G1880977 (LOC106610821)


Basic Information

Item Value
gene id G1880977
gene name LOC106610821
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 54607994 ~ 54610355 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2151777
GGGGTTCAGACCCATAACCAAAGAGCATGTACTGACAACTAATTACCCTTGTAATATATTATGTGTATCATCTGCTTAAAGCGCAGATCTATATCTATGCTGCCATAAGTCTAatcaacaaaatacatttttttgcagGCGTCAGATATGCATATTTAACAGATGTCGCATATGCATATTGAACAGACTTCAACGATGCGTTAGTTAAGAGGTCAAATCAATGCTTTGAAGACGATGGCACGTTTTTGGGCAGGAAGGAAACGTCAGTTCAAATATATAGGTTTAAAAGAAGAAAACACAGGCATGTCAGTTTTATATCAAACAGAGTAGTAGAGTGAGGCATCGTGTGAGCAGAGCAGATTTCAGCAGAGCCCCTACGATAAAGAGGTACTATACTGCAGGCCAAGTTCTATGGGTGGTGAGGTATTTTACTGCAggcttgtatttgtatttattatggatccccatcagctgcagccaaagcagcagctactcttcctggggtccagccaTGCCACAGCTACAAGGTATGAACCAAGCTAAGGGCTGTGTTGCTGTTTTTCCCCACAGGTGTTTGTTaacgttctccctccctccatcctctgaaTGAGGTGTTGAGCTCTACGGGGATTTCTCCTGGATTTATGTTCTCCCTCCTCTGAATGGGGTGTTGAGCTGTACAGGGATTTCTCCTGCCTTTATGTTCTCCTTCCTTACCTCCAAACACACACTCCTTTCCTCACTGGCAATCCCCTTGGACGAGATCAACTGAACTCTGCTCTCATCTATAAGTAACTCATTAACTAGGAGTCTGTGTGAAGGTAATTGCCCAGCATTACCACATATAGAACACACTGTAACATGGTACAACTCTCAGGGCAAGCGCTAACTTGGACTTCTACAGTAGAGATCCAAAAAGTGGTCGACAACGACATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGCAGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAGCACAACAGCATATGTATTGAGGTTGAATATTATTGAGTTTTAACTACCGTTTTTCTCTGTCATGTAACATAACCTCTACGTTTGACTTCTGTTCGAGTAGCACCATTCAGTACTTAAGGGTACTGCCCACTCACAATCACTcagatactgtacattagctGTCTAGGTATGGAACAGTTTTGACTGTACCTAATTCTGTTTAAACCACATTTCTACTGACCAAACTCTCATTTTGTTAGTGGTCGTGATGGCTTTGGCACAACTTTGCAGTTGTCAGAATTTTGGTCGATGAGGTTCTTAAACAAAAGCTGCAATTTATCACATTGTGTCGGTGACTAGCTGCTTGATAGAGAATTGCTTGCCCATATTATTAAGCAGCTTACGTATTGCGCTTTTTCAAGATACAATCAGTAGTACAGCATGATACTGTACACGTTGTCCGTTGTCTGACACGTATACCTCACCTTTCATCCTGTACACGTGGGATAATAATAATTGCAACAAGAGGTATTCTGCCTGCCATTTCGACTGCCCCTGCTCTTTTCTCTTCATGAGCACATGTTAAAACGGGCGTCTGGCCTTAGATTCACTAGTTTCAGAGATGCTTTGACTAGCATGGTGGCACGACCATTTTAATCTTCCCCAAACCTTTGGGCTCACCCCCTGTAGACCTGCTTAAAGTGGTCACATTCGTTACAGAAGCCTTGCTTCTCTATGTTGGCATAGTGGTCACAGCCTTGGGCTTTACAGCTCTGCTTCATCGTCTCCTTAGGTGCCCCTGCCCTCTCCCTGcggctctctctctgccctcgtGTGGCCCGGCACTCTGGACACGGGTCTGTGCAGCCGTGGGAGAAGTTACTGCAGCCATTCCACCTGCACGTGGCCTGGGTCTGGGTCTTTCTGGGTTTGTCTTGTT
