G2178372


Basic Information

Item Value
gene id G2178372
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048593.1
NCBI id CM023247.2
chromosome length 47748341
location 34792330 ~ 34809382 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU2489909
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>TU2489908
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>TU2489911
TGGCTCTACAGCTGGACAAGAAATACTGTCATGTCCTTGGCTTAGAATGAGCTGTTCCCTCCCATGTCGTGGATCTCATGAGTTCATTTGTCTCTATGCCCTTCTTGTCGTCCCAGATGGCCAGATGGCCTGCGAGGTGGGTGGGGGTCATACTGTACATGCAAAAATAACCATTTACAAATGTCTCTCAGAACCAGTGCAACATTTGGTTATTCATATTCTAGTGATACAGTACAATAGGGTCGTTATATCAGTGCAATAGGTCAGTGATAAGCAGTCACAAGAGGAACCAAGACAAAAGTAAGGTATCATAACACTTATTTCATTTTATTAGCTACTCATACGTGCACTATTGTTACTAGGTTTGATCAATGTGATAGATAGATAGTCATTTCATATCTAGATACCCAAATTCATTTTACAAGCAGTGCTACAAAAATGTATACAACAATGAATTGTAAAACACATTAGTAGTAATATAAACATATGACTTGATAGAACATAGGACCAGTATGTCTGAAACATtgctatgcccccccccccccccctctctcgtctGCTCCAGCAGGACATTAGTCAAACTGGACGACAAGCACACCAAAAATCAACCACTACCTCTTCAGGACTATCTATTTCCCaaactaaattcccaatctggccctcataccatcatggccacctaatcatccccagtttacaattggctcattcatccccctcctctctcctgtaactattccccaggtcgttgctgtaaatgagaatgtgttctcagtcaacttacctggtaaaataagggtaaaataaaaatatatacagtatatatataattCAGGACTATCTCTTCAGGCATTAAAAGAGTCAGAAAATAAATTAACagcaaggcacacacacacagacatggtagTCGTTAGTCAACCAGCAAATCTTCAGCAAATTATGTTCACCAAAAACGACAACTGATGTTACACACTGCCAATTAGGGTATCAATACTTAACCACAACACTGTAGACAAGTAAAACAAAGGTGACACACTCTGACCATAGTTTGcgctgtttgtttctatgttttgtgtggtcagggtgtgatatgagtgggcattctatgttgtatgtctagtttgtctgtttctatgtgtttggcctgatatggttctcaatcagaggcaggtgttagtcgttgtctctgattgggaaccatatttaggtagcctgttttgtattgtggggtgtgggtgattgttcctgtgttGGTATTCACGTTACGTCTtcggtcttttttttttttgtcggtTCATTGTTTTTGTTCGTTGTTTAAGTATCCCATTAAAAATGGATAAtcatcacgctgcattttggtcctcctctctatctccagacgacatcCGTTACAAAAGGGACGTCCCTCAGATAACAAGAAGTTGTGTTGATGACACAGTTACGACTACAGTACCATGTGTCCAAAAGTATCAACCAACCTGATATACACTTGACGTGGCATCTTCTTCATATAGAACCAGAACAGAACACTAAATACTTTTCAATAGACATATTTAAGTGCATTATGTTACAGATCAGACTAGTTGAAAGAATGCCTTGGCCTCTTCACCTTGAAAACAACATTGTGGTTTTTGTCTGACTCATTTACAGGTGGAAGATATGCAACTGAAACCACAAATAATATTCAAACTACAATATCATGACTCATGAAATAAACACCTTTATACTGGAccttgtgtattatattataatcatatacagtgcatttagaaagtattcagaccccaagctaactatagctaggctactcatgatgtattggttgaccaaGCTAATTacagctaggctactcatgatgatgtattggttgacctagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgacctagctaactatagctaggctactcaagatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgacctagctaactatagctaggctactcatggtgatgtattggttgacctagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgactactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatggtgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaaGCTAACTacagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtTTTGGTTGACCAAGCTAATTacagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtTTTGGTTGACCAAGCTAATTacagctaggctactcatgatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcataatgatgtattggttgaccaagctaactatagctaggctactcatgatgatgtTTTGGTTGTTTGTTTTCTTCTTTTGAAGCGCTTGGGGATTATGAAAAGCGctatagaaatgtaataaattattattactGTCGGCTGAAATTGGCCTTTCAcccctacagtgcattcggaatgttttcagaccccttgactttttccacattttgacaCGTTACAGCCGTATACTAAAATAGATCATActgacaatctacacacaattccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatttactcacaataccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatttactcacaataccccataatgacaatctacacacacaaccccataattacaatttactcacaataccccataatgacaatctacacacacaaccccataatgacaatctacacacaataccccataatgacaaagcgaaaacagatttttcaAATGTTTAGCAAAAGTATtcaaaataaacaacagaaatactttatctacataagtattcagaccctttgctatgagacttgaaattgacctCAGAtgaatcctgtttccactgatcatcctttttatttatttttccttaatttaactaggcatttctgcagcattgaaggtcccatagaacacagtggcctccatcattcttatatggaagaagtttggaaccaccaagacccttcctagagctggtctcccgggcaaactgagcaatcgggggagaagggccttggtcagggaggtgaccaagaagccgatagtcactctgacagagctccagagtccctctgtggagatgggagaaccttccagaaggacaaccatctctgcagcactctaccaatcaggcctttatggtagaggggccagacggaagccactcctcagtaaatggcacatgacagcccacttggagtttgccaaaaggcccctaaaggactctcagaccatgagacacaagattctctggtcttatgaaactaagattgaacttgGATGCCAAGTGTCACCTTGCACCATCTCTACGTTGAAGCAGAGTGgtgcagcatcatgatgtggggttgttttttagtggcagggactgggagactagtcaggatcgagaaaAAGATGAAtgaagaaaagtacagagagatccttgatgaacaggacaacaaccctaagcacacagccaagacaacgcaggagtgacttcgggacaagtctctgaatgtccttgagtggcccagccagagcctggacttaaacccgatcaaacatctctagcgagacctgaaagtagctgggcagcgacgttccccatccCACCTGGCAGaccttaagaggatctgcagagaagaatgggagaagaatgggagaaattacctgaatacaggtgtgctatgcttgtagcgtcatacccaagaagactcgaggctgtaatcgctgccaatggtgcttcaacaaagtactgagtaaagggtctgaatacttacgtaagtGGGATTTAATTTTTCTATTTATTATTAATTTttgcaaacaattctaaaaaaacgttttgctttgtcattatgggtattgtgtgtagattgatgatgggaaAACaactattaaatacattttagaataaggctgtaacataacaaaatgtggaaaaactcaaggggtctgaatactttctgaatgcactgtatgtacgtATAAGCTTGCTGTGCTTGGATCCAACAGATCCCCCCCCCAGACCCACTgtggcttcctcctctcccttcctctccttcccctccttccccataCAGTATCTGACTAGTTAATGGATACTGTCATACTGTGTAAGTGTCTCATCTACTTTCCCTAACAAGAGGTCAATCGAGATGtagtatgctgtgtgtgtgtgtcctggtatTGGAATAGCAGCAGTATGTAGGTGAGTACAGTAAGTCCTAGCCCTCTGCTCTgccccaccctctcctctccgccTCAGTCTGACCACTCGTTCTCCTCAGGCTCCGAGTCCTCATCTGATTCGCTGTAGTCCACTGCGATACGTCGGGACAGGATGGTGGCCACGTCGTTCCCCACAGGCTCCCGCTTGGCTTCCTGCTCACGCTGCTCCTGCACCTTCCTCAGCTGG

