LOC110505546 (LOC106611046)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110505546
gene name LOC106611046
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048589.1
NCBI id CM023243.3
chromosome length 47542702
location 20326197 ~ 20357077 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021584840.2
CGACCTATTCGTGACATTCTTATGTTAAGAGAAACATAGGCTGTATGTATGATTCCCCATTTCAAGTTTTGGAACTTTGCATCATTATATAATAAGAGATGATATTTAACATTTGCCTACATTATACCCTGGTTTACTATTTGGCTTGCAGTTGTCTGCTTTTTAATAGCTAGTTAGAAGATATTGCTCACCGAGCATTTTGACGTTAGTTGCACATTTAAAAAGTTTAGATGTGTTGCGCGTTAGCCTACACTGCGTGCTCATTTTGAATAATACATAGACCTAGGTGTTTAAGTTGCAGTTTCTGTAGACTAAACTAACAGTGCGCGCAGATACCCAAGGGTACCCAAAAACGTTGTCATTATGGGCGACAATCCTGACTTTGATAACAAAGCAATTAAAGAGGAGAAAAATGGTCTGGATCTGAGGAAAACGAACCCTTCCAAATCGGTGGACATGGAGGAACAAATTGAATGTACGAGCATCTCGAATGAGAACCAGGACAATAGGCCTTCAACTACCACGCGTTTATACAAAAGGAGATGGGTGATGGTGTTCCTTTTCAGCTGTTACTCCCTGTGCAACGCATTTCAATGGATCCAATACGGAATAATCAAcaatatttttatgaaattctaCAATGTGGACTCTTTTACCATTGACTGGATGTCAATGGTCTATATGTTGACCTATATTCCTTTTATATGGCCTGTCTCCTGGCTTTTGGACAAAAAGGGATTGCGGCTCATAGCACTGATGGCCACCGCAATTAATTGCCTTGGGACATGGATCAAGGTGGCCAGCGTCAGGTCAAACTTATTTTGGGTGACGATGCTCGGACAGTTTGCAAGTTCCCTATCCCAGGTCTTCATCCTTGGAATGCCCTCCCGCCTGGCATCGGTTTGGTTTGGTTCCGAAGAGGTGTCCACCGCCTGTTCCATCGGCGTTTTTGGGAATCAGTTGGGCATTGCCATTGGCTTCCTGGTGCCACCCATTCTCGTGCCAAATGTTGACAATATAGACGAGCTGGCATACCACATCAGCATCATGTTCTACATCACTGCTGGAGTGGCCACCGTGATCTTCATCCTTGTGGTCTTCTGGTTCCAAGAGAAGCCGGAAATCCCTCCCACCCTGGCTCAGGTCCAGGCCAGGAGCATCCCTCCAGAAGAGTACTCCTACGTGGCATCTATCCTGAGACTGCTGCGTAACCTACCCTTCATGCTCCTCGTCATCAGCTATGGGCTGAATGTCGGTTGTTTCTATGCTGTTTCCACACTGCTGAACCGGATGATTATTGAGCATTATCCAGGTGAAGAGGTGAATGCTGGAAGAATTGGCCTCACCATTGTCATTGCGGGGATGGTGGGGTCCCTCATATGTGGGATCTGGTTGGACAAGACCAAAACCTACAAACAGACTACCCTGGCTGTATATCTTCTGTCCTTCGTGGGAATGGTGGTCTATGCCTTCACCCTCAACTTAGGCCACCTATGGGTGGTGTTTGTAACATCGGGGGCTCTTGGGTTCTTCATGACCGGGTACCTACCGCTTGGCTTTGAGTTTGCTGTGGAGCTGACCTTCCCAGAGTGTGAGGGCACCTCCTCAGGCCTGCTCAACTGTTCAGCTCAGATATTTGGGATCATATTCACCATCGGTCAAGGGAAGATCATAGAGCACTTTGGAACGTTCGCTGGGAACATCTTTCTCTGTGTCTTCCTCCTCATAGGCACTATTATGACAGCATTCATCAAGTCTGACCTCCGACGGCAAAAGGCCAACCATCTGGCTGAGACACAGGCGGCAAGTGCTGCAGACTCCCCGTCTCGGATACAGGACTACGGGGCCACAACACCCAGCAGATCACAGGAGCAGCAATCCTGACATTCACtaaaacccaaacacacacctgCCAAGAAACAGGAAGGCATCTCACCGCCAGCTACACTGAAGGAGGTCAAGGTATAAGGAGGAATTCCAGTTGGACAGGTGTGAGAAGACAGCCCAGCACACACTGACATGTTTGAAAACTACCAAAGGATGTACACACAAACagatacagtacacacagtaaaaAGCATGCTGCTTTCCCTTTACAAATGTGAAGGTGAGCACATGCACAAGTGATGAATTTGGATGAACATGTAATTACTACTTAATTGAAACTATGACATGGAGGACTCCACTGAGGAAGTCAGAGCCCAGGAATGTACTGTAGGCTGGGGCATGGACACCCTGCTCTGGCTTTAGTTCCAGTGACTGCTATTTCTACTGCCTAGCACAACTGGCTCCCCAGATCTACTCAAGCCACGTAGAGGAACTCACGTGGAACCTCACATGTTCTCCCTCTAGCAAATTACTCGACAGATAACGAGTTTGATTGTCAGGCACAACCGGAAGTATTTCAAGTTTAATGACCTGTTAATTCATATTTAAGTGTCACTTTTTGAGAGTACGCTACGAACGGTTCATCTTTTCATTTTCTTTACCTTTGTCTCCAATCTAAATCATGTAAATGTTGATGTCTGTGCATCCTGATATGAGCAGTATTGTGCTTTTTGTTTCCTGACATTTGACCAATACTATACCGTAACCAAACTTAACATTGCTAAGTGTATTAATGTAACTGTTGTATTTTTGGAATGATAGTTAAAGGTAGACTACAGACTCAGTGGTTTCAGTTGAATGGCAGTCTGTTCAGAGGTTCAGTCAAGCCAACTCACCTAGgggtttaacatgattttgagaTTGCTATCTGCCAAATAGGATCACAGAGATACTTGTGAGTACTACTGATAATGGTGAATAGGGCTGATACTGTGCCTGAGTATGCTTTAACCACATTCTTAGAATAACTATTGTATTTAATGCTCTACATTGATTTGTTTTAGAGCCTAAAACGCAATGATAACAATGTGAGCACAAAATCATTAGCGTGACGAGACAGACAATCCAATGGATTTGTCATTTTGCACAAGGTAGGCTAGTTCTGTATGTTGTATGTATGATTATTTTGGTCTGTATATTTGTTACTGAGAACTCTTTCATGCCATACTTCATGTTAATGGTGAGATTTAAGATGAAATCCCATAGTGCAGTGTTTCATcagctttcttttttttttgaagGATCATTTTATATACATCAAATGGTGATGTCATTTTTTACTATTTCTCATACTCAGTAATGAACAACATAATTCTAGTTTTGTAAAAATGTTTGTAGATGTTGTTTGGACAAAGTGTCAGTTGTGAACAATTGTACATGGTAATCTGGTgaactaaatgtaaaaaaaaaaacatt
>XM_021584841.2
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>TU2242280
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>TU2242281
gaatactttcgcaaggcactgtagctaactaaatagctaacaaaatggttACACATAACATCTGAGTTGACCTTcgtattttattcttatttttgcACTCTATGCACACTGATACTTCAACACACATGCATACGCTCTCTCCATAATATGCACATACCTTTACATTTCATaccaactctacacacccactcacatacactcatcagatatgctgctgctactctgtttatcatatatcctgatgcctagtcacctcaccttacccctatacatatctacctctatccatccagtatccctgcacattgtaaatatggtactggaactgactcgtgttattttttttgttcaaccttgttatttttagtattacattgttgGGGTTacagcttgcaagaaaggcatttcactgtacttgtgcatgtgacattaaaacttgaaacttgattGTGTTTAGAGATGATCAACTCTCATGTTCACTCCCCTCATTCTTCCAGATATTTGGGATCATATTCACCATCGGTCAAGGGAAGATCATAGAGCACTTTGGAACGTTCGCTGGGAACATCTTTCTCTGTGTCTTCCTCCTCATAGGCACTATTATGACAGCATTCATCAAGTCTGACCTCCGACGGCAAAAGGCCAACCATCTGGCTGAGACACAGGCGGCAAGTGTAAGTATATCCGTTTCTGCTATTTGGTGTCAGCGGTAGGATCTCTGCGTTCCAGTTAAAAGGGATGTGATGTGTTGGATACTGCCC
>TU2242283
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>TU2242282
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Function

