G2175918


Basic Information

Item Value
gene id G2175918
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 32174065 ~ 32176861 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2487054
GGGTAGTACAAATAGTGAGAAAATACTTAACATGCAAAACAGcttcaataaaaaaataagatattatttaaaaaaaaaaatgaaacaggAAATTGGTCCATGATTTACCGTCAACAGATTTTGTGAATATACAATGCACAAAATACTTCTCTATGGCATTCATTTAAAATGAGAAAGTTAGGATTTCTGGTTAGTCACAATGCTCTCACTCTACATTCCTCCACGATAGGGTGTTATACAAACATTTATGCATCCAGTAAACAAACCGCTTGCAAATTCCAAAACAACTCTCCTAAAAACCACATGGATCATAGTCAGTTGGAAATTGAGAAACCCGATCACAAATattctgatttaaaaaataataataaaaagtgtCCATTGAGAGGTTGATGTCTAGCTCTAGCCTCCTCTTGGTGGTCTATGAGCATCCTGGCATGATTTACTACAGCAGAACAGTAACTTCCCCAGGGACTACTACACATGGAAACTGGCCTACTGGTATTAACAAAGCTGGTTCAGTACATTAAATATTTATGTATATGCTCAACATTGTACATCGTCCACGACAAAACAATCAAATAATAAGAAAACAGCAATAATAATGAAAGAAAGCAGCATTTGTGATgtaaaatgtgctttaaaaaacATGGTACAAAGCCTTCCGTTTTTCTCCATATGTATGCCATTCATCCGATTGAGAAGTCAGGAATTGCATAAAGTGAACACAAATAGCAATTCCTTATTCTCAAAGATAGAACTCTGACATCAAACAATTCATCTCACTTTCCtgtgaaatgtgtcaaaagtccCCTCTCGCGAACAAAAGTGATGACTTCACAGATACCTTAATCTTCATAAACTCAGTTTAAAAAACGCTACATATCTGAAAACAATATATGGCAAAAATAAACTATGGAAAATCTGCAACTTAAAAGAAGCCTTGAAAATAAATACTTAATGGAGTAACAATGCTGTCCAATGTTAATGAATTATACACCTCTGATATCACACCTCTGAAAAAAACTGTGTTGACTCCCAACAAttcttgattaaaaaaataaataaatctacctggtcacatacactgagtgtacaaaacattaggaacatgagactgaccaggtaaatccaggtgataGCTATGGTCCCTTGTtggtcacctgttaaatccacttcaatgagtatagatgaaggggtggagacaggttaaagaagaatttttaagccttgagacatgaattatgtatgtgtgccattccgagggtgaatggacaagacaaaatatttaagagcctttgaacagggtatggtagtaggtgcctggttgagtgtcaagaactgcaatgctgctgggtttcacactcaacagtttgtTTTGcaagtgtatcaagaatggtccaccacccaaaggacacccagcAAAACATGAGTGGGGATTTGGCCCGTAAAATTGTAAACAAAAATGCTCTCCGGGTTCCATTTCCATCTATATAAATTGTAAAGTTATTACACCATGCTACGGTCAACTATGGCACTGTACTATACCTTTGTTCTTCCATACTGTCCTGAAGGCACAATGCACATTTAAGTTCCGATGatacagagcaggagaggattTTGGGTGAGGCATAGGGTCCTACAAAGCCGTGGTTCGTATAAACCTACTGTCCTATTGAAATCAATGGATATGCTTAGCACCAGTCACAGGATTCAAGTGTAAAgtgcatacagtacacacacgctACAATCAACTGAGACAGTAGTGCTCATGACCTTCAGGGCCTCAAGACACAACATTGTATCCTCTGGGTTTAATCAAATCAAAGCCACTAACACATTTTCTGTGCTAAGACACAGTGACCTCTTCATTTTTCCCAATAAAGCAAGTGAATACTGATTTGACGGAGGCGTATAACTGTAAAGCAATTATTTTCCTGCACTTATCTGACCTAGTGCTAAGAGTATTATTTTCCTGCACTTATCTGACCTAGTGCAAAGAGTATTCTTTTCCTGCACTTATCTGACTTAGTGCAAAGAGTATTCTTTTCCTGCACTTATCTGACCTAGTGCAAAGAGTATTCTTTTTTTGGCTTGAAAAACAGAGCAGTTCCAGAGATTAATAATAGTTACCAAAAAAATATTGTTGTGCGTTTTTGGTTAGCAACAAAGAAAACGCATCTGCATGTGTTTGGTGAGGATGGAAACTGAAAGCTGATTAAAGCTCTGGTGACAGATGTCGTGTCCATGACAGTCCAGGGTTTGTCCATGGTAACAGGGATGCTGTTTGGTGGTCATAAGAACGACAATAGAAAGGATGGCGGCTATTCGAGAGCGTTTACTTGACATTTTGTCCATGGTAGTAGGGGTACTGCATGTGATAAAAGGCTGGTTTCTGTAGAGACAAAGATGCTGCTGGTTGTAAGGCATCACAGTTAATGGCTCAGTTGTCTCCTGGCAGACATGTAAACTGGCCATTTGAGCCACCTGGTGGTCATCAGTTTCCACTCTAAGGTCTGCAGGAAACACGCGCACTTCAGCGGAACTCATCTATAGGCTTACCTGTCTATGATTCAGTCTCCATGGTCACAGTTACCGTCTGGG
