LOC110508927 (LOC106598960)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110508927
gene name LOC106598960
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048592.1
NCBI id CM023246.2
chromosome length 43716683
location 30700542 ~ 30704777 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021589842.2
TCCTGTAGCCAATGGAGCATCAGACAAGAAGACGAAGAACGCCCATACACGGACTAGGAACAGAAATGGAGTAGATGGACTTGTTATTTTATACCGCAGCTCTTGTTACGCTAAGTTGCGTGCTAAGCTAGCAATCAATCAATGAAGTACAGTATGCTTTGTAATTCGATGCAACACAGTTTTATTAGTGTCTAAGTCAAAACTAATTTGACAAGTAACACATCTTTATTTGATTGTAGCATATTCTATTCGAATTTGTAAACAACCAGTGATTTCTTAGCTACGACAAAACACTGGCTAtaatagtagctagctaacgttagcgagttGCTAGCTGGAGAGACAAGcttggctagttagctagctggtgGTCAATTGCTAGTTTATTAAATACTTGGAAATGACTTGGAATTTATGTACATATTCGATGTACTTTGTGTAATCTTGAATATTTGAGAAAGCCACGGCTAAATATCACATTTCATAGCTAGCTAAGCAGGTTCGTGTTGTTGCTAGCAGATTTTCCACGCGcatcagctaacgttagctagcaacttTTTTTGCCTGTGTCGTCTTTCTGGGGTGAAAAGCCACCATGGATAAGGCAGATTTTTTAAAAGGACTACCTGTCTTCAACAAAAGCAATTTCAGCAGATTTCACGCAGACTCTGTCTGCAAAACTTCAAACCGGAGGCCCTCTGTGTATCTTCCAATTCGGGAGTATCCATCAGAACAGATCATTGTCACAGAGAAGACAAATATTCTATTGAGATACCTTCACCAACAGTGGGACAAAAAGAATGCAGCCAAAAAGCGGGAGCAGGAGCACAGTGAAGGGGAGAACACTGCACCTCCCCGGAAAATTGCCAGAACGGACAGTCAGGAGTTGAATGAGGACTCGTAGAGTGCTGTGTCATcaacatgcaacacacacacaattatggaTAGAGAAGCACACAAGCAAAGTGCATTTGACAGACCGGACAGACCACTGCCTACATTGTTCAACATGAACTTGGGACGCTGACAGTTTTGTCTCTTTGTATTTTATTTCCTTTtgtatttttcttttctttcccTTAACTTCGATTGGCACATAGCTGAAAAGTTCTTCCTTGATAACAAAAGGCAAAATAACATTATCTCCTCCCCCTAAAATTCATTGTTGCTTGACCATGTTTCTACATTTCTATTGCTCTGTTTGCTTTCATTAATTTAGTTGTACTTCATCTGTACTTTGACCTGTGTTTTTTAAAGTCATGTCCATTTAATCTATTAAATTGCATGCCATTTATATCCTTCTGGGCTTGGAGTGAATAGAATATGGTCTCCATTGCCTCAGTTTAAGTTTGtgattatactgttacactgaaagATGCATGAGAGATCCCCAACAATTATTACGGTGACTGGAAAATGACGACAGTGTTTAGACTTTAGATTGAATTAGTCTCAGGTTGTTATGGGGAATGCTGTATTCGTGAAGGTGTTGATGTCTCTCCTGGTTTGAGTGATTAATTGCCTTAATGGAAACGTGTTTCTTGGTCATTTAAGGAACCTCCCTCTGTttacattgtgatgtcattggaGGAAATACACACTGTTAATGAGAGTGAGGATATGGAGAATGCTTCCACGGGGTCATATTGGGGCTCATTTAAAGGCATACCAAATGCAAACCTttagagctcgccagcttgtacTCCTAAAAAACTGAGCCCCAAAGGTGTTATATTCCTATGGGAGAAAGAATGGGGTTTTGGTATAAATGGTTTAGTTCAATGAGATAATGAGTAAGTTAACATGACTTTtttgaattatgaagcctttatgtccTTGTTTTAATTACATAAATGCttaaaaattcacaaaaagtgacaTTAGCTGATTAATGTTATTTCATAAAAGAAAAAGTATACGATTTCCAAAACCCCTCCCAAATCCATATTcatttccccataggctttggCCAACGAGCCATGActgagttagtgcctacaaaagacgccattactattgctctctatacAGTATAAAAACAGACCAATTTTGTAGCAACGCATAACAAATGATGCTCAATGTGTTTGTCAAAACTTTGTTTCCCCTTAGACTAGCAGCTAGATTGCCATCACATCTAGAAACATAAGTGTTTGTGGATATTATAACACTTATGACTGTTAACATGGTATGGCTCCACAAGTAAACCTATAGCTAGCTGCCAAGACTAAACTTGGCTCAGGTACTTTGATGGCTCCACAAGTAAAACCATAAGCTGCTAAGTTCCAACTTGGCATAATCGATCTGTGTGAACCTATAGTATATGTCTTGCTTTAGTCAATATGTGGGATACATGTGCAATTCAGGTGTATACAACCTTGTCTCAAAGTGGTCTGCCGTATAAGGCGTGCTGTTAAACTGTTAATGTGGGGCATAGTTGTGTTTATAACATTATCGACAGCTGTAAATACACAAGTGGAGAGTATTGTTCCTGATCCGCTCTCTATCCTTCTGCTGCTACTTACAAAGATCTGGTATTGTCTAATGAGTCGTTAATCCTGTCCAAAACTATGAGTTATAAAAGTTTGTGTGTATATGGTTTGCTTCTTCAGACCATTATCAAGTAATAGTTCAAGGACTTGCAGGGTCCAGAACCTTTAGATAATTAGATCCTTGTATCATACCTGTTTGAATGCATGTACAGTTTAAACTCTGCAGGCCATATGTTTAAGGTGGTGTCAGCTCATCTTGTTTGAGTTTATCTTGAGGCTGGCTGACGATCAGCTACCATTATGTTCCTTGGTGAAGCTAGCTGTCTACATGTGTTAATGTTGAGAGTTCTTTCCAAGTGTAGACACGTGTTTTGAAGATGATGCACTCCCTCCCTCATTCAGTTCTCAACCGTAAACTGTGTGATGACCTGTATAGACATTGTGTGCTGTGATTTAAACTGTGTGAATGTGGGGCCATGCCATATAAAAGCACTTGTCTTGGGACCTTACTCCTGTTGATTTCAATGAAAACGCTTTAAATATTTGCCCATGAAATTTTGAGGTCATTTTTTGACCATTGACCTTTCCAATGGGCAAAAGTTTATTGATTGTTTCTCTTTAAAACCAACAGCTGCAagctaaaaaaaaacacattttttggttGATTCCATATGGCAATGACCCTCTGCAAAGATGTGCTTTCAAGAGTACTTTATGTTTCAATACTTTGGATCGTTGGTCTCAATAAAGTGATCTGGGAAGTGTCAAGTTGCTGATG
>TU2432522
CAGAAATGGAGTAGATGGACTTGTTATTTTATACCGCAGCTCTTGTTACGCTAAGTTGCGTGCTAAGCTAGCAATCAATCAATGAAGTACAGTATGCTTTGTAATTCGATGCAACACAGTTTTATTAGTGTCTAAGTCAAAACTAATTTGACAAGTAACACATCTTTATTTGATTGTAGCATATTCTATTCGAATTTGTAAACAACCAGTGATTTCTTAGCTACGACAAAACACTGGCTAtaatagtagctagctaacgttagcgagttGCTAGCTGGAGAGACAAGcttggctagttagctagctggtgGTCAATTGCTAGTTTATTAAATACTTGGAAATGACTTGGAATTTATGTACATATTCGATGTACTTTGTGTAATCTTGAATATTTGAGAAAGCCACGGCTAAATATCACATTTCATAGCTAGCTAAGCAGGTTCGTGTTGTTGCTAGCAGATTTTCCACGCGcatcagctaacgttagctagcaacttTTTTTGCCTGTGTCGTCTTTCTGGGGTGAAAAGCCACCATGGATAAGGCAGATTTTTTAAAAGGACTACCTGTCTTCAACAAAAGCAATTTCAGCAGATTTCACGCAGACTCTGTCTGCAAAACTTCAAACCGGAGGCCCTCTGTGTATCTTCCAATTCGGGAGTATCCATCAGAACAGATCATTGTCACAGAGAAGACAAATATTCTATTGAGATACCTTCACCAACAGTGGGACAAAAAGAATGCAGCCAAAAAGCGGGAGCAGGAGCACAGTGAAGGGGAGAACACTGCACCTCCCCGGAAAATTGCCAGAACGGACAGTCAGGAGTTGAATGAGGACTCGTAGAGTGCTGTGTCATcaacatgcaacacacacacaattatggaTAGAGAAGCACACAAGCAAAGTGCATTTGACAGACCGGACAGACCACTGCCTACATTGTTCAACATGAACTTGGGACGCTGACAGTTTTGTCTCTTTGTATTTTATTTCCTTTtgtatttttcttttctttcccTTAACTTCGATTGGCACATAGCTGAAAAGTTCTTCCTTGATAACAAAAGGCAAAATAACATTATCTCCTCCCCCTAAAATTCATTGTTGCTTGACCATGTTTCTACATTTCTATTGCTCTGTTTGCTTTCATTAATTTAGTTGTACTTCATCTGTACTTTGACCTGTGTTTTTTAAAGTCATGTCCATTTAATCTATTAAATTGCATGCCATTTATATCCTTCTGGGCTTGGAGTGAATAGAATATGGTCTCCATTGCCTCAGTTTAAGTTTGtgattatactgttacactgaaagATGCATGAGAGATCCCCAACAATTATTACGGTGACTGGAAAATGACGACAGTGTTTAGACTTTAGATTGAATTAGTCTCAGGTTGTTATGGGGAATGCTGTATTCGTGAAGGTGTTGATGTCTCTCCTGGTTTGAGTGATTAATTGCCTTAATGGAAACGTGTTTCTTGGTCATTTAAGGAACCTCCCTCTGTttacattgtgatgtcattggaGGAAATACACACTGTTAATGAGAGTGAGGATATGGAGAATGCTTCCACGGGGTCATATTGGGGCTCATTTAAAGGCATACCAAATGCAAACCTttagagctcgccagcttgtacTCCTAAAAAACTGAGCCCCAAAGGTGTTATATTCCTATGGGAGAAAGAATGGGGTTTTGGTATAAATGGTTTAGTTCAATGAGATAATGAGTAAGTTAACATGACTTTtttgaattatgaagcctttatgtccTTGTTTTAATTACATAAATGCttaaaaattcacaaaaagtgacaTTAGCTGATTAATGTTATTTCATAAAAGAAAAAGTATACGATTTCCAAAACCCCTCCCAAATCCATATTcatttccccataggctttggCCAACGAGCCATGActgagttagtgcctacaaaagacgccattactattgctctctatacAGTATAAAAACAGACCAATTTTGTAGCAACGCATAACAAATGATGCTCAATGTGTTTGTCAAAACTTTGTTTCCCCTTAGACTAGCAGCTAGATTGCCATCACATCTAGAAACATAAGTGTTTGTGGATATTATAACACTTATGACTGTTAACATGGTATGGCTCCACAAGTAAACCTATAGCTAGCTGCCAAGACTAAACTTGGCTCAGGTACTTTGATGGCTCCACAAGTAAAACCATAAGCTGCTAAGTTCCAACTTGGCATAATCGATCTGTGTGAACCTATAGTATATGTCTTGCTTTAGTCAATATGTGGGATACATGTGCAATTCAGGTGTATACAACCTTGTCTCAAAGTGGTCTGCCGTATAAGGCGTGCTGTTAAACTGTTAATGTGGGGCATAGTTGTGTTTATAACATTATCGACAGCTGTAAATACACAAGTGGAGAGTATTGTTCCTGATCCGCTCTCTATCCTTCTGCTGCTACTTACAAAGATCTGGTATTGTCTAATGAGTCGTTAATCCTGTCCAAAACTATGAGTTATAAAAGTTTGTGTGTATATGGTTTGCTTCTTCAGACCATTATCAAGTAATAGTTCAAGGACTTGCAGGGTCCAGAACCTTTAGATAATTAGATCCTTGTATCATACCTGTTTGAATGCATGTACAGTTTAAACTCTGCAGGCCATATGTTTAAGGTGGTGTCAGCTCATCTTGTTTGAGTTTATCTTGAGGCTGGCTGACGATCAGCTACCATTATGTTCCTTGGTGAAGCTAGCTGTCTACATGTGTTAATGTTGAGAGTTCTTTCCAAGTGTAGACACGTGTTTTGAAGATGATGCACTCCCTCCCTCATTCAGTTCTCAACCGTAAACTGTGTGATGACCTGTATAGACATTGTGTGCTGTGATTTAAACTGTGTGAATGTGGGGCCATGCCATATAAAAGCACTTGTCTTGGGACCTTACTCCTGTTGATTTCAATGAAAACGCTTTAAATATTTGCCCATGAAATTTTGAGGTCATTTTTTGACCATTGACCTTTCCAATGGGCAAAAGTTTATTGATTGTTTCTCTTTAAAACCAACAGCTGCAagctaaaaaaaaacacattttttggttGATTCCATATGGCAATGACCCTCTGCAAAGATGTGCTTTCAAGAGTACTTTATGTTTCAATACTTTGGATCGTTGGTCTCAATAAAGTGATCTGGGAAGT

