G1933789


Basic Information

Item Value
gene id G1933789
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 42593218 ~ 42595799 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2212140
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactataccactataccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccaccacacttctacaccaccacactactacaccaccacactacaccactatctCGCTGTCTTGTGTCATTTACTGTTGCTGTTCTGTTTCTGCTACCccagtctctactggtctctgtttctgctaccccagtctctactggtctctgtttctgctaccccagtctctactggtctctgtttctgctaccccagtctctactggtctctgtttctgctaccccagtctctactggtctctgtTTCTGCTACCCCAGGCTCTACTGGTCTCTGTTTCTGCTACCCCAG
>TU2212132
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactataccactacactactacaccactactataccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212133
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212135
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactactataccaccacactactataccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212136
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactactataccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacaccactactataccactacactactataccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212137
ccaccacactactataccactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212138
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactactataccaccacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccaccacactactataccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactataccactacactactataccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212139
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacactactacaccaccacactactacaccaccacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccaca
>TU2212134
ccaccacactactacaccaccacactactacaccaccacactactacaccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactataccactataccactacactactataccactacactactacaccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactacaccaccacactactacaccactacactactataccactacactactataccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactaccacaccaccacactactacaccaccacaccaccacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactataccactacactactacaccactacaccaccacaccaccacactactacaccactacaccaccacaccactacactactacaccactacactactacaccaccacactactacaccac

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2212140 False 944 lncRNA 0.46 4 42593218 42595799
TU2212132 False 627 lncRNA 0.45 5 42593586 42595799
TU2212133 False 283 lncRNA 0.46 4 42593586 42595799
TU2212135 False 243 lncRNA 0.46 2 42593586 42595799
TU2212136 False 294 lncRNA 0.45 4 42593586 42595799
TU2212137 False 224 lncRNA 0.46 2 42593586 42594396
TU2212138 False 419 lncRNA 0.46 4 42593586 42595799
TU2212139 False 224 lncRNA 0.48 3 42593586 42595799
TU2212134 True 828 lncRNA 0.45 4 42594217 42595799

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110503214 LOC106581444 coding downstream 222623 42358000 ~ 42370595 (-)
LOC110490901 LOC106613249 coding downstream 377432 42190618 ~ 42215786 (-)
LOC110489559 LOC106613248 coding downstream 471381 42111669 ~ 42121837 (-)
LOC110489558 LOC106613247 coding downstream 482565 42090565 ~ 42170024 (-)
LOC118944009 LOC106613246 coding downstream 569980 41988723 ~ 42023238 (-)
LOC118944083 NA coding upstream 623275 43219074 ~ 43223984 (-)
LOC110503290 LOC106613395 coding upstream 838327 43434126 ~ 43439279 (-)
LOC118944046 NA coding upstream 906502 43502301 ~ 43504650 (-)
LOC118944047 NA coding upstream 1053607 43649406 ~ 43650309 (-)
LOC118944048 NA coding upstream 1056994 43652793 ~ 43654707 (-)
G1933784 NA non-coding downstream 15017 42577075 ~ 42578201 (-)
G1933765 NA non-coding downstream 26577 42531718 ~ 42566641 (-)
G1933773 NA non-coding downstream 48440 42543686 ~ 42544778 (-)
G1933751 NA non-coding downstream 89096 42502650 ~ 42504122 (-)
G1933749 NA non-coding downstream 99973 42492875 ~ 42493245 (-)
G1933790 NA non-coding upstream 1746 42597545 ~ 42600708 (-)
G1933794 NA non-coding upstream 21023 42616822 ~ 42628349 (-)
G1933799 NA non-coding upstream 42334 42638133 ~ 42638482 (-)
G1933809 NA non-coding upstream 80293 42676092 ~ 42676602 (-)
G1933810 NA non-coding upstream 80867 42676666 ~ 42677815 (-)
G1933529 NA other downstream 192891 42399897 ~ 42400327 (-)
G1933401 NA other downstream 517279 42073127 ~ 42075939 (-)
G1932422 NA other downstream 1436485 41156371 ~ 41156733 (-)
G1931785 NA other downstream 2127351 40465620 ~ 40465867 (-)
G1934061 NA other upstream 524166 43119965 ~ 43153967 (-)
G1934102 NA other upstream 603574 43199373 ~ 43199815 (-)
G1935283 NA other upstream 1661497 44257296 ~ 44258661 (-)
G1935421 NA other upstream 1925356 44521155 ~ 44521439 (-)
G1935467 NA other upstream 1983223 44579022 ~ 44585392 (-)

Expression


Co-expression Network