>TU2487055
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>TU2487056
GGGTAGTACAAATAGTGAGAAAATACTTAACATGCAAAACAGcttcaataaaaaaataagatattatttaaaaaaaaaaatgaaacaggAAATTGGTCCATGATTTACCGTCAACAGATTTTGTGAATATACAATGCACAAAATACTTCTCTATGGCATTCATTTAAAATGAGAAAGTTAGGATTTCTGGTTAGTCACAATGCTCTCACTCTACATTCCTCCACGATAGGGTGTTATACAAACATTTATGCATCCAGTAAACAAACCGCTTGCAAATTCCAAAACAACTCTCCTAAAAACCACATGGATCATAGTCAGTTGGAAATTGAGAAACCCGATCACAAATattctgatttaaaaaataataataaaaagtgtCCATTGAGAGGTTGATGTCTAGCTCTAGCCTCCTCTTGGTGGTCTATGAGCATCCTGGCATGATTTACTACAGCAGAACAGTAACTTCCCCAGGGACTACTACACATGGAAACTGGCCTACTGGTATTAACAAAGCTGGTTCAGTACATTAAATATTTATGTATATGCTCAACATTGTACATCGTCCACGACAAAACAATCAAATAATAAGAAAACAGCAATAATAATGAAAGAAAGCAGCATTTGTGATgtaaaatgtgctttaaaaaacATGGTACAAAGCCTTCCGTTTTTCTCCATATGTATGCCATTCATCCGATTGAGAAGTCAGGAATTGCATAAAGTGAACACAAATAGCAATTCCTTATTCTCAAAGATAGAACTCTGACATCAAACAATTCATCTCACTTTCCtgtgaaatgtgtcaaaagtccCCTCTCGCGAACAAAAGTGATGACTTCACAGATACCTTAATCTTCATAAACTCAGTTTAAAAAACGCTACATATCTGAAAACAATATATGGCAAAAATAAACTATGGAAAATCTGCAACTTAAAAGAAGCCTTGAAAATAAATACTTAATGGAGTAACAATGCTGTCCAATGTTAATGAATTATACACCTCTGATATCACACCTCTGAAAAAAACTGTGTTGACTCCCAACAAttcttgattaaaaaaataaataaatctacctggtcacatacactgagtgtacaaaacattaggaacatgagactgaccaggtaaatccaggtgataGCTATGGTCCCTTGTtggtcacctgttaaatccacttcaatgagtatagatgaaggggtggagacaggttaaagaagaatttttaagccttgagacatgaattatgtatgtgtgccattccgagggtgaatggacaagacaaaatatttaagagcctttgaacagggtatggtagtaggtgcctggttgagtgtcaagaactgcaatgctgctgggtttcacactcaacagtttgtTTTGcaagtgtatcaagaatggtccaccacccaaaggacacccagcAAAACATGAGTGGGGATTTGGCCCGTAAAATTGTAAACAAAAATGCTCTCCGGGTTCCATTTCCATCTATATAAATTGTAAAGTTATTACACCATGCTACGGTCAACTATGGCACTGTACTATACCTTTGTTCTTCCATACTGTCCTGAAGGCACAATGCACATTTAAGTTCCGATGatacagagcaggagaggattTTGGGTGAGGCATAGGGTCCTACAAAGCCGTGGTTCGTATAAACCTACTGTCCTATTGAAATCAATGGATATGCTTAGCACCAGTCACAGGATTCAAGTGTAAAgtgcatacagtacacacacgctACAATCAACTGAGACAGTAGTGCTCATGACCTTCAGGGCCTCAAGACACAACATTGTATCCTCTGGGTTTAATCAAATCAAAGCCACTAACACATTTTCTGTGCTAAGACACAGTGACCTCTTCATTTTTCCCAATAAAGCAAGTGAATACTGATTTGACGGAGGCGTATAACTGTAAAGCAATTATTTTCCTGCACTTATCTGACCTAGTGCTAAGAGTATTATTTTCCTGCACTTATCTGACCTAGTGCAAAGAGTATTCTTTTTTTTGGCTTGAAAAACAGAGCAGTTCCAGAGATTAATAATAGTTACCAAAAAAATATTGTTGTGCGTTTTTGGTTAGCAACAAAGAAAACGCATCTGCATGTGTTTGGTGAGGATGGAAACTGAAAGCTGATTAAAGCTCTGGTGACAGATGTCGTGTCCATGACAGTCCAGGGTTTGTCCATGGTAACAGGGATGCTGTTTGGTGGTCATAAGAACGACAATAGAAAGGATGGCGGCTATTCGAGAGCGTTTACTTGACATTTTGTCCATGGTAGTAGGGGTACTGCATGTGATAAAAGGCTGGTTTCTGTAGAGACAAAGATGCTGCTGGTTGTAAGGCATCACAGTTAATGGCTCAGTTGTCTCCTGGCAGACATGTAAACTGGCCATTTGAGCCACCTGGTGGTCATCAGTTTCCACTCTAAGGTCTGCAGGAAACACGCGCACTTCAGCGGAACTCATCTATAGGCTTACCTGTCTATGATTCAGTCTCCATGGTCACAGTTACCGTCTGGG