>TU2151778
GGGGTTCAGACCCATAACCAAAGAGCATGTACTGACAACTAATTACCCTTGTAATATATTATGTGTATCATCTGCTTAAAGCGCAGATCTATATCTATGCTGCCATAAGTCTAatcaacaaaatacatttttttgcagGCGTCAGATATGCATATTTAACAGATGTCGCATATGCATATTGAACAGACTTCAACGATGCGTTAGTTAAGAGGTCAAATCAATGCTTTGAAGACGATGGCACGTTTTTGGGCAGGAAGGAAACGTCAGTTCAAATATATAGGTTTAAAAGAAGAAAACACAGGCATGTCAGTTTTATATCAAACAGAGTAGTAGAGTGAGGCATCGTGTGAGCAGAGCAGATTTCAGCAGAGCCCCTACGATAAAGAGGTACTATACTGCAGGCCAAGTTCTATGGGTGGTGAGGTATTTTACTGCAggcttgtatttgtatttattatggatccccatcagctgcagccaaagcagcagctactcttcctggggtccagccaTGCCACAGCTACAAGGTATGAACCAAGCTAAGGGCTGTGTTGCTGTTTTTCCCCACAGGTGTTTGTTaacgttctccctccctccatcctctgaaTGAGGTGTTGAGCTCTACGGGGATTTCTCCTGGATTTATGTTCTCCCTCCTCTGAATGGGGTGTTGAGCTGTACAGGGATTTCTCCTGCCTTTATGTTCTCCTTCCTTACCTCCAAACACACACTCCTTTCCTCACTGGCAATCCCCTTGGACGAGATCAACTGAACTCTGCTCTCATCTATAAGTAACTCATTAACTAGGAGTCTGTGTGAAGGTAATTGCCCAGCATTACCACATATAGAACACACTGTAACATGGTACAACTCTCAGGGCAAGCGCTAACTTGGACTTCTACAGTAGAGATCCAAAAAGTGGTCGACAACGACATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGCAGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAGCACAACAGCATATGTATTGAGGTTGAATATTATTGAGTTTTAACTACCGTTTTTCTCTGTCATGTAACATAACCTCTACGTTTGACTTCTGTTCGAGTAGCACCATTCAGTACTTAAGGGTACTGCCCACTCACAATCACTcagatactgtacattagctGTCTAGGTATGGAACAGTTTTGACTGTACCTAATTCTGTTTAAACCACATTTCTACTGACCAAACTCTCATTTTGTTAGTGGTCGTGATGGCTTTGGCACAACTTTGCAGTTGTCAGAATTTTGGTCGATGAGGTTCTTAAACAAAAGCTGCAATTTATCACATTGTGTCGGTGACTAGCTGCTTGATAGAGAATTGCTTGCCCATATTATTAAGCAGCTTACGTATTGCGCTTTTTCAAGATACAATCAGTAGTACAGCATGATACTGTACACGTTGTCCGTTGTCTGACACGTATACCTCACCTTTCATCCTGTACACGTGGGATAATAATAATTGCAACAAGAGGTATTCTGCCTGCCATTTCGACTGCCCCTCACTAGTTTCAGAGATGCTTTGACTAGCATGGTGGCACGACCATTTTAATCTTCCCCAAACCTTTGGGCTCACCCCCTGTAGACCTGCTTAAAGTGGTCACATTCGTTACAGAAGCCTTGCTTCTCTATGTTGGCATAGTGGTCACAGCCTTGGGCTTTACAGCTCTGCTTCATCGTCTCCTTAGGTGCCCCTGCCCTCTCCCTGcggctctctctctgccctcgtGTGGCCCGGCACTCTGGACACGGGTCTGTGCAGCCGTGGGAGAAGTTACTGCAGCCATTCCACCTGCACGTGGCCTGGGTCTGGGTCTTTCTGGGTTTGTCTTGTT
>TU2151779