Function

NR:

description
PREDICTED: zinc finger protein 135-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU2489909 False 2315 lncRNA 0.39 3 34792330 34809382
TU2489908 False 4714 TUCP 0.42 3 34803191 34809303
TU2489911 True 4809 TUCP 0.42 2 34803191 34809303

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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leap-2b leap-2b coding downstream 106559 34684417 ~ 34685804 (-)
LOC110510152 LOC106563684 coding downstream 163028 34619958 ~ 34629302 (-)
hif1al2 LOC106563688 coding downstream 227189 34546781 ~ 34565141 (-)
trnas-gcu-266 NA coding downstream 245945 34546304 ~ 34546385 (-)
LOC110510161 LOC106563678 coding upstream 489 34809871 ~ 34814939 (-)
LOC110510165 atg4a coding upstream 41814 34851196 ~ 34862503 (-)
LOC110510171 NA coding upstream 155747 34965129 ~ 34979665 (-)
LOC110510172 dach2 coding upstream 194534 35003916 ~ 35289538 (-)
LOC118945291 NA coding upstream 539983 35349365 ~ 35368562 (-)
G2178390 NA non-coding downstream 9627 34782470 ~ 34782703 (-)
G2178389 NA non-coding downstream 10079 34781859 ~ 34782251 (-)
G2178388 LOC106563717 non-coding downstream 10570 34780133 ~ 34781760 (-)
G2178387 NA non-coding downstream 12857 34779223 ~ 34779473 (-)
G2178385 NA non-coding downstream 15121 34776765 ~ 34777209 (-)
G2178421 LOC106563675 non-coding upstream 29353 34838735 ~ 34839559 (-)
G2178440 NA non-coding upstream 61667 34871049 ~ 34871278 (-)
G2178444 LOC106602948 non-coding upstream 65054 34874436 ~ 34874930 (-)
G2178458 NA non-coding upstream 86771 34896153 ~ 34896467 (-)
G2178462 NA non-coding upstream 90222 34899604 ~ 34899849 (-)
LOC110510135 LOC106563696 other downstream 450517 34338911 ~ 34342460 (-)
G2177991 cfb other downstream 645011 34092047 ~ 34216247 (-)
G2177695 NA other downstream 1280004 33511296 ~ 33512326 (-)
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G2179862 NA other upstream 1152602 35961984 ~ 35962832 (-)
LOC110510209 LOC106563761 other upstream 1695091 36499597 ~ 36596534 (-)
G2180120 NA other upstream 1697158 36506540 ~ 36507120 (-)
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G2180587 NA other upstream 2172575 36981957 ~ 36982709 (-)

Expression


Co-expression Network