G1934098


Basic Information

Item Value
gene id G1934098
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 43188727 ~ 43199207 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2212508
tatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatactaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccgtgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactagatcAGGATATTAAacttcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaa
>TU2212503
ccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctctatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtata
>TU2212506
gtgatttctCCACAAATTGACAGGTATTTttctttccatggtagcaagatctgaTCTATTTTTTCTAacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctctatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtataccTCACTacgtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcagggtattaaaccaccatgtatatctcactacgtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactacgtctggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaagtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctc
>TU2212505
ccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatatcaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccgccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaaccaccatgtatatctcactaagtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaa
>TU2212504
ccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatatcaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccgccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacc
>TU2212507
gtgatttctCCACAAATTGACAGGTATTTttctttccatggtagcaagatctgaTCTATTTTTTCTAacctccaccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctctatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtataccTCACTacgtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactacgtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacttcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatacctcactaggtcaggatattaaacctcctctatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatatta

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2212508 False 584 lncRNA 0.39 3 43188727 43190729
TU2212503 False 713 lncRNA 0.39 3 43189846 43197387
TU2212506 False 744 lncRNA 0.38 5 43190832 43199207
TU2212505 False 1136 lncRNA 0.39 4 43193376 43197387
TU2212504 False 992 lncRNA 0.39 3 43195815 43197387
TU2212507 True 621 lncRNA 0.38 2 43198479 43199207

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
aplp2 LOC102785027 coding downstream 514944 42532534 ~ 42673783 (-)
LOC110503214 LOC106581444 coding downstream 818132 42358000 ~ 42370595 (-)
LOC110490901 LOC106613249 coding downstream 972941 42190618 ~ 42215786 (-)
LOC110489559 LOC106613248 coding downstream 1066890 42111669 ~ 42121837 (-)
LOC110489558 LOC106613247 coding downstream 1078074 42090565 ~ 42170024 (-)
LOC118944083 NA coding upstream 19867 43219074 ~ 43223984 (-)
LOC110503290 LOC106613395 coding upstream 234919 43434126 ~ 43439279 (-)
LOC118944046 NA coding upstream 303094 43502301 ~ 43504650 (-)
LOC118944047 NA coding upstream 450199 43649406 ~ 43650309 (-)
LOC118944048 NA coding upstream 453586 43652793 ~ 43654707 (-)
G1934092 NA non-coding downstream 7953 43180360 ~ 43180774 (-)
G1934066 NA non-coding downstream 58301 43129235 ~ 43130426 (-)
G1933945 NA non-coding downstream 153507 43021291 ~ 43035220 (-)
G1933940 NA non-coding downstream 182414 43005841 ~ 43006313 (-)
G1933930 NA non-coding downstream 213800 42974160 ~ 42974927 (-)
G1934105 NA non-coding upstream 6878 43206085 ~ 43208123 (-)
G1934255 NA non-coding upstream 61379 43260586 ~ 43261019 (-)
G1934256 NA non-coding upstream 61899 43261106 ~ 43261776 (-)
G1934257 NA non-coding upstream 74724 43273931 ~ 43274240 (-)
G1934258 NA non-coding upstream 82497 43281704 ~ 43281912 (-)
G1934061 NA other downstream 34760 43119965 ~ 43153967 (-)
G1933529 NA other downstream 788400 42399897 ~ 42400327 (-)
G1933401 NA other downstream 1112788 42073127 ~ 42075939 (-)
LOC118944009 LOC106613246 other downstream 1185299 41988723 ~ 42023238 (-)
G1932422 NA other downstream 2031994 41156371 ~ 41156733 (-)
G1934102 NA other upstream 166 43199373 ~ 43199815 (-)
G1935283 NA other upstream 1058089 44257296 ~ 44258661 (-)
G1935421 NA other upstream 1321948 44521155 ~ 44521439 (-)
G1935467 NA other upstream 1379815 44579022 ~ 44585392 (-)
G1935978 NA other upstream 2196825 45396032 ~ 45397761 (-)

Expression


Co-expression Network