TAATAAAAATAATTCATTTCAGGACATATAAATAAGTATTGAAACGCACAGTACAGATATTATTTGATATTAATAAATACTTACAAAACAAAGCTTTTCATACAATACCCTATTATTGACAGGTTACACAAAAATGTCTCACAACTTTTGCATGTTTTGTTACAACTTTGCATGTTTATGTGTAACATTGGAATGTCGTCCCTATGCATGTCAAGGAAAGTACCAGAGCAGCTTATTAAgtattgtgtagtatgtagtggtcTGAACGGGGTTCAGACCCATAACCAAAGAGCATGTACTGACAACTAATTACCCTTGTAATATATTATGTGTATCATCTGCTTAAAGCGCAGATCTATATCTATGCTGCCATAAGTCTAatcaacaaaatacatttttttgcagGCGTCAGATATGCATATTTAACAGATGTCGCATATGCATATTGAACAGACTTCAACGATGCGTTAGTTAAGAGGTCAAATCAATGCTTTGAAGACGATGGCACGTTTTTGGGCAGGAAGGAAACGTCAGTTCAAATATATAGGTTTAAAAGAAGAAAACACAGGCATGTCAGTTTTATATCAAACAGAGTAGTAGAGTGAGGCATCGTGTGAGCAGAGCAGATTTCAGCAGAGCCCCTACGATAAAGAGGTACTATACTGCAGGCCAAGTTCTATGGGTGGTGAGGTATTTTACTGCAggcttgtatttgtatttattatggatccccatcagctgcagccaaagcagcagctactcttcctggggtccagccaTGCCACAGCTACAAGGTATGAACCAAGCTAAGGGCTGTGTTGCTGTTTTTCCCCACAGGTGTTTGTTaacgttctccctccctccatcctctgaaTGAGGTGTTGAGCTGTACAGGGATTTCTCCTGCCTTTATGTTCTCCTTCCTTACCTCCAAACACACACTCCTTTCCTCACTGGCAATCCCCTTGGACGAGATCAACTGAACTCTGCTCTCATCTATAAGTAACTCATTAACTAGGAGTCTGTGTGAAGGTAATTGCCCAGCATTACCACATATAGAACACACTGTAACATGGTACAACTCTCAGGGCAAGCGCTAACTTGGACTTCTACAGTAGAGATCCAAAAAGTGGTCGACAACGACATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGCAGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAGCACAACAGCATATGTATTGAGGTTGAATATTATTGAGTTTTAACTACCGTTTTTCTCTGTCATGTAACATAACCTCTACGTTTGACTTCTGTTCGAGTAGCACCATTCAGTACTTAAGGGTACTGCCCACTCACAATCACTcagatactgtacattagctGTCTAGGTATGGAACAGTTTTGACTGTACCTAATTCTGTTTAAACCACATTTCTACTGACCAAACTCTCATTTTGTTAGTGGTCGTGATGGCTTTGGCACAACTTTGCAGTTGTCAGAATTTTGGTCGATGAGGTTCTTAAACAAAAGCTGCAATTTATCACATTGTGTCGGTGACTAGCTGCTTGATAGAGAATTGCTTGCCCATATTATTAAGCAGCTTACGTATTGCGCTTTTTCAAGATACAATCAGTAGTACAGCATGATACTGTACACGTTGTCCGTTGTCTGACACGTATACCTCACCTTTCATCCTGTACACGTGGGATAATAATAATTGCAACAAGAGGTATTCTGCCTGCCATTTCGACTGCCCCTGCTCTTTTCTCTTCATGAGCACATGTTAAAACGGGCGTCTGGCCTTAGATTCACTAGTTTCAGAGATGCTTTGACTAGCATGGTGGCACGACCATTTTAATCTTCCCCAAACCTTTGGGCTCACCCCCTGTAGACCTGCTTAAAGTGGTCACATTCGTTACAGAAGCCTTGCTTCTCTATGTTGGCATAGTGGTCACAGCCTTGGGCTTTACAGCTCTGCTTCATCGTCTCCTTAGGTGCCCCTGCCCTCTCCCTGcggctctctctctgccctcgtGTGGCCCGGCACTCTGGACACGGGTCTGTGCAGCCGTGGGAGAAGTTACTGCAGCCATTCCACCTGCACGTGGCCTGGGTCTGGGTCTTTCTGGGTTTGTCTTGTT
