LOC110505601 (LOC106611002)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110505601
gene name LOC106611002
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048589.1
NCBI id CM023243.3
chromosome length 47542702
location 21758745 ~ 21771882 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021584921.2
CACTAGCTGGGTTAGGGTTTAAAGTTCGGCTAAAGATTAGTTTAAATAACCTACTGTTTTATCGAACGTGACTAAACGGGTCAAATAATGTAACCTAACATAATGTcacatactaaatggagtgtcacgGATTTTAGTAACATATAATTCGTCTTGCATACTGGACATTTCGACCTACATGTCTCGGTAAACGTCTCTTGTCTGTTTAACTTTTCCTACCGTTCGTGCGATTCGAGAGCAGCCTACTTGCAGTCAAATATGACTGCGCTGGAAGGAAGGGCACTCCACTGGATGCGCGATGGTACGGTGAGGCTCCCCGCCTAATCTATAGTCTTTAGGCAGAGGGATGCATCGTTTTAACCCTTTGCTCTGCTCTCCAGAGTTGCACATATTTGTAAATAGCCTTTAAGTAATATTTAGTAAATAAGTTGAGGAAATGTGTAAAGGTGCTGCAGCTATTTTGGGGAATTGTATTGGACAATAAGTGTAAGGATATTTCTTCATCGTTGGCTTCAACTTCGGATGGCTTGAGTATTTGCACACATGCATGTTGACAAGCAAGAATGTAAGGTAGCCTATGGCCGGTCTACCGTTCTCACATCACACGGAGTAAGGGAGCATCGGTTGGATTCGCAGCGCTGGACATCGAACTATAGCGCCGTGATTCGGAGTACGTTTGAGTGCCCAGAGAAATAACTTTATATATTGGGATTGCTTGGTCACCTGCGTTCCCTGTCAGTCATATGCCACCGACAACGTAAATTCAACAGCAAAATGAATATGGCATAAACTAATTCTGGAGACGCCAGTCACAGATATCGCCGCCGACTTGGATAGGGTGAATGAGAATTTCCCAAACGGTCAAATCCTATGCATACCGTGCTTGTTTACTCGCTACACTATCTAGTGTCTTCGAGAAGAGCGCAGGAGGAATGCTGGTCCAAGATCTAATACCATTTACTTTAAGTTTTTGGCCTCTTCTCTTCGGTCATTGCATTCTCTCGTTGGTTTTACTCTCATGCCAGGGTGAACTCCAGAGGTCATGCTCGCAGACTGTAACTGAGAAAGTGAGCGAACACTGCCAGCTGGCATGTCAGTGTAGAAGctaccctccccttcctcccccgcctcctcccccacctcccccacGGCTACTGTTGGCCACAGTGGTTGAGTCCCCTCTGCCCCTGTTGAGACCGTGGTGGATGGAGATCTTAGTGCTTGGGACAGGGGGCTGTGCCTCAGCTGTTTTCCTCCTTTCAGCCATGATCATCTGCTACAAGGCCATAAAGAGGAAACCACTACGGAAAGAGGAGAACGGGACAAGTCGTGGGGAGTATGCCATGAGTCATGTTGCCTGGATGAATGACAACGTCCAGATAAAGGAGAGTtgcgagaaccagagagagagaaaaactaaACATGGAAGTGGATTCAGAGAATGAGTAAAAAAGTGAATTGAGAAGTTCTACACCAAATTGTCGACAAGAAGTGTCATTGACAGGGGAATGGTTGACTGCTAATCTGTCAACCTACACAGCTCCACACTTCTCACAGACAACTTCGATGTAGGAACAGACACTGAAGCACTGCGATGGGATAGGAGGTTGCGGAGGACCAGATCAAGAACAAAATGTGCACGCAGCAACATTCTTTTCTACGGTCGGGCTGTCTCATCTATTCTCATCTGACCGTTTTTCTTTTTCATTTATTAAAGCAGAATTTGTATTATACTGGCACAGTTGCAGGTTCTTGCTGTGGTTTGAGATGTATAGTGCTCATCTGACTATGCAATTAAAACATACATTTACAGGTCATACCAAGTGGGAAGTAAAACAACAAGATCAAGTCAGTTCCTATGTTCCATACCAACAACACAACTGAGAACAGCCTGAGGACAAACTTTATCTACTTATCTaatttgttcatttatttatttactgtatTTATTCATTAATTTGTCTGCTTATGTATGTTATTGTTTAATTCAGTCAGTTTAATGATTTGAAATGTTTTCTTTTTATATGAATTATTTAGTAATCATATCATTCATTTTAATGGTCTGACGCTTCAAGCCCACTTTTAATTTGCTACAGACGCTGATGCAGAAAACACATCTGCAAAGAGTTTTGGCGCTCAATTGTTCATCTCTTGCTGTTTGATATGCCTTTCTGTGTTCCCCTGCGACTTCAGCGAATATGATGGGGATGTCTGTGATGCGagtttgtgaatgtgtgttttcTGACCGTGCTTTTAGCAGCTTATTCTACCCCTCAATTCTTTATCACAAGACTAACATGGTATTACATTTTGTGCTGTCACATCTCACTggttagacagtcagggggaggtAGTGGGGGACAATGGGAAGCCCTTTGCCGTGTTCTGATGTGATTTTTACAGTCTTAATTGTTCCACCTCCCAGCAAGGAGAGAACCCATCACTATAGAAACAGTGCACATGATCCCAGGACTGACATGCTGATTGGTGGAGGACGGGATTCCAAACAGAGGCTGATCTGGATATCAAGTTGCAGAGAGGATGGCCTCAAAAAGGGACATGTGACTCAGTGCACTCACACTCGCAGGCATCCCCAACATCCTTCTGCAATAAACAGTCCACAGTTGATTTAAAGCATCACTCAATTATTACGCTGCGTGTTGGCATAGGTGCAGTTCATTTGTATATTAGTGCGTgttgtgtgcgtgagagagagcaCAATACATGTATGGCTGGCAGTATCTGAAAATGTTCCATTACTGTTGAATTTTGTAAACACAGACCTTGCATTGTGAAATGCATAGGAATTAGCATATCTTACCAGTAATGTACCCAGAAACTGAAGATACGTCACTAATACTGTACATAGAGGGAAATAACCTTGGATGCATGAATGTAAATATTGATATTTAAAAATATCTGCCTTCTGGACTGTTAATAACATGTACAGTGTAACAGAAAATATGTTTATACATAGTAGAAATTAAACAATGTGCTACCAATTAGAATTAAATCAATGTTATCATGTTTATGGAGCAAGCCATTCTTGTATATTTGGCAATGAAAGTTATTTTACAATTGATGCATTATATACCAAAAGGATACATAGAGTCCTATGTATACATCGATAATGTGCATTCAGTTGATTTAATTGCTGACTTTTTCAGTTGTAAATAAAGGTGAACAGAATGACA
>XM_021584922.2
CACTAGCTGGGTTAGGGTTTAAAGTTCGGCTAAAGATTAGTTTAAATAACCTACTGTTTTATCGAACGTGACTAAACGGGTCAAATAATGTAACCTAACATAATGTcacatactaaatggagtgtcacgGATTTTAGTAACATATAATTCGTCTTGCATACTGGACATTTCGACCTACATGTCTCGGTAAACGTCTCTTGTCTGTTTAACTTTTCCTACCGTTCGTGCGATTCGAGAGCAGCCTACTTGCAGTCAAATATGACTGCGCTGGAAGGAAGGGCACTCCACTGGATGCGCGATGGTACGGTGAGGCTCCCCGCCTAATCTATAGTCTTTAGGCAGAGGGATGCATCGTTTTAACCCTTTGCTCTGCTCTCCAGAGTTGCACATATTTGTAAATAGCCTTTAAGTAATATTTAGTAAATAAGTTGAGGAAATGTGTAAAGGTGCTGCAGCTATTTTGGGGAATTGTATTGGACAATAAGTGTAAGGATATTTCTTCATCGTTGGCTTCAACTTCGGATGGCTTGAGTATTTGCACACATGCATGTTGACAAGCAAGAATGTAAGGTAGCCTATGGCCGGTCTACCGTTCTCACATCACACGGAGTAAGGGAGCATCGGTTGGATTCGCAGCGCTGGACATCGAACTATAGCGCCGTGATTCGGAGTACGTTTGAGTGCCCAGAGAAATAACTTTATATATTGGGATTGCTTGGTCACCTGCGTTCCCTGTCAGTCATATGCCACCGACAACGTAAATTCAACAGCAAAATGAATATGGCATAAACTAATTCTGGAGACGCCAGTCACAGATATCGCCGCCGACTTGGATAGGGTGAATGAGAATTTCCCAAACGGTCAAATCCTATGCATACCGTGCTTGTTTACTCGCTACACTATCTAGTGTCTTCGAGAAGAGCGCAGGAGGAATGCTGGTCCAAGATCTAATACCATTTACTTTAAGTTTTTGGCCTCTTCTCTTCGGTCATTGCATTCTCTCGTTGGTTTTACTCTCATGCCAGGGTGAACTCCAGAGGTCATGCTCGCAGACTGTAACTGAGAAAGTGAGCGAACACTGCCAGCTGGCATGTCAGTGTAGAAGctaccctccccttcctcccccgcctcctcccccacctcccccacGGCTACTGTTGGCCACAGTGGTTGAGTCCCCTCTGCCCCTGTTGAGACCGTGGTGGATGGAGATCTTAGTGCTTGGGACAGGGGGCTGTGCCTCAGCTGTTTTCCTCCTTTCAGCCATGATCATCTGCTACAAGGCCATAAAGAGGAAACCACTACGGAAAGAGGAGAACGGGACAAGTCGTGGGGAGTATGCCATGAGTGTACGCAAAAAGAAGGCCATGGGCCCCAACAACACTGTGGTGTAGACTGTCCACTGACAGAAAGAGGAAgtcacatcaccatcatccccaCTACCCACCCTATCCTACCCAAAACTCCTATTACGCAACAGGGGGTTGACCTGTTAAAAATGCATAAACGCCTTTCCTTCTCTCCTAGCATGTTGCCTGGATGAATGACAACGTCCAGATAAAGGAGAGTtgcgagaaccagagagagagaaaaactaaACATGGAAGTGGATTCAGAGAATGAGTAAAAAAGTGAATTGAGAAGTTCTACACCAAATTGTCGACAAGAAGTGTCATTGACAGGGGAATGGTTGACTGCTAATCTGTCAACCTACACAGCTCCACACTTCTCACAGACAACTTCGATGTAGGAACAGACACTGAAGCACTGCGATGGGATAGGAGGTTGCGGAGGACCAGATCAAGAACAAAATGTGCACGCAGCAACATTCTTTTCTACGGTCGGGCTGTCTCATCTATTCTCATCTGACCGTTTTTCTTTTTCATTTATTAAAGCAGAATTTGTATTATACTGGCACAGTTGCAGGTTCTTGCTGTGGTTTGAGATGTATAGTGCTCATCTGACTATGCAATTAAAACATACATTTACAGGTCATACCAAGTGGGAAGTAAAACAACAAGATCAAGTCAGTTCCTATGTTCCATACCAACAACACAACTGAGAACAGCCTGAGGACAAACTTTATCTACTTATCTaatttgttcatttatttatttactgtatTTATTCATTAATTTGTCTGCTTATGTATGTTATTGTTTAATTCAGTCAGTTTAATGATTTGAAATGTTTTCTTTTTATATGAATTATTTAGTAATCATATCATTCATTTTAATGGTCTGACGCTTCAAGCCCACTTTTAATTTGCTACAGACGCTGATGCAGAAAACACATCTGCAAAGAGTTTTGGCGCTCAATTGTTCATCTCTTGCTGTTTGATATGCCTTTCTGTGTTCCCCTGCGACTTCAGCGAATATGATGGGGATGTCTGTGATGCGagtttgtgaatgtgtgttttcTGACCGTGCTTTTAGCAGCTTATTCTACCCCTCAATTCTTTATCACAAGACTAACATGGTATTACATTTTGTGCTGTCACATCTCACTggttagacagtcagggggaggtAGTGGGGGACAATGGGAAGCCCTTTGCCGTGTTCTGATGTGATTTTTACAGTCTTAATTGTTCCACCTCCCAGCAAGGAGAGAACCCATCACTATAGAAACAGTGCACATGATCCCAGGACTGACATGCTGATTGGTGGAGGACGGGATTCCAAACAGAGGCTGATCTGGATATCAAGTTGCAGAGAGGATGGCCTCAAAAAGGGACATGTGACTCAGTGCACTCACACTCGCAGGCATCCCCAACATCCTTCTGCAATAAACAGTCCACAGTTGATTTAAAGCATCACTCAATTATTACGCTGCGTGTTGGCATAGGTGCAGTTCATTTGTATATTAGTGCGTgttgtgtgcgtgagagagagcaCAATACATGTATGGCTGGCAGTATCTGAAAATGTTCCATTACTGTTGAATTTTGTAAACACAGACCTTGCATTGTGAAATGCATAGGAATTAGCATATCTTACCAGTAATGTACCCAGAAACTGAAGATACGTCACTAATACTGTACATAGAGGGAAATAACCTTGGATGCATGAATGTAAATATTGATATTTAAAAATATCTGCCTTCTGGACTGTTAATAACATGTACAGTGTAACAGAAAATATGTTTATACATAGTAGAAATTAAACAATGTGCTACCAATTAGAATTAAATCAATGTTATCATGTTTATGGAGCAAGCCATTCTTGTATATTTGGCAATGAAAGTTATTTTACAATTGATGCATTATATACCAAAAGGATACATAGAGTCCTATGTATACATCGATAATGTGCATTCAGTTGATTTAATTGCTGACTTTTTCAGTTGTAAATAAAGGTGAACAGAATGACA
