XLOC_038000


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_038000
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 34546666 ~ 34587807 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00075002
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>TCONS_00075409
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>TCONS_00075411
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>TCONS_00075410
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>TCONS_00075412
TGCATCATGAACTCACTCGATTCGAATACGctgattcattcatccatcaataaaACCCCGTCAAATCTACATGGAACTCAGCTGTTGATTGAACTTTTATTCACGAGGAGCAGCCAGTAGACAGCTGTATGAAAACCttttagtattttcaaaagctaGCATATAACAGTTATGAAGCGGTGGTGTGGAGTGTATTCTTTCAGTTCATTTGTCTAGTTGTGTCTCCCTAACGAATATGAATATGAACAGTGACTAAATTACTCGAGAAAATTAATTTTTACAGCGAGATATTGTTGACGTTAGCCGTACGGACGTCGAGTAATGTAACGTTCAATTTAGCAAGCCCTTAAAGTATAAAGATTTTACTTCACAAATCGTGTTGCAACAGCCTAACGTTACATGTTCCAAGTGATTCATCCTCTTACATGGACAAAGTGATTGTTAGTGGAAAAATTGTATTAGAAACCATTTGTTCCAAGTCCAGAGTTGCTGTAAGGGTTGTTTGATGGAACCGAACGTGGAGAAGAGACACTTAACACAGCAGATATCACATGATATCCCTCTGCGTCTAAAAGACATCAAACCACTAACTATCTCTGGCACCCCATAGACAGGCTATATTGACTGTTGCTGGTTTTAACTGCCAGATGCAACCACAAGGGTGCCATGCTTTAACAACTGGTTGAAGTTCAGACTTTCAGACTGATGCACACATCGAATCGCTGATGTGGAGGCGTAAAGATGCACGAGACAGATGAGAGACGCGAGGAAGAAAGAACGAGAGCATCTCCATTCATCTCCCATCTTCCCGGAGTCTTAAACCTTATATACGAGCTTTTGAGCTTATTATAGGCGTAATCCTGACTAATGAACATGTGTTTTCATTTAAGCGAGCTTTGTTAGGAACACCTCGGCAAAGTAACGCGACATCAAACGGCAGCACAAAGCGCAACTGCACTACTTTCTTTGTAAAGATGCTGTTTGTGTTGGTTTAACGCCCCCGTGTTCTTGCGACTCGGCTTAATTTCCCGCCAAAcaagtcattttatttataacagcAAAAGTCTCCAGTGGCTAATTACAGCATGGCTTCCACAGTTAGAGAAGCTGCGCCCAAAAAACGAAGTGACGTTTTTGCCAGCGCTGTATTTGTATCTCGGAAAGGGCCCGTGTCAGAGTTCTTCTCGTTGCGAGTGTTTGGCCAACAAATCGCTTTACACAGCTGCATGAAAGTGAGATCACACAGTGGCAAGGTTGCTTCCTACTGTGCCGCATTAAGAGGATCTGAAGAGTCTGTGAGAGCAGGGCTGGATCGTTGGCTCTGTACCGAGCTCCAGCACTTAGTAGATCATTAGCTGGAGTTTTATTggaaagtacacacacacacatactgcacaCGCTCAAATGCTCACGCCTGCATGCTGAGGTTTGGAATAGTCATGAAGTT
>TCONS_00075413
TTTACAGCGAGATATTGTTGACGTTAGCCGTACGGACGTCGAGTAATGTAACGTTCAATTTAGCAAGCCCTTAAAGTATAAAGATTTTACTTCACAAATCGTGTTGCAACAGCCTAACGTTACATGTTCCAAGTGATTCATCCTCTTACATGGACAAAGTGATTGTTAGTGGAAAAATTGTATTAGAAACCATTTGTTCCAAGTCCAGAGTTGCTGTAAGGGTTGTTTGATGGAACCGAACGTGGAGAAGAGACACTTAACACAGCAGATATCACATGATATCCCTCTGCGTCTAAAAGACATCAAACCACTAACTATCTCTGGCACCCCATAGACAGGCTATATTGACTGTTGCTGGTTTTAACTGCTCTTGTTGTTATCAAATGATACAGTTGCTCAAGCACAGCGTTTGAATCCTAAGGACCTTAGGGAGCGGATTTGTCTCTCGCAAACCCCCTTCTAACGGGGATTAAGGGGATTAGACACCAGAAAATGACCAAGCGCAAACTCCCCGAGCAGCCTGGGCCTTCCCAGCGCCCCCCGTCCAGGGATGGACCTGAGGCTGGTTTACAAAGTTGCTCTCAAAGGGCCTTCTTTCCATGACAAAGGCCCCAACAATTCACCGATCCGCCAGAATGGCAGACAATGAACTTGCTGCAGTCCACCCAGCTCATTTTCATCTGAACAAATGGCATTACACTTGGCAATGACATTGTTCTAAATACGAACATGGCGCTCCTCTTTCTTCGCGGAGCTCAAGGTgtcatattaattatttaaatctgCAGAAAATTTCCAGCTCTATTCCTCCAAGGCCTTACCCAGTGCCAGAAGGTCTGGAATCTGCATTAGTTTTGTTAATTAGAGCTGAAACAAGGCTTTGATCTcaatgaaaatctgaaaaaaggaAAACTTCCAGAATGAATTATTTTCTTTCTAACCTATTTTTCTGCAAcgattctttttttcccccagtcTCACGCATGTTTATTCCTGC
>TCONS_00075003
ATTACAGTATCCCTGTATTCATTACACCAATAACGAACCCCTTTATATAATCTTTTTCCTGCAGTGATTCATCCTCTTACATGGACAAAGTGATTGTTAGTGGAAAAATTGTATTAGAAACCATTTGTTCCAAGTCCAGAGTTGCTGTAAGGGTTGTTTGATGGAACCGAACGTGGAGAAGAGACACTTAACACAGCAGATATCACATGATATCCCTCTGCGTCTAAAAGACATCAAACCACTAACTATCTCTGGCACCCCATAGACAGGCTATATTGACTGTTGCTGGTTTTAACTGGTGAGTTGATATCTGTGAACTCTATGCAGAGCAGATGAAGTGAAGGAAGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00075002 False 756 lncRNA 0.48 2 34546666 34547855
TCONS_00075409 False 1504 lncRNA 0.44 4 34547521 34587531
TCONS_00075411 False 1662 lncRNA 0.44 5 34547521 34587807
TCONS_00075410 False 1880 lncRNA 0.43 5 34547521 34587807
TCONS_00075412 False 1447 lncRNA 0.43 4 34576509 34587807
TCONS_00075413 False 997 lncRNA 0.43 4 34583414 34587531
TCONS_00075003 True 348 lncRNA 0.40 2 34585957 34586402

