ppm1aa (LOC106610975)


Basic Information

Item Value
gene id ppm1aa
gene name LOC106610975
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048589.1
NCBI id CM023243.3
chromosome length 47542702
location 22372957 ~ 22386710 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021584952.2
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>XM_021584951.2
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TATTTAAATGGTTCAGTCCTGCAGATGTCCTACTTTCAGCAAATGCAAGTGTTAAACAATTGGGTAACCTTGTAAGCATTTGAAATGTGCGTACATGTCTGCTATATTTATGAATGCATTCAAGAATAGCTTTAGTGCTGTAGATAAGTATTGTCTATGTTGATTCAACTGCTTCTCAGAGGCCTCTGTGATTGACTACAAAGTTCAAAAACTGtatattttgtattatgttctaGCTCGGATAAAAGAAAATGTTAAAGCTTTGTTCCCTGAACTTTATTGTGCTATGTGAGTCGATTGAACAAATTGTATTCCTTGCTTGTGAATTTATGCGTTCTCGTATTTCCCTGATCTTCTccttagtttttttttttgttgcctttttGAATTTTGAAATAAAATTTCTAGTTTGCAGAATGTACCACTAAATAAATGGGTTGTTACCTTG

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG:

id description
K04457 PPM1A, PP2CA; protein phosphatase 1A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021584952.2 False 5268 mRNA 0.41 6 22372957 22386710
XM_021584951.2 True 5448 mRNA 0.41 6 22372984 22386710

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110504208 LOC106598670 coding upstream 7743 22355974 ~ 22365214 (+)
lrrc9 LOC106610979 coding upstream 54948 22297012 ~ 22318009 (+)
LOC110504207 LOC106610980 coding upstream 122965 22223114 ~ 22249992 (+)
kif15 kif15 coding upstream 166248 22186199 ~ 22206709 (+)
LOC110505613 LOC106610987 coding upstream 201057 22117768 ~ 22171900 (+)
six6a six6 coding downstream 78971 22465681 ~ 22473989 (+)
mnat1 mnat1 coding downstream 125884 22512594 ~ 22569987 (+)
slc38a6 slc38a6 coding downstream 185747 22572457 ~ 22585958 (+)
prkcha LOC100380676 coding downstream 217578 22604288 ~ 22655351 (+)
LOC110505629 LOC106610969 coding downstream 279210 22665920 ~ 22696558 (+)
G1962929 NA non-coding upstream 39298 22333234 ~ 22333659 (+)
G1962927 NA non-coding upstream 42780 22329965 ~ 22330177 (+)
G1962923 NA non-coding upstream 49772 22322954 ~ 22323185 (+)
G1962920 NA non-coding upstream 51635 22320952 ~ 22321322 (+)
G1962919 NA non-coding upstream 52058 22320441 ~ 22320899 (+)
G1962956 NA non-coding downstream 15418 22402128 ~ 22402863 (+)
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G1962965 NA non-coding downstream 24597 22411307 ~ 22411510 (+)
G1962972 NA non-coding downstream 35134 22421844 ~ 22422085 (+)
G1962981 NA non-coding downstream 41642 22428352 ~ 22428639 (+)
G1962880 rtn1 other upstream 98294 22250058 ~ 22274663 (+)
LOC110505603 LOC106610998 other upstream 504924 21838453 ~ 21886964 (+)
G1962316 NA other upstream 528947 21792183 ~ 21844010 (+)
G1961492 NA other upstream 1304288 21067964 ~ 21068669 (+)
G1962949 NA other downstream 5881 22392591 ~ 22392956 (+)
G1963734 NA other downstream 531236 22917946 ~ 22918686 (+)
G1964177 NA other downstream 1219224 23605934 ~ 23613765 (+)
G1964499 NA other downstream 1689811 24076521 ~ 24076721 (+)
G1965262 NA other downstream 1973727 24360437 ~ 24360985 (+)

Expression


Co-expression Network