G2037989 (LOC106562471)


Basic Information

Item Value
gene id G2037989
gene name LOC106562471
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048590.1
NCBI id CM023244.2
chromosome length 51113553
location 50468216 ~ 50471240 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2331472
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGGTGGATGAAGGGTCGATTCAGGAGCTTTTGTCTTGGCTGAGGTTGAGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTCTTGACTGAGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGCGGTGGAGAGCTGCTCGTAGCTGGGTAGGCTATCCTGGCTGGGGACACCTGCCCCACCCTGTGACCTCCTCCTACCTTGCCCCTGGCTTGTCCCAGACAACAGCTGGGTAAGGGATTCTGCGATTTGGTTGAGTGTCTGGTCCA
>TU2331473
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgagGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggttgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagagtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAACTTTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGGTTTGAGGGgttgaggggtggatggagggtcAATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTCTTGACTGAGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGCGGTGGAGAGCTGCTCGTAGCTGGGTAGGCTATCCTGGCTGGGGACACCTGCCCCACCCTGTGACCTCCTCCTACCTTGCCCCTGGCTTGTCCCAGACAACAGCTGGGTAAGGGATTCTGCGATTTGGTTGAGTGTCTGGTCCA
>TU2331475
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggttgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagagtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAACTTTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggttgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagagtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAACTTTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGGTTTGAGGGgttgaggggtggatggagggtcAATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGGTGGATGAAGGGTCGATTCAGGAGCTTTTGTCTTGGCTGAGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGCGGTGGAGAGCTGCTCGTAGCTGGGTAGGCTATCCTGGCTGGGGACACCTGCCCCACCCTGTGACCTCCTCCTACCTTGCCCCTGGCTTGTCCCAGACAACAGCTGGGTAAGGGATTCTGCGATTTGGTTGAGTGTCTGGTCCA
>TU2331476
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatg
>TU2331479
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGGTGGATGAAGGGTCGATTCAGGAGCTTTTGTCTTGGCTGAGGTTGAGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTCTTGACTGAGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGCGGTGGAGAGCTGCTCGTAGCTGGGTAGGCTATCCTGGCTGGGGACACCTGCCCCACCCTGTGACCTCCTCCTACCTTGCCCCTGGCTTGTCCCAGACAACAGCTGGGTAAGGGATTCTGCGATTTGGTTGAGTGTCTGGTCCA
>TU2331480
TACACAATTTGATTGCATTTGAACATCTACATAAAAGCCCTCACCCCGACCCCAACACTTCAGTTTATGTTTCGACAGTACATACATGGGAGAGCCTTTTGAAAACATAGTGTTATTATAACTGCCTACTTTTAGTATGGACATCATTCCATATTCACCATCAAAAAACATAGCTACCTTTATACTGAAGTGTTGGCTTTGCATATCaacatatttcaaatcaaatagaACACTACCGTTGCTTTTTGACGTTGTAACATTCCAATGCTCTTACACAGACGGAATAATGTTATTATATGTGCACTCTAATCTTATTTCCTTTTGATTGAGGGGAAAGCGTTTGAATATGGCGCTTGCTCACATTTCCCCCCGGAACATTGACAATTGCAGTAAATGAGAATTCAGAATCATAATCATATCCAGGATCTATGAAAAATGTGTCCCGTCGGTGTGTCTAGCTTGTCTGGCTTTTCCTGTAGGCTGAGGCACTGTTCTGTTCTAGGGAAGGGAGCCCTGCTCGCTATCTCGCTCTCCAACCAAGGTGCATGAATTGAGGAGCAAActgaagtagagaggagaaatagCAACTCTTGGGAGGACATTGgaattaaatgaaataatcttTGTTTAAAGGCCAAAAGCTGAATCGTGTTGGTTCCACTTTTaacaataaaaacaaatatttttatttcattcGATTGTCCTCCAAGAGTTGCTAAATCTCCTGTCTATACGGTTCTTCTCtagggcagggtttcccaaacttggtcctggggcccccactgagtgcacatttagttttttgtcctagcactacacagctggttCATTATCACGAAGAACACTGATCTCAGAataagacaaagagagaaagcgtCAAAATGGTTTTGGTGTTTCTCTGCATCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGAGGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTCccggctgaggctggggttgaggggtggatggatggtcgATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTCTcctggctgaggctGGGgttgaggggtggatggagggtcAATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGgctggggttgaggGGTGGATGAAGGGTCGATTCAGGAGCTTTTGTCTTGGCTGAGgctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagagtcGATTCAGGAGCTCTTGTcctggctgaggctggggttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAACTTTTGTCCTGGCTGAGGCTGGTGTTGAGGGTGGATGGATGGTCGATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGGCTGGGTTTGAGGGgttgaggggtggatggagggtcAATTCAGGAGCTCTTGTCCTGGCTGAGgctggggttgaggGGTGGATGAAGGGTCGATTCAGGAGCTTTTGTCTTGGCTGAGGTTGAGgttgaggggtggatggagggtcGATTCAGGAGCTCTTGTCTTGACTGAGGCTGGGgttgaggggtggatggagggtcGCGGTGGAGAGCTGCTCGTAGCTGGGTAGGCTATCCTGGCTGGGGACACCTGCCCCACCCTGTGACCTCCTCCTACCTTGCCCCTGGCTTGTCCCAGACAACAGCTGGGTAAGGGATTCTGCGATTTGGTTGAGTGTCTGGTCCA