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_037999 ppp2r3b coding downstream 36669 34484454 ~ 34509997 (-)
XLOC_037998 grtp1b coding downstream 150402 34389976 ~ 34396264 (-)
XLOC_037997 cd247l coding downstream 177824 34356895 ~ 34368842 (-)
XLOC_037996 NA coding downstream 191116 34350517 ~ 34355550 (-)
XLOC_037995 BX294189.1 coding downstream 218164 34326430 ~ 34328502 (-)
XLOC_038001 NA coding upstream 4219 34592026 ~ 34812883 (-)
XLOC_038002 BX601644.5 coding upstream 165237 34753044 ~ 34753159 (-)
XLOC_038003 BX601644.2 coding upstream 248261 34836068 ~ 34842414 (-)
XLOC_038004 BX601644.3 coding upstream 261053 34848860 ~ 34851804 (-)
XLOC_038005 slc25a6 coding upstream 278769 34866576 ~ 34871900 (-)
XLOC_037988 NA non-coding downstream 463440 34069736 ~ 34083226 (-)
XLOC_037987 NA non-coding downstream 481060 34064509 ~ 34065606 (-)
XLOC_037986 NA non-coding downstream 603530 33942193 ~ 33943136 (-)
XLOC_038016 NA non-coding upstream 1093161 35680968 ~ 35832754 (-)
XLOC_038017 CR759895.1 non-coding upstream 1113848 35701655 ~ 35701772 (-)
XLOC_037985 dre-mir-222a non-coding downstream 590727 33921464 ~ 33955939 (-)

Expression


Co-expression Network