>TU2243695
AGTCAAATATGACTGCGCTGGAAGGAAGGGCACTCCACTGGATGCGCGATGGGTGAACTCCAGAGGTCATGCTCGCAGACTGTAACTGAGAAAGTGAGCGAACACTGCCAGCTGGCATGTCAGTGTAGAAGctaccctccccttcctcccccgcctcctcccccacctcccccacGGCTACTGTTGGCCACAGGTAAGGCTCAACACTCCTGCTCACACCACATCAACCAGCCTCTGCTGTCTCACTCTCCTGTCTCACTGTCACCTGTTTCACTCACAACTGTC
>TU2243692
TGGAGATCTTAGTGCTTGGGACAGGGGGCTGTGCCTCAGCTGTTTTCCTCCTTTCAGCCATGATCATCTGCTACAAGGCCATAAAGAGGAAACCACTACGGAAAGAGGAGAACGGGACAAGTCGTGGGGAGTATGCCATGAGTCATGTTGCCTGGATGAATGACAACGTCCAGATAAAGGAGAGTtgcgagaaccagagagagagaaaaactaaACATGGAAGTGGATTCAGAGAATGAGTAAAAAAGTGAATTGAGAAGTTCTACACCAAATTGTCGACAAGAAGTGTCATTGACAGGGGAATGGTTGACTGCTAATCTGTCAACCTACACAGCTCCACACTTCTCACAGACAACTTCGATGTAGGAACAGACACTGAAGCACTGCGATGGGATAGGAGGTTGCGGAGGACCAGATCAAGAACAAAATGTGCACGCAGCAACATTCTTTTCTACGGTCGGGCTGTCTCATCTATTCTCATCTGACCGTTTTTCTTTTTCATTTATTAAAGCAGAATTTGTATTATACTGGCACAGTTGCAGGTTCTTGCTGTGGTTTGAGATGTATAGTGCTCATCTGACTATGCAATTAAAACATACATTTACAGGTCATACCAAGTGGGAAGTAAAACAACAAGATCAAGTCAGTTCCTATGTTCCATACCAACAACACAACTGAGAACAGCCTGAGGACAAACTTTATCTACTTATCTaatttgttcatttatttatttactgtatTTATTCATTAATTTGTCTGCTTATGTATGTTATTGTTTAATTCAGTCAGTTTAATGATTTGAAATGTTTTCTTTTTATATGAATTATTTAGTAATCATATCATTCATTTTAATGGTCTGACGCTTCAAGCCCACTTTTAATTTGCTACAGACGCTGATGCAGAAAACACATCTGCAAAGAGTTTTGGCGCTCAATTGTTCATCTCTTGCTGTTTGATATGCCTTTCTGTGTTCCCCTGCGACTTCAGCGAATATGATGGGGATGTCTGTGATGCGagtttgtgaatgtgtgttttcTGACCGTGCTTTTAGCAGCTTATTCTACCCCTCAATTCTTTATCACAAGACTAACATGGTATTACATTTTGTGCTGTCACATCTCACTggttagacagtcagggggaggtAGTGGGGGACAATGGGAAGCCCTTTGCCGTGTTCTGATGTGATTTTTACAGTCTTAATTGTTCCACCTCCCAGCAAGGAGAGAACCCATCACTATAGAAACAGTGCACATGATCCCAGGACTGACATGCTGATTGGTGGAGGACGGGATTCCAAACAGAGGCTGATCTGGATATCAAGTTGCAGAGAGGATGGCCTCAAAAAGGGACATGTGACTCAGTGCACTCACACTCGCAGGCATCCCCAACATCCTTCTGCAATAAACAGTCCACAGTTGATTTAAAGCATCACTCAATTATTACGCTGCGTGTTGGCATAGGTGCAGTTCATTTGTATATTAGTGCGTgttgtgtgcgtgagagagagcaCAATACATGTATGGCTGGCAGTATCTGAAAATGTTCCATTACTGTTGAATTTTGTAAACACAGACCTTGCATTGTGAAATGCATAGGAATTAGCATATCTTACCAGTAATGTACCCAGAAACTGAAGATACGTCACTAATACTGTACATAGAGGGAAATAACCTTGGATGCATGAATGTAAATATTGATATTTAAAAATATCTGCCTTCTGGACTGTTAATAACATGTACAGTGTAACAGAAAATATGTTTATACATAGTAGAAATTAAACAATGTGCTACCAATTAGAATTAAATCAATGTTATC