>TU2151780
GGGGTTCAGACCCATAACCAAAGAGCATGTACTGACAACTAATTACCCTTGTAATATATTATGTGTATCATCTGCTTAAAGCGCAGATCTATATCTATGCTGCCATAAGTCTAatcaacaaaatacatttttttgcagGCGTCAGATATGCATATTTAACAGATGTCGCATATGCATATTGAACAGACTTCAACGATGCGTTAGTTAAGAGGTCAAATCAATGCTTTGAAGACGATGGCACGTTTTTGGGCAGGAAGGAAACGTCAGTTCAAATATATAGGTTTAAAAGAAGAAAACACAGGCATGTCAGTTTTATATCAAACAGAGTAGTAGAGTGAGGCATCGTGTGAGCAGAGCAGATTTCAGCAGAGCCCCTACGATAAAGAGGTACTATACTGCAGGCCAAGTTCTATGGGTGGTGAGGTATTTTACTGCAggcttgtatttgtatttattatggatccccatcagctgcagccaaagcagcagctactcttcctggggtccagccaTGCCACAGCTACAAGGTATGAACCAAGCTAAGGGCTGTGTTGCTGTTTTTCCCCACAGGTGTTTGTTaacgttctccctccctccatcctctgaaTGAGGTGTTGAGCTCTACGGGGATTTCTCCTGGATTTATGTTCTCCCTCCTCTGAATGGGGTGTTGAGCTGTACAGGGATTTCTCCTGCCTTTATGTTCTCCTTCCTTACCTCCAAACACACACTCCTTTCCTCACTGGCAATCCCCTTGGACGAGATCAACTGAACTCTGCTCTCATCTATAAGTAACTCATTAACTAGGAGTCTGTGTGAAGGTAATTGCCCAGCATTACCACATATAGAACACACTGTAACATGGTACAACTCTCAGGGCAAGCGCTAACTTGGACTTCTACAGTAGAGATCCAAAAAGTGGTCGACAACGACATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGCAGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAGCACAACAGCATATGTATTGAGGTTGAATATTATTGAGTTTTAACTACCGTTTTTCTCTGTCATGTAACATAACCTCTACGTTTGACTTCTGTTCGAGTAGCACCATTCAGTACTTAAGGGTACTGCCCACTCACAATCACTcagatactgtacattagctGTCTAGGTATGGAACAGTTTTGACTGTACCTAATTCTGTTTAAACCACATTTCTACTGACCAAACTCTCATTTTGTTAGTGGTCGTGATGGCTTTGGCACAACTTTGCAGTTGTCAGAATTTTGGTCGATGAGGTTCTTAAACAAAAGCTGCAATTTATCACATTGTGTCGGTGACTAGCTGCTTGATAGAGAATTGCTTGCCCATATTATTAAGCAGCTTACGTATTGCGCTTTTTCAAGATACAATCAGTAGTACAGCATGATACTGTACACGTTGTCCGTTGTCTGACACGTATACCTCACCTTTCATCCTGTACACGTGGGATAATAATAATTGCAACAAGAGGTATTCTGCCTGCCATTTCGACTGCCCCTGCTCTTTTCTCTTCATGAGCACATGTTAAAACGGGCGTCTGGCCTTAGATTCACTAGTTTCAGAGATGCTTTGACTAGCATGGTGGCACGACCATTTTAATCTTCCCCAAACCTTTGGGCTCACCCCCTGTAGACCTGCTTAAAGTGGTCACATTCGTTACAGAAGCCTTGCTTCTCTATGTTGGCATAGTGGTCACAGCCTTGGGCTTTACAGCTCTGCTTCATCGTCTCCTTAGGTGCCCCTGCCCTCTCCCTGcggctctctctctgccctcgtGTGGCCCGGCACTCTGGACACGGGTCTGTGCAGCCGTGGGAGAAGTTACTGCAGCCATTCCACCTGCACGTGGCCTGGGTCTGGGTCTTTCTGGGTTTGTCTTGTT
>TU2151781