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2487054 False 2604 lncRNA 0.39 2 32174065 32176861
TU2487055 False 2722 lncRNA 0.39 2 32174065 32176861
TU2487056 True 2529 lncRNA 0.39 3 32174065 32176861

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110509424 NA coding downstream 67507 32103208 ~ 32106558 (-)
LOC110510054 LOC106563567 coding downstream 136238 32021450 ~ 32037827 (-)
LOC100136606 cbr1 coding downstream 215501 31956161 ~ 31958564 (-)
LOC100135879 cbr1 coding downstream 226371 31942742 ~ 31947694 (-)
LOC118945355 LOC106563561 coding downstream 244998 31920420 ~ 31929067 (-)
LOC110510059 LOC106563634 coding upstream 26130 32202991 ~ 32219471 (-)
LOC110510060 LOC106563578 coding upstream 53992 32230853 ~ 32237582 (-)
poglut3 kdelc2 coding upstream 69362 32246223 ~ 32252711 (-)
LOC110510065 LOC106603070 coding upstream 105540 32282188 ~ 32287263 (-)
si:ch211-114c12.2 LOC106563582 coding upstream 110561 32287422 ~ 32296426 (-)
G2175921 NA non-coding downstream 20520 32151411 ~ 32153545 (-)
G2175902 NA non-coding downstream 53122 32120506 ~ 32120943 (-)
G2175893 yo84 non-coding downstream 62157 32111686 ~ 32111908 (-)
G2175890 NA non-coding downstream 64188 32109641 ~ 32109877 (-)
G2175664 NA non-coding downstream 139352 32034382 ~ 32034713 (-)
G2175940 NA non-coding upstream 13369 32190230 ~ 32190620 (-)
G2175945 NA non-coding upstream 20341 32197202 ~ 32197693 (-)
G2175946 NA non-coding upstream 21381 32198242 ~ 32198659 (-)
G2175982 NA non-coding upstream 84924 32261785 ~ 32262548 (-)
LOC110509376 LOC107567170 other downstream 435830 31736713 ~ 31738259 (-)
LOC110510037 LOC106563414 other downstream 444771 31726537 ~ 31731451 (-)
G2175503 NA other downstream 447671 31721952 ~ 31726394 (-)
G2175418 LOC106563537 other downstream 487063 31602449 ~ 31688677 (-)
G2175969 LOC100194703 other upstream 86422 32263283 ~ 32266089 (-)
cpi1 cpi1 other upstream 254649 32395346 ~ 32433641 (-)
G2176363 NA other upstream 466541 32643402 ~ 32644572 (-)
G2177695 NA other upstream 1334435 33511296 ~ 33512326 (-)

Expression


Co-expression Network