATACTTAATTAAGCATGCATTTGAACCCAGGCCTGCCACAATCCAATGGTTAGGACTTTGTCTCTGTAAACCTGCAAGCACTGTAATATATCAGCAGCATTATCATGTTGATGGCACATTCTGGATGTGGGCAAGTCATCTGCCAAgttaaaaatgacaaaaaaaagtatTGAATACAATATCTGGATATAACTAAATGtaatcattttttaaaatcccTTTTCAGTTTTGATATTCTGCACTGCTACAGTAAAGGCAATAtgtattacttttttttttatttcacttgtaCTTATTTAGGGGATCCCAATTGAGGCCAGGGTCTCATTCATAATAGTGCCCTGAGAACAAACAAATCACAAATCAACATAATTAAATAAAACAgcaaaaaatgaaaatatatgaCACAACAGATACatttcaacaacacaaataaatcaTTACAATCAACCAAAACACTCGCAAACCTCAGAGAATGTTCCACATCAGCGTTCTAAACTGCCCTGCTGGCAGGGATTCAAGATGTAATGAGGATTGTAAATTATTCCAAACATGAGCGGCATTAAAACTAAGGGCTAATTTACCTAGGTTGGTTGGCGTaatgttttgataaccatgtaaatctctctaggacaatgTGACTTTTAGCAATATATTTGCCTCTATTTACTCTCAGTAGAcgtcatgcaaaactacaaatctcaGCAGGCTCCTGCAAGTCaactctagctgacacctttgctaacaggtattatgtcaatttaaaacttgcacaagacagttcacagactTGTCAATTTACAGAAATTTAGACAATTTATTAATTACAAAatgtagctaacattagatagttaatctaGAGATGGTTACCTTTGCCTCAATTCGGCAGgctcgtccagatcatcatggcatttgtagttttttttaggatagccacattagcagctaattagcatttcacttTTGGGGGGTAAAAATAACCggaaaatatattgataaaagtatCCTTGTCctagagatttacatggttatcaaaacgtcatgccagggtgagcctacatgaaacacagctcttatttgaagtgtttctaaaatccactatgggaaaaatgaatggtggaaaaacgattggtaACTTGACTTGACACCATTGTGCCCTGTCTGTGAACATTTGAACGAAAACCAAATTAAAGGAGACATAGACGCTATTGAAAAACAACTGACAATGCAATATTAAAACAAATGGGTGGAGATTAATCATAAACCCAAATTGACTTTGTGACTTtgtgtgtgagatatatatattatgtacaaCCTACATAAAAGCAAGTGTTCGCTATGTGCACatgtaagatcagggatattgcctctgcgtattgaaacaggtaagatcagggaaattgcttctgtgtattgaaacaggtaagatcagggaaattgcctctgtgtattgaaacaggtaagatcagagATATTGCCTCtgagtattgaaacaggtaagatcagggatattgtctctgcgtattgaaacaggtaagatcagtgaaattgtctctgtgtattgaaacaggtaagatcagggatattgtctctgcgtattgaaacaggtaagatcagtgATATTGTCTCtgcatattgaaacaggtaatataagggatattgtctctgtgtattgaaacaggtcggtTTGTGGTTAAATGGAAGCGGAAACACTATGTAACTATTGTGACGTCGAAGAGAGAACTCAATTCATTTTATCCTCTATTGTCCTTTCTACCACGATATACGCTTTCAGAAATTCCACCAgatctaccctggcattatgtggctgagcgatGAAGAGAAACTGAAATAGTTTTTTGTCTGTTGTGTATTTCTGTTTGCAGATTTTGTTTTATAAAGCttggaataaaaaaaaaagggTGACAGAATGAAATTCAAAGTGCACATAtgtatatagattgtgtataTCACTCACAAtagaagggcttgtaagtaagcatttcacagtaaggtgaaacacctgttgaatttggtgcatgtgacaaataaaattagatttgatttaaaTCTTCTCTTTGTGCCAGACCGGGTTTAAATGCCATTTGCTTTATTTCTTTTGTAattaatttgtattattttttacagCTCTAgggttgttattattattgcttGAATAACCTTATTTACTATTATTAATTTTTCATTCTTTATGCAGTGCACACTGCACAGAACACTGGAAGAATTATCACTGAATAATCACTGTGAatcattgtaatgtttgtttatgcGTCAGTAAATCCAgtaagggatgggttgccaactGGCGATTTGACAAGGAAATACAATATAAATGATTAATTTGATAGTTCCCAAACCACTTGCACATCATATACACATATAATAAATAACAATTTAGtacagaacatacagtatataaaagCTGCTATACATACAGTAGATGTAAAGCAGATTGGTAGGCTACATCCATTTTCTGACTttaaaattaataatataaagCCATTGACTCTGGAAGCAAACAataatgtaattgtaaacaaacaaacagatcattttgatctcatggatggtcagttcttgcatccatagctctgtctatcaATTTGACAGTGGTTACATTCCTCCAGTCCCATCtcttagctgtttaccaaaacaagtggTGGGGTGGCCGCCTTGTTTTTTTGAATCGCCACTTGACCCTTAAATAACAATCTTCTTGAATGAGTGTCTTGAAATAAGTGCTCTCAATCAAGAGTTTCTAATTGTGAATGATGTTGACCACAGAACATTATCCTATTACAGTATGTTCAATATACTAGTCTACAAATATACTGTGTACATAATAGTTGATGTGTCTTCATTTCAGTGTTCTGCCTAATGTTCAACATTTTAATAATGCTACCTGACAGAAGGCTTTATGCGGAGTGTCATTCTGCATTCAAATACTCGTCAGCCTCTCCAGAAAGAGGCGACAGTACGATCGATGGTTGTGATACGTTGCACTTCAGTATCTTGGCGCATCATGTGTCAGAGCTTTGTGTCAGAGCACTGTGGTTACCTGGGTGACTTCCGAGCTCATGTCATCATTAGGCTGGTAGCGTGAGTCCAAAGACAACATCTCCATACCTAGTCATACCTGTTGATTGGACCTCTCCACCCTGTTGGCGCTGGAGTGCTGATCGCGCTGGTGCTGCTGGTGGGGGCGGGTACGAGAAGAATTCTGCAGCTCCAACACAGAGGGACTCAAGGGGATGCAGAACTCGCGGAAGCAGCGTTTGAAGTTCTCGTCCAGGAAGGCGTAGAGGACGGGATTCAGGCAGCTGTTTGTGTAGCCCAGAGCGATGCAGAAGTGCCAGGTGACGGACTGCAACAGGGAGTTGGGGATATTGATTAGGGCTTTGATGATGACGTAGATGTGGATGGGCGTCCAGCAGATGATGAAGACGGCCACCACCACCAGGACCATGCGGGTGATGCGCCGCAGGTTGCGGTCCTTCTCCTTGGAGCCGGACAACATGCGCACGCTCTTCAGGCGCAAGATCATTAGCCCGTAGCATACGGTAATGATGAGGACCGGGATGATGAAGGCAAAGATGAAGACGCAGATTTTCAGGAGATTCTCCCAGTACCAGGATGGGTGTGGGAAGATCAAAGTGCAGTC