GGGGTTCAGACCCATAACCAAAGAGCATGTACTGACAACTAATTACCCTTGTAATATATTATGTGTATCATCTGCTTAAAGCGCAGATCTATATCTATGCTGCCATAAGTCTAatcaacaaaatacatttttttgcagGCGTCAGATATGCATATTTAACAGATGTCGCATATGCATATTGAACAGACTTCAACGATGCGTTAGTTAAGAGGTCAAATCAATGCTTTGAAGACGATGGCACGTTTTTGGGCAGGAAGGAAACGTCAGTTCAAATATATAGGTTTAAAAGAAGAAAACACAGGCATGTCAGTTTTATATCAAACAGAGTAGTAGAGTGAGGCATCGTGTGAGCAGAGCAGATTTCAGCAGAGCCCCTACGATAAAGAGGTACTATACTGCAGGCCAAGTTCTATGGGTGGTGAGGTATTTTACTGCAggcttgtatttgtatttattatggatccccatcagctgcagccaaagcagcagctactcttcctggggtccagccaTGCCACAGCTACAAGGTATGAACCAAGCTAAGGGCTGTGTTGCTGTTTTTCCCCACAGGTGTTTGTTaacgttctccctccctccatcctctgaaTGAGGTGTTGAGCTCTACGGGGATTTCTCCTGGATTTATGTTCTCCCTCCTCTGAATGGGGTGTTGAGCTGTACAGGGATTTCTCCTGCCTTTATGTTCTCCTTCCTTACCTCCAAACACACACTCCTTTCCTCACTGGCAATCCCCTTGGACGAGATCAACTGAACTCTGCTCTCATCTATAAGTAACTCATTAACTAGGAGTCTGTGTGAAGGTAATTGCCCAGCATTACCACATATAGAACACACTGTAACATGGTACAACTCTCAGGGCAAGCGCTAACTTGGACTTCTACAGTAGAGATCCAAAAAGTGGTCGACAACGACATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCTGTAGACATCTATGTGGTGGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAACACAACAGCATATGTACTGCCAGCAGACATCTATGTGGCAGTGGGAGAGGTTGAAAACAAGAGCACAACAGCATATGTATTGAGGTTGAATATTATTGAGTTTTAACTACCGTTTTTCTCTGTCATGTAACATAACCTCTACGTTTGACTTCTGTTCGAGTAGCACCATTCAGTACTTAAGGGTACTGCCCACTCACAATCACTcagatactgtacattagctGTCTAGGTATGGAACAGTTTTGACTGTACCTAATTCTGTTTAAACCACATTTCTACTGACCAAACTCTCATTTTGTTAGTGGTCGTGATGGCTTTGGCACAACTTTGCAGTTGTCAGAATTTTGGTCGATGAGGTTCTTAAACAAAAGCTGCAATTTATCACATTGTGTCGGTGACTAGCTGCTTGATAGAGAATTGCTTGCCCATATTATTAAGCAGCTTACGTATTGCGCTTTTTCAAGATACAATCAGTAGTACAGCATGATACTGTACACGTTGTCCGTTGTCTGACACGTATACCTCACCTTTCATCCTGTACACGTGGGATAATAATAATTGCAACAAGAGGTATTCTGCCTGCCATTTCGACTGCCCCTCACTAGTTTCAGAGATGCTTTGACTAGCATGGTGGCACGACCATTTTAATCTTCCCCAAACCTTTGGGCTCACCCCCTGTAGACCTGCTTAAAGTGGTCACATTCGTTACAGAAGCCTTGCTTCTCTATGTTGGCATAGTGGTCACAGCCTTGGGCTTTACAGCTCTGCTTCATCGTCTCCTTAGGTGCCCCTGCCCTCTCCCTGcggctctctctctgccctcgtGTGGCCCGGCACTCTGGACACGGGTCTGTGCAGCCGTGGGAGAAGTTACTGCAGCCATTCCACCTGCACGTGGCCTGGGTCTGGGTCTTTCTGGGTTTGTCTTGTT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2151777 False 2032 lncRNA 0.45 2 54607994 54610088
TU2151778 False 1981 lncRNA 0.45 3 54607994 54610088
TU2151779 False 2306 lncRNA 0.43 2 54607994 54610355
