LOC118944543


Basic Information

Item Value
gene id LOC118944543
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048590.1
NCBI id CM023244.2
chromosome length 51113553
location 2478242 ~ 2486594 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005039897.1
tccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtcattaccctcttcctgtaggtccttaccctctacCTGTAGGTCCTTCCCCTCCCTGTAGGTCCATGTCCTTGCCCTCTTCCTGTAGGTCATtgtccttaccctcttcctgtaggtccatgtccttaccctcttcctgtaggtccgtgtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtagGTCCAtgtccttaccctcttcctgtaggtccttaccctctccctgtaggtcctgtaggtccttaccc
>TU2276273
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>TU2276274
taggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtcctgtaggtccttaccctcttcctgtaggtccttacactctccctgtaggtccttaccctcttcctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctcttcctTACTGCCATTTGTCATCTTTCTGGAATGTTGTAG
>TU2276275
gtcattaccctcttcctgtaggtccttactctctccctgtaggtccttcCCCTCCCTGTAGGTCATtgtccttaccctcttcctgtaggtccatgtccttaccctcttcctgtaggtccgtgtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccatgtccttaccctcttcctgtaggtcattgtccttaccctcttcctgtaggtccatgtccttaccctcttcctgtagctctgtgtccttaccctcttcctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctccccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctctccctgtaggtccttaccctcttcctTACTGCCATTTGTCATCTTTCTGGAATGTTGTAG

Function

NR:

description
thioredoxin domain-containing protein 11

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005039897.1 False 319 mRNA 0.55 3 2482257 2483002
TU2276273 False 1685 TUCP 0.54 6 2478242 2486594
TU2276274 False 252 lncRNA 0.53 2 2478242 2480656
TU2276275 True 406 lncRNA 0.53 3 2478242 2483517

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118944544 NA coding downstream 1281 2480774 ~ 2480976 (-)
LOC110518214 LOC106591800 coding downstream 229502 2092264 ~ 2252755 (-)
LOC118944440 NA coding downstream 390508 2086953 ~ 2091749 (-)
LOC110510393 LOC106592435 coding downstream 478623 1975952 ~ 2003634 (-)
LOC110511392 LOC106594384 coding downstream 509992 1967815 ~ 1972265 (-)
LOC118944516 NA coding upstream 875 2483877 ~ 2484392 (-)
LOC110519438 plekhg4 coding upstream 106461 2589463 ~ 2786486 (-)
LOC118944482 LOC106588022 coding upstream 373091 2856093 ~ 2905683 (-)
LOC118944483 NA coding upstream 388332 2871334 ~ 2873840 (-)
LOC118944401 LOC106588129 coding upstream 475961 2958963 ~ 3117243 (-)
G1989957 NA non-coding downstream 17688 2464349 ~ 2464569 (-)
G1989955 NA non-coding downstream 21631 2460316 ~ 2460626 (-)
G1989948 NA non-coding downstream 39507 2441497 ~ 2442750 (-)
G1989944 NA non-coding downstream 55444 2418944 ~ 2426813 (-)
G1989937 zdhhc1 non-coding downstream 88757 2389254 ~ 2393500 (-)
G1989971 NA non-coding upstream 7074 2490076 ~ 2490440 (-)
G1989974 LOC106592620 non-coding upstream 12187 2495189 ~ 2496563 (-)
G1989975 NA non-coding upstream 13663 2496665 ~ 2497394 (-)
G1989978 NA non-coding upstream 19981 2502983 ~ 2503365 (-)
G1989980 NA non-coding upstream 36251 2519253 ~ 2519570 (-)
G1989939 NA other downstream 82523 2398273 ~ 2399734 (-)
G1989922 NA other downstream 176477 2304838 ~ 2305780 (-)
terfa LOC106588121 other downstream 645942 1811256 ~ 1840909 (-)
G1989684 NA other downstream 877908 1599317 ~ 1604349 (-)
G1990296 NA other upstream 472408 2955410 ~ 2956519 (-)
G1990495 LOC106562810 other upstream 804165 3287167 ~ 3288498 (-)
LOC110506223 LOC106588037 other upstream 998460 3477158 ~ 3492750 (-)
LOC110520677 LOC105028853 coding downstream 595286 1849296 ~ 1882956 (-)
LOC118944414 NA coding upstream 698345 3183940 ~ 3186858 (-)
G1989929 NA non-coding downstream 32511 2369620 ~ 2445731 (-)

Expression


Co-expression Network