Function

NR:

description
delta-type opioid receptor-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2150855 False 4466 lncRNA 0.37 2 54250494 54254996
TU2150856 True 4466 lncRNA 0.37 2 54250494 54254996

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110503037 LOC106610766 coding upstream 60089 54113713 ~ 54190405 (+)
LOC110502976 LOC106610750 coding upstream 152673 54074356 ~ 54097821 (+)
LOC110502975 galt2 coding upstream 222565 53902441 ~ 54027929 (+)
LOC110503035 urb2 coding upstream 357402 53868695 ~ 53893092 (+)
LOC110502971 LOC106610715 coding upstream 409803 53829291 ~ 53840691 (+)
LOC110502979 LOC106610787 coding downstream 74714 54329710 ~ 54362634 (+)
LOC110502981 LOC106610814 coding downstream 173822 54428818 ~ 54462406 (+)
si:ch73-52p7.1 NA coding downstream 216599 54471595 ~ 54472979 (+)
LOC110502983 LOC106610821 coding downstream 338365 54593361 ~ 54610361 (+)
LOC110502989 LOC106610853 coding downstream 439879 54694875 ~ 54728124 (+)
G1880231 NA non-coding upstream 1395 54248831 ~ 54249099 (+)
G1880219 NA non-coding upstream 20289 54229890 ~ 54230205 (+)
G1880215 NA non-coding upstream 24214 54226070 ~ 54226280 (+)
G1880202 NA non-coding upstream 45866 54204353 ~ 54204628 (+)
G1880195 NA non-coding upstream 54436 54195790 ~ 54196058 (+)
G1880227 NA non-coding downstream 113191 54368187 ~ 54372614 (+)
G1880305 NA non-coding downstream 131106 54386102 ~ 54400358 (+)
G1880332 NA non-coding downstream 192147 54447143 ~ 54448615 (+)
G1880338 NA non-coding downstream 213629 54468625 ~ 54468850 (+)
G1879958 NA other upstream 394764 53851671 ~ 53855730 (+)
LOC118943904 NA other upstream 850207 53398184 ~ 53400297 (+)
G1879582 NA other upstream 872308 53377810 ~ 53378186 (+)
G1878894 LOC106610502 other upstream 1389859 52857868 ~ 52860635 (+)
G1878893 NA other upstream 1413860 52825488 ~ 52836634 (+)
G1881371 NA other downstream 747786 55002782 ~ 55003672 (+)
G1882830 NA other downstream 2274799 56529795 ~ 56538483 (+)
G1882831 NA other downstream 2278621 56533617 ~ 56543256 (+)
LOC110503001 LOC106611028 other downstream 2418252 56613066 ~ 56727194 (+)
G1883457 NA other downstream 2757041 57012037 ~ 57013218 (+)

Expression


Co-expression Network