cyh9orf16 (cssa11h9orf16)


Basic Information

Item Value
gene id cyh9orf16
gene name cssa11h9orf16
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 20983463 ~ 20985277 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021590921.2
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>XM_036967822.1
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CCACAACCACAAAGGATaaattggctatatcgtaaaaataTATGAAAGTataaatgtgctttttggtcttaatttaaggttaggaatAAGGTtaacagagtggttaaggttagatttaaaatccttaaaaaatatatacatataattggGCGAGGTTTAGGACTTTATGGTTGTGGTAACTAGCGACGACTAATATTGTTATCAGTCAGCTGACAGTGCGTGACAGTGTAGTTAATTATACGTAAGCAACAATATGTCTGGACCAAATGGAGATCCTAACATCCCAAGTGACGATGGCATCATTGAGGATGAAGATGAATTCAACGAAGAAGAGTATGCAGCCATCAACACTATGCTGGATCAGATCAACTCCTGCCTGGATGACCTGGAGGAACGCAACGACTCCCTGAATGGCAAACTACATGAACTGTTGGAGTCTAACCGGCAGGCCAGGCAGGAGTTCAGAGGTCAGCTGACCACtgctacacccccaggagaggagAAATTGTTCCCAGACCAGGATTCTCCAGCCACTGAAGGGGAGAAGGGCGGAGAGTGAGAGGACAAAGCTTGACTAGAGATCTTCTCATACAAATCAAcaacattccttccatctatatgAGCATATTTCCTCAAGTGTTTCTGTGTGGTGTGTCAACACTTAGATAAGTGTGAATAGGGTTTGTCCTTTTCTGTCCCTTACATGTAGTGCTTATGAATCCACACTCTGCTGTTGAAATCTTAAAATGGTTCCTCACAGGGGAAGGTAAATTAGCCAAAAGCTGACAGTTCATTCTGTGTGTTGAAGTGATTACTTTATGCCAACACGTATCCACCACCACATACGATGTATACTAATGTTTAGCTACCTGTATACAGTCCTCAATTGATACAATAGTACATATTTATTCTTGTGCTTGGTATGGGGTGAAAGCATGTGGAATGAGCTCAGTGATTGACATAACTGGTTGTTTGTAGTCAATATTTACCTCCTTGTGGGGAAACTACCTTTACAGCAATAATACAATATTCCAAATTCTGTGACTTTCATTGGTCAATGTTTTTCAGTGATGTGCAAGAAGAGATTAATGTTTTGTGCTGTGTTCCACTTTTTCCTATTCTGTTTTTGTTAGCCaggtataaatacagtatatttaatGTTACTGAGTGTGACATCTTGAGAATTGCTAACTTATAGCACTAGCTCtctaaaacatttcaaaaaatgAACAGGTGTGATATATTCAAGTGAGGCAATAGtcatattttatttataaattaAAAGGAACCCAATACAGAAAACATCCCCCAAAAAATACAAGAAACTTCTAGCTGCTAGAAAACAACTATTTTGTTCATCTGAGTTTGTCATTTGTTGAATAAAAATACATTAAGAAA
>XM_036967823.1
CAACCACAAAGGATaaattggctatatcgtaaaaataTATGAAAGTataaatgtgctttttggtcttaatttaaggttaggaatAAGGTtaacagagtggttaaggttagatttaaaatccttaaaaaatatatacatataattggGCGAGGTTTAGGACTTTATGGTTGTGGTAACTAGCGACGACTAATATTGTTATCAGTCAGCTGACAGTGCGTGACAGGTTAGACCAAAGACACTTGCGGTTGCAGTTAAGCAAAATCCATTTTGTGCATTACGATTGTCATTTTAACTTTTTCAGCGGAATTTTCTGTTAGAACCCACTCTTATATGTCAAGTACACTGGTGATGAACATAGTAATATAAGTCAACTAGCATCTGTTGTTAAGTTAGCTACTATCAATGCTATGGGCTatgcctagctagctaacgcatCCTTCCCTATTTCATTTTAGTGTAGTTAATTATACGTAAGCAACAATATGTCTGGACCAAATGGAGATCCTAACATCCCAAGTGACGATGGCATCATTGAGGATGAAGATGAATTCAACGAAGAAGAGTATGCAGCCATCAACACTATGCTGGATCAGATCAACTCCTGCCTGGATGACCTGGAGGAACGCAACGACTCCCTGAATGGCAAACTACATGAACTGTTGGAGTCTAACCGGCAGGCCAGGCAGGAGTTCAGAGGTCAGCTGACCACtgctacacccccaggagaggagAAATTGTTCCCAGACCAGGATTCTCCAGCCACTGAAGGGGAGAAGGGCGGAGAGTGAGAGGACAAAGCTTGACTAGAGATCTTCTCATACAAATCAAcaacattccttccatctatatgAGCATATTTCCTCAAGTGTTTCTGTGTGGTGTGTCAACACTTAGATAAGTGTGAATAGGGTTTGTCCTTTTCTGTCCCTTACATGTAGTGCTTATGAATCCACACTCTGCTGTTGAAATCTTAAAATGGTTCCTCACAGGGGAAGGTAAATTAGCCAAAAGCTGACAGTTCATTCTGTGTGTTGAAGTGATTACTTTATGCCAACACGTATCCACCACCACATACGATGTATACTAATGTTTAGCTACCTGTATACAGTCCTCAATTGATACAATAGTACATATTTATTCTTGTGCTTGGTATGGGGTGAAAGCATGTGGAATGAGCTCAGTGATTGACATAACTGGTTGTTTGTAGTCAATATTTACCTCCTTGTGGGGAAACTACCTTTACAGCAATAATACAATATTCCAAATTCTGTGACTTTCATTGGTCAATGTTTTTCAGTGATGTGCAAGAAGAGATTAATGTTTTGTGCTGTGTTCCACTTTTTCCTATTCTGTTTTTGTTAGCCaggtataaatacagtatatttaatGTTACTGAGTGTGACATCTTGAGAATTGCTAACTTATAGCACTAGCTCtctaaaacatttcaaaaaatgAACAGGTGTGATATATTCAAGTGAGGCAATAGtcatattttatttataaattaAAAGGAACCCAATACAGAAAACATCCCCCAAAAAATACAAGAAACTTCTAGCTGCTAGAAAACAACTATTTTGTTCATCTGAGTTTGTCATTTGTTGAATAAAAATACATTAAGAAA

