G1935033 (nectin1)


Basic Information

Item Value
gene id G1935033
gene name nectin1
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 44598119 ~ 44603291 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2213685
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>TU2213686
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>TU2213689
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CAGGTGGCGGGTTGT

Function

symbol description
nectin1 Enables cell adhesion molecule binding activity and identical protein binding activity. Predicted to be involved in several processes, including heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules; homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules; and positive regulation of viral entry into host cell. Predicted to act upstream of or within several processes, including camera-type eye development; desmosome organization; and enamel mineralization. Located in adherens junction. Implicated in cleft lip; cleft lip-palate-ectodermal dysplasia syndrome; cleft palate; and ectodermal dysplasia.

NR:

description
PREDICTED: nectin-1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2213685 False 3607 lncRNA 0.42 2 44598119 44601920
TU2213686 False 3610 lncRNA 0.42 2 44598119 44601920
TU2213689 True 5015 lncRNA 0.46 4 44598119 44603291

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
treh treh coding upstream 1106217 43472724 ~ 43491902 (+)
ddx6 ddx6 coding upstream 1132874 43440013 ~ 43465245 (+)
bcl9l LOC106613392 coding upstream 1177644 43299528 ~ 43420475 (+)
cdon LOC106613390 coding upstream 1385407 43066287 ~ 43212712 (+)
prdm10 prdm10 coding upstream 1812959 42723531 ~ 42785160 (+)
G1935034 NA non-coding upstream 1042 44593457 ~ 44597077 (+)
G1935052 NA non-coding upstream 11393 44586431 ~ 44586726 (+)
G1935051 NA non-coding upstream 12041 44577478 ~ 44586078 (+)
G1935031 NA non-coding upstream 53374 44544492 ~ 44544745 (+)
G1935022 NA non-coding upstream 71924 44525689 ~ 44526195 (+)
G1935062 NA non-coding downstream 17667 44620958 ~ 44621391 (+)
G1935072 NA non-coding downstream 33305 44636596 ~ 44637635 (+)
G1935074 NA non-coding downstream 36607 44639898 ~ 44640849 (+)
G1935081 NA non-coding downstream 52542 44655833 ~ 44656425 (+)
G1935099 NA non-coding downstream 84144 44687435 ~ 44696088 (+)
G1934201 NA other upstream 1162767 43433448 ~ 43435352 (+)
G1933999 NA other upstream 1439553 43158103 ~ 43158566 (+)
G1933574 NA other upstream 2063136 42531718 ~ 42534983 (+)
G1933563 st14 other upstream 2097129 42495580 ~ 42500990 (+)
G1933255 NA other upstream 2207858 42389427 ~ 42390261 (+)
G1935694 NA other downstream 497011 45100302 ~ 45103958 (+)
G1935696 NA other downstream 500841 45104132 ~ 45104500 (+)
G1935897 NA other downstream 685219 45288510 ~ 45289135 (+)
G1936028 NA other downstream 882052 45485343 ~ 45492999 (+)
G1936029 NA other downstream 882445 45485736 ~ 45487871 (+)

Expression


Co-expression Network