LOC110505741 (LOC106611180)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110505741
gene name LOC106611180
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048589.1
NCBI id CM023243.3
chromosome length 47542702
location 28058192 ~ 28065667 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021585155.2
GAACGCAAAGCTGCTGAATGTTGTTTGTTTTCCACACAGAGAGTAGCGGAACAGTACCGTTGTCGCACAATCTTACAACGGTTATATTTACACTTTTGTTTGCGAATAATAGTTTAGTGGCCTGCGCCATGGCTCTGTGCGGGGGTGTTGGAGCCATGGCTTTACCAAGCGAGCTTATCGTCCACATATTTTCATTCTTGTCCGACCGTGACAAGCTTCGGGCCTCGTCCGTGTGCTCTCGCTGGAGGGAGTGTCTGTTTTACCCATCGCTTTGGATGGAGCTCAAGTTGCGTGTCGGAGGTGGCTCGAATGGGGGAGGCTATGGCTCCGAACAGACCCCAAGATTAGACTTTCTCATGAGGAAGTTTGGCTCCTTCGTGCGCGAGCTACAGCTCGAGTTTGCCCCAGTTGAAGGATATCTAAGGCCATTGAATGGCGTGGAGGGCAGGATGGAATCTGTCGAAAGCGACCCTCAGTTCCCTGGCCGCTGGAAAGAGGCAATTATCACCTATTTGGACCAGGTGTTGTGTGTCCTCGGATGTATTCGAAACAACAGAAATCTCCAGAAGCTGAGTCTGTATGGGGATACCTGCATTCTTCAGGATGAGGGCATTCTGGACAGTGCCTATCTCAACCAGGTTGACCAAGGAGGAGTGAAAATCAAAGAGATCCAGCAGCTGTTAGTGGAAGTTTTGTCTAACAGCAGGCAGATGAAGTGGCTGTCCTCAGCCTTCATGCTGGGTGTGGTGACCCCCTTCTCCCTGGCCTCTCTGTCCAACCCCAGCGCTGCCTCCCTGGAGCacctcagcctgttggacaacCAGCTGCCCTGCCTGTCCTCCCCTGTGGAGCTGGAGCGCCTTGTCCACCTGCGTTCCCTGGCCCTCGACTTCTGTGACTTCACGTCTGAGATGTGCCGCCTGCTGGCTGGAGGACACCGTGCTCCACTACACCGCCTCTCCTTGATGGTGAATGGCGCCGCTCTGGAGGCCAAGCCGCTGGATTGCACCGCCAGTGAGGATGACTGGAAGGCCCTGGTCCGACGCTGCGCTAACCTGCGGGTCTACATGATGGCCCTGGATGTGTCCAGCCAGGACCTGCTGAGGGTGCTCAAGCCCAGCCTGCCCCTGGAGAGGATCCACCTGGACAGCTACTCCACCCTGGTCACAGACGGCACTCTGGAGCTCATTTCCCAGCAGTACAACAAGACCCTGAGCCACTTCGTCCTGATGAGGGATGACACCGGCTTCCCTGACCTCAGTGTCAACCGCAACGAGGACCCGCTGGTCCTACTGGCCTGGCGCTGCGTACACCTCTCTGTCCTGGTTATCCATGGCTACACTGTGTGGTCCCACAACCTGGTGGCCATCTCCCGTCTACGTGGCTCCAGCCTCAAGGTCCTGGCTGTGTCCGAGGAGAGTATCGACTTCGACCCGGACCAGGGGGTCTTCATGGAGGGTGACCCCGTCCACAACCTGGTGAAGGAGGTGTCCCAGGGCCTGGGGCGCATCTGGCACCCCTCCATGGACTCCAACTTGGTCCTCAGCGAGCCCACCCAGCACTTCCACAGGGAGATGCAGAGCTTCAGCCTGGGCATGTAGACTAGAGCTACAACCGCCAGGCTGGGCCTCcatctgggtcgtgttcattaggcaccaaacggaaaaaaacaagacaGGGAGGGACTACCCGGACTTGTCCAGTAAGAAACGCTCATCttctgttttctgttgcaaaacgttttgaaaTGTTTTCTGTTGCGTGCCCTAAAGAACACGACCCTGGTCTGGCCTGCTGCACATGCTCAGTGCTTGTCATGATGATATAATCTAAACCTTATGGGTCCTATCTCATTTGCATACTTTATTTTtagtttatatttttttctttgtAGAATGAACTAATCCTTTATATGTGCTGTGTTTAATCAGTATTAGCTCTATatttatatctatctatatatatcctgctTATGAATAGGAGAGTATAGTTGGGTATTTGATTAGTAGCTAATTGAGCGATTGGTGTATGGAGGGGGCTTTTTTTTACACAGCTAGCTTACTTGTATTGCAAGTTTtcttttttgttttgtctgtttgtTGTTTTTCTCTTAGCGAGTGCTGAGTTACCGTAAACTAACTTATCAGTTAATCCACCTTGGCTTTTTGCAATGACGGAATCCTTTGTAATTGTTTGTTCACCTTTTTAAGGGGAGATTAGTCCAGTGGTCTTCCGGCAGAGGGAGGGACAGTGCTGGTGGACTGTTAGGCcccccctaacccctcccttcctGTCTGCTCTTTACTTTTGTGTTTTGGAGATAATATGATTGCTATGTTACGGGACTAAGATCCTGCTGGTTCTTCTCAGCCTAGAGGTGGGATGTGATACAGTTCTGTTGGTGAAACCAATTGCTGAGGTttccacactgacacactcatgCTGAGGCCCTTTGAACTGCCTACGTACAGCTGCAGTACTTTAGTCAGGGGTCAGCATTGACAGTTATGTGTTGCAGTTTGCTCTCAGAAAaatcctctgtctgtctcaggtAGGCAAAACATGATGATGAAGATGGTGTtgggggtgatgatgatgatgtatacTATGAAACAATCAGCTAGTCTGTCAGTTTAATCCAGTTTTTCTTGAGTCACAGTTGCCTTGGAAATCCCCTTGCGTTCTGGATTCAATCGTTTTTGCCATCAAATCTGCCCCTTTTACCACGGGGTAAACAAACTTAGTCGTACATTTGTTTTAAGATTAAGGTGTTGAAAGAGTTTAAAGAATGGCAAACTACTCCTTGCACGTATTTCTCTTGTTCACAGTTTTAGGGCAAAGTACTTGCTGTGTTGACTGACTCCAGGGCCACAGTGTTTCACCTGCTGAGCGTTGGATGGAGGGAGGCATATATTTGCTTGTTCCATATCTCAGGATTTTTGCACTTTCTGTACTTTTTTCCAATGAAGGCTTTATTTTAATGCAAAGCTTTCTGTTGTTCTAAGGACCAGTGTGCGTGGTGGTGGGACTGAATACTGGATACTAATACTGGGGAAAGAAATCTTCCAACACAACGCACACCAGAGGTTGTTGGTTTTATTTTTCTAGCCCCGCCTCGTTCCCTCGattgaacttttaagaaggttaAGATCTGTGATGTCCGTCTGTGAAAAGACTTTTAATGACGTTTTCTATTGTTGTGTACTTGCTGTTTTAGAGCTCAGAGTAGTAGAGGGAATCTGAAGTTGGTTGCTCAGTGGTAGAATGTAAATGTGAAGCTAACAACCTTTTTTAATGTGTAAAGTTGTCTGCTATCCAGAATTCCCCCTACGTACGAATATCTTCTTCTTTATCCTCGCTTGTAAAGCTTAGGGAACCAGTCTTGACTGATAAGGCAGTACAGTGTGTGGGGCCTGGAATAAGTGACCTCTCTGGTAGGCCTCTGCTTGTTCTGTGCTGCTGAGATGTTGTAACATTCCAGAGAGACGAGAGTAGGCTACATCTCTTGACCTTGAGTGGTTATGAAGCCGTCGGTCGGCTATTGCTTCTTGTTGCGTTCCTCCGTGCCCATGACTTTCATTGGTACTACCAAAGCCAGCCATTTCAGTTAAAGAATAGATAAAGTACTGTATATTGAGGAAAAAATGATCTTGCATAGAAACATCTGACATCAGATGGCAAGAAGTGTGTGTGATCCATGTTTCAAACAATGTCACAATCAGCCTGTGGAATCCACTACTAATCTGTTTAGCTGTTGCAGTCAGATATGAGCCTGCATGCAAGGTTCCACTCGGAGTAAACTTAGTCTATCTACGGTTTATGCATGAGAAGCATCATTATGGGGAAAAAGTAATATTGAAACTATATGCATGTTAAGAGGGATTCTAAAAGTGTTCAAGTTTTGTCTATTTTTAGTACCACACCAAAAAGGATAGATAATATTCTATATTTGGAGTTAACTTGTTTGTGCTGAACAGGGGTAGGGTAAGACCTTGTTAGAGGTAGAGGATGACGAATGCCAGTCAATTGTTACAATGTGTAAAACATCCTAATGTTGCATTCATGCTGTGCCTAAATCCAGAGGAGCTTTAATTTCAAATGTTCCATTTGTTCTGCGTTCGTTTCCAGTTCATTGTCTAGTACCGCATTTGACTACCGTTACAGAAGCATAGCTCATTTACGCAttagtgtttgttttttttggtgTATGTTTTGTTTAAAGTTTCAAAAGTGCATACATCAGAGAAGGGGGTGTATGGTGTGTTTGAAGTAAAACATGGTGTACCACTTTCTCACCCGTGAGCAGGAAACAGCCTTTCTCAGGGTTACTGTCAGTTGCGGGAGAGGAGGAAATGATTTCCATCGCTCAGGCCTCAACATCATAATGAAAGTTAGGATCAATCTTTTTTCCAACAAGTCACTGGATTTTAAAAACGTTGTGTCAGCGCGTCTGCGTCAGCTGCCAAAGATCACGGTGTGAAACAACTCTTAAAGTGCCCACATGCTGGCAGAGGGCAGGGCCCATGGCTGATCAGCCGTGATGTACTACTACGACTACTCCTttacaactactactatactTCTAGAAATATGATATACTTACTGAATAGGGGGTGAAGTTGGACCACATGTGGTGCACAGCTGAGCTGTGGTTTGGTCAACAACAGtagagctctctctctttacaAATGCACCTGTATCACTGTGAAGAGTGAATGTAATTTAAGTATAGATAAAATCAAGATTGGTTGATTCTATCAGACCAGTACGCTGCTAAGAAACGTGTAAGGAACATTCCACTGGGgagttaaaaacaaacaaaatggccaAATGTCTGCATGAGATgacttattttttttactgttttattctttgttttgaAGGGTAACGGGATCCAGTAGGTAGGTCACAACTGGTCTTTTGATGAAAATAATTGTTTGCATAGAGGTTGTTTACCCCAGTCTTTCTGCATGTTTAAAAGGCACAGGAGAGCAGACTAG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>TU2251399