TU2151780 False 2032 lncRNA 0.45 2 54607994 54610088
TU2151781 True 1981 lncRNA 0.45 3 54607994 54610088

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110502982 LOC106610932 coding downstream 44192 54561942 ~ 54563802 (-)
LOC110502980 LOC106610792 coding downstream 184048 54379417 ~ 54423946 (-)
LOC110502978 LOC106610780 coding downstream 325221 54252881 ~ 54282773 (-)
LOC110503071 NA coding downstream 390897 54213257 ~ 54217097 (-)
LOC110503036 LOC106610742 coding downstream 534041 54039018 ~ 54073953 (-)
LOC110502984 perp coding upstream 24524 54634879 ~ 54647948 (-)
LOC118943819 NA coding upstream 49902 54660257 ~ 54661760 (-)
LOC110502987 cssa01h1orf101 coding upstream 67210 54677565 ~ 54694342 (-)
LOC110502990 LOC106610860 coding upstream 145824 54756179 ~ 54767665 (-)
LOC110502991 NA coding upstream 458474 55068829 ~ 55071146 (-)
G1880942 NA non-coding downstream 55015 54551532 ~ 54552979 (-)
G1880937 NA non-coding downstream 64451 54542484 ~ 54543543 (-)
G1880920 NA non-coding downstream 90073 54516439 ~ 54517921 (-)
G1880915 NA non-coding downstream 107180 54500070 ~ 54500814 (-)
G1880912 NA non-coding downstream 112955 54494800 ~ 54495039 (-)
G1881001 NA non-coding upstream 17089 54627444 ~ 54627785 (-)
G1881002 NA non-coding upstream 17704 54628059 ~ 54628261 (-)
G1881006 NA non-coding upstream 21000 54631355 ~ 54631691 (-)
G1881021 NA non-coding upstream 44858 54655213 ~ 54655525 (-)
G1881075 NA non-coding upstream 63194 54673549 ~ 54677166 (-)
G1880780 NA other downstream 361308 54244782 ~ 54246686 (-)
G1879406 NA other downstream 1443643 53163242 ~ 53164351 (-)
G1878770 NA other downstream 1964485 52643088 ~ 52643509 (-)
LOC110502957 LOC106610540 other downstream 2292216 52271405 ~ 52315778 (-)
G1881414 NA other upstream 392411 55002766 ~ 55003624 (-)
G1883219 NA other upstream 1995651 56606006 ~ 56610640 (-)
G1883244 NA other upstream 2033652 56644007 ~ 56709888 (-)
LOC110503007 LOC106586972 other upstream 2501778 57071327 ~ 57116725 (-)
LOC110503041 LOC106579580 other upstream 2979689 57590001 ~ 57616121 (-)

Expression


Co-expression Network