LOC118944505 (LOC105029587)


Basic Information

Item Value
gene id LOC118944505
gene name LOC105029587
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048590.1
NCBI id CM023244.2
chromosome length 51113553
location 8129328 ~ 8143363 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036964180.1
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>XM_036964177.1
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>XM_036964178.1
TTCAACTTTGAGCCGGTGTTAAACACGCTAACACGGGCGCCAGAGCAAGATTAATCGAATCCCTCACTGACGAGCTACAGACCCCCCAACGAGTAAACAGTGAAGCATGCGCATGATAAATCTCGCGAGTTTACCAAAACGGGAAACGAGCAAAAAAGCCTACTGGTGGAAAGCTGTGCTGTGGTGTCCTATTCGTTGTgagagacatggacaacagacTGGGTCTGGgtgatgaagaggagggagatgtGGGGACCCTGTGGCACTCTTTGGACTGGCTGACGTCCTGTGTGATGGTGGCTGGAGGGGCTCTGCCTTACGCCTCACAGTACCGGCAGATCCTTCGGACCAAGAACACAGACGGCTTCTCTACACGCGTCTGCCTGGTTCTGCTGGTCGCTAACATCCTCCGCATCCTCTTCTGGTTTGGGAAGCAGTTTGAGGTGACTCTGCTCCTGCAGAGTGTGGTGATGATTCTCACCATGCTGGTGATGCTCAACCTCTGCTGCTCTGTACAGAACACCAACCGTATCAGCACCAAACAGCACCACATCACAGatcTGGAACCCCGGTTCTTTTGGAGCTGGGATGGCTTTGAGGACTACCTCATCTTCCTATTGGCCTTCACGCTGCCCTGTGCCTTCACCACCCTTCTCCTCCTGGACTCCTCTCTGTTTGTGGAGTCCCTGGGCTTCCTGGCCGTGCTGACGGAGGCCATGCTGGGGCTACCACAGCTGCTCCAGAACCAACGCAACCACTCCACCACCGGCATGAGTGTGAACATGGTCCTACTGTGGATGGCCGGGGACAGCTTCAAGACGGCCTACTTTGCCCTGAAGGAGAGCCCGCTCCAGTTCCTGTTGTGTGGGTTGACTCAGGTACTGGTGGATCTGGCTATCCTCTATCAAGTGTGTCTCTACAGCCAAGACCCCTGGGACAAACTGgcttaactaaccctaaccctagctatctctaaccctaactatctctaaccctagctaactctaaccctagctaaCTCTAACTAACGCTAACCCTAGCTAACGCTAACCCtagctaactctaaccctaactaactctagctaactctaaccctagctatCACAAGCTAACTCTTTCATTAGCTAACACtagctaactctaaccctagctaactctaaccctagctaattctaaccctagctatcactagctaactctaaccctagctaacactagctaac
>XM_036964176.1
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Function

NR:

description
PREDICTED: PQ-loop repeat-containing protein 1

GO: NA

KEGG:

id description
K23679 PQLC1, SLC66A2; solute carrier family 66, member 2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036964180.1 False 1197 mRNA 0.51 5 8129328 8143094
XM_036964177.1 False 1236 mRNA 0.52 6 8129328 8143360
XM_036964178.1 False 1223 mRNA 0.52 5 8129328 8143363
XM_036964176.1 True 1544 mRNA 0.49 5 8129329 8143362

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118944463 LOC106562776 coding downstream 25549 8096974 ~ 8105982 (-)
LOC110518910 LOC106587992 coding downstream 39758 8071029 ~ 8089570 (-)
LOC118944485 NA coding downstream 48378 8079456 ~ 8080950 (-)
LOC110519426 LOC106587985 coding downstream 164309 7943252 ~ 7965019 (-)
LOC118944417 LOC106587940 coding downstream 191499 7926602 ~ 7937829 (-)
LOC110527031 LOC106587988 coding upstream 420937 8564300 ~ 8805872 (-)
LOC118944554 NA coding upstream 428366 8571729 ~ 8573559 (-)
LOC118944553 NA coding upstream 431852 8575215 ~ 8578501 (-)
LOC118944550 NA coding upstream 638296 8781659 ~ 8783606 (-)
LOC118936605 LOC106609696 coding upstream 682844 8826207 ~ 8870050 (-)
G1994334 NA non-coding downstream 8984 8119212 ~ 8120344 (-)
G1994322 NA non-coding downstream 66818 8062027 ~ 8062510 (-)
G1994319 NA non-coding downstream 69191 8058487 ~ 8060137 (-)
G1994320 NA non-coding downstream 69290 8059158 ~ 8060038 (-)
G1994312 NA non-coding downstream 99019 8028400 ~ 8030309 (-)
G1994341 NA non-coding upstream 1676 8145039 ~ 8148488 (-)
G1994355 NA non-coding upstream 23362 8166725 ~ 8167145 (-)
G1994359 NA non-coding upstream 45171 8188534 ~ 8189659 (-)
G1994394 NA non-coding upstream 109108 8252471 ~ 8253925 (-)
G1994419 NA non-coding upstream 167295 8310658 ~ 8311142 (-)
LOC110515105 LOC106593850 other downstream 256312 7863456 ~ 7873075 (-)
LOC118944558 LOC106595801 other downstream 323474 7802643 ~ 7809933 (-)
LOC110526845 LOC106592787 other downstream 377951 7744309 ~ 7751407 (-)
LOC118936603 LOC106587968 other downstream 464196 7647283 ~ 7665132 (-)
LOC110516734 LOC107593117 other upstream 949717 9090166 ~ 9108249 (-)
G1994674 NA other upstream 1033675 9177038 ~ 9180705 (-)
G1994786 NA other upstream 1304230 9447593 ~ 9448494 (-)
G1994812 NA other upstream 1357353 9500716 ~ 9501653 (-)

Expression


Co-expression Network