XLOC_004058 (zgc:173544)



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_004058
gene name zgc:173544
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 16014527 ~ 16021522 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


>TCONS_00007740
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>TCONS_00007741
ACCAGCCTCTGGCACAATCAAATTCAGAGACCATCTCTCTCGGTGAATACCAGATATCTCCTGTTCCAGGGCAGTTTGTTTCCCAGCCTCAAATGCTTCCTAGTAGTCAGTCTCTCACTCAGTCAAGCTCTTCTTCCTCAGGCATGCCAGTGCAGTCCAGCTACCAGCCTCTGGTATCATCAAGTTATGAGACCGTCTTACAGCCTGGATTTCAGACCTCCTCAGTGCTTGTGCCATCAAGTTACCAATCTACAAGTTCCAAAGCATTGAGCGGTCCGGTAGTTTCAAGCCATGAGTCTGTGTTTCAGTCGGTTCAACCTGAACTTGCAGTTCCGCTACAGGTGGATTATCTGTCTGTCACAGGTCAAAATGCTCCTGGACCTACTCAAAACAATTTGCATCCATCCCAGAAGTTGTTCAGGCTGTTGCAACAAGTGAAGTCCTAGATGCT
>TCONS_00007742
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>TCONS_00007743
ATGGTGTGTTGAaagcttttctttttattttgttgtgaacAGTGCATGGTTGGTTTGACCTGACCTGGCTTACTATGGGTGCAACAACAATGTGGATTTTAAGTTACTATTTAGCAGTACTTTTAGCCCTTGGTGCATGTGATGTTGCAACtaCCCTGGTAGCAATGGTGGACTTCCTGGACCTAACAATCCCAGCAAGAGTACAATTTACAGTGCTGCAGTTAAAGGGGGTTATGACACCGAAAGCTACAGTTCCCAGGCTGGCTCTTCAGGCATTCTCATGGCGGTAGATAAAACTGGCTCTGATTCTTCCACTAGAAGCCAACTTCAGGGATCTGGTGTTTATTCAACGGGAAGTGGTAGTCTTGTTTATGGTACTGTGGGTAATGCAGTGAATGTTGGCATGTCTGGGAATGATGCAAGTCCATCAACTAATGTTCAACAATCTGAAGTCATTAGTTCGTCTGTCTTGATGCCATTTCAGCAAAGCAGTTATTCTGTTCCTAATCCAGTGCTGCTGACTAGTTCCCAGTCTGCAGTGCATGCTGGTAGAAGACCCCATAAGCCTCTAAGTGGTAAACGCCACCAATCTGGTTCCAATATTGTTTTAGGTTCCAGGCCATTTCAAAATCCGATATTCAACACTTTGAAGCCTCTTAAACCAATATTAGAGTATGGCAGTGTGCCAAGTAGCTTAGCAGTGGCCAGCTATGAACTTGTCAGCCAGTCCAGTGGCCAGACTGCAAATCATCCAAACGGTGTGCAGCCAATAGATGTTGTTGACATCTCTGTGGTCCAGCCCAGTAGCCAGCA
>TCONS_00007744
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Function


symbol description
zgc:173544 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-6229 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000070714

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00007740 False 6818 mRNA 0.37 2 16014527 16021424
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TCONS_00007743 False 813 mRNA 0.45 3 16020530 16021498
TCONS_00007744 True 350 processed_transcript 0.45 2 16020929 16021471

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_004056 rap1ab coding downstream 139473 15833565 ~ 15875054 (-)
XLOC_004057 FP003590.1 coding downstream 168014 15845588 ~ 15846513 (-)
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XLOC_004054 FP016142.7 coding downstream 210890 15802450 ~ 15803637 (-)
XLOC_004053 FP016142.3 coding downstream 214604 15798258 ~ 15799923 (-)
XLOC_004059 CR848761.1 coding upstream 36669 16058191 ~ 16058307 (-)
XLOC_004060 SPATA1 coding upstream 63059 16084581 ~ 16093022 (-)
XLOC_004061 rpf1 coding upstream 73139 16094661 ~ 16115804 (-)
XLOC_004062 NA coding upstream 98490 16120012 ~ 16120290 (-)
XLOC_004064 arpc4l coding upstream 118375 16139897 ~ 16152400 (-)
XLOC_004019 CR450764.8 misc downstream 3322836 12691395 ~ 12691691 (-)
XLOC_004015 CR450764.4 misc downstream 3392760 12621518 ~ 12621767 (-)
XLOC_004013 CABZ01022569.1 misc downstream 3423231 12590999 ~ 12591296 (-)
XLOC_004008 BX000700.19 misc downstream 3501265 12512966 ~ 12513262 (-)
XLOC_004006 BX000700.27 misc downstream 3514265 12499966 ~ 12500262 (-)
XLOC_004063 CR854846.1 misc upstream 105860 16127382 ~ 16127678 (-)
XLOC_004052 FP016142.4 non-coding downstream 216959 15796093 ~ 15797568 (-)
XLOC_004067 AL844563.2 non-coding upstream 622875 16644397 ~ 16644513 (-)
XLOC_004068 AL844563.1 non-coding upstream 647696 16669218 ~ 16675164 (-)
XLOC_004070 NA non-coding upstream 1059900 17081422 ~ 17091195 (-)

Expression



Co-expression Network