Function

NR:

description
proline-rich membrane anchor 1-like isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021584921.2 False 3194 mRNA 0.42 5 21758745 21771882
XM_021584922.2 False 3372 mRNA 0.42 4 21758745 21771882
TU2243695 False 285 lncRNA 0.57 2 21758995 21761025
TU2243692 True 1818 lncRNA 0.40 3 21764963 21771712

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110505599 NA coding upstream 12148 21744793 ~ 21746597 (+)
LOC118944344 NA coding upstream 17136 21739519 ~ 21741609 (+)
ddx24 ddx24 coding upstream 43444 21710791 ~ 21715301 (+)
si:ch1073-416d2.3 LOC106611008 coding upstream 47839 21708375 ~ 21710906 (+)
atxn3 LOC106611010 coding upstream 50994 21705323 ~ 21707751 (+)
LOC110505603 LOC106610998 coding downstream 66571 21838453 ~ 21886964 (+)
itpk1b LOC106597151 coding downstream 135554 21907436 ~ 21967129 (+)
chmp3 LOC106610994 coding downstream 218929 21990811 ~ 21997582 (+)
LOC110505607 LOC106610991 coding downstream 227808 21999690 ~ 22016010 (+)
zfyve28 LOC106610988 coding downstream 281493 22053375 ~ 22117130 (+)
G1962293 NA non-coding upstream 13991 21744479 ~ 21744754 (+)
G1962235 NA non-coding upstream 129303 21629220 ~ 21629442 (+)
G1962228 NA non-coding upstream 137054 21621464 ~ 21621691 (+)
G1962432 NA non-coding downstream 189177 21961059 ~ 21962481 (+)
G1962397 NA non-coding downstream 195630 21967512 ~ 21968273 (+)
G1962435 LOC106610996 non-coding downstream 200547 21972429 ~ 21973320 (+)
G1962438 NA non-coding downstream 204089 21975971 ~ 21976292 (+)
G1962396 NA non-coding downstream 216180 21988062 ~ 21989954 (+)
G1961492 NA other upstream 690076 21067964 ~ 21068669 (+)
G1961468 NA other upstream 718945 21039205 ~ 21039800 (+)
G1960977 NA other upstream 936107 20822317 ~ 20822638 (+)
G1960851 NA other upstream 1123133 20634139 ~ 20635612 (+)
G1960756 NA other upstream 1339439 20418994 ~ 20419306 (+)
G1962316 NA other downstream 20301 21792183 ~ 21844010 (+)
G1962880 rtn1 other downstream 497073 22250058 ~ 22274663 (+)
lrrc9 LOC106610979 other downstream 538462 22297012 ~ 22318009 (+)
G1962949 NA other downstream 620709 22392591 ~ 22392956 (+)

Expression


Co-expression Network