Function

NR:

description
PREDICTED: DET1- and DDB1-associated protein 1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021589842.2 False 3267 mRNA 0.39 5 30700542 30704777
TU2432522 True 3192 lncRNA 0.39 5 30700557 30704717

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110508217 LOC106598972 coding downstream 50707 30629942 ~ 30649835 (-)
LOC110508919 NA coding downstream 253094 30442013 ~ 30447448 (-)
angptl4 angl4 coding downstream 283898 30409271 ~ 30416644 (-)
LOC110508917 LOC106598978 coding downstream 299004 30399711 ~ 30401807 (-)
LOC110508912 NA coding downstream 396130 30301087 ~ 30304412 (-)
LOC110508928 mrpl34 coding upstream 308 30705085 ~ 30706591 (-)
ptger4c LOC106599187 coding upstream 201102 30905879 ~ 30907975 (-)
LOC110508937 NA coding upstream 273942 30978719 ~ 30980452 (-)
LOC110508938 LOC106598935 coding upstream 290318 30995095 ~ 31004289 (-)
LOC110508940 gbg12 coding upstream 379538 31084315 ~ 31136167 (-)
G2127510 NA non-coding downstream 29351 30670828 ~ 30671191 (-)
G2127508 NA non-coding downstream 31409 30668813 ~ 30669133 (-)
G2127507 NA non-coding downstream 32553 30667723 ~ 30667989 (-)
G2127503 LOC106598970 non-coding downstream 38802 30658507 ~ 30661740 (-)
G2127542 NA non-coding upstream 19355 30724132 ~ 30724541 (-)
G2127557 LOC105030512 non-coding upstream 44171 30748948 ~ 30756441 (-)
G2127570 NA non-coding upstream 84257 30789034 ~ 30804432 (-)
G2127584 NA non-coding upstream 109456 30814233 ~ 30814734 (-)
G2127609 NA non-coding upstream 169642 30874419 ~ 30875011 (-)
G2127455 NA other downstream 145355 30553589 ~ 30555187 (-)
G2127177 NA other downstream 265688 30434435 ~ 30434854 (-)
LOC118944842 NA other downstream 1576800 29118684 ~ 29123806 (-)
G2125813 NA other downstream 1621798 29078039 ~ 29078744 (-)
G2128216 NA other upstream 539314 31244091 ~ 31244692 (-)
G2128242 LOC106584167 other upstream 614506 31319283 ~ 31323364 (-)
LOC110508968 LOC106598866 other upstream 1006831 31708667 ~ 31761665 (-)
G2128568 NA other upstream 1177938 31882715 ~ 31883140 (-)
G2127500 NA non-coding downstream 55943 30644334 ~ 30644614 (-)

Expression


Co-expression Network