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021585155.2 False 6172 mRNA 0.45 4 28058192 28065666
TU2251399 True 3792 lncRNA 0.40 1 28061876 28065667

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
ppp2r3c LOC106611177 coding upstream 7066 28041601 ~ 28051126 (+)
nfkbiab LOC106611175 coding upstream 48711 28006450 ~ 28009481 (+)
LOC110505733 LOC106611173 coding upstream 73082 27860016 ~ 27985110 (+)
LOC118944371 NA coding upstream 337091 27715016 ~ 27721101 (+)
calm1a LOC102293206 coding upstream 349430 27694848 ~ 27708762 (+)
gemin2 LOC106611181 coding downstream 28839 28094505 ~ 28099259 (+)
pnn LOC100380709 coding downstream 33988 28099654 ~ 28106376 (+)
LOC110505743 LOC106611182 coding downstream 482882 28548548 ~ 28601863 (+)
LOC110504335 LOC106611218 coding downstream 1035396 29101062 ~ 29106042 (+)
ccdc175 LOC106611218 coding downstream 1040541 29106207 ~ 29114965 (+)
G1969369 NA non-coding upstream 20947 28037028 ~ 28037245 (+)
G1969356 LOC106611176 non-coding upstream 43918 28011861 ~ 28014274 (+)
G1969276 NA non-coding upstream 201473 27856282 ~ 27856719 (+)
G1969223 NA non-coding upstream 284437 27773379 ~ 27773755 (+)
G1969206 NA non-coding upstream 314703 27742948 ~ 27743489 (+)
G1969263 NA non-coding downstream 60 28065726 ~ 28066649 (+)
G1969384 NA non-coding downstream 50905 28116571 ~ 28116774 (+)
G1969387 NA non-coding downstream 64816 28130482 ~ 28130702 (+)
G1969397 NA non-coding downstream 77532 28143198 ~ 28143576 (+)
G1969408 NA non-coding downstream 95643 28161309 ~ 28161695 (+)
LOC110505721 ccdc88c other upstream 969876 26988390 ~ 27099710 (+)
G1967965 NA other upstream 1402856 26654905 ~ 26655336 (+)
G1967032 NA other upstream 2224871 25831576 ~ 25833321 (+)
LOC110505697 ypel5 other upstream 3266598 24788926 ~ 24791594 (+)
G1965396 NA other upstream 3491045 24565731 ~ 24567147 (+)
G1970001 NA other downstream 347934 28413600 ~ 28413919 (+)
G1971104 NA other downstream 1408454 29474120 ~ 29478383 (+)
LOC110505775 LOC106611224 other downstream 2257847 30092455 ~ 30330735 (+)
G1972242 NA other downstream 2564662 30630328 ~ 30632667 (+)
G1972244 NA other downstream 2571388 30637054 ~ 30655039 (+)
G1969198 NA non-coding upstream 246961 27727847 ~ 27814915 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_011965 NA non-coding NC_007128.7 CM002901.2 13038501 ~ 13042997 (-)