Function

NR:

description
UPF0184 protein C9orf16 homolog isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021590921.2 False 1418 mRNA 0.38 3 20983463 20985277
XM_036967822.1 False 1445 mRNA 0.38 3 20983463 20985277
XM_021590922.2 False 1425 mRNA 0.38 3 20983474 20985277
XM_021590923.2 False 1398 mRNA 0.38 3 20983474 20985277
XM_036967823.1 True 1627 mRNA 0.38 2 20983477 20985277

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rab14l LOC106563285 coding upstream 172238 20793882 ~ 20811225 (+)
LOC110509792 LOC106563286 coding upstream 270909 20692911 ~ 20712554 (+)
LOC110509791 LOC106563287 coding upstream 337429 20636564 ~ 20646034 (+)
LOC110509342 LOC106563289 coding upstream 660427 20216712 ~ 20323036 (+)
LOC110509341 LOC106566934 coding upstream 802174 20173189 ~ 20181289 (+)
dnm1a dnm1 coding downstream 18972 21004249 ~ 21096175 (+)
LOC100135840 grp78 coding downstream 148132 21133409 ~ 21137594 (+)
LOC110509811 LOC106563272 coding downstream 174849 21160126 ~ 21389662 (+)
LOC110509813 LOC106563271 coding downstream 685251 21670528 ~ 21708957 (+)
pappaa LOC106563270 coding downstream 764003 21749280 ~ 21875071 (+)
G2162904 NA non-coding upstream 10184 20972262 ~ 20973279 (+)
G2162978 NA non-coding upstream 102474 20880414 ~ 20880989 (+)
G2162853 NA non-coding upstream 304325 20678492 ~ 20679138 (+)
G2162721 NA non-coding upstream 392249 20590967 ~ 20591214 (+)
G2162714 NA non-coding upstream 399039 20584220 ~ 20584424 (+)
G2163071 NA non-coding downstream 87320 21072597 ~ 21077941 (+)
G2163023 NA non-coding downstream 142193 21127470 ~ 21132783 (+)
G2163083 rabepk non-coding downstream 157607 21142884 ~ 21146376 (+)
G2163084 NA non-coding downstream 162136 21147413 ~ 21148049 (+)
G2163091 NA non-coding downstream 171918 21157195 ~ 21157414 (+)
G2161678 NA other upstream 1185689 19795260 ~ 19797774 (+)
G2161635 LOC106563312 other upstream 1230720 19741814 ~ 19752743 (+)
LOC110509766 LOC106566689 other upstream 1366952 19609602 ~ 19616511 (+)
LOC110509753 LOC106563373 other upstream 1845895 19136428 ~ 19138160 (+)
LOC118945267 NA other upstream 1914679 19066137 ~ 19068784 (+)
G2163804 LOC106613263 other downstream 615141 21600418 ~ 21601052 (+)
G2165628 LOC106563266 other downstream 1851794 22837071 ~ 22841481 (+)
G2165973 LOC106563265 other downstream 2140503 23125780 ~ 23134290 (+)
LOC110509345 LOC106563260 other downstream 2530345 23468400 ~ 23534217 (+)

Expression


Co-expression Network