Function

NR:

description
potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 1-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2331472 False 1587 lncRNA 0.49 3 50468216 50471240
TU2331473 False 1757 lncRNA 0.49 4 50468216 50471240
TU2331475 False 2092 lncRNA 0.51 5 50468216 50471240
TU2331476 False 1598 lncRNA 0.49 2 50468216 50470368
TU2331479 False 1587 lncRNA 0.49 2 50468216 50471240
TU2331480 True 1978 lncRNA 0.51 5 50468216 50471240

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110506997 LOC106562470 coding upstream 3395 50463625 ~ 50464821 (+)
LOC110506995 LOC106562863 coding upstream 21435 50440567 ~ 50446781 (+)
LOC110506216 traf6 coding upstream 96473 50360511 ~ 50373096 (+)
LOC110506984 LOC106562578 coding upstream 118684 50343981 ~ 50349532 (+)
LOC110506980 LOC106593359 coding upstream 316493 50109946 ~ 50151723 (+)
LOC118944475 NA coding downstream 72840 50544080 ~ 50599404 (+)
LOC110526797 cars coding downstream 278913 50750153 ~ 50772510 (+)
LOC110527008 pex16 coding downstream 320278 50744617 ~ 50803181 (+)
LOC118936604 LOC106562554 coding downstream 362970 50834210 ~ 50855631 (+)
LOC110512921 LOC106562604 coding downstream 403668 50874908 ~ 50884663 (+)
G2037867 NA non-coding upstream 74332 50393435 ~ 50393884 (+)
G2037855 NA non-coding upstream 87770 50379725 ~ 50380446 (+)
G2037839 NA non-coding upstream 134035 50333870 ~ 50334181 (+)
G2037838 NA non-coding upstream 134985 50332994 ~ 50333231 (+)
G2038047 NA non-coding downstream 112766 50584006 ~ 50588160 (+)
G2038054 NA non-coding downstream 130798 50602038 ~ 50603517 (+)
G2038081 NA non-coding downstream 184047 50655287 ~ 50656652 (+)
G2038098 NA non-coding downstream 225565 50696805 ~ 50698111 (+)
G2038099 NA non-coding downstream 225870 50697110 ~ 50697568 (+)
G2037834 LOC106562711 other upstream 139146 50328320 ~ 50329070 (+)
G2037833 NA other upstream 144777 50320922 ~ 50323439 (+)
G2037387 NA other upstream 557700 49909056 ~ 49910516 (+)
G2036925 LOC106563534 other upstream 1065204 49401400 ~ 49403012 (+)
G2038302 NA other downstream 529511 51000751 ~ 51003835 (+)
G2038305 NA other downstream 534392 51005632 ~ 51006168 (+)

Expression


Co-expression Network