XLOC_037975 (BX545856.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_037975
gene name BX545856.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 33247202 ~ 33251006 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00074518
gtttaacagaaattcaaactagtttaaaacacgtggagtaaatagtggcaaaatagtaaactattcctttaaatattttattctgagacttatttatatgtgtcttttcttttttcatattgtccttctagcccagattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataatgcacagatgtggagggatttgcagccaaactaacttgagggaaggaacctttagTGTGGGTGAACAaactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgatagcacacattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcagaagtgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtatttttacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctttgttatattgaattattgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattttgaagttaaagtttcagtttctttatttttcttgtatttcttgaagttaaaataacacttgtgcaatttttgaacatttttacccattataaagtagcactattagataaaataaaataacatttaataactgtaaaatactatacagtaataataaaagtaacg
>TCONS_00074519
accatagatttagattaattaatgttaagtcttattttactcttattatatttatctgtttttcagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgcaaCCAATtactcctcacttgattattcaagcccagattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataatgcacagatgtggagggatttgcagccaaactaacttgagggaaggaacctttagTGTGGGTGAACAaactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgatagcacacattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcagaagtgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtatttttacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctttgttatattgaattattgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattttgaa
>TCONS_00074520
tcgacatgcaggcaacggctctcctaatttgaaattcacctgtcgtgtttcatccagcgaattcatcctcgcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacgtttaccgttaagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgcaaCCAATtactcctcacttgattattcaagcccagattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataatgcacagatgtggagggatttgcagccaaactaacttgagggaaggaacctttagTGTGGGTGAACAaactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgatagcacacattctgtcctgtctacatctctgatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcagaagtgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtatttttacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctttgttatattgaattattgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttatttt
>TCONS_00074521
caacggctctcctaatttgaaattcacctgtcgtgtttcatccagcgaattcatcctcgcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacgtttaccgttaagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgcaaCCAATtactcctcacttgattattcaaggtaatgttgatgtcttcctaattttgattagatttttaaatgtcaagttgttcacagatttgttgtgaggagtttcatgtacaacctctttttcttcttccagcagttcctaagataaaaaaaaaatctggtgttaaaacagccacggctatgctatttgcctaccaagtgctgagtaaatattagacaaacattttttctataactgttgtctttgtgtttattagcaattttactgggcgtatgtgtttgtttgttttttcaaacagcctggaaactgtaagtttagttcagtatgttattttatgctattcatttttgtcttaacatggattgcatgttgaagctatcgttttatagtgggaaaatgtaaaagagaatcactgaatacaatggcataatgattctgttTGTTCACagaaggtacttgatttagttttcctcaagcgacacatcagtttttatgactattgctttgacacttgaattgaagggacagttcaccccaaaatgaaaataatagcatctttggcatcctccattgtttcaaaatagttatatatttaatttgttccgttgaacacaaactcgtattttttaaagaaatttggttcaaatatggatgtcaatagttactggttactaacattcttcaaaatatctgctttagtgttta

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000094401

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00074518 False 753 processed_transcript 0.33 3 33247202 33249282
TCONS_00074519 False 587 processed_transcript 0.36 4 33247363 33250079
TCONS_00074520 False 645 processed_transcript 0.39 6 33247366 33251006
TCONS_00074521 True 851 processed_transcript 0.33 3 33249278 33250994

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037974 NA coding downstream 44298 33201515 ~ 33202904 (-)
XLOC_037973 NA coding downstream 68186 33177648 ~ 33179016 (-)
XLOC_037972 slc5a3b coding downstream 110212 33134882 ~ 33136990 (-)
XLOC_037970 NA coding downstream 125088 33110204 ~ 33122114 (-)
XLOC_037971 si:ch211-125e6.8 coding downstream 125529 33115926 ~ 33121673 (-)
XLOC_037976 rpl8 coding upstream 72098 33323104 ~ 33329787 (-)
XLOC_037977 NA coding upstream 105645 33356651 ~ 33359044 (-)
XLOC_037978 caska coding upstream 115677 33366683 ~ 33608427 (-)
XLOC_037979 mao coding upstream 409958 33660964 ~ 33725972 (-)
XLOC_037980 ndp coding upstream 483844 33734850 ~ 33749556 (-)
XLOC_037966 NA non-coding downstream 305974 32937829 ~ 32941228 (-)
XLOC_037964 CT030044.2 non-coding downstream 362021 32883291 ~ 32885181 (-)
XLOC_037984 dre-mir-221 non-coding upstream 669926 33920932 ~ 33921024 (-)
XLOC_037985 dre-mir-222a non-coding upstream 670458 33921464 ~ 33955939 (-)
XLOC_037986 NA non-coding upstream 691187 33942193 ~ 33943136 (-)
XLOC_037987 NA non-coding upstream 813503 34064509 ~ 34065606 (-)

Expression


Co-expression Network