G2139267


Basic Information

Item Value
gene id G2139267
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 352002 ~ 360322 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2446824
GGCCACTAAACACACTGTACTAGACCACATGAAGGATGGATCGTCTTGCTAACTATAGGCCTTGATAGCAGGTGAGATGTATGGGTTAAATACTGACCCTGGTAGCTGGCTAAATTGCCACTTCAGTACCAAGTTCATAGGACATCTTTTGAAAAACAAAGACATTATGTCAGTACTCAAGCACAGGCCGGCACACTTGAAGCGTTATGTAATCTTAGCTGTTTCAAGGTTCTCTAGAAGACTCATCGTTCCCTCACGTCCCCCCCTTCAGTCATTTTAGCAGAGGTGCATTCAACTTCTGTGTTTTTCAAtgcaaatctaattttatttgtcacatgcgccaaatacaacaggtgtaggtagaccttagagtgaaatgcttacaagcccttaaccaacaatgcagttaagaaaagtGAAAATATTCACTAAATGAACTAAAGTTAaaataataacgaggctatatacagggggtaccggtaccgagtcaatgtgcagggggacaggttagtcgaggtaatttgttcatgtaggtaggggtaaagtgactgtgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactgtgcatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagca
>TU2446825
GGCCACTAAACACACTGTACTAGACCACATGAAGGATGGATCGTCTTGCTAACTATAGGCCTTGATAGCAGGTGAGATGTATGGGTTAAATACTGACCCTGGTAGCTGGCTAAATTGCCACTTCAGTACCAAGTTCATAGGACATCTTTTGAAAAACAAAGACATTATGTCAGTACTCAAGCACAGGCCGGCACACTTGAAGCGTTATGTAATCTTAGCTGTTTCAAGGTTCTCTAGAAGACTCATCGTTCCCTCACGTCCCCCCCTTCAGTCATTTTAGCAGAGGTGCATTCAACTTCTGTGTTTTTCAAtgcaaatctaattttatttgtcacatgcgccaaatacaacaggtgtaggtagaccttagagtgaaatgcttacaagcccttaaccaacaatgcagttaagaaaagtGAAAATATTCACTAAATGAACTAAAGTTAaaataataacgaggctatatacagggggtaccggtaccgagtcaatgtgcagggggacaggttagtcgaggtaatttgttcatgtaggtaggggtaaagtgactgtgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatacatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactgtgcatagataataaacagtgagtagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagataataaacagtgagaagcagcagtgtacatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgagtagcagcagtgttcatgtaggtaggggtaaagtgactatgcatagatattaaacagtgag

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106592983

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2446824 False 3041 lncRNA 0.40 4 352002 360322
TU2446825 True 1113 lncRNA 0.41 3 352002 355214

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110509488 set coding upstream 60976 287196 ~ 291026 (+)
LOC110509486 LOC106562830 coding upstream 202744 131779 ~ 149258 (+)
LOC110509485 LOC106562829 coding upstream 245203 71933 ~ 106799 (+)
LOC110509491 LOC106562835 coding downstream 77815 438137 ~ 444982 (+)
LOC110509495 LOC106562838 coding downstream 167745 528067 ~ 530098 (+)
LOC110509291 LOC106562839 coding downstream 175936 536258 ~ 614583 (+)
LOC100305272 dpm2 coding downstream 259467 619789 ~ 629216 (+)
LOC110509496 LOC106562840 coding downstream 271699 632021 ~ 650126 (+)
G2139198 LOC106562832 non-coding upstream 19088 315974 ~ 332914 (+)
G2139197 LOC106562832 non-coding upstream 28168 313808 ~ 323834 (+)
G2139206 NA non-coding upstream 106639 235734 ~ 245363 (+)
G2139162 NA non-coding upstream 150127 179954 ~ 201875 (+)
G2139281 pol3 non-coding downstream 18389 378711 ~ 378933 (+)
G2139328 NA non-coding downstream 98555 458877 ~ 531187 (+)
G2139362 NA non-coding downstream 241922 602244 ~ 602933 (+)
G2139436 NA non-coding downstream 357981 718303 ~ 718546 (+)
G2139202 NA other upstream 26954 324366 ~ 325048 (+)
G2139145 NA other upstream 193169 158015 ~ 158833 (+)
G2139520 LOC106562868 other downstream 491927 852249 ~ 853787 (+)
LOC110509506 LOC106562870 other downstream 1045892 1271496 ~ 1429741 (+)
LOC110509295 LOC106562719 other downstream 1212225 1572502 ~ 1618684 (+)
LOC110509554 LOC105007341 other downstream 1578062 1935597 ~ 1941376 (+)

Expression


Co-expression Network