LOC110503706 (LOC105026808)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110503706
gene name LOC105026808
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 10152290 ~ 10159142 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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CTGTATGTCagaaaaacaacacaacacactgttgTGGGCCACATTACTGCGCAAGTGCATCATTGCACGGGTAGTCTGACAGAACAGTGAATGTTTGTTGGCTAGTGAAGAATTTAAAATCCTGTAAAATAAGAAATAATTTAAGACATTTCGCCCATGttttatttctgtaaattgagcAGAGACTGATAAATCAATCGCGGAGCTGTGGGGATAAAGATGTCATATCACTCGTCTTCTCACAGCTCTTCGCCTAACACCGATTGCAAGGTCTATGTTGGGGACTTCGTCAACGGTGCTGCTAAGGCTGAGCTAGAGCGGGCGTTCAGTTACTATGGCCCTTTACGCAGCGTTTGGGTGGCCAGACCCGCATGTTTCGCCTTTGTGGAGTATGAGGATGCCCGTGACGCAGAGGACGCAGTTAAAGGCATGGATGGAAAGGTGCTGTGCGGCTCTCGGATCCATGTGGAGCTGTCCACTGGCATGTCACGGAAGACCAAACATGACCTCCCCAGCCGTCACCACTTTGACTCTCAAGACTGCTGCTACCATTGTGGGGACAGGGGCCACTATGCCTACGACTGCTACCGTTTCAGCAGGAGGGGTGGAGGTCGTCGGAGCAGATCGCGGTCTCGTTCCGGATCCAGGTCACGTGGCAGCCGTTATCGATCCCGTTCCCGCAGCAATGACCGAGGCAGGCACCGCTCCCAATCTTATCCCAAACATCGGAAGAGGTCCGGCTCCCCTGTGTGGTCCAAGTCCAGGACATCTGTTAGGAGtcgTTCTCGGTCAGGGTCCCGGGCCAGAGGGCGCTCGGCGTCCCGCTCTCTCTCCAGATCCCGCTCTCCCAGCCATAAGAGGAATAGGTTAGCTCTCTGCCTCGTCAACCCATACCTTCACAGCTGCTCCTGTACTGTTCGTTCCAGATCTCCAAGCCAGAAAAAGAGCCCCACCCCAGGGGAAGATTGATTTGAAGACTAAACTCGTCCCCATCCCCCTCCGACCAACTGGCTTTAGCCTTGCagctatttgttttgtctttgttccCTGCATTGATTAGAATCTACCCCTACCTTTCTGATGCTGTATAATTACACTCTACAGGATTAGTTTCATATCTAACCATGCATCCCTTACATGATGTCACATTCCTAAAATGGCTCTTGTGTGTGTCAAAACAGTTCAAATAGCTAATTTCAGAAGTGGGATTTGTGAACCACAACTTTGTATTTGTTATTATTTCTTATCTACTATATTCAGCGTGGCATTGCGTTAAAGAGCTGTAAGATACTTTAAATGTTGCTTTCCCTTTTTTATGACACTGGCAGATTTTGGAATAAATCGACACATTAA

Function

NR:

description
serine/arginine-rich splicing factor 7-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021582176.2 False 1357 mRNA 0.49 8 10152290 10159138
XM_036961152.1 False 1380 mRNA 0.49 8 10152290 10159142
XM_036961153.1 True 1353 mRNA 0.49 8 10152290 10159142

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110503316 prss16 coding downstream 12296 10129892 ~ 10139994 (-)
LOC110503704 LOC106612609 coding downstream 38042 10104566 ~ 10114248 (-)
LOC110503698 LOC107388308 coding downstream 139886 10009361 ~ 10012404 (-)
LOC110503700 LOC107388308 coding downstream 143303 10005340 ~ 10008987 (-)
LOC110503696 LOC106612616 coding downstream 168248 9979013 ~ 9984042 (-)
LOC110503317 LOC106612604 coding upstream 1752 10160894 ~ 10263430 (-)
LOC118944110 NA coding upstream 127966 10287108 ~ 10301655 (-)
LOC110503707 LOC106612603 coding upstream 143900 10303042 ~ 10351767 (-)
zgc:85932 LOC106612602 coding upstream 193458 10352600 ~ 10363236 (-)
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G1901147 LOC106612610 non-coding downstream 51724 10096286 ~ 10100566 (-)
G1901146 NA non-coding downstream 59393 10092560 ~ 10092897 (-)
G1901212 NA non-coding upstream 60281 10219423 ~ 10223013 (-)
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G1901258 NA non-coding upstream 124046 10283188 ~ 10283398 (-)
G1901072 LOC107388308 other downstream 139936 10005372 ~ 10012354 (-)
LOC110503680 LOC106612628 other downstream 578141 9570867 ~ 9579939 (-)
G1899875 NA other downstream 2104316 8046779 ~ 8047974 (-)
LOC110503590 LOC106612705 other downstream 3692225 6371958 ~ 6472758 (-)
LOC118944082 NA other downstream 3920482 6181377 ~ 6231808 (-)
G1901206 NA other upstream 46078 10205220 ~ 10205948 (-)
G1901302 LOC106612600 other upstream 239900 10399042 ~ 10399857 (-)
G1901405 NA other upstream 457782 10616924 ~ 10617481 (-)
G1901516 NA other upstream 694689 10853831 ~ 10856437 (-)
LOC110503734 rnf7 other upstream 756412 10915471 ~ 10918092 (-)

Expression


Co-expression Network