NR:

description
PREDICTED: feline leukemia virus subgroup C receptor-related protein 2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021584840.2 False 3303 mRNA 0.43 11 20326197 20357077
XM_021584841.2 False 3195 mRNA 0.43 10 20326197 20357077
TU2242280 False 600 lncRNA 0.38 2 20326310 20327228
TU2242281 False 761 lncRNA 0.41 2 20332013 20333200
TU2242283 False 216 lncRNA 0.43 1 20339671 20339886
TU2242282 True 388 TUCP 0.52 2 20344342 20356362

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110505544 ift43 coding downstream 127719 20165168 ~ 20198478 (-)
LOC110505542 gpatch2l coding downstream 184375 20101758 ~ 20141822 (-)
LOC110505541 LOC106611051 coding downstream 277755 19983223 ~ 20048442 (-)
LOC110505539 dlst coding downstream 399498 19917594 ~ 19926699 (-)
angel1 LOC106611057 coding downstream 433476 19883468 ~ 19892721 (-)
jdp2a LOC106611045 coding upstream 8903 20365980 ~ 20383084 (-)
fosaa LOC106611096 coding upstream 26423 20383500 ~ 20387373 (-)
mlh3 mlh3 coding upstream 42935 20400012 ~ 20406260 (-)
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LOC110505554 nek9 coding upstream 53994 20411071 ~ 20418711 (-)
G1960694 NA non-coding downstream 2145 20323784 ~ 20324052 (-)
G1960685 NA non-coding downstream 9392 20316566 ~ 20316805 (-)
G1960681 NA non-coding downstream 12919 20313071 ~ 20313278 (-)
G1960671 NA non-coding downstream 17326 20308557 ~ 20308871 (-)
G1960604 tgfb3 non-coding downstream 106340 20210204 ~ 20219857 (-)
G1961054 LOC106611039 non-coding upstream 68750 20425827 ~ 20427781 (-)
G1961053 LOC106611038 non-coding upstream 72764 20429841 ~ 20430837 (-)
G1961115 NA non-coding upstream 119986 20477063 ~ 20478018 (-)
G1961160 NA non-coding upstream 185196 20542273 ~ 20544673 (-)
G1961161 NA non-coding upstream 188128 20545205 ~ 20545630 (-)
G1959757 NA other downstream 781314 19544430 ~ 19544883 (-)
exd1 LOC106611069 other downstream 863136 19459418 ~ 19472995 (-)
LOC110505524 LOC106611070 other downstream 908348 19412027 ~ 19421296 (-)
G1959632 NA other downstream 930633 19385737 ~ 19395564 (-)
LOC110505513 LOC106578354 other downstream 1242434 19078852 ~ 19092504 (-)
G1961081 NA other upstream 56727 20413804 ~ 20414118 (-)
LOC110505560 LOC106611035 other upstream 149148 20506225 ~ 20510972 (-)
G1961225 NA other upstream 295864 20652941 ~ 20653862 (-)
LOC110505583 NA other upstream 607454 20962833 ~ 20969500 (-)
LOC110505546 LOC106611046 other upstream 4456 20326197 ~ 20357077 (-)
G1961046 NA other upstream 8906 20348792 ~ 20413709 (-)
G1961037 NA non-coding downstream 12626 20331448 ~ 20331716 (-)
G1961035 NA non-coding downstream 14280 20329838 ~ 20330062 (-)

Expression


Co-expression Network